单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Study as Big Data 2016-Feb, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2016.01.005 PMID:26876720	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中大数据技术的应用，提出了一种处理和分析scRNA-seq数据的工作流程	提出了一个针对scRNA-seq数据特性和单细胞研究目标的工作流程	NA	探讨如何有效存储、处理和分析scRNA-seq数据	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	NGS	NA	转录组数据	NA
182	2024-08-09	Linking the T cell receptor to the single cell transcriptome in antigen-specific human T cells 2016-07, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1038/icb.2016.16 PMID:26860370	研究论文	本文提出了一种新方法（VDJPuzzle），用于从抗原特异性T细胞的单细胞RNA测序数据中重建天然TCRαβ，并将其与单个细胞的基因表达谱关联	开发了一种新方法VDJPuzzle，能够从单细胞RNA测序数据中重建抗原特异性T细胞的天然TCRαβ，并将其与基因表达谱关联	NA	研究抗原特异性T细胞的异质性及其与TCR多样性和转录组的关系	抗原特异性T细胞的TCRαβ及其基因表达谱	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	从一名清除丙型肝炎病毒感染的受试者外周血中分离的63个抗原特异性T细胞
183	2024-08-09	TRONCO: an R package for the inference of cancer progression models from heterogeneous genomic data 2016-06-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw035 PMID:26861821	研究论文	介绍TRONCO，一个开源的R包，用于从异质性(epi)基因组突变数据中推断癌症进展模型	TRONCO实现了最先进的算法，能够从(epi)基因组突变数据中推断出癌症进展模型，并可用于提取群体水平模型和个体水平模型	NA	开发和实现一个开源工具，用于从基因组数据中推断癌症进展模型，以支持精准医学和个性化治疗	癌症进展模型	数字病理学	NA	NA	NA	基因组数据	NA
184	2024-08-09	Epigenomics: Parallel single-cell sequencing 2016-Mar, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.5 PMID:26806414	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
185	2024-08-09	Single-Cell Gene Expression Analyses Reveal Heterogeneous Responsiveness of Fetal Innate Lymphoid Progenitors to Notch Signaling 2016-Feb-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.01.015 PMID:26832410	research paper	本研究通过结合单细胞转录组学和克隆培养策略，揭示了胎儿先天淋巴细胞前体对Notch信号的异质性反应	本研究首次详细描述了ILC发育的过渡阶段多样性及其转录特征，并展示了它们对Notch信号的差异依赖性	NA	研究Notch信号在胎儿先天淋巴细胞发育中的作用	胎儿先天淋巴细胞前体及其对Notch信号的反应	digital pathology	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及αLP1和αLP2两种淋巴细胞前体群体
186	2024-08-09	Assessment of megabase-scale somatic copy number variation using single-cell sequencing 2016-Mar, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.198937.115 PMID:26772196	研究论文	本文开发了一种方法，用于在单个体细胞中可靠地检测兆碱基尺度的体细胞拷贝数变异（CNVs）	本文首次严格测试了单细胞测序在CNV检测中的性能，并开发了一种新方法来可靠地检测兆碱基尺度的体细胞CNVs	NA	研究体细胞中兆碱基尺度的拷贝数变异是否被容忍或甚至被正向选择	体细胞中的兆碱基尺度拷贝数变异	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	跨组织的8%-9%的细胞
187	2024-08-09	Characterizing transcriptional heterogeneity through pathway and gene set overdispersion analysis 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3734 PMID:26780092	研究论文	本文开发了一种名为PAGODA的方法，用于通过分析基因集在测量细胞间的协调变异性来解析转录异质性的多个方面	提出了路径和基因集过度分散分析（PAGODA）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	NA	开发新方法以从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	单细胞RNA-seq数据中的转录异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
188	2024-08-09	Myelopoiesis Reloaded: Single-Cell Transcriptomics Leads the Way 2016-Jan-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2015.12.019 PMID:26789920	研究论文	本文探讨了髓系造血过程中的谱系承诺，指出在共同髓系祖细胞阶段之前就存在向特定谱系的早期承诺	提出髓系造血过程中谱系承诺发生的时间比以往认为的更早	NA	研究髓系造血过程中的谱系承诺时间点	髓系造血过程中的谱系承诺	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
189	2024-08-09	OEFinder: a user interface to identify and visualize ordering effects in single-cell RNA-seq data 2016-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw004 PMID:26743507	research paper	本文介绍了一种名为OEFinder的统计方法和软件，用于识别和可视化单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	开发了OEFinder软件，提供了一个用户友好的图形界面，用于检测和处理由Fluidigm C1平台生成的单细胞RNA测序数据中的排序效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中排序效应导致的偏差问题	单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
190	2024-08-09	Does mouse embryo primordial germ cell activation start before implantation as suggested by single-cell transcriptomics dynamics? 2016-Mar, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gav072 PMID:26740066	研究论文	本研究通过单细胞转录组动力学分析，探讨了小鼠胚胎原生殖细胞（PGC）在植入前是否开始激活，以及转录因子TCFAP2C对DNA甲基转移酶3-样（Dnmt3l）的潜在调控作用。	发现了小鼠PGC标记物在植入前至少在胚胎日3.25开始激活，并识别出新的稳定PE和EPI标记物，这些发现对从多能细胞中衍生生殖细胞具有重要意义。	由于Dnmt3l受TCFAP2C调控的结果基于计算预测的DNA甲基化基序、Chip-Seq和转录组数据，需要功能性研究来验证这一结果。	评估早期植入前事件的时间，并更好地理解内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	小鼠胚胎的原生殖细胞（PGC）和内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	基于三个独立的单细胞转录组数据集
191	2024-08-09	Assessing similarity to primary tissue and cortical layer identity in induced pluripotent stem cell-derived cortical neurons through single-cell transcriptomics 2016-Mar-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddv637 PMID:26740550	研究论文	通过单细胞转录组学评估诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代组织的相似性及皮层层身份	首次使用单细胞多重逆转录定量PCR技术，在细胞水平上详细分析了诱导多能干细胞衍生的皮层神经元的基因表达，并与人类胎儿和成人脑的单细胞RNA测序数据进行比较	目前的层标记虽然有效，但可能无法在所有细胞中区分皮层层身份	探索诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代皮层神经元的相似性，并评估其在神经发育和神经疾病研究中的应用潜力	诱导多能干细胞衍生的皮层神经元及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞多重逆转录定量PCR	NA	基因表达数据	93.6%的单细胞来自诱导多能干细胞，其中68.4%的细胞表达至少一个层标记
192	2024-08-09	Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics 2016-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4216 PMID:26727548	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类	首次构建了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类，并识别了49种转录组细胞类型	NA	揭示神经系统中细胞类型的多样性	成年小鼠的初级视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	49种转录组细胞类型，包括23种GABA能细胞、19种谷氨酸能细胞和7种非神经元细胞
193	2024-08-09	A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages 2016-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10220 PMID:26732280	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，能够在受控培养条件下进行多代谱系追踪后，实现离体单细胞RNA测序。	该平台能够直接测量单细胞中谱系和细胞周期依赖的转录组特征，为免疫学、癌症和发育生物学等领域提供了新的研究工具。	NA	研究多代谱系追踪后单细胞的转录组特征。	小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的转录组。	数字病理学	淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的多代谱系。
194	2024-08-09	Integration of electrophysiological recordings with single-cell RNA-seq data identifies neuronal subtypes 2016-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3443 PMID:26689544	研究论文	本文介绍了一种结合电生理记录和单细胞RNA测序数据识别神经元亚型的方法	提出了Patch-seq方法，该方法能够在进行全细胞膜片钳记录后，从单个新皮质锥体细胞和中间神经元中获取全转录组数据	NA	探索神经元身份参数与分子表型之间的直接关系	新皮质锥体细胞和中间神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠脑切片中的单个神经元
195	2024-08-09	Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types 2016-Feb, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201540946 PMID:26691212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了70个来自人类胰腺胰岛的细胞，揭示了不同胰岛细胞亚型的特征性转录组特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术全面解析了人类胰腺胰岛细胞的异质性，并验证了先前描述的标记基因，同时识别了特定表达的转录因子	研究样本量较小，仅包含70个细胞，可能无法完全代表所有人类胰腺胰岛细胞的多样性	解析人类胰腺胰岛细胞的细胞组成，并为所有主要细胞类型建立转录组	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	70个来自人类胰腺胰岛的细胞
196	2024-08-09	Single-cell transcriptomics and functional target validation of brown adipocytes show their complex roles in metabolic homeostasis 2016-Jan, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.15-273797 PMID:26304220	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究棕色脂肪细胞（BAs）在代谢稳态中的复杂作用，并验证了其功能性靶点	本文通过单细胞转录组学技术，揭示了棕色脂肪细胞转录组的变异性，并扩展了已知棕色脂肪细胞受体的数量	NA	研究棕色脂肪细胞在代谢稳态中的作用及其激活信号	棕色脂肪细胞及其在代谢稳态中的作用	数字病理学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	mRNA	小鼠棕色脂肪细胞