单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development 2016-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001 PMID:27840107	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育过程中单细胞水平的基因表达特征	揭示了特定细胞谱系在心脏发育中具有时间和空间特异性的基因程序	未提及具体的实验局限性和样本限制	探究心脏发育过程中细胞谱系特异性的基因表达动态	对来自多个时间点的小鼠心脏细胞进行分析	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1200个小鼠细胞
2	2024-08-07	Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing 2016-11-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3300-3 PMID:27881084	研究论文	本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素	首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差	评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	三种单细胞RNA测序方法及其性能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模对照实验
3	2024-08-09	Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas 2016-Nov-25, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20166969 PMID:27888226	研究论文	本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤	开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上	NA	评估克隆异质性对基因表达的影响	PDGF和EGF驱动的胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	288个单细胞
4	2024-08-09	Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data 2016-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37767 PMID:27883053	研究论文	本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平	提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性	NA	研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性	肿瘤样本的RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证
5	2024-08-09	p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway 2016-11-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007 PMID:27880895	研究论文	本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用	首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控	NA	探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制	气道上皮祖细胞的增殖和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6	2024-08-09	Single-cell isolation by a modular single-cell pipette for RNA-sequencing 2016-11-29, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c6lc01241h PMID:27841430	research paper	本文报道了一种模块化单细胞移液管（mSCP），由SCP-Tip、空气置换移液管（ADP）和ADP-Tips三个模块化组件组成，可快速、方便且可靠地从细胞悬液中分离单个活细胞，并适用于单细胞转录组测序。	mSCP通过组装含有流体动力陷阱的SCP-Tip，能够从每微升5-10个细胞的悬液中分离单细胞，并实现100%的单细胞分离效率。	NA	开发一种方便、快速且高效的单细胞分离方法，以满足单细胞转录组测序的需求。	单细胞分离技术及其在单细胞转录组测序中的应用。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	每微升5-10个细胞
7	2024-08-09	An automated approach to prepare tissue-derived spatially barcoded RNA-sequencing libraries 2016-11-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37137 PMID:27849009	研究论文	本文介绍了一种在机器人工作站上运行的保留转录本空间信息的自动化方法	该方法通过减少技术变异性和提高吞吐量，实现了比标准协议更高的效率	NA	开发一种稳健、可扩展且自动化的文库制备协议，以保留或推断空间上下文	牙龈组织活检样本的RNA序列	数字病理学	牙周病	RNA测序	NA	RNA	六个牙龈组织活检样本的重复切片
8	2024-08-09	Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella 2016-Nov-14, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/nmicrobiol.2016.206 PMID:27841856	研究论文	本文通过结合荧光报告细菌细胞分裂和单细胞RNA测序分析，研究了巨噬细胞对模型病原体沙门氏菌不同细胞内状态的反应	首次揭示了巨噬细胞在感染不同生长状态的沙门氏菌时表现出不同的功能性宿主反应状态，并展示了这些状态如何影响病原体的生长和免疫逃避	NA	探究宿主细胞如何响应细胞内病原体生长速率的异质性	巨噬细胞对沙门氏菌不同细胞内状态的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
9	2024-08-09	Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma 2016-11-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature20123 PMID:27806376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了6个IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤中的4,347个单细胞，重建了其发育程序，并推断出肿瘤细胞的分化状态与神经干细胞表达程序的关联	首次提供了单细胞分辨率下少突胶质细胞瘤细胞结构的深入分析，支持了癌症干细胞模型	需要完整的系统发育树来确定遗传进化对推断层次结构的影响	探究人类少突胶质细胞瘤中的细胞层次结构及其与发育程序的关系	IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤中的单细胞	数字病理学	神经系统肿瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	4,347个单细胞
10	2024-08-09	Revealing the vectors of cellular identity with single-cell genomics 2016-Nov-08, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3711 PMID:27824854	研究论文	本文探讨了单细胞基因组学在构建人类细胞全面图谱以及重新定义细胞身份和其分子调控机制方面的应用	利用新兴的计算分析方法，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），以数据驱动的方式揭示细胞身份的多方面特征	计算方法需要克服技术噪声、数据规模及形成新的生物学抽象概念等挑战	探索单细胞基因组学在细胞身份定义和调控机制中的应用	人类细胞的身份及其分子调控机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
11	2024-08-09	Laminin-guided highly efficient endothelial commitment from human pluripotent stem cells 2016-11-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep35680 PMID:27804979	研究论文	本文研究了从人多能干细胞（hPSCs）通过定向分化获得高度纯化的内皮祖细胞（PSC-EPCs）的方法，特别关注了细胞外基质（ECM）在分化过程中的作用。	使用短片段的层粘连蛋白411（LM411-E8）作为ECM，成功引导hPSCs高效分化为纯度超过95%的PSC-EPCs，无需细胞分选，并通过单细胞RNA测序分析揭示了其对细胞转录异质性的解决作用。	NA	探索和优化从hPSCs定向分化为内皮细胞的条件，特别是ECM的作用。	人多能干细胞（hPSCs）及其定向分化为内皮祖细胞（PSC-EPCs）的过程。	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
12	2024-08-09	Cells Respond to Distinct Nanoparticle Properties with Multiple Strategies As Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2016-11-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.6b05452 PMID:27788331	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了不同纳米颗粒（NP）属性对肺泡上皮细胞反应的影响	首次采用单细胞RNA测序技术研究不同负荷的纳米颗粒对细胞反应的独特影响	研究仅限于特定的纳米颗粒类型和细胞类型	揭示纳米颗粒属性对细胞反应和人类健康的具体影响	肺泡上皮细胞与不同负荷的氨基化或羧基化量子点（QDs）	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	特定负荷的肺泡上皮细胞
13	2024-08-09	Single Cell Total RNA Sequencing through Isothermal Amplification in Picoliter-Droplet Emulsion 2016-11-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.6b02581 PMID:27783484	研究论文	本文开发了一种名为“easier-seq”的新型RNA扩增方法，用于从单个细胞中逆转录和扩增总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA，以实现高效率、可重复性和准确性的转录组测序。	该方法通过在油中将逆转录的cDNA分子分配到1.5 × 10的65-pL反应器中，使用随机引物在每个反应器中进行等温扩增，大大简化了单细胞RNA测序的实验步骤，并减少了引入错误的机会。	NA	开发一种新的RNA扩增方法，以提高单细胞RNA测序的效率和质量。	单个细胞中的总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA。	基因组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞
14	2024-08-09	Single-cell RNA-seq identifies a PD-1hi ILC progenitor and defines its development pathway 2016-11-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature20105 PMID:27749818	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠骨髓前体细胞中的ILC前体亚群，揭示了ILC发育的不同阶段和途径	首次发现并定义了高表达PD-1的ILC前体细胞，并阐明了其在ILC2发育中的早期检查点作用	NA	探究ILC前体细胞的异质性、发育轨迹和信号依赖性	小鼠骨髓中的ILC前体细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓前体细胞
15	2024-08-09	Predicting the functional states of human iPSC-derived neurons with single-cell RNA-seq and electrophysiology 2016-11, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/mp.2016.158 PMID:27698428	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和电生理学技术，预测人诱导多能干细胞衍生的神经元的功能状态	本文提出了一种多模态机器学习策略，用于识别预测单个神经元生理状态的新分子特征，无需考虑其在体外培养的时间	尽管电生理学是功能评估的金标准，但它通常缺乏疾病模型研究所需的扩展性	定义分化神经元的电生理功能状态的连续体，并探索其在体外脑疾病研究中的应用	人诱导多能干细胞衍生的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，电生理学	机器学习	基因表达数据，电生理数据	单个人神经元
16	2024-08-09	Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA-seq 2016-11, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/ng.3678 PMID:27668657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了克隆性体细胞中的等位基因表达模式	首次详细区分了体细胞中随机单等位基因表达的克隆性和动态性模式	研究主要集中在小鼠成纤维细胞和新鲜分离的人类CD8 T细胞，可能不适用于所有体细胞类型	探讨体细胞中随机单等位基因表达的遗传模式	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞的克隆样本
17	2024-08-09	Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics 2016-11, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201646347 PMID:27682842	综述	本文综述了单细胞转录组学中用于轨迹推断的计算方法，并分析了这些方法的优缺点	提出了一种新的方法分类框架，并概述了这些方法在细胞分化中的应用	轨迹推断领域仍处于起步阶段，存在进一步发展的空间	探讨单细胞转录组学在免疫学动态过程中的应用	单细胞转录组学数据及其在细胞发育路径重建中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
18	2024-08-09	Transcriptome sequencing of HER2-positive breast cancer stem cells identifies potential prognostic marker 2016-Nov, Tumour biology : the journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine DOI:10.1007/s13277-016-5351-0 PMID:27629143	研究论文	本研究利用单细胞测序技术对HER2阳性乳腺癌干细胞进行转录组测序，并鉴定出潜在的预后标志物CA12	首次对HER2阳性乳腺癌干细胞进行单细胞转录组测序，并发现新的预后标志物CA12	研究样本仅来自两名HER2阳性患者，可能影响结果的普遍性	发现新的乳腺癌干细胞标志物，并探索其作为治疗靶点和预后标志物的潜力	HER2阳性乳腺癌干细胞及其转录组特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	两名HER2阳性患者的乳腺癌组织及其邻近正常乳腺组织
19	2024-08-09	Direct chromosome-length haplotyping by single-cell sequencing 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209841.116 PMID:27646535	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）方法，用于直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型	首次提出使用Strand-seq方法直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型，无需使用代际信息或统计推断	NA	开发一种新的方法来直接绘制每个亲本染色体的独特遗传组成	二倍体基因组的分型和家族中减数分裂重组事件的映射	基因组学	NA	单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）	NA	基因组数据	一个HapMap个体（NA12878）和一个家族三重奏
20	2024-08-09	Transition states and cell fate decisions in epigenetic landscapes 2016-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.98 PMID:27616569	research paper	本文探讨了Waddington的表观遗传景观在细胞命运决定中的应用，并提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点	提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点，与传统的连续性进展观点不同	NA	探讨表观遗传景观在细胞命运决定中的应用	细胞命运转换的机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA