单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-07	Diversity amongst trigeminal neurons revealed by high throughput single cell sequencing 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0185543 PMID:28957441	研究论文	本文通过单细胞测序和原位杂交技术研究了小鼠三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性，定义了十三种神经元集群	展示了功能重要基因在多个集群中的分布，表明这些遗传定义的类别在生理上可能是异质的，而非高度并行的感觉输入	NA	探索三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性及其功能分类	小鼠三叉神经节中的感觉神经元	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	十三种神经元集群
2	2024-08-07	shinyheatmap: Ultra fast low memory heatmap web interface for big data genomics 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0176334 PMID:28493881	研究论文	本文介绍了一种名为shinyheatmap的先进用户友好型热图软件套件，能够在网络浏览器中高效创建高度可定制的静态和交互式生物热图	shinyheatmap具有低内存占用特性，特别适合于交互式可视化由于大小限制而无法在内存中计算的极大数据集。此外，它内置了高性能的web插件fastheatmap，能够快速绘制包含多达105-107行的数据集的交互式热图，显著超越了之前的热图渲染速度基准	NA	开发一种能够高效处理和可视化大型基因组数据集的工具	转录组学、代谢组学、宏基因组学等下一代测序领域产生的大数据集	数字病理学	NA	下一代测序	NA	数值数据	数据集大小可达105-107行
3	2024-08-07	MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity 2017-Jan-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14306 PMID:28112173	研究论文	本文介绍了一种新的实验和生物信息学框架metaSort，用于从微生物组样本中有效构建细菌基因组	metaSort采用流式细胞术和单细胞测序方法，结合新的计算算法，从排序的迷你微生物组中高效恢复高质量基因组	NA	提高从复杂或新颖微生物群落中获取微生物基因组的能力	微生物组样本中的细菌基因组	生物信息学	NA	流式细胞术，单细胞测序	NA	基因组数据	75个高质量基因组
4	2024-08-09	New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish 2017, Current gene therapy IF:3.8Q2 DOI:10.2174/1566523217666171121164132 PMID:29173171	研究论文	本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用	探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等	NA	提高基因组编辑的精确性和效率	斑马鱼	功能基因组学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组数据	NA
5	2024-08-09	Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing 2017, Parasite (Paris, France) DOI:10.1051/parasite/2017043 PMID:29134943	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析	首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础	NA	揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系	Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本
6	2024-08-09	Bioconductor workflow for single-cell RNA sequencing: Normalization, dimensionality reduction, clustering, and lineage inference 2017, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.12122.1 PMID:28868140	研究论文	本文提供了一个关于单细胞RNA测序数据处理的工作流程，包括归一化、降维、聚类和细胞谱系推断的教程。	本文介绍了针对单细胞转录组测序数据的新方法和软件，特别是处理零膨胀和过度分散问题，以及基因和细胞水平协变量的调整。	NA	旨在解决单细胞转录组测序中的统计和计算挑战，并提供一个综合的工作流程。	以小鼠嗅上皮中的干细胞分化为例，研究细胞类型和细胞谱系。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠嗅上皮中的干细胞
7	2024-08-09	Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns 2017, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2017/3035481 PMID:28798928	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞转录组研究检测细胞群分布模式的新工作流程	该工作流程使用基因共表达模块作为特征，而不是单个基因，从而可以交互式地探索细胞分布并快速解释基因特征	NA	旨在有效地提取基因特征，以有意义地区分细胞群	单细胞转录组数据中的细胞群分布模式	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	图像	两个大型单细胞研究数据集
8	2024-08-09	Single-cell transcriptome of early embryos and cultured embryonic stem cells of cynomolgus monkeys 2017, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2017.67 PMID:28649393	研究论文	本文提供了食蟹猴早期胚胎和培养的胚胎干细胞的单细胞转录组数据集	首次提供了食蟹猴早期胚胎和胚胎干细胞的单细胞转录组数据，填补了灵长类动物胚胎发育研究的空白	NA	研究灵长类动物，包括人类的发育生物学过程	食蟹猴的早期胚胎细胞、原始生殖细胞和胚胎干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
9	2024-08-09	Single-Cell mRNA Sequencing in Cancer Research: Integrating the Genomic Fingerprint 2017, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2017.00073 PMID:28620412	综述	本文综述了单细胞mRNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展，特别是其在评估肿瘤内异质性中的应用	scRNA-seq与DNA测序结合，能够推断基因组改变对基因表达的影响，并可靠地区分肿瘤细胞与非肿瘤细胞	讨论了scRNA-seq与DNA测序结合的挑战和前景	评估肿瘤内异质性	单细胞mRNA测序在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
10	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing: Assessment of Differential Expression Analysis Methods 2017, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2017.00062 PMID:28588607	研究论文	本文比较了四种单细胞RNA测序差异表达分析工具以及两种最初为批量RNA测序数据开发但广泛应用于单细胞数据的方法	探讨了单细胞差异表达分析的前景，并探索了方法在四种不同数据分布场景下的性能	研究结果表明难以确定最佳表现的工具，并指出需要改进单细胞RNA测序数据分析方法以提高结果的准确性	评估和比较单细胞RNA测序差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据分析工具	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个真实数据集和一个合成数据集
11	2024-08-09	Gene length and detection bias in single cell RNA sequencing protocols 2017, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.11290.1 PMID:28529717	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因长度偏差的影响，并探讨了不同测序协议对基因检测率的影响。	发现使用UMI的scRNA-seq协议不显示基因长度偏差，而全长转录本协议则显示出与bulk RNA-seq数据类似的基因长度偏差。	研究主要集中在小鼠胚胎干细胞（mESCs）的数据集上，可能需要进一步验证其他细胞类型和物种。	探讨scRNA-seq技术中的基因长度偏差及其对基因检测率的影响。	研究对象包括不同捕获技术、文库准备、细胞类型和物种的scRNA-seq数据集。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	研究涉及四个不同的小鼠胚胎干细胞（mESCs）scRNA-seq数据集
12	2024-08-09	Transcriptomic and anatomic parcellation of 5-HT3AR expressing cortical interneuron subtypes revealed by single-cell RNA sequencing 2017-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14219 PMID:28134272	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了表达5-HT3AR的皮质中间神经元亚型的转录组和解剖分区	首次识别出三种主要的Htr3a-GFP+中间神经元分子类型，并揭示了它们在基因表达上的独特发育动态	NA	探究表达5-HT3AR的皮质中间神经元在发育过程中的多样性及其分子机制	表达5-HT3AR的皮质中间神经元	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
13	2024-08-09	Development of a facile droplet-based single-cell isolation platform for cultivation and genomic analysis in microorganisms 2017-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep41192 PMID:28112223	研究论文	本文开发了一种简便的基于液滴的单细胞分离平台，用于微生物的培养和基因组分析	该平台集成了细胞封装、液滴检查和排序以及芯片到管的毛细管接口，通过低成本的电磁微阀控制液滴排序，简化了单细胞分析的流程	NA	旨在开发一种易于使用且成本低廉的单细胞分离策略，以促进单细胞分析在微生物学研究中的应用	微藻和酵母细胞	生物技术	NA	液滴微流控技术	NA	DNA和RNA	单细胞分离成功率超过90%，单细胞培养成功率80%
14	2024-08-09	Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization 2017, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.2888 PMID:28133571	研究论文	本文研究了非负矩阵分解（NMF）方法在分析多种单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的性能	NMF方法在分离相似群组方面比其他无监督聚类方法（如K-means和层次聚类）具有更高的准确性，并能独特地识别表达水平处于中间水平的基因	NA	探索NMF方法在分析单细胞RNA测序数据中的有效性	多种单细胞RNA测序数据集，包括小鼠造血干细胞和人类胶质母细胞瘤数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	多种数据集，具体样本数量未详述
15	2024-08-09	The impact of microRNAs on transcriptional heterogeneity and gene co-expression across single embryonic stem cells 2017-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14126 PMID:28102192	研究论文	本研究探讨了微小RNA（microRNA）在单个胚胎干细胞中的多目标抑制作用及其对转录异质性和基因共表达的影响	首次揭示了微小RNA在单细胞水平上对多个目标基因的抑制作用及其对细胞群体转录异质性的影响	NA	研究微小RNA如何影响基因共表达和细胞命运	微小RNA在单个胚胎干细胞中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	Dgcr8敲除小鼠胚胎干细胞
16	2024-08-09	Nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey 2017-01-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20023 PMID:28098555	研究论文	研究了捕食性真菌Arthrobotrys oligospora如何通过模拟性信息素和食物线索的气味来吸引线虫作为猎物	发现了一种化合物甲基3-甲基-2-丁烯酸酯（MMB），它不仅能模拟食物线索吸引线虫，还能干扰线虫的交配行为，表明MMB可能模拟了性信息素	NA	研究捕食者与猎物共同进化的分子基础	捕食性真菌Arthrobotrys oligospora及其猎物线虫	NA	NA	气相色谱-质谱分析	NA	挥发性代谢物	几种线虫物种
17	2024-08-09	Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2017-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1154-x PMID:28100273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18	2024-08-09	Random X-chromosome inactivation dynamics in vivo by single-cell RNA sequencing 2017-01-17, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3466-8 PMID:28095777	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了雌性胚胎中随机X染色体失活（rXCI）的动态过程	本文首次在体内环境中研究了rXCI的动态过程，并确定了X染色体基因失活顺序的决定因素	NA	研究雌性哺乳动物体内随机X染色体失活的动态过程	雌性胚胎中的单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自两个遗传距离较远的鼠种自然杂交的雌性胚胎
19	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis Defines Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in the Adult Neural Stem Cell Lineage 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.060 PMID:28099854	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了成年神经干细胞（NSCs）群体的分子特征和异质性	本文发现了NSC谱系中存在的罕见中间状态，并验证了其独特的分子特征，同时识别了这些亚群NSCs的潜在表面标记和关键细胞内调控因子	NA	研究成年神经干细胞谱系的异质性和转录动力学	成年哺乳动物大脑中的神经干细胞及其分化细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
20	2024-08-09	Primary Cell Culture of Live Neurosurgically Resected Aged Adult Human Brain Cells and Single Cell Transcriptomics 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.066 PMID:28099855	研究论文	本文开发了一种基于木瓜蛋白酶辅助程序的培养系统，用于神经外科手术中切除的成人人类脑组织，并进行了单细胞转录组学分析。	首次实现了对活体成人患者脑细胞的单细胞分析，并揭示了细胞类型和患者特异性的转录层次结构。	NA	探索人类中枢神经系统疾病和药物效应，推动个性化精准医学的发展。	成人人类脑细胞及其单细胞转录组学特征。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	超过300个细胞