单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 18 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
Corrigendum: Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression
2016-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms10415
PMID:26752026
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing in cancer research
2016, Expert review of molecular diagnostics
IF:3.9Q1
DOI:10.1586/14737159.2016.1115345
PMID:26594792
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在肿瘤研究中的应用及其对癌症治疗和诊断的潜在影响 | 单细胞测序技术能够揭示肿瘤内细胞的遗传、表观遗传和转录交互的复杂变异性，有助于设计更精确的抗癌治疗方案 | 临床应用前仍需克服技术、生物学和计算方面的难题 | 增强对肿瘤生物学表型的理解，并改进癌症治疗和诊断方法 | 肿瘤内的单个细胞及其遗传和表观遗传特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | DNA和RNA | NA |
| 3 | 2024-08-07 |
A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor
2016, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.9501.2
PMID:27909575
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研究论文 | 本文描述了一种基于开源Bioconductor项目的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据低级分析的计算工作流程 | 该工作流程专门针对scRNA-seq数据的分析，能够利用细胞分辨率并考虑技术噪声 | NA | 提供一种适用于scRNA-seq数据低级分析的计算工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因水平计数数据 | 涉及造血干细胞、脑源性细胞、T辅助细胞和小鼠胚胎干细胞的多个公开数据集 |
| 4 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method
2016-Jan, Current protocols in molecular biology
DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113
PMID:31773914
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研究论文 | 本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程 | 本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性 | NA | 探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究 | 单细胞的基因组和转录组 | 生命科学 | NA | NGS | NA | 基因组和转录组数据 | 单个细胞 |
| 5 | 2024-08-09 |
Dirichlet Process Mixture Model for Correcting Technical Variation in Single-Cell Gene Expression Data
2016, JMLR workshop and conference proceedings
PMID:29928470
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研究论文 | 介绍了一种用于单细胞基因表达数据中技术变异校正的迭代归一化和聚类方法 | 提出了一种基于分层贝叶斯混合模型的新方法，该模型包含细胞特异性缩放因子，有助于迭代归一化和细胞聚类，从而将技术变异与生物信号分离 | 未提及具体限制 | 开发一种新的方法来校正单细胞基因表达数据中的技术变异 | 单细胞RNA-seq数据中的技术变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 分层贝叶斯混合模型 | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 6 | 2024-08-09 |
Dynamic ASXL1 Exon Skipping and Alternative Circular Splicing in Single Human Cells
2016, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0164085
PMID:27736885
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研究论文 | 本研究通过靶向删除、高分辨率剪接检测和单细胞测序技术，深入探究了ASXL1环状剪接的机制 | 发现环状剪接的有效性依赖于典型的转录起始位点和倒置的AluSx元件，并揭示了环状和线性ASXL1异构体在单细胞中的偏好表达 | NA | 探究环状RNA的生成机制及其在细胞生物学中的作用 | ASXL1环状剪接及其异构体 | 分子生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | RNA序列 | 单个人类细胞 |
| 7 | 2024-08-09 |
Genomic Aberrations in Multiple Myeloma
2016, Cancer treatment and research
DOI:10.1007/978-3-319-40320-5_3
PMID:27696256
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综述 | 本文综述了多发性骨髓瘤的基因组异常情况 | 介绍了下一代测序技术在多发性骨髓瘤研究中的应用，包括全外显子、全基因组、RNA和单细胞测序以及全基因组关联研究 | NA | 全面回顾多发性骨髓瘤的基因组景观 | 多发性骨髓瘤的基因组异常 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组数据 | NA |
| 8 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Bioinformatics and Computational Challenges
2016, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2016.00163
PMID:27708664
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术的生物信息学工具和方法，并讨论了该领域面临的关键分析挑战 | NA | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在疾病和生物过程理解中的应用及其分析方法 | 单细胞RNA测序数据及其分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9 | 2024-08-09 |
Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing
2016, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/celldisc.2016.10
PMID:27462457
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研究论文 | 本文通过结合胚胎活检和单细胞测序技术，研究了体细胞克隆胚胎发育停滞的关键因素 | 首次开发了体细胞核转移胚胎的活检系统，并利用单细胞转录组测序技术，发现了Kdm4b和Kdm5b的失活是克隆胚胎发育停滞的关键因素 | NA | 探索体细胞克隆胚胎发育停滞的分子机制 | 体细胞克隆胚胎的发育过程 | 生物技术 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 不同发育命运的体细胞核转移胚胎 |
| 10 | 2024-08-09 |
Single-cell Sequencing of Thiomargarita Reveals Genomic Flexibility for Adaptation to Dynamic Redox Conditions
2016, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2016.00964
PMID:27446006
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术分析了Thiomargarita的基因组，揭示了其在动态氧化还原条件下适应性的基因组灵活性 | 发现了Thiomargarita nelsonii Thio36的新陈代谢途径，包括硝酸盐呼吸、硫氧化和无机碳固定，以及一种新的基于黄素的能量分支途径 | NA | 探索Thiomargarita在动态氧化还原条件下的适应性和其基因组的独特特征 | Thiomargarita nelsonii Thio36的单细胞基因组及其与其他Beggiatoaceae成员的比较 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 一个链状的'Candidatus Thiomargarita nelsonii Thio36'样本，以及五个其他Beggiatoaceae成员的草图基因组和一个完整基因组 |
| 11 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing Technology in Oncology: Applications for Clinical Therapies and Research
2016, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/2016/9369240
PMID:27313981
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review | 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤学中的应用，特别是其在临床治疗和研究中的潜力 | 单细胞测序技术能够分析单个细胞的基因多态性，有助于揭示肿瘤细胞的异质性 | NA | 探讨单细胞测序技术在肿瘤治疗和研究中的应用 | 肿瘤细胞的异质性和遗传多态性 | digital pathology | NA | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
Efficient Synergistic Single-Cell Genome Assembly
2016, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2016.00042
PMID:27243002
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研究论文 | 本文介绍了一种新的算法Hybrid De novo Assembler (HyDA)，用于提高单细胞基因组组装的质量 | HyDA通过协同组装多个单细胞基因组数据集，显著提高了组装质量，包括预测的功能元素和长度统计 | NA | 提高单细胞基因组组装的质量和可靠性 | 单细胞基因组数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | HyDA | 基因组数据 | 三个未培养的甲烷生成社区成员 |
| 13 | 2024-08-09 |
RNA-Seq Profiling of Intact and Enucleated Oocyte SCNT Embryos Reveals the Role of Pig Oocyte Nucleus in Somatic Reprogramming
2016, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0153093
PMID:27070804
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析了完整和去核卵母细胞的SCNT胚胎，揭示了猪卵母细胞核在体细胞重编程中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了完整和去核卵母细胞SCNT胚胎在2细胞和4细胞阶段的转录组差异，为理解卵母细胞核在体细胞重编程中的机制提供了新的见解 | 研究仅限于猪的卵母细胞和胚胎，可能需要进一步研究以推广到其他物种 | 探究卵母细胞核在体细胞重编程中的分子机制 | 猪的完整和去核卵母细胞SCNT胚胎 | 分子生物学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 539个完整MII卵母细胞和461个去核MII卵母细胞，260个多倍体胚胎和93个传统克隆胚胎 |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome sequencing: recent advances and remaining challenges
2016, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.7223.1
PMID:26949524
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review | 本文综述了单细胞转录组测序技术的最新进展及其面临的挑战 | 单细胞RNA测序技术已成为高吞吐量、高分辨率转录组分析的有力工具，能够揭示表面均一群体中的细胞多样性 | 技术改进、分析框架的开发以及互补单细胞检测方法的增加仍然是挑战 | 探讨单细胞转录组测序技术在细胞状态和动态分析中的应用 | 单细胞转录组测序技术及其分析方法 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
ROMA: Representation and Quantification of Module Activity from Target Expression Data
2016, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2016.00018
PMID:26925094
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研究论文 | 本文介绍了ROMA（模块活动表示和量化）Java软件，用于快速和稳健地计算具有协调表达的基因集（或模块）的活动 | ROMA算法实现了新的功能，包括几种主成分计算的方法修改，区分过度分散模块和协调模块，并计算估计模块过度分散或协调的统计显著性 | NA | 量化系统生物学中高通量数据分析中个体样本中一组基因的活动 | 基因集（或模块）的活动 | 系统生物学 | NA | 主成分分析 | 线性模型 | 基因表达数据 | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Myelopoiesis Reloaded: Single-Cell Transcriptomics Leads the Way
2016-Jan-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2015.12.019
PMID:26789920
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研究论文 | 本文探讨了髓系造血过程中的谱系承诺，指出在共同髓系祖细胞阶段之前就存在向特定谱系的早期承诺 | 提出髓系造血过程中谱系承诺发生的时间比以往认为的更早 | NA | 研究髓系造血过程中的谱系承诺时间点 | 髓系造血过程中的谱系承诺 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages
2016-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms10220
PMID:26732280
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研究论文 | 本文介绍了一种微流控平台，能够在受控培养条件下进行多代谱系追踪后，实现离体单细胞RNA测序。 | 该平台能够直接测量单细胞中谱系和细胞周期依赖的转录组特征，为免疫学、癌症和发育生物学等领域提供了新的研究工具。 | NA | 研究多代谱系追踪后单细胞的转录组特征。 | 小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的转录组。 | 数字病理学 | 淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的多代谱系。 |
| 18 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics and functional target validation of brown adipocytes show their complex roles in metabolic homeostasis
2016-Jan, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.15-273797
PMID:26304220
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究棕色脂肪细胞（BAs）在代谢稳态中的复杂作用，并验证了其功能性靶点 | 本文通过单细胞转录组学技术，揭示了棕色脂肪细胞转录组的变异性，并扩展了已知棕色脂肪细胞受体的数量 | NA | 研究棕色脂肪细胞在代谢稳态中的作用及其激活信号 | 棕色脂肪细胞及其在代谢稳态中的作用 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组学 | NA | mRNA | 小鼠棕色脂肪细胞 |