单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 331 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-09 |
Identifying T Cell Receptors from High-Throughput Sequencing: Dealing with Promiscuity in TCRα and TCRβ Pairing
2017-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1005313
PMID:28103239
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研究论文 | 本文描述了一种算法（alphabetr），用于从高吞吐量测序数据中准确、全面且经济地恢复T细胞受体（TCR）序列，该算法考虑了CDR3α和CDR3β共享、细胞表达两个TCRα链以及多种测序错误 | 提出了一种新的算法alphabetr，能够处理CDR3α和CDR3β共享问题，同时考虑了细胞表达两个TCRα链和多种测序错误，并能准确估计克隆频率 | 目前使用的高吞吐量单细胞测序方法成本高且可能遗漏小克隆 | 开发一种准确、全面且经济的算法，用于从高吞吐量测序数据中恢复T细胞受体序列，以支持疫苗设计和免疫疗法 | T细胞受体（TCR）序列及其在免疫反应中的作用 | 生物信息学 | 癌症, 自身免疫疾病 | 高吞吐量单细胞测序 | 算法（alphabetr） | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 302 | 2024-08-09 |
Dissecting inherent intratumor heterogeneity in patient-derived glioblastoma culture models
2017-06-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/now253
PMID:28062830
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研究论文 | 研究分析了源自患者的胶质母细胞瘤培养模型中的固有肿瘤内异质性 | 揭示了胶质母细胞瘤中固有的肿瘤内分子亚型异质性，并提供了一种研究表型可塑性的方法 | NA | 探讨胶质母细胞瘤中的肿瘤内异质性及其对治疗的影响 | 源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 303 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of small microbial eukaryotes: limitations and potential
2017-05, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2016.190
PMID:28060364
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学在小型微生物真核生物研究中的局限性和潜力 | 单细胞转录组学在微生物真核生物研究中具有巨大的未开发潜力 | 在小型微生物真核生物中，单细胞转录组学的转录恢复率较低，且基因表达水平的随机性较高 | 探讨单细胞RNA-seq在小型微生物真核生物研究中的应用 | 小型微生物真核生物 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组 | 两个小型原生生物（8和15 μm） | NA | NA | NA | NA |
| 304 | 2024-08-09 |
Molecular diversity of corticotropin-releasing hormone mRNA-containing neurons in the hypothalamus
2017-03, The Journal of endocrinology
IF:3.4Q2
DOI:10.1530/JOE-16-0256
PMID:28057867
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序和电路图谱技术，探讨下丘脑中含皮质释放激素（CRH）mRNA神经元的分子多样性 | 提出CRH的产生反映了下丘脑神经元的状态转换，而非表型分离神经元的身份标志 | NA | 探讨下丘脑中CRH神经元的功能和分子多样性 | 下丘脑中含CRH mRNA的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 305 | 2024-08-09 |
Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies
2017-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep39921
PMID:28045081
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术处理人类诱导多能干细胞（iPSC）样本，探讨基因表达数据中的技术变异来源 | 提出了一个有效进行scRNA-seq研究的框架，并发现UMI计数并非基因表达水平的无偏估计 | 研究主要集中在技术变异上，未深入探讨生物学变异的其他方面 | 探讨scRNA-seq中的技术变异来源及其对基因表达数据的影响 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）的基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三个C1重复样本来自三个人类诱导多能干细胞（iPSC）系 | NA | NA | NA | NA |
| 306 | 2024-08-09 |
Understanding development and stem cells using single cell-based analyses of gene expression
2017-01-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.133058
PMID:28049689
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物发育和干细胞生物学中的应用及其提供的深入见解 | 单细胞RNA测序技术使得能够全面量化地记录细胞类型多样性和发育动态 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在理解发育和干细胞分子机制中的应用 | 哺乳动物的发育过程和干细胞生物学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 307 | 2024-08-09 |
SLICE: determining cell differentiation and lineage based on single cell entropy
2017-04-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkw1278
PMID:27998929
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研究论文 | 开发了一种名为SLICE的新算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基于单细胞熵定量测量细胞分化状态，并通过构建熵引导的细胞轨迹预测细胞分化谱系 | SLICE算法通过单细胞熵定量测量细胞分化状态，并预测细胞分化谱系，具有创新性 | NA | 理解细胞的谱系和分化状态，以最终阐明器官形成和功能 | 单细胞的分化状态和谱系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了来自人类和鼠类的三个独立数据集，以及胚胎小鼠肺的scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 308 | 2024-08-09 |
switchde: inference of switch-like differential expression along single-cell trajectories
2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw798
PMID:28011787
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research paper | 本文介绍了一种名为switchde的统计框架和相应的R包，用于识别沿着伪时间轨迹的基因开关样差异表达 | 提出了一种新的统计框架switchde，用于模型拟合快速，提供可解释的参数估计，并报告支持拒绝恒定表达模型的P值 | NA | 开发一种方法来模拟沿着单细胞轨迹的基因差异表达 | 单细胞RNA-seq数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 309 | 2024-08-09 |
Quantitative approaches for investigating the spatial context of gene expression
2017-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine
DOI:10.1002/wsbm.1369
PMID:28001340
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研究论文 | 本文探讨了现代原位和单细胞遗传方法的基本原理，量化影响细胞决策的内在和外在力量的挑战，以及制作基因调控、形态和功能可视化图谱的技术要求 | 介绍了荧光原位测序（FISSEQ）等原位测序技术，尝试直接在显微镜图像中可视化遗传特征 | 量化影响细胞决策的内在和外在力量存在技术障碍 | 研究生长、发育和癌症进展过程中调控序列的功能进化 | 基因表达的空间信息及其在发育中的转录调控 | NA | NA | 荧光原位测序（FISSEQ）、单细胞RNA测序结合荧光原位杂交（FISH） | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2024-08-09 |
Falco: a quick and flexible single-cell RNA-seq processing framework on the cloud
2017-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw732
PMID:28025200
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研究论文 | 介绍了一种基于云的单细胞RNA测序处理框架Falco，利用Apache Hadoop和Apache Spark技术实现大规模并行分析 | Falco框架能够使现有的RNA测序处理流程并行化，处理速度比在高度优化的独立计算机上运行快2.6至145.4倍，并能利用亚马逊网络服务的低成本现货实例降低分析成本约65% | NA | 开发一种快速且灵活的单细胞RNA测序处理框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 311 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics reveals unanticipated features of early hematopoietic precursors
2017-02-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkw1214
PMID:28003475
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术分析了小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞在不同细胞周期阶段的分子特征 | 揭示了早期造血前体细胞的意外特征，并发现贫血诱导下细胞周期进展对前体细胞谱系特异性基因表达的影响 | NA | 探究干细胞分化过程中的分子变化 | 小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 多个小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 312 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomic profiling of mouse pancreatic progenitors
2017-02-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胚胎期13.5天的小鼠胰腺，并结合成熟胰腺的单细胞数据，识别了新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体。 | 首次使用单细胞RNA测序技术在胚胎期13.5天的小鼠胰腺中识别出新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体，并发现了SLC38A5作为早期α细胞系分化的标记基因。 | 研究仅限于胚胎期13.5天的小鼠胰腺，未涉及其他发育阶段或物种。 | 识别早期发育组织中的特征基因，特别是胰腺前体细胞和α细胞前体。 | 小鼠胚胎期13.5天的胰腺组织。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎期13.5天的小鼠胰腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 313 | 2024-08-09 |
Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq
2017-Jan-03, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.13666
PMID:27903987
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性 | 首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块 | 研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态 | 探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点 | 来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 自组织映射 | 基因表达数据 | 307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 314 | 2024-08-09 |
Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics
2017-Jan, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/nprot.2016.154
PMID:27929523
|
research paper | 本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。 | inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。 | NA | 开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。 | 单个细胞的RNA测序。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 数千至数万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 315 | 2024-08-09 |
Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex
2017-03-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020
PMID:27889318
|
研究论文 | 本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元 | 首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元 | NA | 探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元 | 围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 围产期小鼠的脑膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 316 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells
2017-Mar, Biotechnology letters
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s10529-016-2260-7
PMID:27878653
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异 | 首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用 | NA | 研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用 | Hela-S3细胞中的lincRNA | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 37个Hela-S3细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 317 | 2024-08-09 |
Cancer genomics: Single-cell RNA-seq to decipher tumour architecture
2017-01, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg.2016.151
PMID:27890926
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2024-08-09 |
TRACING CO-REGULATORY NETWORK DYNAMICS IN NOISY, SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME TRAJECTORIES
2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
DOI:10.1142/9789813207813_0053
PMID:27897008
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIMITAR的框架，用于从静态单细胞转录组数据中推断进展轨迹及其相关调控 | SCIMITAR通过在高维曲线中采用高斯混合的连续参数化，从数据中生成丰富的模型，突出与推断进展相关的基因表达和共表达模式 | NA | 探索复杂生物过程如分化和肿瘤发生的分子基础 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络重构 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 高斯混合模型 | 转录组数据 | 单细胞人类胎儿神经元数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes
2017-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.212720.116
PMID:27864352
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰岛细胞的特征以及2型糖尿病中细胞类型特异性的表达变化 | 首次报道了来自非糖尿病和2型糖尿病人类胰岛样本的638个细胞的单细胞转录组，并识别了delta和PP/gamma细胞类型中与胰岛功能障碍和糖尿病相关的基因 | 研究主要集中在胰岛细胞的转录组分析，未涉及细胞功能的具体实验验证 | 识别胰腺胰岛功能障碍的基本细胞类型特异性特征，并提供理解胰岛生物学和糖尿病发病机制的关键资源 | 人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的表达变化 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 638个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 320 | 2024-08-09 |
Reply from Authors re: Xue-Ru Wu. Attention to Detail by Single-cell sequencing. Eur Urol 2017;71:13-4
2017-01, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2016.11.003
PMID:27842721
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |