单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 196 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2024-08-05 |
Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq
2016-Apr-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aad0501
PMID:27124452
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索转移性黑色素瘤的多细胞生态系统 | 揭示了黑色素瘤肿瘤中细胞的转录异质性及其与细胞周期和空间背景的关系 | 研究仅分析了19名患者的样本，样本量相对较小 | 探讨黑色素瘤肿瘤的基因型和表型状态 | 4645个来自19名患者的单细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4645个单细胞来自19名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-05 |
Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons
2016-08-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aad7038
PMID:27471252
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法Div-Seq，用于揭示稀有成人新生神经元的动态过程 | 本文创新性地结合了可扩展的单核RNA测序与脉冲标记增殖细胞的方法 | 目前对每个阶段的标记物仍然有限 | 研究成人神经发生中的稀有动态过程 | 主要研究对象为成人海马区和脊髓中的新生神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals karyotype heterogeneity in murine and human malignancies
2016-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-016-0971-7
PMID:27246460
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研究论文 | 本文探讨了小鼠和人类恶性肿瘤中的核型异质性 | 采用新开发的单细胞全基因组测序平台揭示了肿瘤细胞间的拷贝数异质性 | 文章未提及具体的样本量和是否涉及其他类型的肿瘤 | 研究染色体不稳定性在恶性肿瘤中的影响 | 以小鼠T细胞淋巴瘤和人类B细胞白血病为对象 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞全基因组测序 (scWGS) | NA | 基因组数据 | 小鼠T细胞淋巴瘤样本和人类B细胞白血病样本 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing
2016-11-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-016-3300-3
PMID:27881084
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研究论文 | 本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素 | 首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性 | 实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差 | 评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性 | 三种单细胞RNA测序方法及其性能 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大规模对照实验 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
A machine learning approach for the identification of key markers involved in brain development from single-cell transcriptomic data
2016-12-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-016-3317-7
PMID:28155657
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研究论文 | 本文介绍了一种利用机器学习算法（支持向量机和随机森林）分析单细胞RNA测序数据的新方法，以识别大脑发育中的关键标记物 | 本文提出了一种新的计算方法，使用支持向量机和随机森林算法来分析单细胞RNA测序数据，以识别不同细胞亚型之间的独特转录组差异 | NA | 研究目的是开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，以识别大脑发育中的关键标记物 | 研究对象是来自新皮质细胞和神经前体细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机和随机森林 | 转录组数据 | 38个关键转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
The tubulin repertoire of C. elegans sensory neurons and its context-dependent role in process outgrowth
2016-Sep-21, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E16-06-0473
PMID:27654945
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研究论文 | 研究了秀丽隐杆线虫感觉神经元的微管蛋白组合及其在过程生长中的上下文依赖作用 | 通过单细胞RNA测序，比较了触觉感受器神经元与其他两种感觉神经元的转录谱，发现每种感觉神经元表达独特的微管蛋白基因组合，并展示了这些微管蛋白在细胞类型和实验环境中的功能冗余性和特异性 | NA | 探讨微管蛋白异构体是否具有冗余性或执行特异性功能 | 秀丽隐杆线虫的触觉感受器神经元 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种感觉神经元类型 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Single cell dual adherent-suspension co-culture micro-environment for studying tumor-stromal interactions with functionally selected cancer stem-like cells
2016-08-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c6lc00062b
PMID:27381658
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研究论文 | 本文介绍了一种单细胞双粘附-悬浮共培养微环境装置，用于研究肿瘤-基质相互作用中的功能选择性癌症干细胞样细胞 | 提出了一种结合悬浮环境和粘附环境的共培养装置，通过在凹形微孔中选择性图案化聚HEMA，实现了单细胞肿瘤球形成和基质细胞共培养 | NA | 研究肿瘤-基质相互作用对功能选择性癌症干细胞样细胞的影响 | 乳腺癌细胞T47D和癌症相关成纤维细胞（CAF） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 少于100个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method
2016-Jan, Current protocols in molecular biology
DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113
PMID:31773914
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研究论文 | 本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程 | 本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性 | NA | 探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究 | 单细胞的基因组和转录组 | 生命科学 | NA | NGS | NA | 基因组和转录组数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Dirichlet Process Mixture Model for Correcting Technical Variation in Single-Cell Gene Expression Data
2016, JMLR workshop and conference proceedings
PMID:29928470
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研究论文 | 介绍了一种用于单细胞基因表达数据中技术变异校正的迭代归一化和聚类方法 | 提出了一种基于分层贝叶斯混合模型的新方法，该模型包含细胞特异性缩放因子，有助于迭代归一化和细胞聚类，从而将技术变异与生物信号分离 | 未提及具体限制 | 开发一种新的方法来校正单细胞基因表达数据中的技术变异 | 单细胞RNA-seq数据中的技术变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 分层贝叶斯混合模型 | 基因表达数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Developing and Regenerating Spiral Ganglion Neurons
2016-Oct, Current pharmacology reports
DOI:10.1007/s40495-016-0064-z
PMID:28758056
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生过程 | 利用Fludigm C1工作流程或Drop-seq技术进行单细胞转录组测序，揭示细胞间的变异性，并通过伪时间排序描述分化轨迹 | NA | 开发新的策略以指导高效的SGN再生 | 耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生 | 数字病理学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of differences in transcriptomic profiles of oocytes and cumulus cells at GV, MI, MII stages from PCOS patients
2016-12-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep39638
PMID:28004769
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研究论文 | 本文比较了多囊卵巢综合征（PCOS）患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞在GV、MI、MII阶段的转录组差异，并评估了辅助生殖技术（ARTs）对PCOS患者的治疗效果 | 通过单细胞RNA测序技术，首次详细分析了PCOS患者卵母细胞和卵丘细胞在不同成熟阶段的转录组差异，并探讨了这些差异基因在PCOS发病机制中的潜在作用 | 研究样本量较小，且仅限于特定阶段的卵母细胞和卵丘细胞，可能无法全面反映PCOS的复杂性 | 比较PCOS患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞的转录组差异，并评估ARTs的治疗效果 | PCOS患者和非PCOS患者的卵母细胞及卵丘细胞 | NA | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 16名PCOS患者和非PCOS患者 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
acdc - Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data
2016-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-016-1397-7
PMID:27998267
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研究论文 | 本文介绍了一种名为acdc的工具，用于自动检测和评估单细胞基因组数据中的污染 | acdc工具结合了监督和非监督方法，能够可靠地检测已知和新出现的污染物，并提供了无参考的检测方法 | NA | 开发一种新的工具，用于提高单细胞基因组数据质量控制过程中的污染检测效率 | 单细胞基因组数据中的污染检测 | 生物信息学 | NA | 16S rRNA基因预测、超快速精确比对技术、机器学习技术 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 大量来自不同测序项目的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq
2016-Dec-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.11.039
PMID:27984734
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CRISP-seq的集成方法，结合单细胞RNA测序和CRISPR池筛选技术，用于解析多细胞生物中的免疫调节电路 | CRISP-seq方法能够在同一细胞中同时分析基因组扰动和转录组，从而揭示多个因子及其相互作用的功能 | NA | 探索多细胞生物中免疫调节电路的功能和相互作用 | 先天免疫调节电路中的发育和信号依赖因子 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Pooled Screens, 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 数万个体外和鼠类扰动细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies diverse roles of epithelial cells in idiopathic pulmonary fibrosis
2016-12-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.90558
PMID:27942595
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了特发性肺纤维化（IPF）中的上皮细胞类型及其在疾病发病机制中的生物学过程 | 研究首次识别了IPF中三种不同的上皮细胞亚型，并揭示了这些细胞在病理过程中的作用 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的组织或器官层面的分析 | 探索特发性肺纤维化中上皮细胞的多样性和其在疾病发展中的作用 | 特发性肺纤维化中的上皮细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及正常人肺上皮细胞和IPF细胞的单细胞RNA测序分析 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing
2016-12-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1617699113
PMID:27911841
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研究论文 | 本文开发了一种用于FISH测量的样本清除方法，通过嵌入样本于聚丙烯酰胺中，固定RNA并清除细胞蛋白和脂质，以减少非特异性探针结合和细胞自发荧光，从而提高检测效率和灵敏度 | 提出了通过矩阵印迹和清除技术来减少FISH探针的非特异性结合和细胞自发荧光，从而提高多重荧光原位杂交技术的性能 | NA | 旨在提高多重荧光原位杂交技术在细胞培养和组织样本中的性能 | 研究对象包括FISH探针的非特异性结合、细胞自发荧光以及RNA的检测 | 数字病理学 | NA | 多重荧光原位杂交（FISH） | NA | 图像 | 在清除样本中测量了130种RNA物种的拷贝数，并使用矩阵印迹和清除方法对小鼠大脑复杂组织样本进行了MERFISH测量 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Macrophage Colony Stimulating Factor Derived from CD4+ T Cells Contributes to Control of a Blood-Borne Infection
2016-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1006046
PMID:27923070
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研究论文 | 本文研究了CD4+ T细胞分泌的巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）在控制血液传播感染中的作用 | 首次揭示了CD4+ T细胞作为体内生理相关的MCSF来源，并阐明了T辅助细胞通过调节髓系细胞限制血液传播的细胞内病原体生长的机制 | NA | 探讨CD4+ T细胞和MCSF在控制血液传播感染中的作用 | CD4+ T细胞、MCSF、髓系细胞和血液传播的病原体 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及感染P. chabaudi的CD4+ T细胞和髓系细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas
2016-Nov-25, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20166969
PMID:27888226
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤 | 开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上 | NA | 评估克隆异质性对基因表达的影响 | PDGF和EGF驱动的胶质瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 288个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data
2016-11-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep37767
PMID:27883053
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研究论文 | 本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平 | 提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性 | NA | 研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性 | 肿瘤样本的RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway
2016-11-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007
PMID:27880895
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研究论文 | 本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用 | 首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控 | NA | 探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制 | 气道上皮祖细胞的增殖和分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Single-cell isolation by a modular single-cell pipette for RNA-sequencing
2016-11-29, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c6lc01241h
PMID:27841430
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research paper | 本文报道了一种模块化单细胞移液管（mSCP），由SCP-Tip、空气置换移液管（ADP）和ADP-Tips三个模块化组件组成，可快速、方便且可靠地从细胞悬液中分离单个活细胞，并适用于单细胞转录组测序。 | mSCP通过组装含有流体动力陷阱的SCP-Tip，能够从每微升5-10个细胞的悬液中分离单细胞，并实现100%的单细胞分离效率。 | NA | 开发一种方便、快速且高效的单细胞分离方法，以满足单细胞转录组测序的需求。 | 单细胞分离技术及其在单细胞转录组测序中的应用。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 每微升5-10个细胞 | NA | NA | NA | NA |