单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	A Multiplexed Single-Cell CRISPR Screening Platform Enables Systematic Dissection of the Unfolded Protein Response 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.048 PMID:27984733	研究论文	本文介绍了一种名为Perturb-seq的多重单细胞CRISPR筛选平台，该平台结合了基于液滴的单细胞RNA测序和CRISPR介导的扰动条形码策略，用于系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。	Perturb-seq平台能够在混合格式中对多种扰动进行分析，提高了功能基因组学研究的效率和精度。	NA	旨在通过多重单细胞CRISPR筛选平台Perturb-seq，系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。	研究对象包括哺乳动物细胞中的未折叠蛋白反应（UPR）及其相关的基因和细胞应答。	基因组学	NA	CRISPR-seq, 单细胞RNA测序	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因表达数据	约100个基因被用于Perturb-seq分析
22	2024-08-09	Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method 2016-Jan, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113 PMID:31773914	研究论文	本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程	本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性	NA	探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究	单细胞的基因组和转录组	生命科学	NA	NGS	NA	基因组和转录组数据	单个细胞
23	2024-08-09	Dirichlet Process Mixture Model for Correcting Technical Variation in Single-Cell Gene Expression Data 2016, JMLR workshop and conference proceedings PMID:29928470	研究论文	介绍了一种用于单细胞基因表达数据中技术变异校正的迭代归一化和聚类方法	提出了一种基于分层贝叶斯混合模型的新方法，该模型包含细胞特异性缩放因子，有助于迭代归一化和细胞聚类，从而将技术变异与生物信号分离	未提及具体限制	开发一种新的方法来校正单细胞基因表达数据中的技术变异	单细胞RNA-seq数据中的技术变异	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	分层贝叶斯混合模型	基因表达数据	数千个细胞
24	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Developing and Regenerating Spiral Ganglion Neurons 2016-Oct, Current pharmacology reports DOI:10.1007/s40495-016-0064-z PMID:28758056	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生过程	利用Fludigm C1工作流程或Drop-seq技术进行单细胞转录组测序，揭示细胞间的变异性，并通过伪时间排序描述分化轨迹	NA	开发新的策略以指导高效的SGN再生	耳蜗螺旋神经节神经元（SGNs）的发育和再生	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
25	2024-08-09	Single-cell analysis of differences in transcriptomic profiles of oocytes and cumulus cells at GV, MI, MII stages from PCOS patients 2016-12-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39638 PMID:28004769	研究论文	本文比较了多囊卵巢综合征（PCOS）患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞在GV、MI、MII阶段的转录组差异，并评估了辅助生殖技术（ARTs）对PCOS患者的治疗效果	通过单细胞RNA测序技术，首次详细分析了PCOS患者卵母细胞和卵丘细胞在不同成熟阶段的转录组差异，并探讨了这些差异基因在PCOS发病机制中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于特定阶段的卵母细胞和卵丘细胞，可能无法全面反映PCOS的复杂性	比较PCOS患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞的转录组差异，并评估ARTs的治疗效果	PCOS患者和非PCOS患者的卵母细胞及卵丘细胞	NA	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名PCOS患者和非PCOS患者
26	2024-08-09	acdc - Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data 2016-Dec-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1397-7 PMID:27998267	研究论文	本文介绍了一种名为acdc的工具，用于自动检测和评估单细胞基因组数据中的污染	acdc工具结合了监督和非监督方法，能够可靠地检测已知和新出现的污染物，并提供了无参考的检测方法	NA	开发一种新的工具，用于提高单细胞基因组数据质量控制过程中的污染检测效率	单细胞基因组数据中的污染检测	生物信息学	NA	16S rRNA基因预测、超快速精确比对技术、机器学习技术	机器学习模型	基因组数据	大量来自不同测序项目的样本
27	2024-08-09	Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.038 PMID:27984732	研究论文	本文开发了Perturb-seq技术，结合单细胞RNA测序和CRISPR-based扰动，对大量细胞进行基因扰动分析	Perturb-seq技术能够在大规模细胞池中进行复杂的表型分析，如转录组轮廓	NA	研究基因功能及其在免疫细胞中的作用	免疫细胞和细胞系中的转录因子及其对脂多糖（LPS）反应的调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq），CRISPR	NA	RNA	200,000个细胞
28	2024-08-09	Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.039 PMID:27984734	研究论文	本文介绍了一种名为CRISP-seq的集成方法，结合单细胞RNA测序和CRISPR池筛选技术，用于解析多细胞生物中的免疫调节电路	CRISP-seq方法能够在同一细胞中同时分析基因组扰动和转录组，从而揭示多个因子及其相互作用的功能	NA	探索多细胞生物中免疫调节电路的功能和相互作用	先天免疫调节电路中的发育和信号依赖因子	基因编辑	NA	CRISPR-Pooled Screens, 单细胞RNA-seq	NA	RNA	数万个体外和鼠类扰动细胞
29	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies diverse roles of epithelial cells in idiopathic pulmonary fibrosis 2016-12-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.90558 PMID:27942595	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了特发性肺纤维化（IPF）中的上皮细胞类型及其在疾病发病机制中的生物学过程	研究首次识别了IPF中三种不同的上皮细胞亚型，并揭示了这些细胞在病理过程中的作用	研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的组织或器官层面的分析	探索特发性肺纤维化中上皮细胞的多样性和其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化中的上皮细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及正常人肺上皮细胞和IPF细胞的单细胞RNA测序分析
30	2024-08-09	High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing 2016-12-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1617699113 PMID:27911841	研究论文	本文开发了一种用于FISH测量的样本清除方法，通过嵌入样本于聚丙烯酰胺中，固定RNA并清除细胞蛋白和脂质，以减少非特异性探针结合和细胞自发荧光，从而提高检测效率和灵敏度	提出了通过矩阵印迹和清除技术来减少FISH探针的非特异性结合和细胞自发荧光，从而提高多重荧光原位杂交技术的性能	NA	旨在提高多重荧光原位杂交技术在细胞培养和组织样本中的性能	研究对象包括FISH探针的非特异性结合、细胞自发荧光以及RNA的检测	数字病理学	NA	多重荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	在清除样本中测量了130种RNA物种的拷贝数，并使用矩阵印迹和清除方法对小鼠大脑复杂组织样本进行了MERFISH测量
31	2024-08-09	Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing 2016-12-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1109-7 PMID:27931250	研究论文	本研究利用单细胞测序技术追踪乳腺癌中扩散肿瘤细胞的起源	首次通过单细胞测序技术详细分析了扩散肿瘤细胞的遗传变异，并追踪了其起源	研究样本仅来自六名非转移性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	揭示扩散肿瘤细胞的分子特性及其在肿瘤中的起源	乳腺癌患者的扩散肿瘤细胞及其遗传变异	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	DNA	63个单细胞来自6名非转移性乳腺癌患者
32	2024-08-09	Macrophage Colony Stimulating Factor Derived from CD4+ T Cells Contributes to Control of a Blood-Borne Infection 2016-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006046 PMID:27923070	研究论文	本文研究了CD4+ T细胞分泌的巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）在控制血液传播感染中的作用	首次揭示了CD4+ T细胞作为体内生理相关的MCSF来源，并阐明了T辅助细胞通过调节髓系细胞限制血液传播的细胞内病原体生长的机制	NA	探讨CD4+ T细胞和MCSF在控制血液传播感染中的作用	CD4+ T细胞、MCSF、髓系细胞和血液传播的病原体	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及感染P. chabaudi的CD4+ T细胞和髓系细胞亚群
33	2024-08-09	Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas 2016-Nov-25, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20166969 PMID:27888226	研究论文	本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤	开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上	NA	评估克隆异质性对基因表达的影响	PDGF和EGF驱动的胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	288个单细胞
34	2024-08-09	Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data 2016-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37767 PMID:27883053	研究论文	本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平	提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性	NA	研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性	肿瘤样本的RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证
35	2024-08-09	p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway 2016-11-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007 PMID:27880895	研究论文	本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用	首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控	NA	探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制	气道上皮祖细胞的增殖和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
36	2024-08-09	Single-cell isolation by a modular single-cell pipette for RNA-sequencing 2016-11-29, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c6lc01241h PMID:27841430	research paper	本文报道了一种模块化单细胞移液管（mSCP），由SCP-Tip、空气置换移液管（ADP）和ADP-Tips三个模块化组件组成，可快速、方便且可靠地从细胞悬液中分离单个活细胞，并适用于单细胞转录组测序。	mSCP通过组装含有流体动力陷阱的SCP-Tip，能够从每微升5-10个细胞的悬液中分离单细胞，并实现100%的单细胞分离效率。	NA	开发一种方便、快速且高效的单细胞分离方法，以满足单细胞转录组测序的需求。	单细胞分离技术及其在单细胞转录组测序中的应用。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	每微升5-10个细胞
37	2024-08-09	An automated approach to prepare tissue-derived spatially barcoded RNA-sequencing libraries 2016-11-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37137 PMID:27849009	研究论文	本文介绍了一种在机器人工作站上运行的保留转录本空间信息的自动化方法	该方法通过减少技术变异性和提高吞吐量，实现了比标准协议更高的效率	NA	开发一种稳健、可扩展且自动化的文库制备协议，以保留或推断空间上下文	牙龈组织活检样本的RNA序列	数字病理学	牙周病	RNA测序	NA	RNA	六个牙龈组织活检样本的重复切片
38	2024-08-09	Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella 2016-Nov-14, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/nmicrobiol.2016.206 PMID:27841856	研究论文	本文通过结合荧光报告细菌细胞分裂和单细胞RNA测序分析，研究了巨噬细胞对模型病原体沙门氏菌不同细胞内状态的反应	首次揭示了巨噬细胞在感染不同生长状态的沙门氏菌时表现出不同的功能性宿主反应状态，并展示了这些状态如何影响病原体的生长和免疫逃避	NA	探究宿主细胞如何响应细胞内病原体生长速率的异质性	巨噬细胞对沙门氏菌不同细胞内状态的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
39	2024-08-09	Single-cell sequencing of the small-RNA transcriptome 2016-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3701 PMID:27798564	研究论文	本文介绍了一种单细胞水平的小RNA转录组测序方法，并应用于人类胚胎干细胞和癌细胞中，分析了microRNA及tRNA和snoRNA片段，揭示了microRNA作为不同细胞类型和状态标记的潜力	首次开发了一种单细胞水平的小RNA转录组测序方法	NA	研究小RNA表达的异质性及其在不同细胞类型和状态中的作用	人类胚胎干细胞和癌细胞中的小RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	RNA	多种人类胚胎干细胞和癌细胞
40	2024-08-09	Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma 2016-11-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature20123 PMID:27806376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了6个IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤中的4,347个单细胞，重建了其发育程序，并推断出肿瘤细胞的分化状态与神经干细胞表达程序的关联	首次提供了单细胞分辨率下少突胶质细胞瘤细胞结构的深入分析，支持了癌症干细胞模型	需要完整的系统发育树来确定遗传进化对推断层次结构的影响	探究人类少突胶质细胞瘤中的细胞层次结构及其与发育程序的关系	IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤中的单细胞	数字病理学	神经系统肿瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	4,347个单细胞