单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 41 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
The impact of microRNAs on transcriptional heterogeneity and gene co-expression across single embryonic stem cells
2017-01-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms14126
PMID:28102192
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探究microRNAs在单个胚胎干细胞中对转录异质性和基因共表达的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示microRNAs对其多个靶基因的同步调控作用，并发现不同microRNAs对转录异质性和细胞周期基因相位的相反影响 | 研究仅使用了两种microRNAs（miR-294和let-7c），且仅限于小鼠胚胎干细胞模型 | 探究microRNAs在单细胞水平如何影响转录异质性和基因共表达 | microRNA缺陷的Dgcr8敲除小鼠胚胎干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞测序，microRNA导入 | NA | 单细胞基因表达数据 | 单个胚胎干细胞群体 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
The nature and nurture of cell heterogeneity: accounting for macrophage gene-environment interactions with single-cell RNA-Seq
2017-01-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-016-3445-0
PMID:28061811
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞培养、活细胞成像和单细胞RNA测序技术，探索巨噬细胞的基因-环境相互作用 | 开发了可编程的Polaris微流控芯片，能够在控制每个细胞微环境的同时进行活细胞成像和单细胞测序 | 转录组数据在描述高级功能表型和蛋白事件方面存在局限 | 研究巨噬细胞异质性的遗传和环境决定因素 | 基因编辑的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | HIV | 单细胞RNA测序, 基因编辑, 活细胞成像 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Polaris微流控芯片 | 可编程微流控实验室芯片，集成单细胞培养、活细胞成像和单细胞测序功能 |
| 3 | 2025-10-06 |
Diversity amongst trigeminal neurons revealed by high throughput single cell sequencing
2017, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0185543
PMID:28957441
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研究论文 | 通过高通量单细胞测序揭示三叉神经节神经元的多样性 | 首次利用单细胞测序定义了三叉神经节的13个神经元亚群，发现这些亚群在背根神经节中保守存在 | 研究仅基于小鼠模型，人类三叉神经元的多样性可能有所不同 | 探索三叉神经节神经元的细胞多样性及其功能分类 | 小鼠三叉神经节神经元 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序，原位杂交 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE
2017-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20161056
PMID:27994069
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研究论文 | 本研究通过新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序揭示了B细胞中IL-4诱导的I转录异质性，阐明了早期IgE类别转换的调控机制 | 首次发现IL-4诱导的Iε和Iγ1转录异质性，揭示Iε转录具有较低激活阈值并主导早期IgE类别转换 | 研究主要基于小鼠模型，人类B细胞中的类似机制需要进一步验证 | 阐明B细胞中白细胞介素4诱导的免疫球蛋白类别转换早期选择机制 | 小鼠B细胞 | 免疫学 | 过敏和哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development
2017-01-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014
PMID:27989768
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研究论文 | 本研究揭示了人类早期胚胎发育中X染色体活性调控的新机制，发现非编码RNA XACT与XIST在活性X染色体上共同激活并积累 | 首次发现人类特异性X染色体调控机制，揭示XACT和XIST在早期胚胎中的拮抗作用，以及XIST在此时期呈现异常分散结构 | 功能研究主要在转基因小鼠细胞中进行，需在人类胚胎中进一步验证 | 探究人类早期发育过程中X染色体剂量补偿的调控机制 | 人类早期着床前胚胎和naive人类胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，成像技术 | NA | RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2024-08-07 |
shinyheatmap: Ultra fast low memory heatmap web interface for big data genomics
2017, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0176334
PMID:28493881
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研究论文 | 本文介绍了一种名为shinyheatmap的先进用户友好型热图软件套件，能够在网络浏览器中高效创建高度可定制的静态和交互式生物热图 | shinyheatmap具有低内存占用特性，特别适合于交互式可视化由于大小限制而无法在内存中计算的极大数据集。此外，它内置了高性能的web插件fastheatmap，能够快速绘制包含多达105-107行的数据集的交互式热图，显著超越了之前的热图渲染速度基准 | NA | 开发一种能够高效处理和可视化大型基因组数据集的工具 | 转录组学、代谢组学、宏基因组学等下一代测序领域产生的大数据集 | 数字病理学 | NA | 下一代测序 | NA | 数值数据 | 数据集大小可达105-107行 | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-07 |
MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity
2017-Jan-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms14306
PMID:28112173
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研究论文 | 本文介绍了一种新的实验和生物信息学框架metaSort，用于从微生物组样本中有效构建细菌基因组 | metaSort采用流式细胞术和单细胞测序方法，结合新的计算算法，从排序的迷你微生物组中高效恢复高质量基因组 | NA | 提高从复杂或新颖微生物群落中获取微生物基因组的能力 | 微生物组样本中的细菌基因组 | 生物信息学 | NA | 流式细胞术，单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 75个高质量基因组 | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-09 |
New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish
2017, Current gene therapy
IF:3.8Q2
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研究论文 | 本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用 | 探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等 | NA | 提高基因组编辑的精确性和效率 | 斑马鱼 | 功能基因组学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-09 |
Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing
2017, Parasite (Paris, France)
DOI:10.1051/parasite/2017043
PMID:29134943
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析 | 首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础 | NA | 揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系 | Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本 | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-09 |
Bioconductor workflow for single-cell RNA sequencing: Normalization, dimensionality reduction, clustering, and lineage inference
2017, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.12122.1
PMID:28868140
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研究论文 | 本文提供了一个关于单细胞RNA测序数据处理的工作流程，包括归一化、降维、聚类和细胞谱系推断的教程。 | 本文介绍了针对单细胞转录组测序数据的新方法和软件，特别是处理零膨胀和过度分散问题，以及基因和细胞水平协变量的调整。 | NA | 旨在解决单细胞转录组测序中的统计和计算挑战，并提供一个综合的工作流程。 | 以小鼠嗅上皮中的干细胞分化为例，研究细胞类型和细胞谱系。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠嗅上皮中的干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-09 |
Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns
2017, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2017/3035481
PMID:28798928
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞转录组研究检测细胞群分布模式的新工作流程 | 该工作流程使用基因共表达模块作为特征，而不是单个基因，从而可以交互式地探索细胞分布并快速解释基因特征 | NA | 旨在有效地提取基因特征，以有意义地区分细胞群 | 单细胞转录组数据中的细胞群分布模式 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 两个大型单细胞研究数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome of early embryos and cultured embryonic stem cells of cynomolgus monkeys
2017, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/sdata.2017.67
PMID:28649393
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研究论文 | 本文提供了食蟹猴早期胚胎和培养的胚胎干细胞的单细胞转录组数据集 | 首次提供了食蟹猴早期胚胎和胚胎干细胞的单细胞转录组数据，填补了灵长类动物胚胎发育研究的空白 | NA | 研究灵长类动物，包括人类的发育生物学过程 | 食蟹猴的早期胚胎细胞、原始生殖细胞和胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Single-Cell mRNA Sequencing in Cancer Research: Integrating the Genomic Fingerprint
2017, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2017.00073
PMID:28620412
|
综述 | 本文综述了单细胞mRNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展，特别是其在评估肿瘤内异质性中的应用 | scRNA-seq与DNA测序结合，能够推断基因组改变对基因表达的影响，并可靠地区分肿瘤细胞与非肿瘤细胞 | 讨论了scRNA-seq与DNA测序结合的挑战和前景 | 评估肿瘤内异质性 | 单细胞mRNA测序在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Sequencing: Assessment of Differential Expression Analysis Methods
2017, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2017.00062
PMID:28588607
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研究论文 | 本文比较了四种单细胞RNA测序差异表达分析工具以及两种最初为批量RNA测序数据开发但广泛应用于单细胞数据的方法 | 探讨了单细胞差异表达分析的前景，并探索了方法在四种不同数据分布场景下的性能 | 研究结果表明难以确定最佳表现的工具，并指出需要改进单细胞RNA测序数据分析方法以提高结果的准确性 | 评估和比较单细胞RNA测序差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据分析工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个真实数据集和一个合成数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Gene length and detection bias in single cell RNA sequencing protocols
2017, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.11290.1
PMID:28529717
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因长度偏差的影响，并探讨了不同测序协议对基因检测率的影响。 | 发现使用UMI的scRNA-seq协议不显示基因长度偏差，而全长转录本协议则显示出与bulk RNA-seq数据类似的基因长度偏差。 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞（mESCs）的数据集上，可能需要进一步验证其他细胞类型和物种。 | 探讨scRNA-seq技术中的基因长度偏差及其对基因检测率的影响。 | 研究对象包括不同捕获技术、文库准备、细胞类型和物种的scRNA-seq数据集。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 研究涉及四个不同的小鼠胚胎干细胞（mESCs）scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Transcriptomic and anatomic parcellation of 5-HT3AR expressing cortical interneuron subtypes revealed by single-cell RNA sequencing
2017-01-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms14219
PMID:28134272
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research paper | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了表达5-HT3AR的皮质中间神经元亚型的转录组和解剖分区 | 首次识别出三种主要的Htr3a-GFP+中间神经元分子类型，并揭示了它们在基因表达上的独特发育动态 | NA | 探究表达5-HT3AR的皮质中间神经元在发育过程中的多样性及其分子机制 | 表达5-HT3AR的皮质中间神经元 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Development of a facile droplet-based single-cell isolation platform for cultivation and genomic analysis in microorganisms
2017-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep41192
PMID:28112223
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研究论文 | 本文开发了一种简便的基于液滴的单细胞分离平台，用于微生物的培养和基因组分析 | 该平台集成了细胞封装、液滴检查和排序以及芯片到管的毛细管接口，通过低成本的电磁微阀控制液滴排序，简化了单细胞分析的流程 | NA | 旨在开发一种易于使用且成本低廉的单细胞分离策略，以促进单细胞分析在微生物学研究中的应用 | 微藻和酵母细胞 | 生物技术 | NA | 液滴微流控技术 | NA | DNA和RNA | 单细胞分离成功率超过90%，单细胞培养成功率80% | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization
2017, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.2888
PMID:28133571
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研究论文 | 本文研究了非负矩阵分解（NMF）方法在分析多种单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的性能 | NMF方法在分离相似群组方面比其他无监督聚类方法（如K-means和层次聚类）具有更高的准确性，并能独特地识别表达水平处于中间水平的基因 | NA | 探索NMF方法在分析单细胞RNA测序数据中的有效性 | 多种单细胞RNA测序数据集，包括小鼠造血干细胞和人类胶质母细胞瘤数据 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 多种数据集，具体样本数量未详述 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey
2017-01-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.20023
PMID:28098555
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研究论文 | 研究了捕食性真菌Arthrobotrys oligospora如何通过模拟性信息素和食物线索的气味来吸引线虫作为猎物 | 发现了一种化合物甲基3-甲基-2-丁烯酸酯（MMB），它不仅能模拟食物线索吸引线虫，还能干扰线虫的交配行为，表明MMB可能模拟了性信息素 | NA | 研究捕食者与猎物共同进化的分子基础 | 捕食性真菌Arthrobotrys oligospora及其猎物线虫 | NA | NA | 气相色谱-质谱分析 | NA | 挥发性代谢物 | 几种线虫物种 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity
2017-01-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1154-x
PMID:28100273
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |