单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Protein C receptor (PROCR) is a negative regulator of Th17 pathogenicity 2016-10-17, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20151118 PMID:27670590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析病原性与非病原性Th17细胞，发现蛋白C受体（PROCR）作为Th17细胞表面分子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	首次揭示PROCR作为Th17细胞的负调控因子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	NA	探讨蛋白C受体（PROCR）在Th17细胞分化和病原性中的作用	Th17细胞及其在自身免疫疾病中的作用	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	病原性与非病原性Th17细胞
62	2024-08-09	RNA Sequencing of Single Human Islet Cells Reveals Type 2 Diabetes Genes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.018 PMID:27667665	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了1,492个人类胰腺α、β、δ和PP细胞的转录组，以揭示2型糖尿病相关的基因	本研究发现的245个在2型糖尿病中表达失调的基因中，92%的基因此前未与胰岛细胞功能或生长相关联	NA	揭示2型糖尿病相关的基因	人类胰腺α、β、δ和PP细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1,492个细胞
63	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.020 PMID:27667667	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对健康和2型糖尿病患者的胰腺胰岛细胞进行了详细的转录特征分析	首次对人类胰腺胰岛中的各种内分泌和外分泌细胞类型进行了全面的基因表达程序定义，包括罕见的δ、γ、ε细胞和星形细胞	NA	研究胰腺胰岛细胞在健康和2型糖尿病状态下的转录特征	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	数千个来自健康和2型糖尿病捐赠者的胰腺胰岛细胞
64	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in A-to-I RNA editome during early human embryogenesis 2016-Sep-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3115-2 PMID:27687780	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑组的动力学变化	首次揭示了人类早期胚胎发育中A-to-I RNA编辑活动的动态变化及其阶段特异性	NA	探究人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑活动的变化	人类早期胚胎从卵母细胞到桑葚胚阶段的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	68个单细胞，来自29个人类胚胎
65	2024-08-09	Single-cell SNP analyses and interpretations based on RNA-Seq data for colon cancer research 2016-Sep-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep34420 PMID:27677461	研究论文	本研究利用单细胞和批量结肠癌样本的RNA-Seq数据进行单细胞SNP分析，并探讨了与结肠癌相关通路的SNP富集模式及基因表达	本研究不仅重现了批量样本的SNP分析结果，还检测了细胞间和细胞与批量样本间的变异，有助于早期诊断和识别单细胞水平上癌症的确切机制	由于获取、扩增和分析单细胞遗传材料的困难，单细胞多样性评估如单核苷酸多态性（SNP）分析仍存在障碍	探索单细胞水平上的SNP分析在结肠癌研究中的应用	结肠癌样本的单细胞和批量RNA-Seq数据	数字病理学	结肠癌	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	单细胞和批量结肠癌样本
66	2024-08-09	Identifying and removing the cell-cycle effect from single-cell RNA-Sequencing data 2016-Sep-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep33892 PMID:27670849	研究论文	本文介绍了一种名为ccRemover的新方法，用于识别并去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	ccRemover方法能够可靠地识别细胞周期效应并将其去除，同时保留数据中其他感兴趣的生物信号	NA	开发一种有效的方法来去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应，以提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用模拟数据和三个真实的单细胞RNA测序数据集进行验证
67	2024-08-09	The Homeobox Transcription Factor RHOX10 Drives Mouse Spermatogonial Stem Cell Establishment 2016-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.090 PMID:27681428	研究论文	本文报道了转录因子RHOX10在鼠精子干细胞（SSCs）初始建立中的关键作用	首次识别出X连锁同源异型盒基因Rhox10在SSCs初始生成中的作用，揭示了X连锁基因簇进化的意义及影响成体干细胞生成的调控机制	NA	探究成体干细胞的发育起源，特别是精子干细胞的初始建立	鼠精子干细胞（SSCs）及转录因子RHOX10的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括Rhox10在内的33个基因的X连锁同源异型盒基因簇的条件性缺失实验
68	2024-08-09	MERVL/Zscan4 Network Activation Results in Transient Genome-wide DNA Demethylation of mESCs 2016-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.087 PMID:27681430	研究论文	本文研究了小鼠胚胎干细胞中MERVL/Zscan4网络激活导致的短暂全基因组DNA去甲基化现象	首次详细描述了MERVL/Zscan4状态下的单细胞转录组动态变化及其对全基因组DNA甲基化和染色质可及性的影响	NA	探讨MERVL/Zscan4网络激活对小鼠胚胎干细胞全基因组DNA甲基化的影响	小鼠胚胎干细胞中的MERVL/Zscan4网络及其对DNA甲基化的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
69	2024-08-09	Differences and similarities between human and chimpanzee neural progenitors during cerebral cortex development 2016-09-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.18683 PMID:27669147	研究论文	本文通过分析人类和黑猩猩的脑类器官，使用免疫荧光组织化学、活体成像和单细胞转录组学方法，探讨了大脑皮层发育过程中神经前体细胞的差异和相似性。	发现人类和黑猩猩的细胞类型组成和神经发生基因表达程序非常相似，但在活体成像中观察到人类顶端前体细胞有丝分裂前期-中期的延长。	NA	研究人类和黑猩猩大脑皮层发育过程中神经前体细胞的差异和相似性。	人类和黑猩猩的神经前体细胞。	神经科学	NA	免疫荧光组织化学、活体成像、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	人类和黑猩猩的脑类器官样本
70	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos 2016-Sep-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.08.009 PMID:27662094	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
71	2024-08-09	Transcriptome sequencing of HER2-positive breast cancer stem cells identifies potential prognostic marker 2016-Nov, Tumour biology : the journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine DOI:10.1007/s13277-016-5351-0 PMID:27629143	研究论文	本研究利用单细胞测序技术对HER2阳性乳腺癌干细胞进行转录组测序，并鉴定出潜在的预后标志物CA12	首次对HER2阳性乳腺癌干细胞进行单细胞转录组测序，并发现新的预后标志物CA12	研究样本仅来自两名HER2阳性患者，可能影响结果的普遍性	发现新的乳腺癌干细胞标志物，并探索其作为治疗靶点和预后标志物的潜力	HER2阳性乳腺癌干细胞及其转录组特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	两名HER2阳性患者的乳腺癌组织及其邻近正常乳腺组织
72	2024-08-09	Direct chromosome-length haplotyping by single-cell sequencing 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209841.116 PMID:27646535	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）方法，用于直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型	首次提出使用Strand-seq方法直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型，无需使用代际信息或统计推断	NA	开发一种新的方法来直接绘制每个亲本染色体的独特遗传组成	二倍体基因组的分型和家族中减数分裂重组事件的映射	基因组学	NA	单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）	NA	基因组数据	一个HapMap个体（NA12878）和一个家族三重奏
73	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals that Differentiation and Spatial Signatures Shape Epidermal and Hair Follicle Heterogeneity 2016-09-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.010 PMID:27641957	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠休止期表皮细胞异质性的转录调控机制	本研究首次在单细胞水平上重建了表皮分化和毛囊近端-远端轴的基因表达程序，并展示了干细胞区室的异质性如何反映这一模型	NA	探讨小鼠表皮及其毛囊细胞异质性的转录调控机制	小鼠休止期表皮及其毛囊细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	1,422个单细胞转录组
74	2024-08-09	High-throughput single-cell gene-expression profiling with multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization 2016-09-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1612826113 PMID:27625426	研究论文	本文报道了通过改进多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术，大幅提高单细胞基因表达分析的通量	通过使用化学切割代替光漂白去除荧光信号、扩大成像视野和采用多色成像等方法，将MERFISH的通量提高了两个数量级	NA	提高基于图像的单细胞转录组学方法的通量	人类细胞的RNA表达	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	超过100,000个人类细胞，单次测量最多可达40,000个细胞
75	2024-08-09	nbCNV: a multi-constrained optimization model for discovering copy number variants in single-cell sequencing data 2016-Sep-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1239-7 PMID:27639558	研究论文	本文开发了一种基于读取深度的方法nbCNV，用于检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	nbCNV方法利用稀疏性和平滑性两个约束条件，假设读取信号呈负二项分布，将CNV检测问题转化为二次优化问题，并通过基于经典交替方向最小化方法的有效数值解决方案来解决	NA	开发一种新的方法来检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	单细胞测序数据中的拷贝数变异	生物信息学	NA	单细胞测序	二次优化模型	测序数据	NA
76	2024-08-09	Single-cell transcriptome and epigenomic reprogramming of cardiomyocyte-derived cardiac progenitor cells 2016-09-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2016.79 PMID:27622691	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析数据，研究了心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组重编程机制	首次详细描述了mCPCs的表观基因组重编程过程，并展示了其与转录组变化的相关性	NA	理解心肌细胞表观基因组重编程机制，为未来临床治疗设计提供基础	心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组和转录组变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析	NA	转录组数据，甲基化数据	小鼠mCPCs样本
77	2024-08-09	L1-associated genomic regions are deleted in somatic cells of the healthy human brain 2016-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4388 PMID:27618310	研究论文	本研究使用基于机器学习的单细胞测序方法，发现健康人脑体细胞中L1相关变异（SLAVs）包括L1逆转录转座插入和非逆转录转座依赖的L1相关变异，并证明部分SLAVs是由L1内切酶切割活性产生的体细胞缺失	首次揭示了L1相关基因组区域在健康人脑体细胞中的缺失现象，并发现这些区域是体细胞拷贝数变异的热点，对体细胞嵌合现象有遗传贡献	NA	探究健康人脑中L1相关变异的类型及其对体细胞嵌合现象的影响	健康人脑体细胞中的L1相关变异	基因组学	NA	单细胞测序	机器学习	基因组数据	NA
78	2024-08-09	Transition states and cell fate decisions in epigenetic landscapes 2016-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.98 PMID:27616569	research paper	本文探讨了Waddington的表观遗传景观在细胞命运决定中的应用，并提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点	提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点，与传统的连续性进展观点不同	NA	探讨表观遗传景观在细胞命运决定中的应用	细胞命运转换的机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
79	2024-08-09	CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data 2016-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1175-6 PMID:27620863	研究论文	介绍了一个名为CellTree的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞群体的层次结构	采用基于文档分析技术的新颖统计方法，生成树结构以展示单细胞样本间的层次关系，并识别潜在的基因组，提供生物学见解	NA	开发一种工具，帮助实验人员基于统计和生物学上合理的算法有效探索和可视化单细胞RNA数据	单细胞RNA测序数据中的细胞群体结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
80	2024-08-09	Advanced Technologies Lead iNto New Reprogramming Routes 2016-09-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.08.014 PMID:27588744	研究论文	两篇最新论文探讨了诱导神经元（iNs）重编程过程中转录动态和表观遗传重塑的新见解	应用单细胞转录组学和基因编辑技术来识别早期iN诱导的途径和绕行路径	NA	探索诱导神经元重编程过程中的转录动态和表观遗传重塑	诱导神经元的重编程过程	NA	NA	单细胞转录组学和基因编辑	NA	转录组数据	NA