单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 330 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-09 |
De Novo Gene Expression Reconstruction in Space
2017-07, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.004
PMID:28571832
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研究论文 | 本文讨论了空间中新基因表达重建的下一代方法，并提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化 | 提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化，并讨论了未来用于组织中生物途径和过程可视化的原位测序化学 | NA | 探讨空间中新基因表达重建的方法，以更好地应用于人类健康和疾病状况 | 基因表达的空间重建和远距离空间变化的检测 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，原位RNA成像 | NA | 基因组数据 | NA |
| 182 | 2024-08-09 |
Defining epithelial cell dynamics and lineage relationships in the developing lacrimal gland
2017-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.150789
PMID:28576768
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序和其他分子工具，揭示了泪腺发育过程中的新型细胞身份和上皮细胞谱系动态 | 首次展示了泪腺从早期发育阶段开始由多种免疫、上皮和间充质细胞谱系组成，并揭示了上皮细胞谱系在发育过程中的转录状态变化 | NA | 探究泪腺发育过程中的细胞类型和谱系关系 | 泪腺的上皮细胞动态和谱系关系 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 多种免疫、上皮和间充质细胞谱系 |
| 183 | 2024-08-09 |
Controlled Human Malaria Infection Leads to Long-Lasting Changes in Innate and Innate-like Lymphocyte Populations
2017-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1601989
PMID:28576979
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研究论文 | 本研究通过分析坦桑尼亚人群中受控人类疟疾感染（CHMI）的血样，探讨了先天性淋巴细胞及其类似细胞群在感染后的长期变化 | 发现疟疾感染后，先天性淋巴细胞类似细胞群的变化持续数月，且这种变化由类似稳态扩增的机制介导 | 研究仅限于坦桑尼亚的特定人群，可能限制了结果的普遍性 | 探讨疟疾感染后人体先天性淋巴细胞群的长期变化及其对后续感染和疫苗设计的影响 | 先天性淋巴细胞及其类似细胞群在疟疾感染后的变化 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序和TCR αβ链使用分析 | NA | 血液样本 | 坦桑尼亚的志愿者群体 |
| 184 | 2024-08-09 |
Early Detection of Cancer in Blood Using Single-Cell Analysis: A Proposal
2017-07, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.005
PMID:28587830
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞基因组分析血液进行癌症早期检测的潜力 | 提出了一种基于稀疏单细胞测序的拷贝数变异模式筛查方法 | 目前仅基于模拟分析，实际应用中需进一步验证 | 研究单细胞基因组分析在血液中早期检测癌症的可行性 | 单细胞基因组数据和癌症拷贝数变异模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 多个已发表的肿瘤样本 |
| 185 | 2024-08-09 |
Single-cell entropy for accurate estimation of differentiation potency from a cell's transcriptome
2017-06-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms15599
PMID:28569836
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研究论文 | 本文通过计算单细胞转录组在交互网络中的信号混杂度（熵），展示了如何准确估计单细胞的分化潜能 | 提出了一种新的方法，通过计算信号熵来更准确和稳健地估计单细胞的分化潜能，无需特征选择 | NA | 研究如何量化单细胞的分化潜能 | 单细胞的分化潜能 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | 转录组数据 | 超过7,000个单细胞 |
| 186 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions
2017-06-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.05.009
PMID:28575695
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq of Defined Subsets of Retinal Ganglion Cells
2017-05-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/55229
PMID:28570514
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研究论文 | 本文提出了一种新技术，用于在分离和测序前识别细胞的形态和功能，以便更容易地鉴定亚型特异性标记 | 该技术克服了单细胞RNA测序的许多障碍，并可能适用于非神经元细胞类型和具有微小变化的稀有细胞群体 | 需要严格的验证方法来确保聚类包含具有相同功能的细胞 | 旨在识别定义各种细胞亚群的基因表达，并研究与特定视觉功能相关的脑目标 | 视网膜神经节细胞的亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 许多单细胞的测序深度超过2000万读数 |
| 188 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Sequencing: Assessment of Differential Expression Analysis Methods
2017, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2017.00062
PMID:28588607
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研究论文 | 本文比较了四种单细胞RNA测序差异表达分析工具以及两种最初为批量RNA测序数据开发但广泛应用于单细胞数据的方法 | 探讨了单细胞差异表达分析的前景，并探索了方法在四种不同数据分布场景下的性能 | 研究结果表明难以确定最佳表现的工具，并指出需要改进单细胞RNA测序数据分析方法以提高结果的准确性 | 评估和比较单细胞RNA测序差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据分析工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个真实数据集和一个合成数据集 |
| 189 | 2024-08-09 |
ASAP: a web-based platform for the analysis and interactive visualization of single-cell RNA-seq data
2017-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btx337
PMID:28541377
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研究论文 | 本文介绍了一个名为ASAP的网络平台，用于单细胞RNA测序数据的分析和交互式可视化 | ASAP平台整合了多种常用算法和高级可视化工具，使缺乏计算专业知识的研究人员也能轻松处理和分析单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一个用户友好的网络平台，用于单细胞RNA测序数据的全面分析和可视化 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 91个鼠细胞，涉及五种不同的细胞类型 |
| 190 | 2024-08-09 |
Digital Assays Part II: Digital Protein and Cell Assays
2017-08, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/2472630317705681
PMID:28548029
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综述 | 本文是关于数字分析技术的第二部分，重点介绍了数字蛋白质和细胞分析方法 | 数字分析技术通过将样本分隔成多个容器，每个容器包含离散数量的生物实体，从而提高了核酸定量、蛋白质及其酶活性测量以及单细胞基因型和表型探测的精确度 | NA | 旨在为有兴趣将数字分析技术纳入其工作流程的科学家提供广泛的视角 | 数字酶分析、数字酶联免疫分析（ELISA）和数字细胞分析 | 生物技术 | NA | 数字分析技术 | NA | 蛋白质和细胞 | NA |
| 191 | 2024-08-09 |
Plant genetics: Spatial transcriptomics in plants
2017-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg.2017.41
PMID:28529334
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-09 |
Identification of innate lymphoid cells in single-cell RNA-Seq data
2017-07, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-017-1002-x
PMID:28534222
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研究论文 | 本文提出并验证了一种新的框架，用于使用单细胞RNA测序数据在转录组水平上研究先天淋巴细胞（ILCs） | 该框架结合了无监督聚类和基于小鼠ILC基因表达数据训练的新型细胞类型分类器，仅依赖于跨脊椎动物保守的基因，因此原则上适用于任何脊椎动物物种 | NA | 研究ILC2细胞在单细胞转录组数据中的识别及其在远缘脊椎动物物种中的保守性 | 先天淋巴细胞（ILCs）及其亚型ILC2细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类和细胞类型分类器 | 基因表达数据 | 小鼠和人类ILC基因表达数据 |
| 193 | 2024-08-09 |
Lineage Establishment and Progression within the Inner Cell Mass of the Mouse Blastocyst Requires FGFR1 and FGFR2
2017-06-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2017.05.003
PMID:28552559
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研究论文 | 本文研究了在小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中，纤维母细胞生长因子受体1（FGFR1）和FGFR2在原始内胚层（PrE）和多能外胚层（EPI）分化中的作用 | 通过单细胞分辨率的定量成像和单细胞转录组学，结合野生型和Fgf受体突变胚胎的研究，揭示了FGFR1和FGFR2在ICM细胞中的独特和加性活动 | NA | 探究FGF4信号在小鼠胚泡ICM细胞中的受体响应机制 | 小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中的FGFR1和FGFR2 | NA | NA | 单细胞分辨率定量成像，单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 534个单ICM细胞 |
| 194 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq unveils tumor microenvironment
2017-Jun, BMB reports
IF:2.9Q3
DOI:10.5483/bmbrep.2017.50.6.086
PMID:28539161
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组分析技术揭示肿瘤微环境 | 本文通过单细胞RNA测序技术，深入解析了肿瘤微环境中复杂的细胞类型和亚群 | NA | 研究肿瘤微环境的组成和功能，探索其作为抗癌靶点的潜力 | 肿瘤微环境中的细胞类型和亚群 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 195 | 2024-08-09 |
DTWscore: differential expression and cell clustering analysis for time-series single-cell RNA-seq data
2017-May-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-017-1647-3
PMID:28535748
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研究论文 | 本文介绍了一种基于动态时间规整评分（DTWscore）的算法，用于时间序列单细胞RNA测序数据中的差异表达和细胞聚类分析 | 提出了一种结合动态时间规整评分和时间序列数据的算法，用于检测单细胞RNA测序样本中的基因表达变化并恢复潜在的细胞类型 | 研究仅限于在R框架内实现和可用的方法 | 开发一种新算法，用于分析时间序列单细胞RNA测序数据中的基因表达模式和细胞类型 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 动态时间规整评分 | 时间序列数据 | 多个时间点的单细胞RNA测序数据 |
| 196 | 2024-08-09 |
Gene length and detection bias in single cell RNA sequencing protocols
2017, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.11290.1
PMID:28529717
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因长度偏差的影响，并探讨了不同测序协议对基因检测率的影响。 | 发现使用UMI的scRNA-seq协议不显示基因长度偏差，而全长转录本协议则显示出与bulk RNA-seq数据类似的基因长度偏差。 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞（mESCs）的数据集上，可能需要进一步验证其他细胞类型和物种。 | 探讨scRNA-seq技术中的基因长度偏差及其对基因检测率的影响。 | 研究对象包括不同捕获技术、文库准备、细胞类型和物种的scRNA-seq数据集。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 研究涉及四个不同的小鼠胚胎干细胞（mESCs）scRNA-seq数据集 |
| 197 | 2024-08-09 |
Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae
2017-09-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msx162
PMID:28505375
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研究论文 | 本文基于广泛的分类单元集，在系统基因组框架下提出了Amoebozoa的稳健系统发育树 | 本研究通过使用基于培养和单细胞转录组学的61个分类单元的样本，揭示了Amoebozoa的两个主要分支，并推翻了之前的研究 | NA | 探讨Amoebozoa的系统发育关系及其进化模式 | Amoebozoa的系统发育和进化 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 61个分类单元 |
| 198 | 2024-08-09 |
Computational approaches for interpreting scRNA-seq data
2017-08, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.12684
PMID:28524227
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研究论文 | 本文讨论了利用高维数据挖掘技术对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行分析的方法 | 介绍了针对scRNA-seq数据的聚类、伪时间推断、分支推断和基因水平分析等计算分析方法 | NA | 探索和描述适用于scRNA-seq数据分析的工具和技术 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 199 | 2024-08-09 |
Recruited Monocytes and Type 2 Immunity Promote Lung Regeneration following Pneumonectomy
2017-07-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.03.024
PMID:28506464
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研究论文 | 研究免疫细胞在肺再生的作用，使用单侧肺切除模型促进剩余肺叶中新肺泡的形成 | 揭示了骨髓来源的巨噬细胞通过CCL2-CCR2趋化因子轴迁移至肺部，对肺再生至关重要，并发现2型先天淋巴细胞是IL-13的来源，促进肺再生 | NA | 探讨免疫细胞在肺再生中的作用 | 肺再生过程中的免疫细胞和细胞因子 | NA | NA | 免疫荧光和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子数据 | 小鼠模型 |
| 200 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing: Unraveling the Brain One Cell at a Time
2017-06, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2017.04.006
PMID:28501348
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析中枢神经系统复杂性和动态性方面的应用 | scRNA-seq技术能够分析单个细胞的转录组，为神经系统研究提供了新的视角 | 文章提到了应用scRNA-seq技术面临的挑战，但未具体说明 | 推动对神经系统的理解，并探索神经退行性疾病的治疗新方法 | 中枢神经系统及其在神经退行性疾病中的分子机制 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单个细胞 |