单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 330 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-09 |
SLICE: determining cell differentiation and lineage based on single cell entropy
2017-04-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkw1278
PMID:27998929
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研究论文 | 开发了一种名为SLICE的新算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基于单细胞熵定量测量细胞分化状态，并通过构建熵引导的细胞轨迹预测细胞分化谱系 | SLICE算法通过单细胞熵定量测量细胞分化状态，并预测细胞分化谱系，具有创新性 | NA | 理解细胞的谱系和分化状态，以最终阐明器官形成和功能 | 单细胞的分化状态和谱系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自人类和鼠类的三个独立数据集，以及胚胎小鼠肺的scRNA-seq数据 |
| 302 | 2024-08-09 |
switchde: inference of switch-like differential expression along single-cell trajectories
2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw798
PMID:28011787
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research paper | 本文介绍了一种名为switchde的统计框架和相应的R包，用于识别沿着伪时间轨迹的基因开关样差异表达 | 提出了一种新的统计框架switchde，用于模型拟合快速，提供可解释的参数估计，并报告支持拒绝恒定表达模型的P值 | NA | 开发一种方法来模拟沿着单细胞轨迹的基因差异表达 | 单细胞RNA-seq数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | NA |
| 303 | 2024-08-09 |
Quantitative approaches for investigating the spatial context of gene expression
2017-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine
DOI:10.1002/wsbm.1369
PMID:28001340
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研究论文 | 本文探讨了现代原位和单细胞遗传方法的基本原理，量化影响细胞决策的内在和外在力量的挑战，以及制作基因调控、形态和功能可视化图谱的技术要求 | 介绍了荧光原位测序（FISSEQ）等原位测序技术，尝试直接在显微镜图像中可视化遗传特征 | 量化影响细胞决策的内在和外在力量存在技术障碍 | 研究生长、发育和癌症进展过程中调控序列的功能进化 | 基因表达的空间信息及其在发育中的转录调控 | NA | NA | 荧光原位测序（FISSEQ）、单细胞RNA测序结合荧光原位杂交（FISH） | NA | 图像 | NA |
| 304 | 2024-08-09 |
Falco: a quick and flexible single-cell RNA-seq processing framework on the cloud
2017-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw732
PMID:28025200
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研究论文 | 介绍了一种基于云的单细胞RNA测序处理框架Falco，利用Apache Hadoop和Apache Spark技术实现大规模并行分析 | Falco框架能够使现有的RNA测序处理流程并行化，处理速度比在高度优化的独立计算机上运行快2.6至145.4倍，并能利用亚马逊网络服务的低成本现货实例降低分析成本约65% | NA | 开发一种快速且灵活的单细胞RNA测序处理框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 305 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics reveals unanticipated features of early hematopoietic precursors
2017-02-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkw1214
PMID:28003475
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术分析了小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞在不同细胞周期阶段的分子特征 | 揭示了早期造血前体细胞的意外特征，并发现贫血诱导下细胞周期进展对前体细胞谱系特异性基因表达的影响 | NA | 探究干细胞分化过程中的分子变化 | 小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 多个小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞样本 |
| 306 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomic profiling of mouse pancreatic progenitors
2017-02-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胚胎期13.5天的小鼠胰腺，并结合成熟胰腺的单细胞数据，识别了新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体。 | 首次使用单细胞RNA测序技术在胚胎期13.5天的小鼠胰腺中识别出新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体，并发现了SLC38A5作为早期α细胞系分化的标记基因。 | 研究仅限于胚胎期13.5天的小鼠胰腺，未涉及其他发育阶段或物种。 | 识别早期发育组织中的特征基因，特别是胰腺前体细胞和α细胞前体。 | 小鼠胚胎期13.5天的胰腺组织。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎期13.5天的小鼠胰腺细胞 |
| 307 | 2024-08-09 |
Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes
2017-02, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/nn.4462
PMID:27991900
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究者对下丘脑中的神经元身份进行了图谱绘制，区分了62种产生谷氨酸、多巴胺或GABA标记的神经元亚型，并发现了一种独特的多巴胺神经元亚型。 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了下丘脑中神经元的多样性和功能，特别是发现了一种新型多巴胺神经元亚型。 | NA | 揭示下丘脑组织的分子结构，特别是神经元亚型的多样性及其功能。 | 下丘脑中的神经元亚型及其在神经传递和神经内分泌中的作用。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 62种神经元亚型 |
| 308 | 2024-08-09 |
XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development
2017-01-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014
PMID:27989768
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和成像技术，揭示了长非编码RNA XACT和XIST在人类早期胚胎发育中的共激活和积累现象，并探讨了它们在调控X染色体活性中的作用。 | 发现了人类特有的调控X染色体活性的机制，并揭示了XIST RNA在早期胚胎中的非典型分布方式，以及XACT对XIST积累的影响。 | NA | 探讨人类早期胚胎发育中X染色体活性的调控机制。 | 长非编码RNA XACT和XIST在早期人类胚胎中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序和成像技术 | NA | RNA | 早期人类胚胎和人类胚胎干细胞 |
| 309 | 2024-08-09 |
Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE
2017-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20161056
PMID:27994069
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研究论文 | 本研究结合新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序技术，揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录如何导致IgE类别转换 | 本研究首次揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录在较低激活阈值下指导IgE与IgG1选择的关键生理反应 | NA | 探究B细胞中IL-4诱导的I转录异质性及其对IgE类别转换的调控机制 | B细胞中的I转录异质性及其对IgE类别转换的影响 | 免疫学 | 过敏和哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠样本 |
| 310 | 2024-08-09 |
Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq
2017-Jan-03, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.13666
PMID:27903987
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性 | 首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块 | 研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态 | 探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点 | 来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 自组织映射 | 基因表达数据 | 307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本 |
| 311 | 2024-08-09 |
Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics
2017-Jan, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/nprot.2016.154
PMID:27929523
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research paper | 本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。 | inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。 | NA | 开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。 | 单个细胞的RNA测序。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 数千至数万个细胞 |
| 312 | 2024-08-09 |
Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex
2017-03-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020
PMID:27889318
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研究论文 | 本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元 | 首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元 | NA | 探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元 | 围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 围产期小鼠的脑膜细胞 |
| 313 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells
2017-Mar, Biotechnology letters
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s10529-016-2260-7
PMID:27878653
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异 | 首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用 | NA | 研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用 | Hela-S3细胞中的lincRNA | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 37个Hela-S3细胞 |
| 314 | 2024-08-09 |
Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution
2017-02, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001
PMID:27888678
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在单细胞分辨率下研究大脑皮层神经元的多样性和发育的早期努力、未来挑战和机遇。 | scRNA-seq技术为分类大脑皮层神经元的多样性提供了全基因组基因表达模式，有望揭示神经元身份在发育、分化、活动和疾病中的转变。 | NA | 探讨应用scRNA-seq技术阐明神经元亚型及其发育的未来挑战和机遇。 | 大脑皮层神经元的多样性和发育。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数百上千的单细胞转录组 |
| 315 | 2024-08-09 |
Cancer genomics: Single-cell RNA-seq to decipher tumour architecture
2017-01, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg.2016.151
PMID:27890926
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 316 | 2024-08-09 |
TRACING CO-REGULATORY NETWORK DYNAMICS IN NOISY, SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME TRAJECTORIES
2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
DOI:10.1142/9789813207813_0053
PMID:27897008
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIMITAR的框架，用于从静态单细胞转录组数据中推断进展轨迹及其相关调控 | SCIMITAR通过在高维曲线中采用高斯混合的连续参数化，从数据中生成丰富的模型，突出与推断进展相关的基因表达和共表达模式 | NA | 探索复杂生物过程如分化和肿瘤发生的分子基础 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络重构 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 高斯混合模型 | 转录组数据 | 单细胞人类胎儿神经元数据集 |
| 317 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes
2017-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.212720.116
PMID:27864352
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰岛细胞的特征以及2型糖尿病中细胞类型特异性的表达变化 | 首次报道了来自非糖尿病和2型糖尿病人类胰岛样本的638个细胞的单细胞转录组，并识别了delta和PP/gamma细胞类型中与胰岛功能障碍和糖尿病相关的基因 | 研究主要集中在胰岛细胞的转录组分析，未涉及细胞功能的具体实验验证 | 识别胰腺胰岛功能障碍的基本细胞类型特异性特征，并提供理解胰岛生物学和糖尿病发病机制的关键资源 | 人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的表达变化 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 638个细胞 |
| 318 | 2024-08-09 |
Reply from Authors re: Xue-Ru Wu. Attention to Detail by Single-cell sequencing. Eur Urol 2017;71:13-4
2017-01, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2016.11.003
PMID:27842721
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing for Drug Discovery and Drug Development
2017, Current topics in medicinal chemistry
IF:2.9Q3
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的应用现状 | 单细胞测序技术提供了更强大和精确的方法来分析药物对处理过的细胞和组织的影响 | NA | 探讨单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的潜在应用 | 单细胞全基因组/外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞亚硫酸氢盐测序等 | 基因组学 | NA | NGS（下一代测序技术） | NA | 基因组、表观基因组和转录组数据 | 单细胞级别 |
| 320 | 2024-08-09 |
Genome evolution in ductal carcinoma in situ: invasion of the clones
2017-Jan, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.4840
PMID:27861897
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综述 | 本文综述了导管原位癌（DCIS）向浸润性导管癌（IDC）进展过程中肿瘤内异质性的作用及其在诊断和治疗中的相关性 | 讨论了新兴技术如单细胞测序、STAR-FISH和成像质谱技术在理解DCIS演化中的潜在应用 | NA | 探讨DCIS向IDC进展的分子和基因组基础 | 导管原位癌（DCIS）及其向浸润性导管癌（IDC）的进展 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |