单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient 2016-12-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms13765 PMID:27982015	研究论文	本文研究了一名慢性淋巴细胞白血病患者29年的细胞克隆演化过程	首次通过单核苷酸多态性微阵列分析揭示了病程中细胞克隆的演变及其对治疗的反应	仅基于单个患者的数据，样本代表性有限	探讨慢性淋巴细胞白血病的细胞克隆演化及其在治疗中的变化	一名慢性淋巴细胞白血病患者及其细胞克隆的演化	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	1名患者的多次样本
2	2024-08-05	Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder 2016-10-04, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.11803 PMID:27602771	研究论文	本研究对膀胱鳞状细胞癌中的转录异质性进行了单细胞分析	首次通过单细胞RNA测序揭示了膀胱鳞状细胞癌中细胞表达的异质性及其潜在机制	本研究主要集中在膀胱鳞状细胞癌中，可能不适用于其他癌症类型	探索膀胱鳞状细胞癌的细胞功能异质性及其机制	人类膀胱鳞状细胞癌及相应的生理正常上皮	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	单细胞样本，具体样本数量未提及
3	2024-08-05	Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development 2016-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001 PMID:27840107	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育过程中单细胞水平的基因表达特征	揭示了特定细胞谱系在心脏发育中具有时间和空间特异性的基因程序	未提及具体的实验局限性和样本限制	探究心脏发育过程中细胞谱系特异性的基因表达动态	对来自多个时间点的小鼠心脏细胞进行分析	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1200个小鼠细胞
4	2024-08-07	Single-cell analysis of mixed-lineage states leading to a binary cell fate choice 2016-09-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19348 PMID:27580035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合新的分析工具，揭示了在小鼠中导致中性粒细胞或巨噬细胞分化的基因组和调控状态	本文引入了一种新的分析工具——迭代聚类和指导基因选择，并结合克隆形成实验，揭示了混合谱系中间状态及其动态不稳定性	NA	阐明细胞分化的层次状态，包括稀有的中间状态和调控基因网络	造血多能祖细胞和双潜能中间体的混合谱系基因表达模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
5	2024-08-05	Resolving early mesoderm diversification through single-cell expression profiling 2016-07-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature18633 PMID:27383781	研究论文	本研究通过单细胞表达分析解决了早期中胚层的多样化问题	首次通过单细胞RNA测序提供了哺乳动物胚胎发育中早期中胚层形成的转录组全景视图	研究中未明确细胞类型特异性转录因子的功能	探索小鼠胚胎中中胚层形成的分子机制	分析小鼠胚胎中来自胚胎上胚层和新生Flk1(+)中胚层的1,205个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,205个细胞
6	2024-08-05	Oligodendrocyte heterogeneity in the mouse juvenile and adult central nervous system 2016-Jun-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaf6463 PMID:27284195	研究论文	本研究揭示了小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞的异质性和分化动态	首次通过单细胞RNA测序识别出13个不同的少突胶质细胞群体，阐明了其分化与成熟的动态过程	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全推导至其他物种	探索小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞的异质性及其功能	5072个来自小鼠不同区域的少突胶质细胞谱系细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	5072个细胞
7	2024-08-05	Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq 2016-Apr-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad0501 PMID:27124452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索转移性黑色素瘤的多细胞生态系统	揭示了黑色素瘤肿瘤中细胞的转录异质性及其与细胞周期和空间背景的关系	研究仅分析了19名患者的样本，样本量相对较小	探讨黑色素瘤肿瘤的基因型和表型状态	4645个来自19名患者的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	4645个单细胞来自19名患者
8	2024-08-05	Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3728 PMID:26752769	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞基因组范围内的甲基组和转录组平行测序方法	该方法揭示了异质甲基化的远程调控元件与关键多能性基因转录之间的未知关联	NA	探索转录变异与表观遗传变异之间的关联	61个小鼠胚胎干细胞	数字病理学	NA	scM&T-seq	NA	基因组甲基组和转录组数据	61个小鼠胚胎干细胞
9	2024-08-05	Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons 2016-08-26, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad7038 PMID:27471252	研究论文	本文介绍了一种新方法Div-Seq，用于揭示稀有成人新生神经元的动态过程	本文创新性地结合了可扩展的单核RNA测序与脉冲标记增殖细胞的方法	目前对每个阶段的标记物仍然有限	研究成人神经发生中的稀有动态过程	主要研究对象为成人海马区和脊髓中的新生神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
10	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals karyotype heterogeneity in murine and human malignancies 2016-05-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0971-7 PMID:27246460	研究论文	本文探讨了小鼠和人类恶性肿瘤中的核型异质性	采用新开发的单细胞全基因组测序平台揭示了肿瘤细胞间的拷贝数异质性	文章未提及具体的样本量和是否涉及其他类型的肿瘤	研究染色体不稳定性在恶性肿瘤中的影响	以小鼠T细胞淋巴瘤和人类B细胞白血病为对象	数字病理学	肿瘤	单细胞全基因组测序 (scWGS)	NA	基因组数据	小鼠T细胞淋巴瘤样本和人类B细胞白血病样本
11	2024-08-07	Assessing characteristics of RNA amplification methods for single cell RNA sequencing 2016-11-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3300-3 PMID:27881084	研究论文	本文通过大规模对照实验评估了三种单细胞RNA测序方法的传递函数及其调控因素	首次系统评估了不同单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	实验中检测到的基因数量和表达水平存在一定偏差	评估单细胞RNA测序方法的性能和可靠性	三种单细胞RNA测序方法及其性能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模对照实验
12	2024-08-07	A machine learning approach for the identification of key markers involved in brain development from single-cell transcriptomic data 2016-12-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3317-7 PMID:28155657	研究论文	本文介绍了一种利用机器学习算法（支持向量机和随机森林）分析单细胞RNA测序数据的新方法，以识别大脑发育中的关键标记物	本文提出了一种新的计算方法，使用支持向量机和随机森林算法来分析单细胞RNA测序数据，以识别不同细胞亚型之间的独特转录组差异	NA	研究目的是开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，以识别大脑发育中的关键标记物	研究对象是来自新皮质细胞和神经前体细胞的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机和随机森林	转录组数据	38个关键转录本
13	2024-08-07	The tubulin repertoire of C. elegans sensory neurons and its context-dependent role in process outgrowth 2016-Sep-21, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E16-06-0473 PMID:27654945	研究论文	研究了秀丽隐杆线虫感觉神经元的微管蛋白组合及其在过程生长中的上下文依赖作用	通过单细胞RNA测序，比较了触觉感受器神经元与其他两种感觉神经元的转录谱，发现每种感觉神经元表达独特的微管蛋白基因组合，并展示了这些微管蛋白在细胞类型和实验环境中的功能冗余性和特异性	NA	探讨微管蛋白异构体是否具有冗余性或执行特异性功能	秀丽隐杆线虫的触觉感受器神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种感觉神经元类型
14	2024-08-07	Single cell dual adherent-suspension co-culture micro-environment for studying tumor-stromal interactions with functionally selected cancer stem-like cells 2016-08-07, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c6lc00062b PMID:27381658	研究论文	本文介绍了一种单细胞双粘附-悬浮共培养微环境装置，用于研究肿瘤-基质相互作用中的功能选择性癌症干细胞样细胞	提出了一种结合悬浮环境和粘附环境的共培养装置，通过在凹形微孔中选择性图案化聚HEMA，实现了单细胞肿瘤球形成和基质细胞共培养	NA	研究肿瘤-基质相互作用对功能选择性癌症干细胞样细胞的影响	乳腺癌细胞T47D和癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	少于100个细胞
15	2024-08-07	Pooling across cells to normalize single-cell RNA sequencing data with many zero counts 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0947-7 PMID:27122128	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过将细胞池中的表达值求和并用于归一化，来消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	本文提出了一种基于细胞池的归一化方法，并通过解卷积得到细胞特异性因子，该方法在模拟数据和真实数据中均优于现有方法	NA	消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个细胞池
16	2024-08-07	OncoNEM: inferring tumor evolution from single-cell sequencing data 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0929-9 PMID:27083415	研究论文	本文介绍了OncoNEM方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内进化谱系树	OncoNEM是一种概率方法，用于从单细胞的体细胞单核苷酸变异中推断肿瘤内的进化谱系树，能够识别同质细胞亚群并推断其基因型及其进化关系	NA	开发一种新方法，从单细胞测序数据中推断肿瘤进化	单细胞测序数据中的肿瘤进化	数字病理学	膀胱癌, 血小板增多症	单细胞测序	概率模型	单细胞测序数据	NA
17	2024-08-07	Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data 2016-Feb-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0888-1 PMID:26887813	研究论文	本文提出了一种通用方法，用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据并检测低质量细胞	该方法通过使用超过20种生物和技术特征的精选集，提高了分类准确性，相较于传统方法提升了30%以上	NA	确保在下游分析中仅包含单个活细胞，避免受损细胞对数据解释的影响	单细胞RNA测序数据中的低质量细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	超过5,000个细胞，包括CD4+ T细胞、骨髓树突状细胞和鼠胚胎干细胞
18	2024-08-07	Corrigendum: Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression 2016-Jan-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10415 PMID:26752026	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19	2024-08-07	Single-cell sequencing in cancer research 2016, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1586/14737159.2016.1115345 PMID:26594792	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在肿瘤研究中的应用及其对癌症治疗和诊断的潜在影响	单细胞测序技术能够揭示肿瘤内细胞的遗传、表观遗传和转录交互的复杂变异性，有助于设计更精确的抗癌治疗方案	临床应用前仍需克服技术、生物学和计算方面的难题	增强对肿瘤生物学表型的理解，并改进癌症治疗和诊断方法	肿瘤内的单个细胞及其遗传和表观遗传特征	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	NA
20	2024-08-07	A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor 2016, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.9501.2 PMID:27909575	研究论文	本文描述了一种基于开源Bioconductor项目的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据低级分析的计算工作流程	该工作流程专门针对scRNA-seq数据的分析，能够利用细胞分辨率并考虑技术噪声	NA	提供一种适用于scRNA-seq数据低级分析的计算工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因水平计数数据	涉及造血干细胞、脑源性细胞、T辅助细胞和小鼠胚胎干细胞的多个公开数据集