单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-09	Deciphering intratumor heterogeneity using cancer genome analysis 2016-06, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-016-1670-x PMID:27126234	研究论文	本文通过癌症基因组分析来解析肿瘤内异质性	利用全外显子或基因组测序数据进行克隆分析，以及多区域活检和深度测序技术来监测肿瘤进展中的亚克隆	NA	研究肿瘤内异质性的本质，并探讨其在精确癌症治疗中的应用	肿瘤内的亚克隆及其在治疗结果中的影响	数字病理学	NA	全外显子测序，基因组测序，深度测序，单细胞测序	NA	基因组数据	多区域活检样本，少量细胞
142	2024-08-09	Tree inference for single-cell data 2016-May-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0936-x PMID:27149953	研究论文	本文介绍了一种名为SCITE的随机搜索算法，用于从单细胞的噪声和不完全突变数据中识别肿瘤的进化历史	SCITE算法采用灵活的马尔可夫链蒙特卡罗采样方案，能够计算最大似然突变历史，从后验概率分布中采样，并估计底层测序实验的错误率	NA	理解肿瘤内的突变异质性，以促进高效癌症疗法的发展	肿瘤的进化历史	数字病理学	NA	单细胞测序	马尔可夫链蒙特卡罗	突变数据	NA
143	2024-08-09	Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell 2016-May-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0950-z PMID:27150361	研究论文	本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析转录组和DNA甲基化组	scMT-seq方法的创新之处在于能够同时从同一细胞中获取转录组和甲基化组数据，有助于更深入地理解DNA甲基化与基因表达之间的关系	尽管该方法能够同时分析转录组和甲基化组，但大多数表达变异并不能通过近端启动子甲基化来解释	研究目的是探索单细胞内DNA甲基化与基因表达的直接关联	研究对象包括感觉神经元中的单细胞转录组和甲基化组	数字病理学	NA	scMT-seq	NA	转录组和甲基化组数据	使用的是混合小鼠模型中的单个细胞
144	2024-08-09	Application of single-cell RNA sequencing in optimizing a combinatorial therapeutic strategy in metastatic renal cell carcinoma 2016-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0945-9 PMID:27139883	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究转移性肾细胞癌的肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略以提高治疗效果	本文首次利用单细胞RNA测序技术分析肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略，显著提高了治疗效果	NA	研究如何通过单细胞RNA测序技术优化转移性肾细胞癌的联合治疗策略	转移性肾细胞癌及其肺转移	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	一对原发性肾细胞癌及其肺转移样本
145	2024-08-09	CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq 2016-Apr-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0938-8 PMID:27121950	研究论文	本文介绍了CEL-Seq2方法，这是CEL-Seq方法的改进版本，具有更高的灵敏度、更低的成本和更少的操作时间	CEL-Seq2在Fluidigm的C1系统上实现了首个单细胞芯片内条码方法，并展示了其在单细胞RNA测序分析中的经济性、分辨率和易用性方面的独特优势	NA	开发一种灵敏、准确且可重复的单细胞转录组学方法	小鼠成纤维细胞的基因表达变化及其细胞周期进展	单细胞测序	NA	CEL-Seq2	NA	RNA测序数据	小鼠成纤维细胞
146	2024-08-09	In silico lineage tracing through single cell transcriptomics identifies a neural stem cell population in planarians 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0937-9 PMID:27150006	研究论文	本文通过单细胞转录组学和伪时间分析，在扁形动物中识别出一种神经干细胞群体	利用单细胞RNA测序和计算机模拟谱系分析，首次在扁形动物中发现了一种具有神经特性的干细胞亚群（νNeoblasts），并提出了一个新的替代谱系	研究依赖于计算机模拟和单细胞转录组学数据，需要进一步的体内验证	探索扁形动物中的细胞谱系进展和组织再生的机制	扁形动物Schmidtea mediterranea中的干细胞及其后代细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	伪时间分析	转录组数据	168个单个干细胞及其后代细胞
147	2024-08-09	Innate-like functions of natural killer T cell subsets result from highly divergent gene programs 2016-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3437 PMID:27089380	研究论文	本文通过转录组和表观基因组分析以及单细胞RNA测序，研究了胸腺自然杀伤T细胞亚群的高度分化基因程序	首次全面分析了胸腺自然杀伤T细胞亚群的转录组和表观基因组特征，揭示了这些亚群在基因表达和表观遗传上的显著差异	NA	探讨自然杀伤T细胞亚群的功能差异及其背后的基因程序	胸腺自然杀伤T细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据，表观基因组数据	NA
148	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Melanoma Transcriptional Heterogeneity 2016-Jun, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-RW2016-075 PMID:27102072	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了4,645个细胞，揭示了转移性黑色素瘤的转录异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了转移性黑色素瘤的细胞生态系统	NA	探究转移性黑色素瘤的转录异质性	转移性黑色素瘤中的4,645个细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4,645个细胞
149	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2016-04-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11414 PMID:27108815	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胎盘中的细胞类型特异性转录特征，揭示了母胎界面不同细胞类型的功能贡献	首次对胎盘进行单细胞RNA测序分析，识别了Blimp1依赖的转录本在SpA-TGCs中的富集	NA	探究母胎界面不同细胞类型的功能贡献及控制胎盘形态发生和血管拟态的动态基因表达模式	胎盘中的细胞类型特异性转录特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
150	2024-08-09	Cell-cycle-independent transitions in temporal identity of mammalian neural progenitor cells 2016-Apr-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11349 PMID:27094546	research paper	本文通过单细胞转录组分析，研究了不同发育阶段哺乳动物神经前体细胞（APs）的时间身份转换机制	发现APs中基因表达的时间变化与细胞周期无关，且不受Notch激活模式的影响	NA	探究哺乳动物神经前体细胞在脑发育过程中时间身份转换的机制	哺乳动物神经前体细胞（APs）及其在不同发育阶段的基因表达变化	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
151	2024-08-09	Nuclear RNA-seq of single neurons reveals molecular signatures of activation 2016-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11022 PMID:27090946	研究论文	本文通过单核RNA测序（snRNA-seq）方法，研究了激活神经元的转录组变化，揭示了与经验驱动活动诱导相关的转录模式。	本文首次使用snRNA-seq技术，展示了激活神经元转录组的广泛变化，包括MAPK通路基因的诱导，并揭示了激活状态的连续性和伪时间模式。	NA	研究激活神经元的分子动力学，特别是与特定经验相关的差异神经元反应。	小鼠齿状回颗粒细胞在短暂新环境暴露后的激活神经元转录组。	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
152	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos 2016-May-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.03.023 PMID:27062923	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类早期胚胎发育中的细胞谱系和X染色体动态变化	首次提供了人类早期胚胎发育的综合转录图谱，并发现女性细胞在植入前实现了X染色体RNA水平的剂量补偿	研究主要集中在人类早期胚胎发育，未涉及更广泛的发育阶段	探索人类早期胚胎发育的细胞谱系和X染色体动态	人类早期胚胎的细胞谱系和X染色体动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1529个单细胞来自88个人类早期胚胎
153	2024-08-09	Single-cell sequencing in stem cell biology 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0941-0 PMID:27083874	综述	本文综述了单细胞测序技术在干细胞生物学中的应用及其方法学进展和未来展望	单细胞测序技术能够全面解析细胞异质性，并识别出干细胞群体中的不同表型细胞类型	NA	探讨单细胞组学测序技术在干细胞领域的最新进展和未来发展方向	不同类型的干细胞，包括多能干细胞和组织特异性干细胞	生物技术	NA	单细胞基因组、表观基因组和转录组测序技术	NA	基因组数据	NA
154	2024-08-09	Single-cell profiling of lncRNAs in the developing human brain 2016-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0933-0 PMID:27079200	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类大脑发育过程中长非编码RNA（lncRNAs）的表达情况	发现lncRNAs在特定脑细胞中大量表达，而在整体样本中难以检测	NA	探讨lncRNAs在人类大脑发育中的功能和表达模式	人类大脑发育过程中的lncRNAs表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定个体脑细胞样本
155	2024-08-09	Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex 2016-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0932-1 PMID:27081004	研究论文	本文通过链特异性RNA测序深入分析了不同发育阶段人类大脑新皮层中的长非编码RNA（lncRNA），并应用于单细胞转录组分析	首次揭示了lncRNA在单个细胞中的高表达特性及其细胞类型特异性，特别是LOC646329在单个放射状胶质细胞中的富集	NA	研究lncRNA在人类大脑发育中的表达和功能	人类大脑新皮层中的长非编码RNA	数字病理学	NA	链特异性RNA测序	NA	RNA	数百个新皮层细胞
156	2024-08-09	RNA-Seq Profiling of Intact and Enucleated Oocyte SCNT Embryos Reveals the Role of Pig Oocyte Nucleus in Somatic Reprogramming 2016, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0153093 PMID:27070804	研究论文	本研究通过RNA测序分析了完整和去核卵母细胞的SCNT胚胎，揭示了猪卵母细胞核在体细胞重编程中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了完整和去核卵母细胞SCNT胚胎在2细胞和4细胞阶段的转录组差异，为理解卵母细胞核在体细胞重编程中的机制提供了新的见解	研究仅限于猪的卵母细胞和胚胎，可能需要进一步研究以推广到其他物种	探究卵母细胞核在体细胞重编程中的分子机制	猪的完整和去核卵母细胞SCNT胚胎	分子生物学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	539个完整MII卵母细胞和461个去核MII卵母细胞，260个多倍体胚胎和93个传统克隆胚胎
157	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing: revealing human pre-implantation development, pluripotency and germline development 2016-Sep, Journal of internal medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1111/joim.12493 PMID:27046137	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示人类早期发育、多能性和生殖细胞发育方面的应用	单细胞RNA测序技术为系统性探索人类早期胚胎提供了新的强大工具	由于伦理问题、人类胚胎稀缺以及DNA和RNA微量存在，对这一过程的彻底研究仍然受限	探讨单细胞RNA测序技术在人类早期发育研究中的优势和局限	人类早期发育、胚胎干细胞和生殖细胞的建立	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数百个细胞组成的囊胚
158	2024-08-09	Distinct myeloid progenitor-differentiation pathways identified through single-cell RNA sequencing 2016-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3412 PMID:27043410	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者发现了不同的骨髓前体细胞分化途径	本文首次通过单细胞转录组分析，揭示了骨髓前体细胞在分化过程中存在两种不同的途径，一种途径表达转录因子GATA-1，生成肥大细胞、嗜酸性粒细胞、巨核细胞和红细胞；另一种途径不表达该基因，生成单核细胞、中性粒细胞和淋巴细胞	NA	探索骨髓前体细胞的分化途径	骨髓前体细胞的分化途径	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
159	2024-08-09	Expression Analysis Highlights AXL as a Candidate Zika Virus Entry Receptor in Neural Stem Cells 2016-05-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.03.012 PMID:27038591	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，分析了Zika病毒（ZIKV）在发育中的大脑中多个细胞类型的受体表达情况，特别是候选病毒进入受体AXL的表达。	首次揭示AXL在人类放射状胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞和微胶质细胞中的高表达，以及在发育中的小鼠和雪貂皮质及人类干细胞衍生的脑类器官中的保守表达。	NA	探讨Zika病毒感染与胎儿异常和微头症之间的分子和细胞机制。	Zika病毒在发育中的大脑中的受体表达情况，特别是AXL受体。	NA	NA	单细胞RNA测序，免疫组化	NA	RNA	多种细胞类型，包括人类放射状胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞、微胶质细胞，以及小鼠和雪貂的皮质细胞和人类干细胞衍生的脑类器官。
160	2024-08-09	Design and computational analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2016-Apr-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0927-y PMID:27052890	研究论文	本文重点介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验设计和分析的计算方法，及其在不同场景下的优缺点	探讨了scRNA-seq实验中新兴的计算挑战，并提出了未来发展的预期	NA	旨在解决scRNA-seq实验中的计算挑战，并推动该领域的发展	单细胞RNA测序实验的设计和分析方法	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	NA