单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Resolving early mesoderm diversification through single-cell expression profiling 2016-07-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature18633 PMID:27383781	研究论文	本研究通过单细胞表达分析解决了早期中胚层的多样化问题	首次通过单细胞RNA测序提供了哺乳动物胚胎发育中早期中胚层形成的转录组全景视图	研究中未明确细胞类型特异性转录因子的功能	探索小鼠胚胎中中胚层形成的分子机制	分析小鼠胚胎中来自胚胎上胚层和新生Flk1(+)中胚层的1,205个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,205个细胞
2	2024-08-09	Embryo genome profiling by single-cell sequencing for successful preimplantation genetic diagnosis in a family harboring COL4A1 c.1537G>A; p.G513S mutation 2016 Jul-Sep, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/0974-1208.192072 PMID:27803589	研究论文	本文通过单细胞测序技术对携带COL4A1基因c.1537G>A; p.G513S突变家庭的胚胎进行基因组分析，实现了成功的植入前遗传诊断	这是印度首次报道通过IVF程序使用单细胞测序技术避免潜在致病性COL4A1等位基因，成功诞生正常儿童	NA	筛查不携带COL4A1基因c.1537G>A; p.G513S突变的胚胎，以避免选择性妊娠终止	12个胚胎的滋养层活检样本	NA	NA	单细胞测序	NA	DNA	12个胚胎
3	2024-08-09	Single-cell TCRseq: paired recovery of entire T-cell alpha and beta chain transcripts in T-cell receptors from single-cell RNAseq 2016-07-27, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-016-0335-7 PMID:27460926	研究论文	本文介绍了一种名为single-cell TCRseq（scTCRseq）的新方法，用于从配对末端单细胞RNA测序读取中识别和组装全长重排的T细胞受体序列	该方法具有从配对末端单细胞RNA测序读取中恢复配对α和β片段的新颖能力	NA	准确表征T细胞受体α和β链的谱系，以理解适应性免疫	T细胞受体α和β链的全长重排序列	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
4	2024-08-09	Cellular Taxonomy of the Mouse Striatum as Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2016-07-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.06.059 PMID:27425622	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示小鼠纹状体的细胞分类	首次通过微流控和FACS技术进行单细胞RNA测序，详细分类了小鼠纹状体的细胞多样性，并发现了多种标记基因和特定功能状态的细胞亚型	NA	揭示小鼠纹状体的细胞类型及其功能多样性	小鼠纹状体的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠纹状体的多种细胞类型
5	2024-08-09	Laser capture microscopy coupled with Smart-seq2 for precise spatial transcriptomic profiling 2016-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms12139 PMID:27387371	研究论文	本文介绍了一种结合激光捕获显微镜（LCM）和全长mRNA测序（LCM-seq）的高效策略，用于单细胞转录组学研究	该方法无需组织解离，简化了实验流程并降低了技术噪声，适用于从单个捕获细胞中获取生物学见解	NA	开发一种高效且稳健的LCM-seq方法，用于精确的空间转录组学分析	从鼠组织和人类死后组织中分离的神经元	数字病理学	NA	LCM-seq	NA	转录组数据	单个捕获细胞
6	2024-08-09	Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics 2016-Jul-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaf2403 PMID:27365449	研究论文	本文介绍了一种名为“空间转录组学”的方法，能够在组织切片中以空间分辨率可视化和定量分析转录组	提出了一种新的“空间转录组学”策略，能够在组织切片中同时可视化和定量分析大量基因表达	NA	开发一种能够在组织切片中以空间分辨率可视化和定量分析转录组的新方法	小鼠大脑和人类乳腺癌组织切片中的基因表达	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	图像	小鼠大脑和人类乳腺癌组织切片
7	2024-08-09	Depletion of Ribosomal RNA Sequences from Single-Cell RNA-Sequencing Library 2016-07-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/cpmb.11 PMID:27366895	研究论文	本文介绍了一种从单细胞RNA测序文库中去除核糖体RNA序列的新方法	使用热稳定的双链特异性核酸酶有效去除核糖体RNA序列，适用于单细胞或微量RNA的RNA-seq文库构建	需要高输入量的总RNA，不适用于单细胞水平或有限输入DNA	提高单细胞RNA测序技术的准确性和效率	单细胞RNA测序文库中的核糖体RNA序列	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞或微量RNA
8	2024-08-09	GiniClust: detecting rare cell types from single-cell gene expression data with Gini index 2016-07-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1010-4 PMID:27368803	研究论文	本文介绍了一种名为GiniClust的新型计算方法，用于从单细胞基因表达数据中检测稀有细胞类型	GiniClust利用Gini指数提高了检测稀有细胞类型的敏感性和特异性	NA	开发一种新的计算方法来检测单细胞基因表达数据中的稀有细胞类型	单细胞基因表达数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GiniClust	基因表达数据	涉及小鼠胚胎干细胞和皮质及海马中的细胞样本
9	2024-08-09	Visualization and cellular hierarchy inference of single-cell data using SPADE 2016-07, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.066 PMID:27310265	研究论文	本文描述了使用SPADE算法进行单细胞数据可视化和细胞层次结构推断的方法	SPADE算法最初是为流式和质谱细胞术单细胞数据开发的，本文展示了其对单细胞RNA测序数据的适用性，并提出了一种结合t-SNE和SPADE的集成策略	NA	介绍和应用SPADE算法进行单细胞数据分析	单细胞数据及其细胞亚群的层次结构	生物信息学	NA	SPADE算法	NA	单细胞数据	NA
10	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Steps Up to the Growth Plate 2016-07, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2016.05.007 PMID:27260936	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序技术的发展及其在数据分析方面的挑战，并提出了一个名为Sinova的单细胞分析平台	提出了Sinova平台，该平台能够对发育过程进行时间、空间和调控重建	NA	探讨单细胞RNA测序技术在数据分析方面的应用	单细胞RNA测序技术及其分析平台	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
11	2024-08-09	TSCAN: Pseudo-time reconstruction and evaluation in single-cell RNA-seq analysis 2016-07-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw430 PMID:27179027	研究论文	TSCAN 是一种用于单细胞 RNA-seq 分析中伪时间重建和评估的软件工具，通过基于聚类的最小生成树 (MST) 方法对细胞进行排序	TSCAN 提供了一种新的基于聚类的 MST 方法来排序细胞，并开发了图形用户界面 (GUI) 和定量评估方法来比较不同的伪时间重建方法	NA	开发和评估用于单细胞 RNA-seq 数据中伪时间重建的计算工具	单细胞 RNA-seq 数据中的细胞排序和基因表达动态变化	生物信息学	NA	单细胞 RNA-seq	最小生成树 (MST)	RNA-seq 数据	NA
12	2024-08-09	SCell: integrated analysis of single-cell RNA-seq data 2016-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw201 PMID:27153637	研究论文	本文介绍了SCell，一个集成软件工具，用于单细胞RNA-seq数据的质量过滤、归一化、特征选择、迭代降维、聚类和基因表达梯度估计	SCell提供了一个直观的图形界面，并支持高吞吐量的单细胞RNA-seq数据预处理	NA	开发一个集成工具，用于处理和分析大规模的单细胞RNA-seq数据集	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	大规模的单细胞RNA-seq数据集
13	2024-08-09	Beta-Poisson model for single-cell RNA-seq data analyses 2016-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw202 PMID:27153638	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据分析的Beta-Poisson混合模型，并将其集成到广义线性模型框架中进行差异表达分析	提出的Beta-Poisson模型能够捕捉单细胞基因表达分布的双峰性，这是传统gamma-Poisson模型无法做到的	NA	开发新的统计模型以更好地分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	Beta-Poisson混合模型	基因表达数据	多个真实单细胞RNA测序数据集，约90%的转录本被Beta-Poisson模型良好表征
14	2024-08-09	Linking the T cell receptor to the single cell transcriptome in antigen-specific human T cells 2016-07, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1038/icb.2016.16 PMID:26860370	研究论文	本文提出了一种新方法（VDJPuzzle），用于从抗原特异性T细胞的单细胞RNA测序数据中重建天然TCRαβ，并将其与单个细胞的基因表达谱关联	开发了一种新方法VDJPuzzle，能够从单细胞RNA测序数据中重建抗原特异性T细胞的天然TCRαβ，并将其与基因表达谱关联	NA	研究抗原特异性T细胞的异质性及其与TCR多样性和转录组的关系	抗原特异性T细胞的TCRαβ及其基因表达谱	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	从一名清除丙型肝炎病毒感染的受试者外周血中分离的63个抗原特异性T细胞