单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals a Close Relationship between Differentiating Dopamine and Subthalamic Nucleus Neuronal Lineages 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.003 PMID:28094018	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了表达Lmx1a的鼠神经前体细胞的转录组，揭示了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的紧密关系	本文发现了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的一种紧密关系，并识别出区分这两种神经元的独特转录因子集	NA	优化帕金森病中脑修复策略的干细胞工程和移植方法	多巴胺神经元和丘脑下核神经元的分化过程	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	鼠神经前体细胞
22	2024-08-09	A Single-Cell Roadmap of Lineage Bifurcation in Human ESC Models of Embryonic Brain Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.011 PMID:28094016	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和克隆分析，揭示了人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	本文首次通过单细胞RNA测序和克隆分析，构建了人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞类型谱系树，并揭示了Wnt/β-catenin信号在控制谱系决定中的重要性	NA	研究人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞分化过程	人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯分析	转录组数据	41种不同的前体细胞、神经元和非神经细胞
23	2024-08-09	Identifying T Cell Receptors from High-Throughput Sequencing: Dealing with Promiscuity in TCRα and TCRβ Pairing 2017-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005313 PMID:28103239	研究论文	本文描述了一种算法（alphabetr），用于从高吞吐量测序数据中准确、全面且经济地恢复T细胞受体（TCR）序列，该算法考虑了CDR3α和CDR3β共享、细胞表达两个TCRα链以及多种测序错误	提出了一种新的算法alphabetr，能够处理CDR3α和CDR3β共享问题，同时考虑了细胞表达两个TCRα链和多种测序错误，并能准确估计克隆频率	目前使用的高吞吐量单细胞测序方法成本高且可能遗漏小克隆	开发一种准确、全面且经济的算法，用于从高吞吐量测序数据中恢复T细胞受体序列，以支持疫苗设计和免疫疗法	T细胞受体（TCR）序列及其在免疫反应中的作用	生物信息学	癌症, 自身免疫疾病	高吞吐量单细胞测序	算法（alphabetr）	序列数据	NA
24	2024-08-09	The nature and nurture of cell heterogeneity: accounting for macrophage gene-environment interactions with single-cell RNA-Seq 2017-01-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3445-0 PMID:28061811	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术研究巨噬细胞基因与环境相互作用的方法	引入了可编程的Polaris™微流控芯片实验室进行单细胞测序，同时进行活细胞成像并控制每个细胞的培养微环境	单细胞RNA测序在描述更高功能表型和蛋白质事件方面存在局限性	研究高度可塑性细胞如巨噬细胞的基因和环境修饰对异质性的影响及其在时间上的细胞群体动态变化	巨噬细胞的基因敲除效应及其在氧化应激反应中的旁分泌信号成分	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	基因编辑的巨噬细胞
25	2024-08-09	Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies 2017-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39921 PMID:28045081	研究论文	研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术处理人类诱导多能干细胞（iPSC）样本，探讨基因表达数据中的技术变异来源	提出了一个有效进行scRNA-seq研究的框架，并发现UMI计数并非基因表达水平的无偏估计	研究主要集中在技术变异上，未深入探讨生物学变异的其他方面	探讨scRNA-seq中的技术变异来源及其对基因表达数据的影响	人类诱导多能干细胞（iPSC）的基因表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个C1重复样本来自三个人类诱导多能干细胞（iPSC）系
26	2024-08-09	Understanding development and stem cells using single cell-based analyses of gene expression 2017-01-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.133058 PMID:28049689	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物发育和干细胞生物学中的应用及其提供的深入见解	单细胞RNA测序技术使得能够全面量化地记录细胞类型多样性和发育动态	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解发育和干细胞分子机制中的应用	哺乳动物的发育过程和干细胞生物学	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
27	2024-08-09	XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014 PMID:27989768	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和成像技术，揭示了长非编码RNA XACT和XIST在人类早期胚胎发育中的共激活和积累现象，并探讨了它们在调控X染色体活性中的作用。	发现了人类特有的调控X染色体活性的机制，并揭示了XIST RNA在早期胚胎中的非典型分布方式，以及XACT对XIST积累的影响。	NA	探讨人类早期胚胎发育中X染色体活性的调控机制。	长非编码RNA XACT和XIST在早期人类胚胎中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和成像技术	NA	RNA	早期人类胚胎和人类胚胎干细胞
28	2024-08-09	Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE 2017-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20161056 PMID:27994069	研究论文	本研究结合新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序技术，揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录如何导致IgE类别转换	本研究首次揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录在较低激活阈值下指导IgE与IgG1选择的关键生理反应	NA	探究B细胞中IL-4诱导的I转录异质性及其对IgE类别转换的调控机制	B细胞中的I转录异质性及其对IgE类别转换的影响	免疫学	过敏和哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠样本
29	2024-08-09	Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq 2017-Jan-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.13666 PMID:27903987	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性	首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态	探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点	来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	基因表达数据	307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本
30	2024-08-09	Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics 2017-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.154 PMID:27929523	research paper	本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。	inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。	NA	开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。	单个细胞的RNA测序。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
31	2024-08-09	Cancer genomics: Single-cell RNA-seq to decipher tumour architecture 2017-01, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.151 PMID:27890926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
32	2024-08-09	TRACING CO-REGULATORY NETWORK DYNAMICS IN NOISY, SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME TRAJECTORIES 2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing DOI:10.1142/9789813207813_0053 PMID:27897008	研究论文	本文介绍了一种名为SCIMITAR的框架，用于从静态单细胞转录组数据中推断进展轨迹及其相关调控	SCIMITAR通过在高维曲线中采用高斯混合的连续参数化，从数据中生成丰富的模型，突出与推断进展相关的基因表达和共表达模式	NA	探索复杂生物过程如分化和肿瘤发生的分子基础	单细胞转录组数据中的基因调控网络重构	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	高斯混合模型	转录组数据	单细胞人类胎儿神经元数据集
33	2024-08-09	Reply from Authors re: Xue-Ru Wu. Attention to Detail by Single-cell sequencing. Eur Urol 2017;71:13-4 2017-01, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2016.11.003 PMID:27842721	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
34	2024-08-09	Single-Cell Sequencing for Drug Discovery and Drug Development 2017, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/1568026617666161116145358 PMID:27848892	综述	本文综述了单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的应用现状	单细胞测序技术提供了更强大和精确的方法来分析药物对处理过的细胞和组织的影响	NA	探讨单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的潜在应用	单细胞全基因组/外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞亚硫酸氢盐测序等	基因组学	NA	NGS（下一代测序技术）	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	单细胞级别
35	2024-08-09	Genome evolution in ductal carcinoma in situ: invasion of the clones 2017-Jan, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.4840 PMID:27861897	综述	本文综述了导管原位癌（DCIS）向浸润性导管癌（IDC）进展过程中肿瘤内异质性的作用及其在诊断和治疗中的相关性	讨论了新兴技术如单细胞测序、STAR-FISH和成像质谱技术在理解DCIS演化中的潜在应用	NA	探讨DCIS向IDC进展的分子和基因组基础	导管原位癌（DCIS）及其向浸润性导管癌（IDC）的进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	NA	NA
36	2024-08-09	Pinpointing Cancer Stem Cells in Oligodendroglioma 2017-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-NB2016-149 PMID:27864226	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究低级别少突胶质瘤，识别出具有神经干细胞和祖细胞基因表达特征的细胞群体	首次通过单细胞RNA测序技术在低级别少突胶质瘤中识别出具有神经干细胞特征的癌症干细胞	NA	识别并研究少突胶质瘤中的癌症干细胞	低级别少突胶质瘤中的单个细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
37	2024-08-09	De Novo MS/MS Sequencing of Native Human Antibodies 2017-01-06, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.6b00608 PMID:27779884	研究论文	本研究展示了一种新的MS/MS抗体发现方法，该方法仅需要血清抗体，无需基因材料测序	首次证明了仅通过MS/MS技术直接从血清中纯化和测序抗体的可行性	NA	探索一种新的抗体发现方法，以简化从感染个体中获取治疗性单克隆抗体的过程	来自巨细胞病毒暴露个体的血清多克隆抗体	生物技术	NA	MS/MS	NA	血清	单个巨细胞病毒暴露个体
38	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Human T Cells 2017, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-6548-9_16 PMID:27787803	研究论文	本文描述了一种生成人类血液CD4和CD8 T细胞单细胞转录组文库的协议，并介绍了处理由此产生的序列数据以进行进一步计算分析的基本生物信息学步骤	本文采用单细胞RNA测序技术，通过转录组分析无假设地评估细胞状态和亚群，这种方法在研究T细胞时尤为重要，因为它可以识别传统表型标准无法区分的不同T细胞亚型和过渡状态	NA	研究人类T细胞如何利用细胞异质性、可塑性和多样性在动态过程中（如发育、分化和抗原反应）实现广泛的功能灵活性	人类血液中的CD4和CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
39	2024-08-09	Robust classification of single-cell transcriptome data by nonnegative matrix factorization 2017-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw607 PMID:27663498	研究论文	本文通过非负矩阵分解（NMF）方法对单细胞转录组数据进行分类，以识别细胞亚群	采用细胞中心的NMF方法，识别细胞亚型（'metacells'），而不是传统的基因中心的NMF方法	NA	研究如何通过非负矩阵分解（NMF）方法准确且稳健地识别单细胞转录组数据中的细胞亚群	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	数千个单细胞转录组
40	2024-08-09	Attention to Detail by Single-cell Sequencing 2017-01, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2016.09.005 PMID:27633437	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA