单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder 2016-10-04, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.11803 PMID:27602771	研究论文	本研究对膀胱鳞状细胞癌中的转录异质性进行了单细胞分析	首次通过单细胞RNA测序揭示了膀胱鳞状细胞癌中细胞表达的异质性及其潜在机制	本研究主要集中在膀胱鳞状细胞癌中，可能不适用于其他癌症类型	探索膀胱鳞状细胞癌的细胞功能异质性及其机制	人类膀胱鳞状细胞癌及相应的生理正常上皮	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	单细胞样本，具体样本数量未提及
2	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Developing and Regenerating Spiral Ganglion Neurons 2016-Oct, Current pharmacology reports DOI:10.1007/s40495-016-0064-z PMID:28758056	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生过程	利用Fludigm C1工作流程或Drop-seq技术进行单细胞转录组测序，揭示细胞间的变异性，并通过伪时间排序描述分化轨迹	NA	开发新的策略以指导高效的SGN再生	耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
3	2024-08-09	A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments 2016-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1077-y PMID:27782827	研究论文	本文提出了一种新的统计方法，用于在存在不同表达状态的情况下，表征生物条件内和之间的表达差异	该方法能够检测到比均值偏移更复杂的基因表达分布的细微差异，并能表征这些差异	NA	旨在量化细胞异质性，并表征在不同生物条件下的表达差异	单细胞RNA测序实验中的基因表达差异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	基因表达数据	NA
4	2024-08-09	Massive and parallel expression profiling using microarrayed single-cell sequencing 2016-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms13182 PMID:27739429	研究论文	本文介绍了一种名为MASC-seq的新技术，该技术通过微阵列基础的条形码技术实现单细胞表达模式的并行大规模分析	MASC-seq技术能够在低成本（0.13美元/细胞）下实现高吞吐量和稳健性的单细胞分析，比商业系统成本低两个数量级	NA	加速对微妙克隆动态的研究，并提供对疾病发展和其它生物过程的关键见解	单细胞转录组	NA	NA	微阵列技术	NA	转录组数据	每天可分析数千个单细胞
5	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Human Pancreatic Islets-New Kids on the Block 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.09.012 PMID:27732832	研究论文	本文报道了从非糖尿病和2型糖尿病供体中分离出的单个胰腺细胞的转录组	首次对人类胰腺胰岛的单细胞进行RNA测序，提供了对胰岛转录组的深入了解	NA	探索人类胰腺胰岛中单个细胞的转录组	非糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺细胞	基因组学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
6	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.09.002 PMID:27693023	研究论文	本文开发了一种自动化平台，利用FACS、机器人技术和CEL-Seq2协议，从已故器官捐赠者的胰腺中获取数千个单细胞的转录组，实现了胰腺主要细胞类型的虚拟纯化。	本文首次通过单细胞转录组学方法，对人类胰腺的细胞类型及其标记基因进行了全面的分析，揭示了细胞类型特异的转录因子及亚群。	NA	深入理解胰腺生物学和糖尿病的病理生理学。	人类胰腺的细胞类型及其标记基因。	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组	数千个单胰腺细胞
7	2024-08-09	Je, a versatile suite to handle multiplexed NGS libraries with unique molecular identifiers 2016-Oct-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1284-2 PMID:27717304	研究论文	本文介绍了Je工具套件，用于处理带有唯一分子标识符（UMI）的多种NGS文库，支持复杂的条码策略，提取UMI并过滤考虑UMI的读取重复	Je工具套件能够处理复杂的条码配置，提取UMI并过滤读取重复，这在现有工具中是不支持的	NA	开发一个能够处理复杂条码策略的工具套件，以提高NGS数据分析的准确性	带有UMI的多种NGS文库	生物信息学	NA	NGS	NA	序列数据	使用公开可用的scRNA-seq和iCLIP数据进行验证
8	2024-08-09	Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 2016-Oct-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.09.027 PMID:27716510	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人鼠胚胎腹侧中脑发育的分子多样性，并开发了一种评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	发现了25种分子定义的人类细胞类型，包括五种子类型的放射状胶质样细胞和四种前体细胞，以及在鼠中两种成熟的胎儿多巴胺能神经元亚型在成年后分化为五种类别。此外，开发了一种在单细胞水平上定量评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	NA	理解人类胚胎腹侧中脑发育，特别是与帕金森病相关的细胞类型和基因表达动态	人类和鼠的胚胎腹侧中脑发育，以及人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元	NA	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠的胚胎腹侧中脑细胞
9	2024-08-09	Out of Many, One: Computational Reconstruction of Mouse Skin using Single-Cell Transcriptomics 2016-10-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.009 PMID:27716520	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术对小鼠皮肤进行计算重建	揭示了不同皮肤区域转录程序的空间和伪时间差异，以及皮肤干细胞群体中的共同基础程序	NA	全面重建哺乳动物皮肤的复杂性	小鼠皮肤及其干细胞群体	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
10	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.011 PMID:27667365	研究论文	本文采用基于液滴的单细胞RNA测序方法，分析了来自四个人类供体和两种小鼠品系的超过12,000个胰腺细胞的转录组	首次详细描绘了人类和小鼠胰腺的单细胞转录组图谱，揭示了细胞间和细胞内的群体结构	NA	揭示胰腺中不同细胞类型的复杂相互作用及其基因表达模式	人类和小鼠的胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12,000个胰腺细胞
11	2024-08-09	Protein C receptor (PROCR) is a negative regulator of Th17 pathogenicity 2016-10-17, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20151118 PMID:27670590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析病原性与非病原性Th17细胞，发现蛋白C受体（PROCR）作为Th17细胞表面分子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	首次揭示PROCR作为Th17细胞的负调控因子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	NA	探讨蛋白C受体（PROCR）在Th17细胞分化和病原性中的作用	Th17细胞及其在自身免疫疾病中的作用	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	病原性与非病原性Th17细胞
12	2024-08-09	RNA Sequencing of Single Human Islet Cells Reveals Type 2 Diabetes Genes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.018 PMID:27667665	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了1,492个人类胰腺α、β、δ和PP细胞的转录组，以揭示2型糖尿病相关的基因	本研究发现的245个在2型糖尿病中表达失调的基因中，92%的基因此前未与胰岛细胞功能或生长相关联	NA	揭示2型糖尿病相关的基因	人类胰腺α、β、δ和PP细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1,492个细胞
13	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.020 PMID:27667667	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对健康和2型糖尿病患者的胰腺胰岛细胞进行了详细的转录特征分析	首次对人类胰腺胰岛中的各种内分泌和外分泌细胞类型进行了全面的基因表达程序定义，包括罕见的δ、γ、ε细胞和星形细胞	NA	研究胰腺胰岛细胞在健康和2型糖尿病状态下的转录特征	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	数千个来自健康和2型糖尿病捐赠者的胰腺胰岛细胞
14	2024-08-09	scphaser: haplotype inference using single-cell RNA-seq data 2016-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw484 PMID:27497440	研究论文	本文介绍了scphaser，一个用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断单倍型的R包	scphaser能够有效地重建已知单倍型，并能推断罕见和新生变异以及基因内相距较远的变异	NA	利用单细胞RNA测序数据推断单倍型，以模拟遗传变异对二倍体生物表型的影响	单细胞RNA测序数据中的单倍型推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和小鼠的基因
15	2024-08-09	End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207902.116 PMID:27470110	研究论文	本文介绍了End Sequence Analysis Toolkit (ESAT)，该工具能够从单细胞RNA-seq数据中提取更多信息	ESAT能够检测到传统计算方法无法识别的LPS刺激下3'-isoform的缩短，并能识别出复杂的细胞类型和激素分泌与血管化的相互作用	NA	开发一种新的计算工具，用于分析RNA-seq数据中的转录末端信息	单细胞和批量RNA-seq数据	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	1000个单个胰腺胰岛细胞的cDNA文库
16	2024-08-09	Single-cell analyses of X Chromosome inactivation dynamics and pluripotency during differentiation 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.201954.115 PMID:27486082	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，系统分析了小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	首次揭示了X染色体失活状态在不同发育阶段的显著变异性，并发现了与女性胚胎干细胞延迟进展相关的新通路	NA	探讨胚胎发育过程中多能性、分化和X染色体失活之间的关系及其机制	小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
17	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of the Human Endocrine Pancreas 2016-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db16-0405 PMID:27364731	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对来自不同年龄和糖尿病类型的捐献者的人类内分泌胰腺进行分析	首次展示了糖尿病患者α-和β-细胞的表达特征与儿童相似，表明存在部分去分化过程，并发现Sonic hedgehog信号通路在人类α-细胞增殖中的激活	NA	揭示人类内分泌胰腺细胞的异质性并检测稀有细胞状态	人类胰腺胰岛中的多种内分泌细胞类型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个死亡器官捐献者的胰岛，包括儿童、健康成年人和1型或2型糖尿病患者