单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	Single-cell TCRseq: paired recovery of entire T-cell alpha and beta chain transcripts in T-cell receptors from single-cell RNAseq 2016-07-27, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-016-0335-7 PMID:27460926	研究论文	本文介绍了一种名为single-cell TCRseq（scTCRseq）的新方法，用于从配对末端单细胞RNA测序读取中识别和组装全长重排的T细胞受体序列	该方法具有从配对末端单细胞RNA测序读取中恢复配对α和β片段的新颖能力	NA	准确表征T细胞受体α和β链的谱系，以理解适应性免疫	T细胞受体α和β链的全长重排序列	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
102	2024-08-09	Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing 2016, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/celldisc.2016.10 PMID:27462457	研究论文	本文通过结合胚胎活检和单细胞测序技术，研究了体细胞克隆胚胎发育停滞的关键因素	首次开发了体细胞核转移胚胎的活检系统，并利用单细胞转录组测序技术，发现了Kdm4b和Kdm5b的失活是克隆胚胎发育停滞的关键因素	NA	探索体细胞克隆胚胎发育停滞的分子机制	体细胞克隆胚胎的发育过程	生物技术	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	不同发育命运的体细胞核转移胚胎
103	2024-08-09	Cellular Taxonomy of the Mouse Striatum as Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2016-07-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.06.059 PMID:27425622	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示小鼠纹状体的细胞分类	首次通过微流控和FACS技术进行单细胞RNA测序，详细分类了小鼠纹状体的细胞多样性，并发现了多种标记基因和特定功能状态的细胞亚型	NA	揭示小鼠纹状体的细胞类型及其功能多样性	小鼠纹状体的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠纹状体的多种细胞类型
104	2024-08-09	Single-cell Sequencing of Thiomargarita Reveals Genomic Flexibility for Adaptation to Dynamic Redox Conditions 2016, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2016.00964 PMID:27446006	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了Thiomargarita的基因组，揭示了其在动态氧化还原条件下适应性的基因组灵活性	发现了Thiomargarita nelsonii Thio36的新陈代谢途径，包括硝酸盐呼吸、硫氧化和无机碳固定，以及一种新的基于黄素的能量分支途径	NA	探索Thiomargarita在动态氧化还原条件下的适应性和其基因组的独特特征	Thiomargarita nelsonii Thio36的单细胞基因组及其与其他Beggiatoaceae成员的比较	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	一个链状的'Candidatus Thiomargarita nelsonii Thio36'样本，以及五个其他Beggiatoaceae成员的草图基因组和一个完整基因组
105	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of the Human Endocrine Pancreas 2016-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db16-0405 PMID:27364731	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对来自不同年龄和糖尿病类型的捐献者的人类内分泌胰腺进行分析	首次展示了糖尿病患者α-和β-细胞的表达特征与儿童相似，表明存在部分去分化过程，并发现Sonic hedgehog信号通路在人类α-细胞增殖中的激活	NA	揭示人类内分泌胰腺细胞的异质性并检测稀有细胞状态	人类胰腺胰岛中的多种内分泌细胞类型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个死亡器官捐献者的胰岛，包括儿童、健康成年人和1型或2型糖尿病患者
106	2024-08-09	Single-cell pluripotency regulatory networks 2016-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.201500528 PMID:27357612	研究论文	本文讨论了使用新型单细胞转录组学和蛋白质组学重建单细胞中调控网络的方法，以扩展我们对多能性分子基础的理解	采用单细胞转录组学和蛋白质组学技术，以更精细的粒度研究多能干细胞中的调控网络	目前对多能干细胞中响应信号通路与核心转录调控网络的时空整合理解尚不完整	扩展对多能性分子基础的理解，包括多能干细胞群体中细胞间变异性的作用及调控网络的控制方法	多能干细胞中的调控网络	NA	NA	单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
107	2024-08-09	Single-cell RNA-seq technology lends a hand into HSC ontogeny 2016-Sep, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-016-5092-8 PMID:27376532	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
108	2024-08-09	A single-cell resolution map of mouse hematopoietic stem and progenitor cell differentiation 2016-08-25, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2016-05-716480 PMID:27365425	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对超过1600个单个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）进行了分析，以揭示HSPC分化过程中的动态分子变化。	首次展示了单细胞分辨率的HSPC分化图谱，并开发了一个直观的网络界面作为社区资源，用于可视化任何选定基因在HSPCs中的单细胞分辨率表达。	NA	探索造血干细胞和祖细胞分化过程中的细胞命运决策和分子变化。	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化过程。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1600个单个HSPCs
109	2024-08-09	Laser capture microscopy coupled with Smart-seq2 for precise spatial transcriptomic profiling 2016-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms12139 PMID:27387371	研究论文	本文介绍了一种结合激光捕获显微镜（LCM）和全长mRNA测序（LCM-seq）的高效策略，用于单细胞转录组学研究	该方法无需组织解离，简化了实验流程并降低了技术噪声，适用于从单个捕获细胞中获取生物学见解	NA	开发一种高效且稳健的LCM-seq方法，用于精确的空间转录组学分析	从鼠组织和人类死后组织中分离的神经元	数字病理学	NA	LCM-seq	NA	转录组数据	单个捕获细胞
110	2024-08-09	Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics 2016-Jul-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaf2403 PMID:27365449	研究论文	本文介绍了一种名为“空间转录组学”的方法，能够在组织切片中以空间分辨率可视化和定量分析转录组	提出了一种新的“空间转录组学”策略，能够在组织切片中同时可视化和定量分析大量基因表达	NA	开发一种能够在组织切片中以空间分辨率可视化和定量分析转录组的新方法	小鼠大脑和人类乳腺癌组织切片中的基因表达	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	图像	小鼠大脑和人类乳腺癌组织切片
111	2024-08-09	Depletion of Ribosomal RNA Sequences from Single-Cell RNA-Sequencing Library 2016-07-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/cpmb.11 PMID:27366895	研究论文	本文介绍了一种从单细胞RNA测序文库中去除核糖体RNA序列的新方法	使用热稳定的双链特异性核酸酶有效去除核糖体RNA序列，适用于单细胞或微量RNA的RNA-seq文库构建	需要高输入量的总RNA，不适用于单细胞水平或有限输入DNA	提高单细胞RNA测序技术的准确性和效率	单细胞RNA测序文库中的核糖体RNA序列	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞或微量RNA
112	2024-08-09	GiniClust: detecting rare cell types from single-cell gene expression data with Gini index 2016-07-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1010-4 PMID:27368803	研究论文	本文介绍了一种名为GiniClust的新型计算方法，用于从单细胞基因表达数据中检测稀有细胞类型	GiniClust利用Gini指数提高了检测稀有细胞类型的敏感性和特异性	NA	开发一种新的计算方法来检测单细胞基因表达数据中的稀有细胞类型	单细胞基因表达数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GiniClust	基因表达数据	涉及小鼠胚胎干细胞和皮质及海马中的细胞样本
113	2024-08-09	De Novo Prediction of Stem Cell Identity using Single-Cell Transcriptome Data 2016-08-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.05.010 PMID:27345837	研究论文	本文介绍了一种从单细胞转录组数据中推导出谱系树并识别干细胞的计算方法	提出了StemID算法，用于从所有可检测的细胞类型中识别干细胞	NA	开发一种新的计算方法来预测和识别干细胞	成人有丝分裂组织中的干细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	StemID算法	转录组数据	涉及小肠中的Lgr5+细胞和骨髓中的造血干细胞
114	2024-08-09	Long noncoding RNAs: Central to nervous system development 2016-Dec, International journal of developmental neuroscience : the official journal of the International Society for Developmental Neuroscience IF:1.7Q4 DOI:10.1016/j.ijdevneu.2016.06.001 PMID:27296516	research paper	本文探讨了长非编码RNA（lncRNAs）在中枢神经系统（CNS）发育中的作用	lncRNAs在CNS发育中展现出功能多样性，为研究提供了新的视角	lncRNAs的表达水平低于蛋白质编码RNA，增加了研究的复杂性	研究lncRNAs在CNS特定分化中的作用	长非编码RNA（lncRNAs）及其在中枢神经系统发育中的功能	NA	NA	NA	NA	NA	NA
115	2024-08-09	Genetic screens to study the immune system in cancer 2016-08, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2016.05.007 PMID:27309352	研究论文	本文利用RNA干扰和CRISPR/Cas9技术，系统地发现调控免疫细胞与肿瘤细胞相互作用关键通路的基因	本文通过体内筛选方法，识别限制抗肿瘤免疫效果的基因，并结合单细胞RNA测序实验，定义功能不同的免疫细胞亚群之间的差异表达基因	NA	研究免疫系统在癌症中的作用	免疫细胞与肿瘤细胞相互作用的基因调控	数字病理学	癌症	RNA干扰, CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
116	2024-08-09	Visualization and cellular hierarchy inference of single-cell data using SPADE 2016-07, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.066 PMID:27310265	研究论文	本文描述了使用SPADE算法进行单细胞数据可视化和细胞层次结构推断的方法	SPADE算法最初是为流式和质谱细胞术单细胞数据开发的，本文展示了其对单细胞RNA测序数据的适用性，并提出了一种结合t-SNE和SPADE的集成策略	NA	介绍和应用SPADE算法进行单细胞数据分析	单细胞数据及其细胞亚群的层次结构	生物信息学	NA	SPADE算法	NA	单细胞数据	NA
117	2024-08-09	Tumor Heterogeneity, Single-Cell Sequencing, and Drug Resistance 2016-Jun-16, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph9020033 PMID:27322289	研究论文	本文探讨了肿瘤异质性、单细胞测序与药物抗性的关系，并讨论了单细胞测序技术在个性化肿瘤治疗中的应用前景	单细胞测序技术为理解肿瘤异质性的基因组原理提供了新的视角，并为更有效的肿瘤治疗奠定了基础	单细胞的分离和测序仍然是一个技术挑战，包括单细胞分离、全基因组扩增和转录组广泛的下一代测序技术	探讨肿瘤异质性与药物抗性的关系，并评估单细胞测序在个性化肿瘤治疗中的应用	肿瘤异质性、单细胞测序技术及其在药物抗性和个性化治疗中的应用	数字病理学	肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	单个肿瘤细胞
118	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Technology in Oncology: Applications for Clinical Therapies and Research 2016, Analytical cellular pathology (Amsterdam) DOI:10.1155/2016/9369240 PMID:27313981	review	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤学中的应用，特别是其在临床治疗和研究中的潜力	单细胞测序技术能够分析单个细胞的基因多态性，有助于揭示肿瘤细胞的异质性	NA	探讨单细胞测序技术在肿瘤治疗和研究中的应用	肿瘤细胞的异质性和遗传多态性	digital pathology	NA	单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组和表观基因组数据	NA
119	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Steps Up to the Growth Plate 2016-07, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2016.05.007 PMID:27260936	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序技术的发展及其在数据分析方面的挑战，并提出了一个名为Sinova的单细胞分析平台	提出了Sinova平台，该平台能够对发育过程进行时间、空间和调控重建	NA	探讨单细胞RNA测序技术在数据分析方面的应用	单细胞RNA测序技术及其分析平台	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
120	2024-08-09	Dissecting direct reprogramming from fibroblast to neuron using single-cell RNA-seq 2016-06-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature18323 PMID:27281220	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了从胚胎成纤维细胞直接重编程为诱导神经细胞的过程	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细揭示了细胞在直接重编程过程中的分子路径和中间阶段	研究主要集中在重编程的后期阶段，对于早期阶段的详细机制仍有待进一步研究	旨在深入理解细胞直接重编程过程中的转录组状态	胚胎成纤维细胞到诱导神经细胞的重编程过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个时间点的单细胞样本