单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3728 PMID:26752769	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞基因组范围内的甲基组和转录组平行测序方法	该方法揭示了异质甲基化的远程调控元件与关键多能性基因转录之间的未知关联	NA	探索转录变异与表观遗传变异之间的关联	61个小鼠胚胎干细胞	数字病理学	NA	scM&T-seq	NA	基因组甲基组和转录组数据	61个小鼠胚胎干细胞
2	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals molecular and functional platelet bias of aged haematopoietic stem cells 2016-Mar-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11075 PMID:27009448	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了衰老造血干细胞在分子和功能上对血小板的偏向性	发现了衰老造血干细胞中一种先前未被识别的、专门产生血小板的干细胞类别，并证实了通过去除FOG-1转录因子来消除造血干细胞的血小板编程，可以增加淋巴细胞的输出	NA	探究衰老造血干细胞内在变化及其子集平衡如何影响细胞谱系输出	衰老造血干细胞的分子和功能特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
3	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals activation of unique gene groups as a consequence of stem cell-parenchymal cell fusion 2016-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep23270 PMID:26997336	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了间充质干细胞与心肌细胞融合后基因表达的独特变化	发现融合细胞在短时间内表现出独特的转录组变化，包括表达多能性和心脏前体基因，以及与癌症相关的基因	文章未明确提及研究的具体局限性	探究间充质干细胞与心肌细胞融合后的表型多样化和相关时间进程	间充质干细胞与心肌细胞的融合细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
4	2024-08-09	Sequential transcriptional waves direct the differentiation of newborn neurons in the mouse neocortex 2016-Mar-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad8361 PMID:26940868	研究论文	本文通过高时间分辨率技术结合单细胞转录组学，研究了小鼠新皮质中新生的神经元如何从室管膜区（VZ）的前体细胞中分化出来，并动态地指定其身份	本文首次揭示了早期转录波如何指导神经元分化事件的顺序和节奏，为从未分化细胞中逆向工程特定类别的皮质神经元提供了路线图	NA	研究神经元身份如何在前体细胞分裂时动态指定	小鼠新皮质中的新生神经元分化过程	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
5	2024-08-09	Use of the Fluidigm C1 platform for RNA sequencing of single mouse pancreatic islet cells 2016-Mar-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1602306113 PMID:26951663	研究论文	本研究评估了Fluidigm C1平台用于单个小鼠胰岛细胞的RNA测序	首次使用Fluidigm C1平台进行单个小鼠胰岛细胞的RNA测序，并识别了不同类型的胰岛细胞及其特异性转录因子和通路	由于细胞活力低、测序质量差或污染，281个细胞被排除在分析之外，且C1 Fluidigm细胞捕获过程存在局限性，导致细胞污染和基因表达模式改变	评估Fluidigm C1平台用于单个胰岛细胞RNA测序的适用性，并提供高质量基因表达数据集	小鼠胰岛细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	622个细胞，其中341个具有高质量基因表达谱
6	2024-08-09	Single-Cell Sequencing for Precise Cancer Research: Progress and Prospects 2016-Mar-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-15-1907 PMID:26941284	研究论文	本文讨论了单细胞测序技术在精确癌症研究中的进展和前景	开发了多种单细胞测序方法，能够全面精确地分析癌细胞的基因组、转录组和表观基因组	NA	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用、挑战和前景	癌细胞的基因组、转录组和表观基因组	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	单个癌细胞
7	2024-08-09	Epigenomics: Parallel single-cell sequencing 2016-Mar, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.5 PMID:26806414	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8	2024-08-09	Assessment of megabase-scale somatic copy number variation using single-cell sequencing 2016-Mar, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.198937.115 PMID:26772196	研究论文	本文开发了一种方法，用于在单个体细胞中可靠地检测兆碱基尺度的体细胞拷贝数变异（CNVs）	本文首次严格测试了单细胞测序在CNV检测中的性能，并开发了一种新方法来可靠地检测兆碱基尺度的体细胞CNVs	NA	研究体细胞中兆碱基尺度的拷贝数变异是否被容忍或甚至被正向选择	体细胞中的兆碱基尺度拷贝数变异	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	跨组织的8%-9%的细胞
9	2024-08-09	Characterizing transcriptional heterogeneity through pathway and gene set overdispersion analysis 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3734 PMID:26780092	研究论文	本文开发了一种名为PAGODA的方法，用于通过分析基因集在测量细胞间的协调变异性来解析转录异质性的多个方面	提出了路径和基因集过度分散分析（PAGODA）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	NA	开发新方法以从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	单细胞RNA-seq数据中的转录异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10	2024-08-09	Does mouse embryo primordial germ cell activation start before implantation as suggested by single-cell transcriptomics dynamics? 2016-Mar, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gav072 PMID:26740066	研究论文	本研究通过单细胞转录组动力学分析，探讨了小鼠胚胎原生殖细胞（PGC）在植入前是否开始激活，以及转录因子TCFAP2C对DNA甲基转移酶3-样（Dnmt3l）的潜在调控作用。	发现了小鼠PGC标记物在植入前至少在胚胎日3.25开始激活，并识别出新的稳定PE和EPI标记物，这些发现对从多能细胞中衍生生殖细胞具有重要意义。	由于Dnmt3l受TCFAP2C调控的结果基于计算预测的DNA甲基化基序、Chip-Seq和转录组数据，需要功能性研究来验证这一结果。	评估早期植入前事件的时间，并更好地理解内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	小鼠胚胎的原生殖细胞（PGC）和内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	基于三个独立的单细胞转录组数据集
11	2024-08-09	Assessing similarity to primary tissue and cortical layer identity in induced pluripotent stem cell-derived cortical neurons through single-cell transcriptomics 2016-Mar-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddv637 PMID:26740550	研究论文	通过单细胞转录组学评估诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代组织的相似性及皮层层身份	首次使用单细胞多重逆转录定量PCR技术，在细胞水平上详细分析了诱导多能干细胞衍生的皮层神经元的基因表达，并与人类胎儿和成人脑的单细胞RNA测序数据进行比较	目前的层标记虽然有效，但可能无法在所有细胞中区分皮层层身份	探索诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代皮层神经元的相似性，并评估其在神经发育和神经疾病研究中的应用潜力	诱导多能干细胞衍生的皮层神经元及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞多重逆转录定量PCR	NA	基因表达数据	93.6%的单细胞来自诱导多能干细胞，其中68.4%的细胞表达至少一个层标记