单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons 2016-08-26, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad7038 PMID:27471252	研究论文	本文介绍了一种新方法Div-Seq，用于揭示稀有成人新生神经元的动态过程	本文创新性地结合了可扩展的单核RNA测序与脉冲标记增殖细胞的方法	目前对每个阶段的标记物仍然有限	研究成人神经发生中的稀有动态过程	主要研究对象为成人海马区和脊髓中的新生神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
2	2024-08-07	Single cell dual adherent-suspension co-culture micro-environment for studying tumor-stromal interactions with functionally selected cancer stem-like cells 2016-08-07, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c6lc00062b PMID:27381658	研究论文	本文介绍了一种单细胞双粘附-悬浮共培养微环境装置，用于研究肿瘤-基质相互作用中的功能选择性癌症干细胞样细胞	提出了一种结合悬浮环境和粘附环境的共培养装置，通过在凹形微孔中选择性图案化聚HEMA，实现了单细胞肿瘤球形成和基质细胞共培养	NA	研究肿瘤-基质相互作用对功能选择性癌症干细胞样细胞的影响	乳腺癌细胞T47D和癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	少于100个细胞
3	2024-08-09	Disentangling neural cell diversity using single-cell transcriptomics 2016-08-26, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4366 PMID:27571192	研究论文	本文提供了一个关于使用单细胞基因表达谱技术对神经细胞类型进行分类的概念性和实践性指南	利用高吞吐量的单细胞RNA测序和多重定量RT-PCR技术，系统地将单个神经元分类为具有相似分子特性的组	NA	系统地分类所有哺乳动物神经元，以解构神经系统为其基本组成部分	哺乳动物神经系统中的神经元多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百万到数十亿个神经元
4	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals distinct injury responses in different types of DRG sensory neurons 2016-08-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep31851 PMID:27558660	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了在坐骨神经切断（SNT）后3天的非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）在控制和损伤条件下的反应	发现了与神经元发育、蛋白质翻译和细胞质运输相关的新的再生相关基因（RAGs），并揭示了不同类型DRG感觉神经元在单个神经元水平上对损伤的独特和持续的转录组反应	NA	研究外周神经损伤后感觉神经元的不同损伤反应	非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5	2024-08-09	Comprehensive Classification of Retinal Bipolar Neurons by Single-Cell Transcriptomics 2016-Aug-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.07.054 PMID:27565351	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序和优化的计算方法，对小鼠视网膜双极细胞进行了全面的分子分类	本文发现了两种新的双极细胞类型，其中一种具有非典型的形态和位置	NA	解决生成全面、与传统分类方案协调且无多余细分真实类型的分类学挑战	小鼠视网膜双极细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约25,000个双极细胞
6	2024-08-09	Detection of high variability in gene expression from single-cell RNA-seq profiling 2016-08-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-2897-6 PMID:27556924	研究论文	本文开发了一种基因表达变异模型（GEVM），利用变异系数（CV）与平均表达水平之间的关系来处理单细胞数据的过度分散，并量化可变表达基因（VEGs）的统计显著性	提出了一个基因表达变异模型（GEVM），用于识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因，并通过模拟和真实数据验证了其鲁棒性	NA	开发一种基因表达变异模型，以识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因表达变异模型（GEVM）	单细胞RNA测序数据	不同数量的细胞和变异水平的模拟数据，以及两个使用不同单细胞协议的真实scRNA-seq数据集
7	2024-08-09	Single-cell RNAseq reveals cell adhesion molecule profiles in electrophysiologically defined neurons 2016-08-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1610155113 PMID:27531958	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了电生理定义的中间神经元和投射神经元中细胞粘附分子的表达谱	本文首次识别了两个独立、发育调控的相互作用基因网络，这些基因编码细胞粘附、胞吐和信号转导相关的分子	本文未详细讨论这些基因网络在神经元连接特异性中的具体作用机制	揭示神经元连接的分子逻辑	中间神经元和投射神经元中的细胞粘附分子	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确具体数量
8	2024-08-09	The Spectrum and Regulatory Landscape of Intestinal Innate Lymphoid Cells Are Shaped by the Microbiome 2016-Aug-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.07.043 PMID:27545347	研究论文	本研究通过结合全基因组RNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq技术，分析了小肠固有淋巴细胞（ILCs）的转录和表观遗传特征，揭示了ILCs的多种基因表达谱和调控元件，并探讨了微生物组对其调控景观的影响。	首次全面揭示了小肠ILCs的转录身份谱，并阐明了微生物组对ILCs调控景观的影响。	NA	研究小肠固有淋巴细胞的转录身份谱及其与微生物组的关系。	小肠固有淋巴细胞（ILCs）及其与微生物组的相互作用。	免疫学	NA	RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术和质谱细胞术	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	数千个不同的基因表达谱和调控元件
9	2024-08-09	FastProject: a tool for low-dimensional analysis of single-cell RNA-Seq data 2016-Aug-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1176-5 PMID:27553427	研究论文	介绍了一种名为FastProject的软件工具，用于单细胞RNA-Seq数据的低维分析和可视化	FastProject提供了一种新的方法来对每个细胞进行基因签名评分，以最小化遗漏转录本的影响，并提供了一种方法来排序签名-投影配对，以便快速识别有意义的关联	在分析单细胞数据时，细胞之间的关系可能会被技术混杂因素（如基因捕获率的变异）所掩盖	开发一种工具，帮助分析和解释单细胞RNA-Seq数据，并提供生物学相关的低维数据可视化	单细胞RNA-Seq数据	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达矩阵	单细胞数据
10	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals novel regulators of human embryonic stem cell differentiation to definitive endoderm 2016-08-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1033-x PMID:27534536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类胚胎干细胞衍生的谱系特异性前体细胞的转录组，揭示了决定性内胚层分化的关键时间窗口和分子机制	本文开发了两种新的统计工具SCPattern和Wave-Crest，用于识别阶段特异性基因和重构分化轨迹，并验证了KLF8在调节中内胚层向决定性内胚层分化中的关键作用	NA	研究人类胚胎干细胞分化为决定性内胚层的细胞和分子机制	人类胚胎干细胞及其衍生的谱系特异性前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1776个细胞
11	2024-08-09	A single-cell resolution map of mouse hematopoietic stem and progenitor cell differentiation 2016-08-25, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2016-05-716480 PMID:27365425	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对超过1600个单个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）进行了分析，以揭示HSPC分化过程中的动态分子变化。	首次展示了单细胞分辨率的HSPC分化图谱，并开发了一个直观的网络界面作为社区资源，用于可视化任何选定基因在HSPCs中的单细胞分辨率表达。	NA	探索造血干细胞和祖细胞分化过程中的细胞命运决策和分子变化。	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化过程。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1600个单个HSPCs
12	2024-08-09	De Novo Prediction of Stem Cell Identity using Single-Cell Transcriptome Data 2016-08-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.05.010 PMID:27345837	研究论文	本文介绍了一种从单细胞转录组数据中推导出谱系树并识别干细胞的计算方法	提出了StemID算法，用于从所有可检测的细胞类型中识别干细胞	NA	开发一种新的计算方法来预测和识别干细胞	成人有丝分裂组织中的干细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	StemID算法	转录组数据	涉及小肠中的Lgr5+细胞和骨髓中的造血干细胞
13	2024-08-09	Genetic screens to study the immune system in cancer 2016-08, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2016.05.007 PMID:27309352	研究论文	本文利用RNA干扰和CRISPR/Cas9技术，系统地发现调控免疫细胞与肿瘤细胞相互作用关键通路的基因	本文通过体内筛选方法，识别限制抗肿瘤免疫效果的基因，并结合单细胞RNA测序实验，定义功能不同的免疫细胞亚群之间的差异表达基因	NA	研究免疫系统在癌症中的作用	免疫细胞与肿瘤细胞相互作用的基因调控	数字病理学	癌症	RNA干扰, CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
14	2024-08-09	Quality control of single-cell RNA-seq by SinQC 2016-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw176 PMID:27153613	research paper	本文介绍了一种名为SinQC的方法和软件工具，用于检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中的技术伪影	SinQC通过整合基因表达模式和数据质量信息来检测技术伪影，提高了scRNA-seq数据质量控制的效率	NA	开发和验证一种用于检测scRNA-seq样本中技术伪影的方法和软件工具	scRNA-seq样本中的技术伪影	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	九个不同的scRNA-seq数据集
15	2024-08-09	Copy number variants calling for single cell sequencing data by multi-constrained optimization 2016-08, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2016.02.007 PMID:26923213	研究论文	本文提出了一种基于多约束优化的单细胞测序数据拷贝数变异检测方法	通过将拷贝数变异检测问题转化为包含泊松分布噪声的二次优化问题，并引入稀疏性和平滑性约束，提高了单细胞测序数据中拷贝数变异模式的准确性	NA	开发一种新的方法来准确检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	单细胞测序数据中的拷贝数变异	生物信息学	NA	单细胞测序	ADMM	测序数据	合成数据和实际单细胞测序数据
16	2024-08-09	Miniaturization Technologies for Efficient Single-Cell Library Preparation for Next-Generation Sequencing 2016-08, Journal of laboratory automation DOI:10.1177/2211068216630741 PMID:26891732	研究论文	本文应用新技术缩小了单细胞文库制备的反应体积，以降低下一代测序的成本	开发了一种新的流程，通过减少反应体积至2 µL和使用低至20 pg的输入cDNA，实现了高效且成本效益高的单细胞转录组测序	NA	降低单细胞RNA分析等高吞吐量应用中下一代测序的文库制备成本	体外分化的人胚胎干细胞，代表胰腺分化的两个阶段	数字病理学	NA	下一代测序	NA	RNA	多个生物学和技术重复