单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-07	Single-cell analysis of mixed-lineage states leading to a binary cell fate choice 2016-09-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19348 PMID:27580035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合新的分析工具，揭示了在小鼠中导致中性粒细胞或巨噬细胞分化的基因组和调控状态	本文引入了一种新的分析工具——迭代聚类和指导基因选择，并结合克隆形成实验，揭示了混合谱系中间状态及其动态不稳定性	NA	阐明细胞分化的层次状态，包括稀有的中间状态和调控基因网络	造血多能祖细胞和双潜能中间体的混合谱系基因表达模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
2	2024-08-07	The tubulin repertoire of C. elegans sensory neurons and its context-dependent role in process outgrowth 2016-Sep-21, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E16-06-0473 PMID:27654945	研究论文	研究了秀丽隐杆线虫感觉神经元的微管蛋白组合及其在过程生长中的上下文依赖作用	通过单细胞RNA测序，比较了触觉感受器神经元与其他两种感觉神经元的转录谱，发现每种感觉神经元表达独特的微管蛋白基因组合，并展示了这些微管蛋白在细胞类型和实验环境中的功能冗余性和特异性	NA	探讨微管蛋白异构体是否具有冗余性或执行特异性功能	秀丽隐杆线虫的触觉感受器神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种感觉神经元类型
3	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in A-to-I RNA editome during early human embryogenesis 2016-Sep-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3115-2 PMID:27687780	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑组的动力学变化	首次揭示了人类早期胚胎发育中A-to-I RNA编辑活动的动态变化及其阶段特异性	NA	探究人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑活动的变化	人类早期胚胎从卵母细胞到桑葚胚阶段的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	68个单细胞，来自29个人类胚胎
4	2024-08-09	Single-cell SNP analyses and interpretations based on RNA-Seq data for colon cancer research 2016-Sep-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep34420 PMID:27677461	研究论文	本研究利用单细胞和批量结肠癌样本的RNA-Seq数据进行单细胞SNP分析，并探讨了与结肠癌相关通路的SNP富集模式及基因表达	本研究不仅重现了批量样本的SNP分析结果，还检测了细胞间和细胞与批量样本间的变异，有助于早期诊断和识别单细胞水平上癌症的确切机制	由于获取、扩增和分析单细胞遗传材料的困难，单细胞多样性评估如单核苷酸多态性（SNP）分析仍存在障碍	探索单细胞水平上的SNP分析在结肠癌研究中的应用	结肠癌样本的单细胞和批量RNA-Seq数据	数字病理学	结肠癌	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	单细胞和批量结肠癌样本
5	2024-08-09	Identifying and removing the cell-cycle effect from single-cell RNA-Sequencing data 2016-Sep-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep33892 PMID:27670849	研究论文	本文介绍了一种名为ccRemover的新方法，用于识别并去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	ccRemover方法能够可靠地识别细胞周期效应并将其去除，同时保留数据中其他感兴趣的生物信号	NA	开发一种有效的方法来去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应，以提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用模拟数据和三个真实的单细胞RNA测序数据集进行验证
6	2024-08-09	The Homeobox Transcription Factor RHOX10 Drives Mouse Spermatogonial Stem Cell Establishment 2016-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.090 PMID:27681428	研究论文	本文报道了转录因子RHOX10在鼠精子干细胞（SSCs）初始建立中的关键作用	首次识别出X连锁同源异型盒基因Rhox10在SSCs初始生成中的作用，揭示了X连锁基因簇进化的意义及影响成体干细胞生成的调控机制	NA	探究成体干细胞的发育起源，特别是精子干细胞的初始建立	鼠精子干细胞（SSCs）及转录因子RHOX10的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括Rhox10在内的33个基因的X连锁同源异型盒基因簇的条件性缺失实验
7	2024-08-09	MERVL/Zscan4 Network Activation Results in Transient Genome-wide DNA Demethylation of mESCs 2016-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.087 PMID:27681430	研究论文	本文研究了小鼠胚胎干细胞中MERVL/Zscan4网络激活导致的短暂全基因组DNA去甲基化现象	首次详细描述了MERVL/Zscan4状态下的单细胞转录组动态变化及其对全基因组DNA甲基化和染色质可及性的影响	NA	探讨MERVL/Zscan4网络激活对小鼠胚胎干细胞全基因组DNA甲基化的影响	小鼠胚胎干细胞中的MERVL/Zscan4网络及其对DNA甲基化的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8	2024-08-09	Differences and similarities between human and chimpanzee neural progenitors during cerebral cortex development 2016-09-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.18683 PMID:27669147	研究论文	本文通过分析人类和黑猩猩的脑类器官，使用免疫荧光组织化学、活体成像和单细胞转录组学方法，探讨了大脑皮层发育过程中神经前体细胞的差异和相似性。	发现人类和黑猩猩的细胞类型组成和神经发生基因表达程序非常相似，但在活体成像中观察到人类顶端前体细胞有丝分裂前期-中期的延长。	NA	研究人类和黑猩猩大脑皮层发育过程中神经前体细胞的差异和相似性。	人类和黑猩猩的神经前体细胞。	神经科学	NA	免疫荧光组织化学、活体成像、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	人类和黑猩猩的脑类器官样本
9	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos 2016-Sep-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.08.009 PMID:27662094	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals that Differentiation and Spatial Signatures Shape Epidermal and Hair Follicle Heterogeneity 2016-09-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.010 PMID:27641957	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠休止期表皮细胞异质性的转录调控机制	本研究首次在单细胞水平上重建了表皮分化和毛囊近端-远端轴的基因表达程序，并展示了干细胞区室的异质性如何反映这一模型	NA	探讨小鼠表皮及其毛囊细胞异质性的转录调控机制	小鼠休止期表皮及其毛囊细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	1,422个单细胞转录组
11	2024-08-09	High-throughput single-cell gene-expression profiling with multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization 2016-09-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1612826113 PMID:27625426	研究论文	本文报道了通过改进多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术，大幅提高单细胞基因表达分析的通量	通过使用化学切割代替光漂白去除荧光信号、扩大成像视野和采用多色成像等方法，将MERFISH的通量提高了两个数量级	NA	提高基于图像的单细胞转录组学方法的通量	人类细胞的RNA表达	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	超过100,000个人类细胞，单次测量最多可达40,000个细胞
12	2024-08-09	nbCNV: a multi-constrained optimization model for discovering copy number variants in single-cell sequencing data 2016-Sep-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1239-7 PMID:27639558	研究论文	本文开发了一种基于读取深度的方法nbCNV，用于检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	nbCNV方法利用稀疏性和平滑性两个约束条件，假设读取信号呈负二项分布，将CNV检测问题转化为二次优化问题，并通过基于经典交替方向最小化方法的有效数值解决方案来解决	NA	开发一种新的方法来检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	单细胞测序数据中的拷贝数变异	生物信息学	NA	单细胞测序	二次优化模型	测序数据	NA
13	2024-08-09	Single-cell transcriptome and epigenomic reprogramming of cardiomyocyte-derived cardiac progenitor cells 2016-09-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2016.79 PMID:27622691	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析数据，研究了心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组重编程机制	首次详细描述了mCPCs的表观基因组重编程过程，并展示了其与转录组变化的相关性	NA	理解心肌细胞表观基因组重编程机制，为未来临床治疗设计提供基础	心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组和转录组变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析	NA	转录组数据，甲基化数据	小鼠mCPCs样本
14	2024-08-09	CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data 2016-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1175-6 PMID:27620863	研究论文	介绍了一个名为CellTree的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞群体的层次结构	采用基于文档分析技术的新颖统计方法，生成树结构以展示单细胞样本间的层次关系，并识别潜在的基因组，提供生物学见解	NA	开发一种工具，帮助实验人员基于统计和生物学上合理的算法有效探索和可视化单细胞RNA数据	单细胞RNA测序数据中的细胞群体结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15	2024-08-09	Advanced Technologies Lead iNto New Reprogramming Routes 2016-09-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.08.014 PMID:27588744	研究论文	两篇最新论文探讨了诱导神经元（iNs）重编程过程中转录动态和表观遗传重塑的新见解	应用单细胞转录组学和基因编辑技术来识别早期iN诱导的途径和绕行路径	NA	探索诱导神经元重编程过程中的转录动态和表观遗传重塑	诱导神经元的重编程过程	NA	NA	单细胞转录组学和基因编辑	NA	转录组数据	NA
16	2024-08-09	Zika Virus Disrupts Phospho-TBK1 Localization and Mitosis in Human Neuroepithelial Stem Cells and Radial Glia 2016-09-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.038 PMID:27568284	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了寨卡病毒（ZIKV）感染人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）对神经发育的影响	首次揭示了ZIKV感染导致磷酸化TBK1在细胞分裂期间重新定位和细胞死亡的机制，并发现核苷类似物能抑制ZIKV复制，保护细胞免受ZIKV诱导的pTBK1重新定位和细胞死亡	NA	揭示寨卡病毒感染相关的神经发育缺陷的细胞和分子机制及其潜在治疗方法	人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）	NA	神经发育缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
17	2024-08-09	A developmental coordinate of pluripotency among mice, monkeys and humans 2016-09-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19096 PMID:27556940	研究论文	本文通过全面的单细胞RNA测序研究了猕猴（Macaca fascicularis）的植入前和植入后胚胎外胚层（EPI）发育过程，探讨了人类和灵长类多能性的发生机制	发现了猕猴EPI在植入后经历主要转录组变化，并稳定维持其转录组超过一周，同时保留独特的多能性基因集并获得'神经分化'特性	NA	探索人类和灵长类多能性的发生机制	猕猴的植入前和植入后胚胎外胚层发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
18	2024-08-09	C. elegans Stress-Induced Sleep Emerges from the Collective Action of Multiple Neuropeptides 2016-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2016.07.048 PMID:27546573	研究论文	本文研究了秀丽隐杆线虫（C. elegans）中细胞应激诱导睡眠的遗传机制，发现多个神经肽的集体作用是这一过程的关键	首次系统研究了秀丽隐杆线虫中四种高度富集的神经肽在应激诱导睡眠中的作用，并发现这些神经肽通过集体作用控制睡眠	文章未详细讨论这些神经肽在其他生物或更复杂生物中的作用	探究秀丽隐杆线虫中应激诱导睡眠的遗传基础及其神经肽的调控机制	秀丽隐杆线虫中的神经肽及其在应激诱导睡眠中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及四种神经肽及其突变体和过表达研究
19	2024-08-09	Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in human and mouse early embryos based on single-cell transcriptome data 2016-Sep-20, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.11304 PMID:27542205	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据对人和小鼠早期胚胎中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析	首次展示了lncRNA在人类早期胚胎发育中的动态和功能，特别是在受精和胚胎正常发育中的作用	研究主要基于公共的单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	探讨lncRNA在人类早期胚胎发育中的分子机制	人和小鼠早期胚胎中的lncRNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
20	2024-08-09	Single-Cell RNAseq Reveals That Pancreatic β-Cells From Very Old Male Mice Have a Young Gene Signature 2016-09, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2016-1235 PMID:27466694	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了老年小鼠胰腺β细胞的基因表达特征，发现其与年轻小鼠的β细胞基因表达特征相似	发现老年小鼠的胰腺β细胞功能随年龄增长而改善，这与通常认为的衰老导致功能下降的观点相反	研究仅限于雄性小鼠，且样本量较小	探讨年龄增长如何通过基因表达变化影响胰腺β细胞功能	3个月和26个月大的小鼠胰腺β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个月和26个月大的小鼠各若干只