单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-09	SINCERA: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Profiling Analysis 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004575 PMID:26600239	研究论文	本文介绍了一种名为SINCERA的计算流程，用于处理和分析来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	SINCERA流程支持区分和识别主要细胞类型、识别细胞类型特异性基因签名以及确定特定细胞类型的驱动因素	NA	开发一种通用的分析流程，用于处理和分析单细胞RNA测序数据，以理解细胞异质性及其在生物系统中的作用	从胚胎小鼠肺中分离的单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从胚胎小鼠肺中分离的多个单细胞
2	2024-08-09	Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments 2015-Nov-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.039 PMID:26544934	研究论文	本文综述了单细胞测序实验的设计和分析方法	介绍了单细胞测序技术在生物系统研究中的高分辨率潜力	单细胞测序面临重大技术挑战并产生复杂的数据输出	提供单细胞测序实验设计和数据分析的指南	单细胞测序技术及其在生物系统中的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	数据	个体细胞
3	2024-08-09	Deciphering Transcriptional Dynamics In Vivo by Counting Nascent RNA Molecules 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004345 PMID:26544860	研究论文	本文提出通过测量细胞间新生RNA分子的数量变异性来解析细胞中转录起始机制的方法	提出了一种简单的转录起始和延伸动力学模型，并通过实验验证了该模型在解析转录起始机制中的有效性	仅测试了十二个组成型表达的酵母基因，可能需要进一步研究以验证其在其他基因和物种中的适用性	解析基因表达调控序列如何响应细胞内外信号的挑战	转录过程及其动态，特别是转录起始机制	基因组学	NA	单细胞测序和成像技术	动力学模型	单细胞测序数据，单分子成像和电子显微镜固定细胞图像	十二个组成型表达的酵母基因
4	2024-08-09	ZIFA: Dimensionality reduction for zero-inflated single-cell gene expression analysis 2015-Nov-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0805-z PMID:26527291	研究论文	本文开发了一种名为ZIFA的降维方法，专门用于处理零膨胀的单细胞基因表达数据	ZIFA方法明确地模拟了数据中的缺失事件特征，提高了模拟和生物数据集的建模准确性	NA	开发适用于零膨胀单细胞基因表达数据的降维方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	因子分析	基因表达数据	NA
5	2024-08-09	RNA-seq based transcriptomic analysis of single bacterial cells 2015-Nov, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c5ib00191a PMID:26331465	研究论文	本文报道了首个细菌单细胞RNA测序（RNA-seq）方法BaSiC RNA-seq，该方法整合了RNA分离、cDNA合成与扩增以及单个蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞的全转录组RNA-seq分析	首次实现了对单个细菌细胞的全转录组RNA-seq分析，并展示了环境胁迫下基因表达的异质性	初步结果显示，该方法在不同时间点的基因识别率存在差异，且样本量较小	研究单个细菌细胞在环境胁迫下的基因表达异质性	蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	3个24小时和3个72小时氮饥饿处理后的单细胞，以及相应的批量细胞对照
6	2024-08-09	Thermophiles in the genomic era: Biodiversity, science, and applications 2015-Nov-01, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2015.04.007 PMID:25911946	综述	本文综述了嗜热菌和超嗜热菌的多样性、基因组学研究进展及其在工业、农业和医药领域的应用	强调了基因组学时代对嗜热菌多样性、基因组、转录组、宏基因组和单细胞测序的最新理解	NA	总结嗜热菌和嗜热酶的主要当前应用，并强调基因组学时代对嗜热菌研究的最新进展	嗜热菌和超嗜热菌及其生物产品	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	超过120个超嗜热菌的完整基因组序列
7	2024-08-09	Single-cell genomics-based analysis of virus-host interactions in marine surface bacterioplankton 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.48 PMID:25848873	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，对海洋表层细菌浮游生物中的病毒-宿主相互作用进行了基于基因组分析的研究	首次在Thaumarchaeota、Marinimicrobia、Verrucomicrobia以及Gammaproteobacteria集群SAR86和SAR92中发现了已知病毒	研究主要集中在少数培养的宿主群体，对海洋中所有微生物群体受病毒感染的影响程度了解有限	揭示海洋微生物群落中病毒-宿主相互作用的机制	海洋表层细菌和古菌细胞内的病毒	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	58个来自不同地理位置和系统发育的单扩增基因组(SAGs)的海洋细菌和古菌
8	2024-08-09	Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.46 PMID:25848874	研究论文	本研究通过单细胞基因组学方法，对从Damariscotta湖采集的稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'进行了测序和分析，揭示了Rickettsiaceae科细菌的进化新见解。	首次在Rickettsiaceae科细菌中发现了趋化基因和垂直遗传的鞭毛基因，表明Rickettsiaceae的祖先可能具有兼性细胞内生活方式。	NA	探索Rickettsiaceae科细菌的起源和进化机制。	稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'及其基因组。	微生物学	NA	单细胞测序	NA	基因组	单个细胞