单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq 2016-Apr-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad0501 PMID:27124452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索转移性黑色素瘤的多细胞生态系统	揭示了黑色素瘤肿瘤中细胞的转录异质性及其与细胞周期和空间背景的关系	研究仅分析了19名患者的样本，样本量相对较小	探讨黑色素瘤肿瘤的基因型和表型状态	4645个来自19名患者的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	4645个单细胞来自19名患者
2	2024-08-07	Pooling across cells to normalize single-cell RNA sequencing data with many zero counts 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0947-7 PMID:27122128	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过将细胞池中的表达值求和并用于归一化，来消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	本文提出了一种基于细胞池的归一化方法，并通过解卷积得到细胞特异性因子，该方法在模拟数据和真实数据中均优于现有方法	NA	消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个细胞池
3	2024-08-07	OncoNEM: inferring tumor evolution from single-cell sequencing data 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0929-9 PMID:27083415	研究论文	本文介绍了OncoNEM方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内进化谱系树	OncoNEM是一种概率方法，用于从单细胞的体细胞单核苷酸变异中推断肿瘤内的进化谱系树，能够识别同质细胞亚群并推断其基因型及其进化关系	NA	开发一种新方法，从单细胞测序数据中推断肿瘤进化	单细胞测序数据中的肿瘤进化	数字病理学	膀胱癌, 血小板增多症	单细胞测序	概率模型	单细胞测序数据	NA
4	2024-08-09	Application of single-cell RNA sequencing in optimizing a combinatorial therapeutic strategy in metastatic renal cell carcinoma 2016-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0945-9 PMID:27139883	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究转移性肾细胞癌的肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略以提高治疗效果	本文首次利用单细胞RNA测序技术分析肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略，显著提高了治疗效果	NA	研究如何通过单细胞RNA测序技术优化转移性肾细胞癌的联合治疗策略	转移性肾细胞癌及其肺转移	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	一对原发性肾细胞癌及其肺转移样本
5	2024-08-09	CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq 2016-Apr-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0938-8 PMID:27121950	研究论文	本文介绍了CEL-Seq2方法，这是CEL-Seq方法的改进版本，具有更高的灵敏度、更低的成本和更少的操作时间	CEL-Seq2在Fluidigm的C1系统上实现了首个单细胞芯片内条码方法，并展示了其在单细胞RNA测序分析中的经济性、分辨率和易用性方面的独特优势	NA	开发一种灵敏、准确且可重复的单细胞转录组学方法	小鼠成纤维细胞的基因表达变化及其细胞周期进展	单细胞测序	NA	CEL-Seq2	NA	RNA测序数据	小鼠成纤维细胞
6	2024-08-09	In silico lineage tracing through single cell transcriptomics identifies a neural stem cell population in planarians 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0937-9 PMID:27150006	研究论文	本文通过单细胞转录组学和伪时间分析，在扁形动物中识别出一种神经干细胞群体	利用单细胞RNA测序和计算机模拟谱系分析，首次在扁形动物中发现了一种具有神经特性的干细胞亚群（νNeoblasts），并提出了一个新的替代谱系	研究依赖于计算机模拟和单细胞转录组学数据，需要进一步的体内验证	探索扁形动物中的细胞谱系进展和组织再生的机制	扁形动物Schmidtea mediterranea中的干细胞及其后代细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	伪时间分析	转录组数据	168个单个干细胞及其后代细胞
7	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2016-04-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11414 PMID:27108815	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胎盘中的细胞类型特异性转录特征，揭示了母胎界面不同细胞类型的功能贡献	首次对胎盘进行单细胞RNA测序分析，识别了Blimp1依赖的转录本在SpA-TGCs中的富集	NA	探究母胎界面不同细胞类型的功能贡献及控制胎盘形态发生和血管拟态的动态基因表达模式	胎盘中的细胞类型特异性转录特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8	2024-08-09	Cell-cycle-independent transitions in temporal identity of mammalian neural progenitor cells 2016-Apr-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11349 PMID:27094546	research paper	本文通过单细胞转录组分析，研究了不同发育阶段哺乳动物神经前体细胞（APs）的时间身份转换机制	发现APs中基因表达的时间变化与细胞周期无关，且不受Notch激活模式的影响	NA	探究哺乳动物神经前体细胞在脑发育过程中时间身份转换的机制	哺乳动物神经前体细胞（APs）及其在不同发育阶段的基因表达变化	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
9	2024-08-09	Nuclear RNA-seq of single neurons reveals molecular signatures of activation 2016-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11022 PMID:27090946	研究论文	本文通过单核RNA测序（snRNA-seq）方法，研究了激活神经元的转录组变化，揭示了与经验驱动活动诱导相关的转录模式。	本文首次使用snRNA-seq技术，展示了激活神经元转录组的广泛变化，包括MAPK通路基因的诱导，并揭示了激活状态的连续性和伪时间模式。	NA	研究激活神经元的分子动力学，特别是与特定经验相关的差异神经元反应。	小鼠齿状回颗粒细胞在短暂新环境暴露后的激活神经元转录组。	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
10	2024-08-09	Single-cell sequencing in stem cell biology 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0941-0 PMID:27083874	综述	本文综述了单细胞测序技术在干细胞生物学中的应用及其方法学进展和未来展望	单细胞测序技术能够全面解析细胞异质性，并识别出干细胞群体中的不同表型细胞类型	NA	探讨单细胞组学测序技术在干细胞领域的最新进展和未来发展方向	不同类型的干细胞，包括多能干细胞和组织特异性干细胞	生物技术	NA	单细胞基因组、表观基因组和转录组测序技术	NA	基因组数据	NA
11	2024-08-09	Single-cell profiling of lncRNAs in the developing human brain 2016-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0933-0 PMID:27079200	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类大脑发育过程中长非编码RNA（lncRNAs）的表达情况	发现lncRNAs在特定脑细胞中大量表达，而在整体样本中难以检测	NA	探讨lncRNAs在人类大脑发育中的功能和表达模式	人类大脑发育过程中的lncRNAs表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定个体脑细胞样本
12	2024-08-09	Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex 2016-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0932-1 PMID:27081004	研究论文	本文通过链特异性RNA测序深入分析了不同发育阶段人类大脑新皮层中的长非编码RNA（lncRNA），并应用于单细胞转录组分析	首次揭示了lncRNA在单个细胞中的高表达特性及其细胞类型特异性，特别是LOC646329在单个放射状胶质细胞中的富集	NA	研究lncRNA在人类大脑发育中的表达和功能	人类大脑新皮层中的长非编码RNA	数字病理学	NA	链特异性RNA测序	NA	RNA	数百个新皮层细胞
13	2024-08-09	Design and computational analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2016-Apr-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0927-y PMID:27052890	研究论文	本文重点介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验设计和分析的计算方法，及其在不同场景下的优缺点	探讨了scRNA-seq实验中新兴的计算挑战，并提出了未来发展的预期	NA	旨在解决scRNA-seq实验中的计算挑战，并推动该领域的发展	单细胞RNA测序实验的设计和分析方法	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	NA
14	2024-08-09	The potential of single-cell profiling in plants 2016-Apr-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0931-2 PMID:27048384	research paper	本文探讨了单细胞转录组学在植物研究中的应用潜力	单细胞RNA-seq技术在植物细胞中的应用为植物生物学提供了新的视角	单细胞转录组学在植物中的应用仍处于早期阶段，且需要针对单细胞实验的新分析工具	探讨单细胞转录组学在植物研究中的应用及其对植物生物学基本问题的潜在影响	植物细胞的特性、可塑性及对环境输入的局部细胞反应	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
15	2024-08-09	Lineage specification in the mouse preimplantation embryo 2016-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.128314 PMID:27048685	research paper	本文探讨了小鼠植入前胚胎中细胞谱系的形成过程及其调控机制	利用活体成像、计算建模和单细胞转录组分析等新技术，提供了对细胞谱系形成过程的新见解	NA	研究小鼠植入前胚胎中细胞谱系的形成及其调控机制	小鼠植入前胚胎中的细胞谱系形成	NA	NA	活体成像、计算建模、单细胞转录组分析	NA	NA	NA
16	2024-08-09	Systematic characterization of lncRNAs' cell-to-cell expression heterogeneity in glioblastoma cells 2016-Apr-05, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.7580 PMID:26918340	研究论文	本文系统分析了胶质母细胞瘤细胞中长非编码RNA（lncRNA）的细胞间表达异质性	利用单细胞RNA测序技术，全面检查了2,003个lncRNA在380个细胞中的表达模式，并揭示了lncRNA在丰度和剪接模式上的异质性	NA	旨在深入理解lncRNA的功能，开发有价值的生物标志物，并增进对胶质母细胞瘤生物学的认识	胶质母细胞瘤细胞中的长非编码RNA（lncRNA）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	RNA	2,003个lncRNA在380个细胞中
17	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of endometrial tissue 2016-Apr, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/dew008 PMID:26874359	研究论文	本文介绍了通过开发和整合新的分析工具，对子宫内膜间质和上皮细胞进行单细胞转录组分析的方法	本文首次描述了针对人类子宫内膜的单细胞转录组分析协议，并开发了一套从临床采样到统计数据分析的完整流程	单个上皮细胞的转录组数据量较低，且仅对晚期分泌期的细胞进行了详细分析，需要进一步优化方法并扩大样本量	研究如何在单细胞水平上分析子宫内膜间质和上皮细胞的全转录组	子宫内膜间质和上皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	使用了两个子宫内膜活检样本，共检测了8622个基因
18	2024-08-09	The heterogeneity of human CD127(+) innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing 2016-Apr, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3368 PMID:26878113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类CD127(+)固有淋巴细胞的异质性	通过单细胞RNA测序技术，揭示了固有淋巴细胞的四个不同群体及其转录组特征，并发现了ILC3细胞的三个转录和功能多样化的亚群	NA	探讨固有淋巴细胞在稳态和炎症中的生物学特性	人类CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数百个个体扁桃体CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞