单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	The contribution of cell cycle to heterogeneity in single-cell RNA-seq data 2016-06-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3498 PMID:27281413	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
122	2024-08-09	SCOUP: a probabilistic model based on the Ornstein-Uhlenbeck process to analyze single-cell expression data during differentiation 2016-Jun-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1109-3 PMID:27277014	研究论文	本文提出了一种基于Ornstein-Uhlenbeck过程的概率模型SCOUP，用于分析细胞分化过程中的单细胞表达数据	SCOUP直接描述了整个分化过程中基因表达的动态变化，包括细胞的分化程度和细胞命运，相较于以往基于降维的方法有所改进	NA	开发一种新的方法来更准确地分析细胞分化过程中的单细胞表达数据	单细胞表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	概率模型	表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
123	2024-08-09	Visualizing Clonal Evolution in Cancer 2016-06-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2016.05.025 PMID:27259197	research paper	本文讨论了如何通过单细胞测序技术快速且经济地展示癌症不稳定性和进化过程	提出了一种新的方法来在一个静态图像中展示肿瘤的时间、谱系和空间方面	NA	探索如何通过可视化技术展示癌症克隆进化	癌症克隆进化	digital pathology	NA	single-cell sequencing	NA	image	NA
124	2024-08-09	Reply to The contribution of cell cycle to heterogeneity in single-cell RNA-seq data 2016-05-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3607 PMID:27281414	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
125	2024-08-09	Tracing haematopoietic stem cell formation at single-cell resolution 2016-05-26, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature17997 PMID:27225119	研究论文	本文通过使用强效表面标记物捕获高纯度的早期造血干细胞前体细胞，并应用单细胞RNA测序分析其分子特征，揭示了造血干细胞形成的分子机制	首次在单细胞分辨率下追踪造血干细胞的形成过程，并揭示了其独特的转录机制、动脉特征、代谢状态、信号通路和转录因子网络	NA	解析体内造血干细胞逐步生成的复杂分子机制，为临床应用中工程化造血干细胞提供信息	造血干细胞及其前体细胞的分子特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及主动脉-性腺-中肾区域的血管内皮细胞、CD45(-)和CD45(+)造血干细胞前体细胞以及胎肝中的造血干细胞
126	2024-08-09	Fast and accurate single-cell RNA-seq analysis by clustering of transcript-compatibility counts 2016-05-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0970-8 PMID:27230763	research paper	本文提出了一种基于转录兼容性读取计数的新方法，用于单细胞转录组分析中的细胞比较和聚类	该方法通过比较和聚类细胞的转录兼容性读取计数，而非标准分析流程中使用的转录本或基因定量，提高了分析速度和适用性	NA	旨在提高单细胞转录组分析的计算效率和通用性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	涉及两个不同但具有里程碑意义的单细胞RNA-seq数据集
127	2024-08-09	Brain trauma elicits non-canonical macrophage activation states 2016-05-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-016-0581-z PMID:27220367	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了创伤性脑损伤（TBI）后单核细胞衍生的脑巨噬细胞的基因表达谱，揭示了巨噬细胞激活状态的多样性和复杂性	发现TBI中的巨噬细胞激活状态不具有排他性，且单个巨噬细胞可以同时表达多个激活状态的标志基因，这与传统的巨噬细胞极化模型不符	NA	研究TBI中巨噬细胞的激活状态及其对病理过程的影响	创伤性脑损伤（TBI）中的单核细胞衍生的脑巨噬细胞	NA	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
128	2024-08-09	Efficient Synergistic Single-Cell Genome Assembly 2016, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2016.00042 PMID:27243002	研究论文	本文介绍了一种新的算法Hybrid De novo Assembler (HyDA)，用于提高单细胞基因组组装的质量	HyDA通过协同组装多个单细胞基因组数据集，显著提高了组装质量，包括预测的功能元素和长度统计	NA	提高单细胞基因组组装的质量和可靠性	单细胞基因组数据集	基因组学	NA	单细胞测序	HyDA	基因组数据	三个未培养的甲烷生成社区成员
129	2024-08-09	Quality control of single-cell RNA-seq by SinQC 2016-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw176 PMID:27153613	research paper	本文介绍了一种名为SinQC的方法和软件工具，用于检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中的技术伪影	SinQC通过整合基因表达模式和数据质量信息来检测技术伪影，提高了scRNA-seq数据质量控制的效率	NA	开发和验证一种用于检测scRNA-seq样本中技术伪影的方法和软件工具	scRNA-seq样本中的技术伪影	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	九个不同的scRNA-seq数据集
130	2024-08-09	TSCAN: Pseudo-time reconstruction and evaluation in single-cell RNA-seq analysis 2016-07-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw430 PMID:27179027	研究论文	TSCAN 是一种用于单细胞 RNA-seq 分析中伪时间重建和评估的软件工具，通过基于聚类的最小生成树 (MST) 方法对细胞进行排序	TSCAN 提供了一种新的基于聚类的 MST 方法来排序细胞，并开发了图形用户界面 (GUI) 和定量评估方法来比较不同的伪时间重建方法	NA	开发和评估用于单细胞 RNA-seq 数据中伪时间重建的计算工具	单细胞 RNA-seq 数据中的细胞排序和基因表达动态变化	生物信息学	NA	单细胞 RNA-seq	最小生成树 (MST)	RNA-seq 数据	NA
131	2024-08-09	SCell: integrated analysis of single-cell RNA-seq data 2016-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw201 PMID:27153637	研究论文	本文介绍了SCell，一个集成软件工具，用于单细胞RNA-seq数据的质量过滤、归一化、特征选择、迭代降维、聚类和基因表达梯度估计	SCell提供了一个直观的图形界面，并支持高吞吐量的单细胞RNA-seq数据预处理	NA	开发一个集成工具，用于处理和分析大规模的单细胞RNA-seq数据集	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	大规模的单细胞RNA-seq数据集
132	2024-08-09	Beta-Poisson model for single-cell RNA-seq data analyses 2016-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw202 PMID:27153638	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据分析的Beta-Poisson混合模型，并将其集成到广义线性模型框架中进行差异表达分析	提出的Beta-Poisson模型能够捕捉单细胞基因表达分布的双峰性，这是传统gamma-Poisson模型无法做到的	NA	开发新的统计模型以更好地分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	Beta-Poisson混合模型	基因表达数据	多个真实单细胞RNA测序数据集，约90%的转录本被Beta-Poisson模型良好表征
133	2024-08-09	Single-cell gene expression profiling and cell state dynamics: collecting data, correlating data points and connecting the dots 2016-06, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2016.04.015 PMID:27152696	研究论文	本文综述了单细胞基因表达分析技术及其在细胞状态动态研究中的应用	介绍了将单细胞分辨率测量与动力系统理论相联系的原则	NA	探讨单细胞分析技术如何帮助理解细胞状态动态及其背后的分子调控网络	单细胞基因表达和蛋白质表达的分子谱	生物信息学	NA	单细胞qPCR, 单细胞RNA-Seq, CyTOF	NA	分子谱数据	NA
134	2024-08-09	Systematic Reconstruction of Molecular Cascades Regulating GP Development Using Single-Cell RNA-Seq 2016-05-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.04.043 PMID:27160914	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，重建了生长板发育的分子级联反应	开发了一种名为Sinova的生物信息学管道，能够以时间和空间的高分辨率从头重建生理性的生长板发育过程	NA	系统地理解生长板发育的分子机制	生长板中的单细胞基因表达模式	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	无监督模型	基因表达数据	217个单细胞
135	2024-08-09	The leak channel NALCN controls tonic firing and glycolytic sensitivity of substantia nigra pars reticulata neurons 2016-05-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.15271 PMID:27177420	研究论文	研究探讨了泄漏通道NALCN在维持黑质网状部神经元静息放电和糖酵解敏感性中的作用	首次揭示了NALCN在黑质网状部神经元中的表达及其对自发放电的影响，并阐明了其在通过糖酵解变化和毒蕈碱型乙酰胆碱受体激活调节兴奋性中的作用	NA	理解黑质网状部神经元如何维持静息活动	小鼠黑质网状部神经元的转录组	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
136	2024-08-09	Erratum to: 'Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data' 2016-May-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-2609-2 PMID:27164840	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
137	2024-08-09	Exploiting single-cell expression to characterize co-expression replicability 2016-May-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0964-6 PMID:27165153	研究论文	本文利用单细胞表达数据来研究共表达网络的可重复性及其基因间连接的基本驱动因素	首次对单细胞共表达进行了大规模分析，并识别了影响共表达的技术因素	共表达分析常被视为黑箱，结果难以追溯到数据基础	理解共表达网络中基因间连接和可重复性的基本驱动因素	单细胞RNA测序数据中的共表达网络	功能基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	31项研究的样本，以及126个皮质中间神经元的单细胞RNA-seq实验
138	2024-08-09	Understanding How Zika Virus Enters and Infects Neural Target Cells 2016-05-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.04.009 PMID:27152436	研究论文	研究使用人类神经干细胞模型和单细胞RNA测序技术，探讨寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和潜在进入受体	利用单细胞RNA测序技术，首次详细研究了寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和进入机制	NA	探讨寨卡病毒如何进入并感染神经目标细胞	寨卡病毒及其对神经干细胞的影响	NA	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
139	2024-08-09	Single-Cell Genomics for Virology 2016-05-04, Viruses DOI:10.3390/v8050123 PMID:27153082	综述	本文综述了单细胞测序技术在病毒学领域的应用，探讨了其在揭示病毒多样性和细胞对病毒感染反应中的新途径	首次将单细胞测序分析应用于病毒学领域，为探索病毒多样性和细胞反应提供了新方法	NA	总结单细胞测序技术在病毒学中的应用	病毒多样性和细胞对病毒感染的反应	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
140	2024-08-09	Heterogeneity of Mesp1+ mesoderm revealed by single-cell RNA-seq 2016-06-03, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2016.04.139 PMID:27131741	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了Mesp1+中胚层细胞的异质性	揭示了Mesp1诱导的中胚层细胞内在的异质性，并发现了倾向于造血或心脏发育的亚群	NA	探索Mesp1+中胚层细胞的异质性	Mesp1+中胚层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA