单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 22 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development
2016-11-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001
PMID:27840107
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析小鼠心脏发育过程中不同细胞谱系的时空基因表达程序 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了从胚胎期到出生后心脏发育的完整转录组动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，样本数量相对有限（约1200个细胞） | 揭示心脏发育过程中细胞谱系特异性的时空基因表达程序 | 小鼠心脏细胞（包括心肌细胞、内皮细胞和成纤维细胞富集细胞） | 单细胞生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约1200个小鼠心脏细胞，涵盖胚胎期9.5天到出生后21天共7个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella
2016-Nov-14, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/nmicrobiol.2016.206
PMID:27841856
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞对胞内沙门氏菌不同生长状态的极化响应机制 | 首次将细菌分裂荧光报告系统与单细胞RNA测序相结合，揭示巨噬细胞对胞内沙门氏菌生长异质性的功能响应谱系 | 研究仅限于沙门氏菌模型，未验证其他胞内病原体的类似机制 | 探究宿主细胞如何响应胞内细菌病原体生长异质性 | 感染沙门氏菌的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序, 荧光报告系统 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 单个感染沙门氏菌的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma
2016-11-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature20123
PMID:27806376
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类少突胶质细胞瘤的发育层次结构 | 首次在人类少突胶质细胞瘤中通过单细胞RNA测序无偏倚地鉴定出癌症干细胞群体 | 需要完整的系统发育树来明确遗传进化对细胞层次结构的影响 | 探索人类少突胶质细胞瘤的细胞层次结构和癌症干细胞模型 | 6个IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤样本 | 单细胞测序分析 | 少突胶质细胞瘤 | 单细胞RNA测序，拷贝数变异分析，点突变分析 | 癌症干细胞模型 | 单细胞RNA测序数据 | 4,347个单细胞来自6个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Revealing the vectors of cellular identity with single-cell genomics
2016-Nov-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3711
PMID:27824854
|
综述 | 本文探讨单细胞基因组学如何揭示细胞身份的多维特征及其计算分析方法 | 提出将细胞身份表示为'基向量'的叠加，从离散细胞类型到连续动态过渡的多维度解析 | 计算方法需克服技术噪音、数据规模等挑战，尚未实现完整的细胞身份参考图谱构建 | 构建细胞身份参考图谱并解析其分子调控机制 | 人类细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq identifies a PD-1hi ILC progenitor and defines its development pathway
2016-11-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature20105
PMID:27749818
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定出高表达PD-1的先天淋巴样细胞祖细胞并揭示其发育通路 | 首次发现PD-1高表达可作为定型ILC祖细胞的标志物，并阐明PD-1/IL-25R作为ILC2发育的早期检查点 | 研究主要基于小鼠模型，人类ILC发育路径可能存在差异 | 解析先天淋巴样细胞祖细胞的异质性、发育轨迹和信号依赖性 | 小鼠骨髓祖细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠骨髓祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA-seq
2016-11, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/ng.3678
PMID:27668657
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析克隆体细胞中的等位基因表达模式 | 首次在克隆原代小鼠成纤维细胞和新鲜分离的人类CD8 T细胞中同时分析克隆性和动态性单等位基因表达模式 | 主要关注最弱表达基因，克隆性aRME检测率极低(<1%) | 解析体细胞中随机单等位基因表达(aRME)的克隆遗传性与动态随机性 | 克隆原代小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 克隆原代小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Direct chromosome-length haplotyping by single-cell sequencing
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.209841.116
PMID:27646535
|
研究论文 | 介绍一种通过单细胞测序直接获得染色体长度单倍型的新方法 | 首次使用单细胞DNA模板链测序技术直接构建完整染色体长度的单倍型，无需世代信息或统计推断 | NA | 开发直接绘制每个亲本染色体完整单倍型的方法 | 人类HapMap个体和家系三人的基因组 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞DNA模板链测序 | NA | 基因组测序数据 | HapMap个体NA12878和家系三人 | NA | 单细胞测序 | NA | Strand-seq单细胞DNA模板链测序技术 |
| 8 | 2025-10-06 |
A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.202903.115
PMID:27558250
|
研究论文 | 开发了一种通用、经济高效且可扩展的单细胞谱系分析平台 | 整合了生物化学与计算方法，提供回顾性、成本效益高且可扩展的单细胞谱系分析解决方案 | 仅通过体外培养的细胞树进行验证，尚未在复杂体内环境中测试 | 开发改进的单细胞谱系分析方法 | 单个细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 靶向单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞谱系分析 | NA | 整合生物化学-计算流程，输入单个细胞并生成谱系树 |
| 9 | 2025-10-06 |
Characterizing polymorphic inversions in human genomes by single-cell sequencing
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.201160.115
PMID:27472961
|
研究论文 | 本研究通过单细胞链测序技术开发了一种识别和表征人类基因组中多态性倒位的新方法 | 结合单细胞DNA模板链测序(Strand-seq)与定制分析软件，首次实现了在单细胞水平高分辨率发现、定位和基因分型基因组重排 | NA | 研究人类基因组中的结构变异和基因组异质性 | 人类基因组中的多态性倒位和结构重排 | 基因组学 | NA | 单细胞DNA模板链测序(Strand-seq) | NA | 基因组测序数据 | 两名无关个体的全基因组 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 单细胞链测序(Strand-seq) |
| 10 | 2024-08-07 |
Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing
2016-11-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-016-3300-3
PMID:27881084
|
研究论文 | 本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素 | 首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性 | 实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差 | 评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性 | 三种单细胞RNA测序方法及其性能 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大规模对照实验 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas
2016-Nov-25, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20166969
PMID:27888226
|
研究论文 | 本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤 | 开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上 | NA | 评估克隆异质性对基因表达的影响 | PDGF和EGF驱动的胶质瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 288个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data
2016-11-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep37767
PMID:27883053
|
研究论文 | 本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平 | 提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性 | NA | 研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性 | 肿瘤样本的RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway
2016-11-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007
PMID:27880895
|
研究论文 | 本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用 | 首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控 | NA | 探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制 | 气道上皮祖细胞的增殖和分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-cell isolation by a modular single-cell pipette for RNA-sequencing
2016-11-29, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c6lc01241h
PMID:27841430
|
research paper | 本文报道了一种模块化单细胞移液管（mSCP），由SCP-Tip、空气置换移液管（ADP）和ADP-Tips三个模块化组件组成，可快速、方便且可靠地从细胞悬液中分离单个活细胞，并适用于单细胞转录组测序。 | mSCP通过组装含有流体动力陷阱的SCP-Tip，能够从每微升5-10个细胞的悬液中分离单细胞，并实现100%的单细胞分离效率。 | NA | 开发一种方便、快速且高效的单细胞分离方法，以满足单细胞转录组测序的需求。 | 单细胞分离技术及其在单细胞转录组测序中的应用。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 每微升5-10个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
An automated approach to prepare tissue-derived spatially barcoded RNA-sequencing libraries
2016-11-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep37137
PMID:27849009
|
研究论文 | 本文介绍了一种在机器人工作站上运行的保留转录本空间信息的自动化方法 | 该方法通过减少技术变异性和提高吞吐量，实现了比标准协议更高的效率 | NA | 开发一种稳健、可扩展且自动化的文库制备协议，以保留或推断空间上下文 | 牙龈组织活检样本的RNA序列 | 数字病理学 | 牙周病 | RNA测序 | NA | RNA | 六个牙龈组织活检样本的重复切片 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Laminin-guided highly efficient endothelial commitment from human pluripotent stem cells
2016-11-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep35680
PMID:27804979
|
研究论文 | 本文研究了从人多能干细胞（hPSCs）通过定向分化获得高度纯化的内皮祖细胞（PSC-EPCs）的方法，特别关注了细胞外基质（ECM）在分化过程中的作用。 | 使用短片段的层粘连蛋白411（LM411-E8）作为ECM，成功引导hPSCs高效分化为纯度超过95%的PSC-EPCs，无需细胞分选，并通过单细胞RNA测序分析揭示了其对细胞转录异质性的解决作用。 | NA | 探索和优化从hPSCs定向分化为内皮细胞的条件，特别是ECM的作用。 | 人多能干细胞（hPSCs）及其定向分化为内皮祖细胞（PSC-EPCs）的过程。 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Cells Respond to Distinct Nanoparticle Properties with Multiple Strategies As Revealed by Single-Cell RNA-Seq
2016-11-22, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6b05452
PMID:27788331
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了不同纳米颗粒（NP）属性对肺泡上皮细胞反应的影响 | 首次采用单细胞RNA测序技术研究不同负荷的纳米颗粒对细胞反应的独特影响 | 研究仅限于特定的纳米颗粒类型和细胞类型 | 揭示纳米颗粒属性对细胞反应和人类健康的具体影响 | 肺泡上皮细胞与不同负荷的氨基化或羧基化量子点（QDs） | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定负荷的肺泡上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Single Cell Total RNA Sequencing through Isothermal Amplification in Picoliter-Droplet Emulsion
2016-11-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.6b02581
PMID:27783484
|
研究论文 | 本文开发了一种名为“easier-seq”的新型RNA扩增方法，用于从单个细胞中逆转录和扩增总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA，以实现高效率、可重复性和准确性的转录组测序。 | 该方法通过在油中将逆转录的cDNA分子分配到1.5 × 10的65-pL反应器中，使用随机引物在每个反应器中进行等温扩增，大大简化了单细胞RNA测序的实验步骤，并减少了引入错误的机会。 | NA | 开发一种新的RNA扩增方法，以提高单细胞RNA测序的效率和质量。 | 单个细胞中的总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA。 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Predicting the functional states of human iPSC-derived neurons with single-cell RNA-seq and electrophysiology
2016-11, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/mp.2016.158
PMID:27698428
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和电生理学技术，预测人诱导多能干细胞衍生的神经元的功能状态 | 本文提出了一种多模态机器学习策略，用于识别预测单个神经元生理状态的新分子特征，无需考虑其在体外培养的时间 | 尽管电生理学是功能评估的金标准，但它通常缺乏疾病模型研究所需的扩展性 | 定义分化神经元的电生理功能状态的连续体，并探索其在体外脑疾病研究中的应用 | 人诱导多能干细胞衍生的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，电生理学 | 机器学习 | 基因表达数据，电生理数据 | 单个人神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics
2016-11, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.201646347
PMID:27682842
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学中用于轨迹推断的计算方法，并分析了这些方法的优缺点 | 提出了一种新的方法分类框架，并概述了这些方法在细胞分化中的应用 | 轨迹推断领域仍处于起步阶段，存在进一步发展的空间 | 探讨单细胞转录组学在免疫学动态过程中的应用 | 单细胞转录组学数据及其在细胞发育路径重建中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |