单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 18 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals karyotype heterogeneity in murine and human malignancies
2016-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0971-7
PMID:27246460
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研究论文 | 本文探讨了小鼠和人类恶性肿瘤中的核型异质性 | 采用新开发的单细胞全基因组测序平台揭示了肿瘤细胞间的拷贝数异质性 | 文章未提及具体的样本量和是否涉及其他类型的肿瘤 | 研究染色体不稳定性在恶性肿瘤中的影响 | 以小鼠T细胞淋巴瘤和人类B细胞白血病为对象 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞全基因组测序 (scWGS) | NA | 基因组数据 | 小鼠T细胞淋巴瘤样本和人类B细胞白血病样本 |
| 2 | 2024-08-09 |
Reply to The contribution of cell cycle to heterogeneity in single-cell RNA-seq data
2016-05-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3607
PMID:27281414
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2024-08-09 |
Tracing haematopoietic stem cell formation at single-cell resolution
2016-05-26, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature17997
PMID:27225119
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研究论文 | 本文通过使用强效表面标记物捕获高纯度的早期造血干细胞前体细胞，并应用单细胞RNA测序分析其分子特征，揭示了造血干细胞形成的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下追踪造血干细胞的形成过程，并揭示了其独特的转录机制、动脉特征、代谢状态、信号通路和转录因子网络 | NA | 解析体内造血干细胞逐步生成的复杂分子机制，为临床应用中工程化造血干细胞提供信息 | 造血干细胞及其前体细胞的分子特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及主动脉-性腺-中肾区域的血管内皮细胞、CD45(-)和CD45(+)造血干细胞前体细胞以及胎肝中的造血干细胞 |
| 4 | 2024-08-09 |
Fast and accurate single-cell RNA-seq analysis by clustering of transcript-compatibility counts
2016-05-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0970-8
PMID:27230763
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research paper | 本文提出了一种基于转录兼容性读取计数的新方法，用于单细胞转录组分析中的细胞比较和聚类 | 该方法通过比较和聚类细胞的转录兼容性读取计数，而非标准分析流程中使用的转录本或基因定量，提高了分析速度和适用性 | NA | 旨在提高单细胞转录组分析的计算效率和通用性 | 单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 涉及两个不同但具有里程碑意义的单细胞RNA-seq数据集 |
| 5 | 2024-08-09 |
Brain trauma elicits non-canonical macrophage activation states
2016-05-24, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-016-0581-z
PMID:27220367
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了创伤性脑损伤（TBI）后单核细胞衍生的脑巨噬细胞的基因表达谱，揭示了巨噬细胞激活状态的多样性和复杂性 | 发现TBI中的巨噬细胞激活状态不具有排他性，且单个巨噬细胞可以同时表达多个激活状态的标志基因，这与传统的巨噬细胞极化模型不符 | NA | 研究TBI中巨噬细胞的激活状态及其对病理过程的影响 | 创伤性脑损伤（TBI）中的单核细胞衍生的脑巨噬细胞 | NA | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6 | 2024-08-09 |
Systematic Reconstruction of Molecular Cascades Regulating GP Development Using Single-Cell RNA-Seq
2016-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2016.04.043
PMID:27160914
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术，重建了生长板发育的分子级联反应 | 开发了一种名为Sinova的生物信息学管道，能够以时间和空间的高分辨率从头重建生理性的生长板发育过程 | NA | 系统地理解生长板发育的分子机制 | 生长板中的单细胞基因表达模式 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督模型 | 基因表达数据 | 217个单细胞 |
| 7 | 2024-08-09 |
The leak channel NALCN controls tonic firing and glycolytic sensitivity of substantia nigra pars reticulata neurons
2016-05-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.15271
PMID:27177420
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研究论文 | 研究探讨了泄漏通道NALCN在维持黑质网状部神经元静息放电和糖酵解敏感性中的作用 | 首次揭示了NALCN在黑质网状部神经元中的表达及其对自发放电的影响，并阐明了其在通过糖酵解变化和毒蕈碱型乙酰胆碱受体激活调节兴奋性中的作用 | NA | 理解黑质网状部神经元如何维持静息活动 | 小鼠黑质网状部神经元的转录组 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8 | 2024-08-09 |
Erratum to: 'Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data'
2016-May-10, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-016-2609-2
PMID:27164840
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-09 |
Exploiting single-cell expression to characterize co-expression replicability
2016-May-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0964-6
PMID:27165153
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研究论文 | 本文利用单细胞表达数据来研究共表达网络的可重复性及其基因间连接的基本驱动因素 | 首次对单细胞共表达进行了大规模分析，并识别了影响共表达的技术因素 | 共表达分析常被视为黑箱，结果难以追溯到数据基础 | 理解共表达网络中基因间连接和可重复性的基本驱动因素 | 单细胞RNA测序数据中的共表达网络 | 功能基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 31项研究的样本，以及126个皮质中间神经元的单细胞RNA-seq实验 |
| 10 | 2024-08-09 |
Understanding How Zika Virus Enters and Infects Neural Target Cells
2016-05-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.04.009
PMID:27152436
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研究论文 | 研究使用人类神经干细胞模型和单细胞RNA测序技术，探讨寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和潜在进入受体 | 利用单细胞RNA测序技术，首次详细研究了寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和进入机制 | NA | 探讨寨卡病毒如何进入并感染神经目标细胞 | 寨卡病毒及其对神经干细胞的影响 | NA | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 11 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genomics for Virology
2016-05-04, Viruses
DOI:10.3390/v8050123
PMID:27153082
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在病毒学领域的应用，探讨了其在揭示病毒多样性和细胞对病毒感染反应中的新途径 | 首次将单细胞测序分析应用于病毒学领域，为探索病毒多样性和细胞反应提供了新方法 | NA | 总结单细胞测序技术在病毒学中的应用 | 病毒多样性和细胞对病毒感染的反应 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
Tree inference for single-cell data
2016-May-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0936-x
PMID:27149953
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCITE的随机搜索算法，用于从单细胞的噪声和不完全突变数据中识别肿瘤的进化历史 | SCITE算法采用灵活的马尔可夫链蒙特卡罗采样方案，能够计算最大似然突变历史，从后验概率分布中采样，并估计底层测序实验的错误率 | NA | 理解肿瘤内的突变异质性，以促进高效癌症疗法的发展 | 肿瘤的进化历史 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 马尔可夫链蒙特卡罗 | 突变数据 | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell
2016-May-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0950-z
PMID:27150361
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析转录组和DNA甲基化组 | scMT-seq方法的创新之处在于能够同时从同一细胞中获取转录组和甲基化组数据，有助于更深入地理解DNA甲基化与基因表达之间的关系 | 尽管该方法能够同时分析转录组和甲基化组，但大多数表达变异并不能通过近端启动子甲基化来解释 | 研究目的是探索单细胞内DNA甲基化与基因表达的直接关联 | 研究对象包括感觉神经元中的单细胞转录组和甲基化组 | 数字病理学 | NA | scMT-seq | NA | 转录组和甲基化组数据 | 使用的是混合小鼠模型中的单个细胞 |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos
2016-May-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.03.023
PMID:27062923
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类早期胚胎发育中的细胞谱系和X染色体动态变化 | 首次提供了人类早期胚胎发育的综合转录图谱，并发现女性细胞在植入前实现了X染色体RNA水平的剂量补偿 | 研究主要集中在人类早期胚胎发育，未涉及更广泛的发育阶段 | 探索人类早期胚胎发育的细胞谱系和X染色体动态 | 人类早期胚胎的细胞谱系和X染色体动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1529个单细胞来自88个人类早期胚胎 |
| 15 | 2024-08-09 |
Expression Analysis Highlights AXL as a Candidate Zika Virus Entry Receptor in Neural Stem Cells
2016-05-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.03.012
PMID:27038591
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，分析了Zika病毒（ZIKV）在发育中的大脑中多个细胞类型的受体表达情况，特别是候选病毒进入受体AXL的表达。 | 首次揭示AXL在人类放射状胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞和微胶质细胞中的高表达，以及在发育中的小鼠和雪貂皮质及人类干细胞衍生的脑类器官中的保守表达。 | NA | 探讨Zika病毒感染与胎儿异常和微头症之间的分子和细胞机制。 | Zika病毒在发育中的大脑中的受体表达情况，特别是AXL受体。 | NA | NA | 单细胞RNA测序，免疫组化 | NA | RNA | 多种细胞类型，包括人类放射状胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞、微胶质细胞，以及小鼠和雪貂的皮质细胞和人类干细胞衍生的脑类器官。 |
| 16 | 2024-08-09 |
A biased view toward celiac disease
2016-05, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/mi.2016.17
PMID:27007675
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研究论文 | 本文通过应用体外单细胞TCR测序技术，研究了乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况，揭示了其与两种谷蛋白表位的反应关系。 | 首次应用体外单细胞TCR测序技术研究乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况，为疾病发病机制、诊断和治疗提供了新视角。 | NA | 探讨乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况及其与疾病发病机制、诊断和治疗的关系。 | 乳糜泻患者的T细胞受体及谷蛋白表位。 | NA | 乳糜泻 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
DNMT3A Haploinsufficiency Transforms FLT3ITD Myeloproliferative Disease into a Rapid, Spontaneous, and Fully Penetrant Acute Myeloid Leukemia
2016-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-16-0008
PMID:27016502
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研究论文 | 研究显示DNMT3A半合子不足能够将FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为快速、自发且完全渗透性的急性髓系白血病 | 首次证明DNMT3A半合子不足在FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为急性髓系白血病中的作用，并揭示了其可逆的表观遗传学改变 | NA | 探讨DNMT3A半合子不足在FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为急性髓系白血病中的作用及其机制 | DNMT3A和FLT3突变的小鼠模型 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
OEFinder: a user interface to identify and visualize ordering effects in single-cell RNA-seq data
2016-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw004
PMID:26743507
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research paper | 本文介绍了一种名为OEFinder的统计方法和软件，用于识别和可视化单细胞RNA测序数据中的排序效应基因 | 开发了OEFinder软件，提供了一个用户友好的图形界面，用于检测和处理由Fluidigm C1平台生成的单细胞RNA测序数据中的排序效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中排序效应导致的偏差问题 | 单细胞RNA测序数据中的排序效应基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |