单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development 2017-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003 PMID:28985528	研究论文	研究分析了人类精原干细胞发育过程中的染色质和单细胞RNA-seq数据，揭示了动态的信号传导和代谢转变	首次通过DNA甲基化和开放染色质（ATAC-seq）以及单细胞RNA-seq技术，全面分析了人类精原干细胞发育过程中的动态染色质和转录景观	研究主要集中在体外实验和数据分析，缺乏体内验证	探讨人类精原干细胞在自我更新和分化之间的平衡机制	人类精原干细胞（hSSCs）及其分化过程中的动态变化	数字病理学	NA	DNA甲基化测序，ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	基因组数据，转录组数据	涉及SSEA4 hSSCs和分化中的c-KIT精原细胞的多个样本
2	2024-12-12	Single-cell transcriptomics uncovers distinct molecular signatures of stem cells in chronic myeloid leukemia 2017-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4336 PMID:28504724	研究论文	本文开发了一种结合高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析的方法，用于研究慢性髓性白血病中的癌症干细胞	本文创新性地结合了高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析，揭示了慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	当前的单细胞RNA测序方法缺乏检测体细胞突变的灵敏度	揭示慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	慢性髓性白血病患者的癌症干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2000个慢性髓性白血病患者的癌症干细胞样本
3	2024-08-05	Proliferation Drives Aging-Related Functional Decline in a Subpopulation of the Hematopoietic Stem Cell Compartment 2017-05-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.04.074 PMID:28538171	研究论文	本文探讨了造血干细胞功能衰退的分子基础，特别是与衰老相关的细胞增殖机制	发现了一群携带p53标志的衰老造血干细胞亚群，揭示了JAK2V617F驱动的增殖与p53介导的功能衰退之间的关系	研究主要集中在老鼠模型上，可能无法完全反映人类的衰老过程	探索造血干细胞老化的分子机制	老化的造血干细胞亚群	数字病理学	与衰老相关的疾病	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	使用了一组衰老小鼠的造血干细胞
4	2024-08-05	SIDEseq: A Cell Similarity Measure Defined by Shared Identified Differentially Expressed Genes for Single-Cell RNA sequencing Data 2017-Jun, Statistics in biosciences IF:0.8Q4 DOI:10.1007/s12561-017-9194-z PMID:30774736	研究论文	本文介绍了一种新颖的相似性度量SIDEseq，用于评估单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性	SIDEseq通过整合所有DE基因列表信息，提供了一种全新的细胞相似性度量方法，能够从全局视角调查细胞间关系	研究中没有提及特定的局限性，可能未考虑全部类型的细胞异质性	探讨如何通过单细胞RNA测序数据识别细胞亚群体	人类卵巢癌scRNA测序数据和公共人类胚胎scRNA测序数据以及几个模拟数据集	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	数据集	多个数据集，包括人类卵巢癌和公共人类胚胎数据集
5	2024-08-05	STRT-seq-2i: dual-index 5' single cell and nucleus RNA-seq on an addressable microwell array 2017-11-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-16546-4 PMID:29180631	研究论文	本文介绍了一种名为STRT-seq-2i的新型单细胞RNA测序技术	STRT-seq-2i结合了可寻址的9600微孔阵列和高通量成像，具有竞争性成本的独特优势	该研究未提及对老龄化人脑样本的具体应用效果	研究旨在提高对单细胞RNA测序技术的高通量应用能力	研究对象包括新鲜的小鼠皮质细胞和冷冻的死后人类皮质核	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞 RNA 数据	使用了新鲜小鼠皮质细胞和冷冻人类皮质核的样本
6	2024-08-05	Deconstructing Olfactory Stem Cell Trajectories at Single-Cell Resolution 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.04.003 PMID:28506465	研究论文	本研究详细描述了嗅觉干细胞在产生成熟后代时的轨迹	集成单细胞RNA测序和统计分析与体内谱系追踪，揭示了嗅觉上皮中的细胞命运潜力和分支点	NA	阐明细胞命运决策和组织稳态的机制	嗅觉上皮中的嗅觉干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7	2024-08-05	Somatic Mutations Activating the mTOR Pathway in Dorsal Telencephalic Progenitors Cause a Continuum of Cortical Dysplasias 2017-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.106 PMID:29281825	研究论文	本文探讨了在背侧端脑祖细胞中激活mTOR通路的体细胞突变导致皮层发育不良的连续性。	本研究揭示了mTOR通路基因突变导致的局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症之间的连续性，并且确认了特定神经元谱系中激活mTOR的机制。	样本数量相对有限，仅涵盖66个病例，可能影响结果的普遍适用性。	研究mTOR通路突变在神经发育缺陷中的作用，特别是在皮层发育不良和半侧脑巨头症中的作用。	研究对象为局灶性皮层发育不良和半侧脑巨头症脑组织中的mTOR通路基因变异。	数字病理	NA	深度测序	小鼠模型	脑组织样本	66个病例
8	2024-08-05	Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq 2017-Dec-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.11.017 PMID:29220646	研究论文	本文提出了一种新的单核RNA测序方法，可以有效地分析成年哺乳动物大脑中的细胞类型组成和活性依赖的转录状态	创新点在于结合了蔗糖梯度纯化和液滴微流体技术，开发出无酶解和无核Sorting的高通量单核RNA-seq方法	研究未提及样本来源的具体多样性和可能的生物学变异性	研究成年哺乳动物大脑中细胞多样性及其活性依赖的转录状态	成年小鼠皮层组织中的约18,000个细胞核	数字病理学	NA	单核RNA-seq	NA	RNA数据	约18,000个细胞核
9	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reconstructs fate conversion from fibroblast to cardiomyocyte 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24454 PMID:29072293	研究论文	本研究通过单细胞转录组学重构了成纤维细胞向心肌细胞的命运转换	揭示了在成纤维细胞转化为心肌细胞过程中，细胞异质性及重编程的分子机制	重编程过程的异步特性以及细胞间的固有异质性使得传统的批量基因组技术难以研究这一过程	探索成纤维细胞向心肌细胞转化的机制及相关基因表达变化	小鼠成纤维细胞及其转化为诱导心肌细胞的过程	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
10	2024-08-05	Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease 2017-10-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aan6828 PMID:28983043	研究论文	本文概述了单细胞转录组学在健康与疾病中的应用，探讨免疫系统的复杂性	提出了利用单细胞RNA测序等最新技术推动免疫学研究的创新观点	未提及具体的实验数据或样本研究结果	研究单细胞分辨率下的免疫系统的多样性和复杂性	免疫细胞及其在健康和疾病状态下的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11	2024-08-05	The neuropeptide NMU amplifies ILC2-driven allergic lung inflammation 2017-09-21, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24029 PMID:28902842	研究论文	这篇文章探讨了神经肽NMU在ILC2驱动的过敏性肺炎症中的作用	首次揭示了NMUR1信号通路在促进ILC2炎性反应中的重要性	尚未详细阐明ILC2在维持稳态与促进炎症之间的信号转导机制	识别指引ILC2促进稳态与炎症的分子信号	小鼠肺部常驻ILC的单细胞RNA测序和刺激后的分析	数字病理学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型
12	2024-08-05	CBP/Catenin antagonists: Targeting LSCs' Achilles heel 2017-08, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2017.04.010 PMID:28479420	评论	这篇文章讨论了利用小分子特异性CBP/catenin拮抗剂靶向白血病干细胞的机制	创新点在于识别和验证了一种针对LSCs/CSCs的共同“阿基琉斯之踵”的安全有效机制	对LSCs和正常内源性造血干细胞之间关键机制的识别仍然是一个主要挑战	本文旨在研究针对白血病干细胞的治疗策略	研究对象为慢性髓细胞白血病和急性淋巴细胞白血病中的白血病干细胞	数字病理学	白血病	下一代测序，单细胞测序	NA	NA	NA
13	2024-08-05	Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4115 PMID:28360329	研究论文	本研究探讨了衰老如何影响在免疫刺激下的转录动态	发现衰老增加了细胞间的转录变异性，这是衰老的一个显著特征	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的衰老过程	揭示衰老对免疫细胞转录动态的影响	来自年轻和老年小鼠的天真和效应记忆CD4 T细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	来自两个不同物种的年轻和老年小鼠中的天真和效应记忆CD4 T细胞
14	2024-08-05	Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modelling resolves Th1/Tfh fate bifurcation in malaria 2017-Mar-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aal2192 PMID:28345074	研究论文	该研究利用单细胞转录组学和计算分析重构了小鼠血液阶段感染中的Th1和Tfh细胞的发育轨迹	研究首次在种群和单克隆水平上展示了Th1/Tfh分叉的发生，并揭示了Galectin-1在支持Th1分化中的T细胞内在作用	研究未讨论单细胞RNA测序和模型的潜在偏差或限制	阐明CD4 T细胞在疟疾感染中的分化过程和命运分叉机制	小鼠的CD4 T细胞及其向Th1和Tfh的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	NA
15	2024-08-05	Single-Cell Profiling of an In Vitro Model of Human Interneuron Development Reveals Temporal Dynamics of Cell Type Production and Maturation 2017-Mar-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.02.014 PMID:28279351	research paper	这篇文章描述了一种从人类胚胎干细胞生成皮质抑制神经元的协议，并分析了不同细胞类型的特性和成熟时间过程	文章创新性在于揭示了细胞类型的产生和成熟时间动态，模拟了体内神经元和胶质细胞的生成时间模式	文中未具体提及实验样本的多样性和研究的长期效果	研究人类抑制神经元的生成及其在神经精神疾病中的潜在应用	主要研究对象为从人类胚胎干细胞生成的皮质抑制神经元	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	表达数据	使用人类胚胎干细胞产生的皮质抑制神经元样本
16	2024-08-05	Dense and accurate whole-chromosome haplotyping of individual genomes 2017-11-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01389-4 PMID:29101320	研究论文	本文介绍了一种整合相位策略，用于对个体基因组进行密集且准确的全染色体单倍型分析	提出了一种新颖的整合相位策略，通过结合不同的测序技术实现高效的单倍型分析	缺乏对更广泛生物样本的验证，目前结果主要基于特定个体NA12878	研究旨在提高基因组分析中对单倍型信息的获取和利用	研究对象为人类基因组中的单倍型信息	数字病理学	NA	链特异性单细胞测序、PacBio数据、10X Genomics链接读测序	NA	基因组数据	使用了10个Strand-seq文库和10倍覆盖的PacBio数据或10X Genomics链接读数据
17	2024-08-05	Systematic single-cell analysis provides new insights into heterogeneity and plasticity of the pancreas 2017-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2017.06.021 PMID:28951822	综述	该综述探讨了单细胞分析在胰腺细胞类型背景下的内源性β细胞再生机制的最新文献	介绍了单细胞技术如何提供胰腺内部细胞异质性的高分子分辨率	相关信息未指明具体的研究限制	旨在系统地表征和解开所有胰腺细胞类型的转录程序	关注胰腺中不同细胞类型的再生潜力	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 单细胞质谱细胞分析, 流式细胞术	NA	NA	NA
18	2024-08-05	Building a lineage from single cells: genetic techniques for cell lineage tracking 2017-04, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.159 PMID:28111472	综述	本文讨论了细胞谱系追踪的技术	探讨了最新的外源性标记和单细胞测序方法，这些方法使得在更大规模和更多物种中进行谱系追踪成为可能	未提及具体的实验数据和案例研究	研究细胞谱系关系及其对病理状态和发育途径的影响	关注细胞谱系追踪的技术和方法	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
19	2024-08-05	Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout 2017-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4177 PMID:28099430	研究论文	本文结合了池化CRISPR筛选和单细胞RNA测序的方法	提出了一种CRISPR水滴测序（CROP-seq）方法，能够在单细胞转录组分辨率下进行池化CRISPR筛选	当前方法的提出可能仍受到现有CRISPR技术的限制	旨在促进对复杂调控机制和异质细胞群体的高通量功能解析	针对单个细胞的转录组响应与引导RNA表达进行关联	数字病理学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成千上个体细胞
20	2024-08-05	Next-generation molecular diagnosis: single-cell sequencing from bench to bedside 2017-03, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-016-2368-x PMID:27738745	综述	本综述提供了单细胞测序在基因组医学中诊断应用的现状和前景概述	该文章强调了单细胞测序在新生物标志物识别和靶向治疗中的潜力，促进了基因组医学的下一步发展	NA	简要说明单细胞测序在早期疾病检测和诊断中的应用	单细胞测序在胚前基因诊断、非侵入性产前诊断和循环肿瘤细胞分析中的使用	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA