单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-09	The potential of single-cell profiling in plants 2016-Apr-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0931-2 PMID:27048384	research paper	本文探讨了单细胞转录组学在植物研究中的应用潜力	单细胞RNA-seq技术在植物细胞中的应用为植物生物学提供了新的视角	单细胞转录组学在植物中的应用仍处于早期阶段，且需要针对单细胞实验的新分析工具	探讨单细胞转录组学在植物研究中的应用及其对植物生物学基本问题的潜在影响	植物细胞的特性、可塑性及对环境输入的局部细胞反应	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
162	2024-08-09	Lineage specification in the mouse preimplantation embryo 2016-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.128314 PMID:27048685	research paper	本文探讨了小鼠植入前胚胎中细胞谱系的形成过程及其调控机制	利用活体成像、计算建模和单细胞转录组分析等新技术，提供了对细胞谱系形成过程的新见解	NA	研究小鼠植入前胚胎中细胞谱系的形成及其调控机制	小鼠植入前胚胎中的细胞谱系形成	NA	NA	活体成像、计算建模、单细胞转录组分析	NA	NA	NA
163	2024-08-09	A biased view toward celiac disease 2016-05, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/mi.2016.17 PMID:27007675	研究论文	本文通过应用体外单细胞TCR测序技术，研究了乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况，揭示了其与两种谷蛋白表位的反应关系。	首次应用体外单细胞TCR测序技术研究乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况，为疾病发病机制、诊断和治疗提供了新视角。	NA	探讨乳糜泻患者中T细胞受体的偏倚使用情况及其与疾病发病机制、诊断和治疗的关系。	乳糜泻患者的T细胞受体及谷蛋白表位。	NA	乳糜泻	单细胞测序	NA	细胞	NA
164	2024-08-09	DNMT3A Haploinsufficiency Transforms FLT3ITD Myeloproliferative Disease into a Rapid, Spontaneous, and Fully Penetrant Acute Myeloid Leukemia 2016-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-16-0008 PMID:27016502	研究论文	研究显示DNMT3A半合子不足能够将FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为快速、自发且完全渗透性的急性髓系白血病	首次证明DNMT3A半合子不足在FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为急性髓系白血病中的作用，并揭示了其可逆的表观遗传学改变	NA	探讨DNMT3A半合子不足在FLT3ITD骨髓增殖性疾病转化为急性髓系白血病中的作用及其机制	DNMT3A和FLT3突变的小鼠模型	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
165	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals molecular and functional platelet bias of aged haematopoietic stem cells 2016-Mar-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11075 PMID:27009448	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了衰老造血干细胞在分子和功能上对血小板的偏向性	发现了衰老造血干细胞中一种先前未被识别的、专门产生血小板的干细胞类别，并证实了通过去除FOG-1转录因子来消除造血干细胞的血小板编程，可以增加淋巴细胞的输出	NA	探究衰老造血干细胞内在变化及其子集平衡如何影响细胞谱系输出	衰老造血干细胞的分子和功能特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
166	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals activation of unique gene groups as a consequence of stem cell-parenchymal cell fusion 2016-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep23270 PMID:26997336	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了间充质干细胞与心肌细胞融合后基因表达的独特变化	发现融合细胞在短时间内表现出独特的转录组变化，包括表达多能性和心脏前体基因，以及与癌症相关的基因	文章未明确提及研究的具体局限性	探究间充质干细胞与心肌细胞融合后的表型多样化和相关时间进程	间充质干细胞与心肌细胞的融合细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
167	2024-08-09	Intra-tumour heterogeneity - going beyond genetics 2016-06, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.13705 PMID:26945550	研究论文	本文探讨了肿瘤内异质性的遗传和非遗传因素，并介绍了相关技术方法以深入理解这一现象	本文首次系统地分析了非遗传因素在肿瘤内异质性中的作用，并提出了综合遗传和非遗传因素的技术方法	NA	旨在深入理解肿瘤内异质性的全貌，以开发更有效的癌症治疗策略	肿瘤内异质性的遗传和非遗传因素	数字病理学	癌症	基因组分析、细胞谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、细胞数据	NA
168	2024-08-09	Sequential transcriptional waves direct the differentiation of newborn neurons in the mouse neocortex 2016-Mar-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad8361 PMID:26940868	研究论文	本文通过高时间分辨率技术结合单细胞转录组学，研究了小鼠新皮质中新生的神经元如何从室管膜区（VZ）的前体细胞中分化出来，并动态地指定其身份	本文首次揭示了早期转录波如何指导神经元分化事件的顺序和节奏，为从未分化细胞中逆向工程特定类别的皮质神经元提供了路线图	NA	研究神经元身份如何在前体细胞分裂时动态指定	小鼠新皮质中的新生神经元分化过程	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
169	2024-08-09	Use of the Fluidigm C1 platform for RNA sequencing of single mouse pancreatic islet cells 2016-Mar-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1602306113 PMID:26951663	研究论文	本研究评估了Fluidigm C1平台用于单个小鼠胰岛细胞的RNA测序	首次使用Fluidigm C1平台进行单个小鼠胰岛细胞的RNA测序，并识别了不同类型的胰岛细胞及其特异性转录因子和通路	由于细胞活力低、测序质量差或污染，281个细胞被排除在分析之外，且C1 Fluidigm细胞捕获过程存在局限性，导致细胞污染和基因表达模式改变	评估Fluidigm C1平台用于单个胰岛细胞RNA测序的适用性，并提供高质量基因表达数据集	小鼠胰岛细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	622个细胞，其中341个具有高质量基因表达谱
170	2024-08-09	Single-Cell Sequencing for Precise Cancer Research: Progress and Prospects 2016-Mar-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-15-1907 PMID:26941284	研究论文	本文讨论了单细胞测序技术在精确癌症研究中的进展和前景	开发了多种单细胞测序方法，能够全面精确地分析癌细胞的基因组、转录组和表观基因组	NA	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用、挑战和前景	癌细胞的基因组、转录组和表观基因组	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	单个癌细胞
171	2024-08-09	Single-cell transcriptome sequencing: recent advances and remaining challenges 2016, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.7223.1 PMID:26949524	review	本文综述了单细胞转录组测序技术的最新进展及其面临的挑战	单细胞RNA测序技术已成为高吞吐量、高分辨率转录组分析的有力工具，能够揭示表面均一群体中的细胞多样性	技术改进、分析框架的开发以及互补单细胞检测方法的增加仍然是挑战	探讨单细胞转录组测序技术在细胞状态和动态分析中的应用	单细胞转录组测序技术及其分析方法	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
172	2024-08-09	Copy number variants calling for single cell sequencing data by multi-constrained optimization 2016-08, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2016.02.007 PMID:26923213	研究论文	本文提出了一种基于多约束优化的单细胞测序数据拷贝数变异检测方法	通过将拷贝数变异检测问题转化为包含泊松分布噪声的二次优化问题，并引入稀疏性和平滑性约束，提高了单细胞测序数据中拷贝数变异模式的准确性	NA	开发一种新的方法来准确检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	单细胞测序数据中的拷贝数变异	生物信息学	NA	单细胞测序	ADMM	测序数据	合成数据和实际单细胞测序数据
173	2024-08-09	Systematic characterization of lncRNAs' cell-to-cell expression heterogeneity in glioblastoma cells 2016-Apr-05, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.7580 PMID:26918340	研究论文	本文系统分析了胶质母细胞瘤细胞中长非编码RNA（lncRNA）的细胞间表达异质性	利用单细胞RNA测序技术，全面检查了2,003个lncRNA在380个细胞中的表达模式，并揭示了lncRNA在丰度和剪接模式上的异质性	NA	旨在深入理解lncRNA的功能，开发有价值的生物标志物，并增进对胶质母细胞瘤生物学的认识	胶质母细胞瘤细胞中的长非编码RNA（lncRNA）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	RNA	2,003个lncRNA在380个细胞中
174	2024-08-09	Discrete distributional differential expression (D3E)--a tool for gene expression analysis of single-cell RNA-seq data 2016-Feb-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-0944-6 PMID:26927822	研究论文	本文介绍了一种针对单细胞RNA测序数据设计的离散分布式差异基因表达分析工具D(3)E	D(3)E算法能够检测表达变化，即使在平均水平不变的情况下，并能通过分析模型量化生物学上有意义的属性	NA	开发和评估一种新的单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法	单细胞RNA测序数据中的差异基因表达	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	文本	使用合成数据进行评估，具体样本数量未提及
175	2024-08-09	Culture-independent method for identification of microbial enzyme-encoding genes by activity-based single-cell sequencing using a water-in-oil microdroplet platform 2016-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep22259 PMID:26915788	研究论文	本文介绍了一种基于活性单细胞测序的非培养方法，用于识别环境微生物中编码代谢活性酶的基因	该方法通过在水-油微滴平台中封装环境微生物细胞并使用荧光底物筛选活性细胞，实现了对未培养细菌细胞中目标酶编码基因的识别	NA	开发一种非培养方法，用于识别环境微生物中编码工业价值酶的基因	环境微生物中的β-葡萄糖苷酶基因	NA	NA	活性单细胞测序	NA	基因组	从海洋样本中成功识别了14个新的β-葡萄糖苷酶基因
176	2024-08-09	Resolving rates of mutation in the brain using single-neuron genomics 2016-Feb-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.12966 PMID:26901440	研究论文	本文通过单神经元基因组学方法重新分析了大脑中体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	提出了单细胞测序、生物信息学分析和验证方法中的问题，导致大量假阳性结果，重新分析结果显示突变频率远低于先前报道	文章未明确提及具体的研究局限性	探究体细胞突变是否为大脑细胞提供功能多样性，并通过单神经元基因组学方法直接测量人类大脑中的体细胞突变率	人类大脑中的体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量
177	2024-08-09	ROMA: Representation and Quantification of Module Activity from Target Expression Data 2016, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2016.00018 PMID:26925094	研究论文	本文介绍了ROMA（模块活动表示和量化）Java软件，用于快速和稳健地计算具有协调表达的基因集（或模块）的活动	ROMA算法实现了新的功能，包括几种主成分计算的方法修改，区分过度分散模块和协调模块，并计算估计模块过度分散或协调的统计显著性	NA	量化系统生物学中高通量数据分析中个体样本中一组基因的活动	基因集（或模块）的活动	系统生物学	NA	主成分分析	线性模型	基因表达数据	NA
178	2024-08-09	Miniaturization Technologies for Efficient Single-Cell Library Preparation for Next-Generation Sequencing 2016-08, Journal of laboratory automation DOI:10.1177/2211068216630741 PMID:26891732	研究论文	本文应用新技术缩小了单细胞文库制备的反应体积，以降低下一代测序的成本	开发了一种新的流程，通过减少反应体积至2 µL和使用低至20 pg的输入cDNA，实现了高效且成本效益高的单细胞转录组测序	NA	降低单细胞RNA分析等高吞吐量应用中下一代测序的文库制备成本	体外分化的人胚胎干细胞，代表胰腺分化的两个阶段	数字病理学	NA	下一代测序	NA	RNA	多个生物学和技术重复
179	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of endometrial tissue 2016-Apr, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/dew008 PMID:26874359	研究论文	本文介绍了通过开发和整合新的分析工具，对子宫内膜间质和上皮细胞进行单细胞转录组分析的方法	本文首次描述了针对人类子宫内膜的单细胞转录组分析协议，并开发了一套从临床采样到统计数据分析的完整流程	单个上皮细胞的转录组数据量较低，且仅对晚期分泌期的细胞进行了详细分析，需要进一步优化方法并扩大样本量	研究如何在单细胞水平上分析子宫内膜间质和上皮细胞的全转录组	子宫内膜间质和上皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	使用了两个子宫内膜活检样本，共检测了8622个基因
180	2024-08-09	The heterogeneity of human CD127(+) innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing 2016-Apr, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3368 PMID:26878113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类CD127(+)固有淋巴细胞的异质性	通过单细胞RNA测序技术，揭示了固有淋巴细胞的四个不同群体及其转录组特征，并发现了ILC3细胞的三个转录和功能多样化的亚群	NA	探讨固有淋巴细胞在稳态和炎症中的生物学特性	人类CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数百个个体扁桃体CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞