单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-07	Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data 2016-Feb-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0888-1 PMID:26887813	研究论文	本文提出了一种通用方法，用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据并检测低质量细胞	该方法通过使用超过20种生物和技术特征的精选集，提高了分类准确性，相较于传统方法提升了30%以上	NA	确保在下游分析中仅包含单个活细胞，避免受损细胞对数据解释的影响	单细胞RNA测序数据中的低质量细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	超过5,000个细胞，包括CD4+ T细胞、骨髓树突状细胞和鼠胚胎干细胞
2	2024-08-09	Discrete distributional differential expression (D3E)--a tool for gene expression analysis of single-cell RNA-seq data 2016-Feb-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-0944-6 PMID:26927822	研究论文	本文介绍了一种针对单细胞RNA测序数据设计的离散分布式差异基因表达分析工具D(3)E	D(3)E算法能够检测表达变化，即使在平均水平不变的情况下，并能通过分析模型量化生物学上有意义的属性	NA	开发和评估一种新的单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法	单细胞RNA测序数据中的差异基因表达	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	文本	使用合成数据进行评估，具体样本数量未提及
3	2024-08-09	Culture-independent method for identification of microbial enzyme-encoding genes by activity-based single-cell sequencing using a water-in-oil microdroplet platform 2016-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep22259 PMID:26915788	研究论文	本文介绍了一种基于活性单细胞测序的非培养方法，用于识别环境微生物中编码代谢活性酶的基因	该方法通过在水-油微滴平台中封装环境微生物细胞并使用荧光底物筛选活性细胞，实现了对未培养细菌细胞中目标酶编码基因的识别	NA	开发一种非培养方法，用于识别环境微生物中编码工业价值酶的基因	环境微生物中的β-葡萄糖苷酶基因	NA	NA	活性单细胞测序	NA	基因组	从海洋样本中成功识别了14个新的β-葡萄糖苷酶基因
4	2024-08-09	Resolving rates of mutation in the brain using single-neuron genomics 2016-Feb-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.12966 PMID:26901440	研究论文	本文通过单神经元基因组学方法重新分析了大脑中体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	提出了单细胞测序、生物信息学分析和验证方法中的问题，导致大量假阳性结果，重新分析结果显示突变频率远低于先前报道	文章未明确提及具体的研究局限性	探究体细胞突变是否为大脑细胞提供功能多样性，并通过单神经元基因组学方法直接测量人类大脑中的体细胞突变率	人类大脑中的体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量
5	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Study as Big Data 2016-Feb, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2016.01.005 PMID:26876720	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中大数据技术的应用，提出了一种处理和分析scRNA-seq数据的工作流程	提出了一个针对scRNA-seq数据特性和单细胞研究目标的工作流程	NA	探讨如何有效存储、处理和分析scRNA-seq数据	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	NGS	NA	转录组数据	NA
6	2024-08-09	Single-Cell Gene Expression Analyses Reveal Heterogeneous Responsiveness of Fetal Innate Lymphoid Progenitors to Notch Signaling 2016-Feb-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.01.015 PMID:26832410	research paper	本研究通过结合单细胞转录组学和克隆培养策略，揭示了胎儿先天淋巴细胞前体对Notch信号的异质性反应	本研究首次详细描述了ILC发育的过渡阶段多样性及其转录特征，并展示了它们对Notch信号的差异依赖性	NA	研究Notch信号在胎儿先天淋巴细胞发育中的作用	胎儿先天淋巴细胞前体及其对Notch信号的反应	digital pathology	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及αLP1和αLP2两种淋巴细胞前体群体
7	2024-08-09	Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics 2016-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4216 PMID:26727548	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类	首次构建了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类，并识别了49种转录组细胞类型	NA	揭示神经系统中细胞类型的多样性	成年小鼠的初级视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	49种转录组细胞类型，包括23种GABA能细胞、19种谷氨酸能细胞和7种非神经元细胞
8	2024-08-09	Integration of electrophysiological recordings with single-cell RNA-seq data identifies neuronal subtypes 2016-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3443 PMID:26689544	研究论文	本文介绍了一种结合电生理记录和单细胞RNA测序数据识别神经元亚型的方法	提出了Patch-seq方法，该方法能够在进行全细胞膜片钳记录后，从单个新皮质锥体细胞和中间神经元中获取全转录组数据	NA	探索神经元身份参数与分子表型之间的直接关系	新皮质锥体细胞和中间神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠脑切片中的单个神经元
9	2024-08-09	Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types 2016-Feb, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201540946 PMID:26691212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了70个来自人类胰腺胰岛的细胞，揭示了不同胰岛细胞亚型的特征性转录组特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术全面解析了人类胰腺胰岛细胞的异质性，并验证了先前描述的标记基因，同时识别了特定表达的转录因子	研究样本量较小，仅包含70个细胞，可能无法完全代表所有人类胰腺胰岛细胞的多样性	解析人类胰腺胰岛细胞的细胞组成，并为所有主要细胞类型建立转录组	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	70个来自人类胰腺胰岛的细胞