单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Single-nucleus RNA-seq of differentiating human myoblasts reveals the extent of fate heterogeneity 2016-12-01, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw739 PMID:27566152	研究论文	本研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）分析了分化中的人肌原细胞，揭示了命运异质性的程度	本研究采用了单核转录组分析方法，克服了传统单细胞微流控技术在捕获大型多核细胞方面的不足，并发现了单核RNA测序在捕获核富集的长非编码RNA（lncRNAs）和miRNA前体方面的独特优势	NA	研究目的是通过单核RNA测序技术揭示人肌原细胞分化过程中的转录组变化和命运异质性	研究对象是分化中的人肌原细胞及其转录组	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了永生化的人肌原细胞进行单细胞（scRNA-seq）和单核（snRNA-seq）RNA测序分析
82	2024-08-09	A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.202903.115 PMID:27558250	研究论文	本文介绍了一种集成化的生物化学-计算平台，用于通用的单细胞谱系分析，该平台具有回顾性、成本效益高且可扩展的特点	该平台结合了生物化学和计算方法，能够生成单细胞的谱系树，克服了传统方法依赖低分辨率批量分析或大量单细胞测序的局限	NA	开发一种通用的、成本效益高的、可扩展的单细胞谱系分析平台	单细胞谱系分析	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	从体外培养的树中采集的细胞
83	2024-08-09	Zika Virus Disrupts Phospho-TBK1 Localization and Mitosis in Human Neuroepithelial Stem Cells and Radial Glia 2016-09-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.038 PMID:27568284	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了寨卡病毒（ZIKV）感染人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）对神经发育的影响	首次揭示了ZIKV感染导致磷酸化TBK1在细胞分裂期间重新定位和细胞死亡的机制，并发现核苷类似物能抑制ZIKV复制，保护细胞免受ZIKV诱导的pTBK1重新定位和细胞死亡	NA	揭示寨卡病毒感染相关的神经发育缺陷的细胞和分子机制及其潜在治疗方法	人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）	NA	神经发育缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
84	2024-08-09	A developmental coordinate of pluripotency among mice, monkeys and humans 2016-09-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19096 PMID:27556940	研究论文	本文通过全面的单细胞RNA测序研究了猕猴（Macaca fascicularis）的植入前和植入后胚胎外胚层（EPI）发育过程，探讨了人类和灵长类多能性的发生机制	发现了猕猴EPI在植入后经历主要转录组变化，并稳定维持其转录组超过一周，同时保留独特的多能性基因集并获得'神经分化'特性	NA	探索人类和灵长类多能性的发生机制	猕猴的植入前和植入后胚胎外胚层发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
85	2024-08-09	Disentangling neural cell diversity using single-cell transcriptomics 2016-08-26, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4366 PMID:27571192	研究论文	本文提供了一个关于使用单细胞基因表达谱技术对神经细胞类型进行分类的概念性和实践性指南	利用高吞吐量的单细胞RNA测序和多重定量RT-PCR技术，系统地将单个神经元分类为具有相似分子特性的组	NA	系统地分类所有哺乳动物神经元，以解构神经系统为其基本组成部分	哺乳动物神经系统中的神经元多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百万到数十亿个神经元
86	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals distinct injury responses in different types of DRG sensory neurons 2016-08-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep31851 PMID:27558660	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了在坐骨神经切断（SNT）后3天的非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）在控制和损伤条件下的反应	发现了与神经元发育、蛋白质翻译和细胞质运输相关的新的再生相关基因（RAGs），并揭示了不同类型DRG感觉神经元在单个神经元水平上对损伤的独特和持续的转录组反应	NA	研究外周神经损伤后感觉神经元的不同损伤反应	非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
87	2024-08-09	Comprehensive Classification of Retinal Bipolar Neurons by Single-Cell Transcriptomics 2016-Aug-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.07.054 PMID:27565351	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序和优化的计算方法，对小鼠视网膜双极细胞进行了全面的分子分类	本文发现了两种新的双极细胞类型，其中一种具有非典型的形态和位置	NA	解决生成全面、与传统分类方案协调且无多余细分真实类型的分类学挑战	小鼠视网膜双极细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约25,000个双极细胞
88	2024-08-09	Detection of high variability in gene expression from single-cell RNA-seq profiling 2016-08-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-2897-6 PMID:27556924	研究论文	本文开发了一种基因表达变异模型（GEVM），利用变异系数（CV）与平均表达水平之间的关系来处理单细胞数据的过度分散，并量化可变表达基因（VEGs）的统计显著性	提出了一个基因表达变异模型（GEVM），用于识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因，并通过模拟和真实数据验证了其鲁棒性	NA	开发一种基因表达变异模型，以识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因表达变异模型（GEVM）	单细胞RNA测序数据	不同数量的细胞和变异水平的模拟数据，以及两个使用不同单细胞协议的真实scRNA-seq数据集
89	2024-08-09	C. elegans Stress-Induced Sleep Emerges from the Collective Action of Multiple Neuropeptides 2016-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2016.07.048 PMID:27546573	研究论文	本文研究了秀丽隐杆线虫（C. elegans）中细胞应激诱导睡眠的遗传机制，发现多个神经肽的集体作用是这一过程的关键	首次系统研究了秀丽隐杆线虫中四种高度富集的神经肽在应激诱导睡眠中的作用，并发现这些神经肽通过集体作用控制睡眠	文章未详细讨论这些神经肽在其他生物或更复杂生物中的作用	探究秀丽隐杆线虫中应激诱导睡眠的遗传基础及其神经肽的调控机制	秀丽隐杆线虫中的神经肽及其在应激诱导睡眠中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及四种神经肽及其突变体和过表达研究
90	2024-08-09	Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in human and mouse early embryos based on single-cell transcriptome data 2016-Sep-20, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.11304 PMID:27542205	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据对人和小鼠早期胚胎中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析	首次展示了lncRNA在人类早期胚胎发育中的动态和功能，特别是在受精和胚胎正常发育中的作用	研究主要基于公共的单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	探讨lncRNA在人类早期胚胎发育中的分子机制	人和小鼠早期胚胎中的lncRNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
91	2024-08-09	Single-cell RNAseq reveals cell adhesion molecule profiles in electrophysiologically defined neurons 2016-08-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1610155113 PMID:27531958	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了电生理定义的中间神经元和投射神经元中细胞粘附分子的表达谱	本文首次识别了两个独立、发育调控的相互作用基因网络，这些基因编码细胞粘附、胞吐和信号转导相关的分子	本文未详细讨论这些基因网络在神经元连接特异性中的具体作用机制	揭示神经元连接的分子逻辑	中间神经元和投射神经元中的细胞粘附分子	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确具体数量
92	2024-08-09	The Spectrum and Regulatory Landscape of Intestinal Innate Lymphoid Cells Are Shaped by the Microbiome 2016-Aug-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.07.043 PMID:27545347	研究论文	本研究通过结合全基因组RNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq技术，分析了小肠固有淋巴细胞（ILCs）的转录和表观遗传特征，揭示了ILCs的多种基因表达谱和调控元件，并探讨了微生物组对其调控景观的影响。	首次全面揭示了小肠ILCs的转录身份谱，并阐明了微生物组对ILCs调控景观的影响。	NA	研究小肠固有淋巴细胞的转录身份谱及其与微生物组的关系。	小肠固有淋巴细胞（ILCs）及其与微生物组的相互作用。	免疫学	NA	RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术和质谱细胞术	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	数千个不同的基因表达谱和调控元件
93	2024-08-09	FastProject: a tool for low-dimensional analysis of single-cell RNA-Seq data 2016-Aug-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1176-5 PMID:27553427	研究论文	介绍了一种名为FastProject的软件工具，用于单细胞RNA-Seq数据的低维分析和可视化	FastProject提供了一种新的方法来对每个细胞进行基因签名评分，以最小化遗漏转录本的影响，并提供了一种方法来排序签名-投影配对，以便快速识别有意义的关联	在分析单细胞数据时，细胞之间的关系可能会被技术混杂因素（如基因捕获率的变异）所掩盖	开发一种工具，帮助分析和解释单细胞RNA-Seq数据，并提供生物学相关的低维数据可视化	单细胞RNA-Seq数据	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达矩阵	单细胞数据
94	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals novel regulators of human embryonic stem cell differentiation to definitive endoderm 2016-08-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1033-x PMID:27534536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类胚胎干细胞衍生的谱系特异性前体细胞的转录组，揭示了决定性内胚层分化的关键时间窗口和分子机制	本文开发了两种新的统计工具SCPattern和Wave-Crest，用于识别阶段特异性基因和重构分化轨迹，并验证了KLF8在调节中内胚层向决定性内胚层分化中的关键作用	NA	研究人类胚胎干细胞分化为决定性内胚层的细胞和分子机制	人类胚胎干细胞及其衍生的谱系特异性前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1776个细胞
95	2024-08-09	scphaser: haplotype inference using single-cell RNA-seq data 2016-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw484 PMID:27497440	研究论文	本文介绍了scphaser，一个用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断单倍型的R包	scphaser能够有效地重建已知单倍型，并能推断罕见和新生变异以及基因内相距较远的变异	NA	利用单细胞RNA测序数据推断单倍型，以模拟遗传变异对二倍体生物表型的影响	单细胞RNA测序数据中的单倍型推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和小鼠的基因
96	2024-08-09	Characterizing polymorphic inversions in human genomes by single-cell sequencing 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.201160.115 PMID:27472961	研究论文	本文通过结合单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）与定制分析软件，快速发现、映射和基因型化高分辨率的基因组重排，研究了异质细胞群中倒位的分布和频率	本文开发了一种新的框架，用于在单细胞样本中研究结构变异和基因组异质性	NA	揭示驱动表型和疾病易感性的功能性变异	人类基因组中的多态性倒位	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	两个无关个体的整个基因组倒位
97	2024-08-09	End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207902.116 PMID:27470110	研究论文	本文介绍了End Sequence Analysis Toolkit (ESAT)，该工具能够从单细胞RNA-seq数据中提取更多信息	ESAT能够检测到传统计算方法无法识别的LPS刺激下3'-isoform的缩短，并能识别出复杂的细胞类型和激素分泌与血管化的相互作用	NA	开发一种新的计算工具，用于分析RNA-seq数据中的转录末端信息	单细胞和批量RNA-seq数据	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	1000个单个胰腺胰岛细胞的cDNA文库
98	2024-08-09	Single-cell analyses of X Chromosome inactivation dynamics and pluripotency during differentiation 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.201954.115 PMID:27486082	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，系统分析了小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	首次揭示了X染色体失活状态在不同发育阶段的显著变异性，并发现了与女性胚胎干细胞延迟进展相关的新通路	NA	探讨胚胎发育过程中多能性、分化和X染色体失活之间的关系及其机制	小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
99	2024-08-09	Single-Cell RNAseq Reveals That Pancreatic β-Cells From Very Old Male Mice Have a Young Gene Signature 2016-09, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2016-1235 PMID:27466694	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了老年小鼠胰腺β细胞的基因表达特征，发现其与年轻小鼠的β细胞基因表达特征相似	发现老年小鼠的胰腺β细胞功能随年龄增长而改善，这与通常认为的衰老导致功能下降的观点相反	研究仅限于雄性小鼠，且样本量较小	探讨年龄增长如何通过基因表达变化影响胰腺β细胞功能	3个月和26个月大的小鼠胰腺β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个月和26个月大的小鼠各若干只
100	2024-08-09	Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing 2016-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3955 PMID:27479330	研究论文	本文开发了一种基于水凝胶的虚拟微流体系统，用于核酸扩增反应的隔离，并应用于单细胞全基因组测序。	该系统提供了一种简单且稳健的替代方案，用于替代复杂的工程微流体系统，并展示了与液体MDA反应相比，单细胞MDA产物具有更好的覆盖均匀性和显著降低的嵌合现象。	NA	开发一种新型的虚拟微流体系统，用于单细胞全基因组测序。	水凝胶基虚拟微流体系统，核酸扩增反应，单细胞全基因组测序。	数字病理学	NA	数字多重位移扩增（dMDA）	NA	DNA	包括纯化的DNA模板、培养的细菌细胞和人类微生物组样本。