单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals coordinated ectopic gene-expression patterns in medullary thymic epithelial cells 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3246 PMID:26237553	研究论文	本研究揭示了髓质胸腺上皮细胞中组织特异性自身抗原的表达模式	首次通过单细胞RNA测序揭示了髓质胸腺上皮细胞中TRAs的协同表达模式	研究未阐明单个mTEC中TRAs表达的具体调控机制	探讨髓质胸腺上皮细胞中自身抗原表达的调控机制	针对髓质胸腺上皮细胞中的组织特异性自身抗原进行研究	数字病理学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个mTECs样本
2	2024-08-05	Aire controls gene expression in the thymic epithelium with ordered stochasticity 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3247 PMID:26237550	研究论文	Aire转录因子通过诱导外源性胸腺特异性基因的表达来控制免疫耐受性	本研究揭示了Aire靶基因在小部分胸腺髓样上皮细胞中的特异性激活，与DNA甲基化模式无关	未提及具体样本数量和限制因素	探讨Aire对胸腺上皮基因表达的特异性调控机制	Aire充足和缺乏的胸腺髓样上皮细胞(mTECs)	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	NA	NA	NA
3	2024-08-07	Pathogen Cell-to-Cell Variability Drives Heterogeneity in Host Immune Responses 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.027 PMID:26343579	研究论文	本文开发了一种结合单细胞RNA测序和荧光标记的实验系统，用于研究单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应，并揭示了细菌因子活性的异质性如何影响宿主免疫反应的多样性	首次展示了细菌群体中PhoPQ活性的变异性如何通过改变LPS驱动宿主I型IFN反应的变异性，证明了宿主和细菌变异性之间的因果关系	NA	研究免疫细胞与入侵细菌之间的相互作用，特别是细胞间变异对感染结果的影响	单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4	2024-08-09	Single-cell transcriptomic reconstruction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells 2015-Sep-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0739-5 PMID:26387834	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的细胞周期和多系分化缺陷	本研究首次通过单细胞转录组分析，重建了造血干细胞的细胞周期进程，并揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的异常增殖表型和分化缺陷	NA	研究Bcl11a缺陷造血干细胞的分子异质性和分化缺陷	Bcl11a缺陷造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	180个高度纯化的造血干细胞（Bcl11a (+/+) 和 Bcl11a (-/-)）
5	2024-08-09	Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development 2015-Sep-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9207 PMID:26360614	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了348个卵母细胞、受精卵和2至3天胚胎的单个卵裂球的转录组，详细探讨了人类植入前发育过程中的转录调控	首次在人类植入前发育阶段鉴定出32和129个基因分别在卵母细胞到四细胞阶段和四细胞到八细胞阶段被转录，并发现多个先前未注释的PRD样同源框基因	NA	揭示人类植入前发育过程中的转录调控机制	人类卵母细胞、受精卵和早期胚胎的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	348个卵母细胞、受精卵和早期胚胎的单个卵裂球
6	2024-08-09	Single-Cell Analysis: The Differences That Kill 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.053 PMID:26359980	研究论文	Avraham等人利用单细胞RNA测序技术研究了巨噬细胞对感染反应的变异性是如何被病原体群体内的变异性控制的	发现Salmonella毒力因子PhoP的异质表达及其随后的细胞壁修饰导致感染巨噬细胞中干扰素反应的双峰诱导	NA	研究巨噬细胞对感染反应的变异性	巨噬细胞对Salmonella感染的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
7	2024-08-09	A computational strategy for predicting lineage specifiers in stem cell subpopulations 2015-Sep, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2015.08.006 PMID:26368290	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于预测干细胞亚群中的谱系指定因子	该方法通过重建亚群特异性转录调控网络（TRNs），并基于假设每个亲本干细胞亚群由其特定的TRN稳定性核心维持的稳定状态，预测谱系指定因子	该方法目前仅适用于二元命运分化系统，并且需要单细胞基因表达数据	旨在开发一种计算方法，用于识别干细胞分化过程中的谱系指定因子	干细胞亚群及其特异性转录调控网络和谱系指定因子	生物信息学	NA	单细胞RT-PCR和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及三种不同的干细胞系统
8	2024-08-09	Uniform and accurate single-cell sequencing based on emulsion whole-genome amplification 2015-Sep-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1513988112 PMID:26340991	research paper	本文介绍了一种基于乳化全基因组扩增的均匀且准确的单细胞测序方法	提出了一种新的乳化全基因组扩增（eWGA）方法，通过将单细胞基因组DNA分割成大量微小水滴，每个水滴中的DNA片段在扩增前达到饱和，从而最小化了片段间扩增增益的差异	NA	开发一种新的全基因组扩增方法，以提高单细胞测序的均匀性和准确性	单细胞基因组DNA	生物技术	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	基因组数据	单个人类细胞
9	2024-08-09	Application of an RNA amplification method for reliable single-cell transcriptome analysis 2015-Sep, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114331 PMID:26345506	研究论文	本文介绍了一种新的RNA扩增方法，用于高保真度的单细胞转录组分析	该技术显著减少了3'偏倚问题，能够检测所有区域的转录本，包括短或完全缺失多聚A尾的mRNA、非编码RNA以及任何给定基因产物的全套剪接异构体	通过统计和生物信息学分析微阵列数据来评估该技术的局限性	研究单细胞分辨率下的细胞类型特异性转录特征	从小鼠侧脑室下带（SVZ）分离的单个细胞	基因组学	NA	RNA扩增	NA	微阵列数据	多个来自小鼠侧脑室下带的单个细胞
10	2024-08-09	Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq 2015-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123547 PMID:26293300	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类和小鼠植入前胚胎的早期发育，揭示了保守的转录程序及人类特异的转录程序，并在蛋白质水平上验证了RNA测序结果，进一步揭示了人类和小鼠胚胎基因表达的差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了人类植入前胚胎的三种细胞谱系，并发现了人类特异的基因表达模式，如KLF17转录因子的特异性表达	研究主要集中在植入前胚胎阶段，对于后续发育阶段的细胞谱系分化及基因表达变化未进行深入探讨	深入理解人类早期胚胎发育的分子机制及其与干细胞的关系	人类和小鼠的植入前胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及人类和小鼠的植入前胚胎样本
11	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.013 PMID:26299571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合Waterfall生物信息学管道，揭示了成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代在神经发生过程中的分子级联反应	开发了Waterfall生物信息学管道，用于统计量化单细胞基因表达沿自建连续发育轨迹的情况，并揭示了成人qNSCs的分子特征及其激活和神经发生启动的分子级联	NA	系统地分析干细胞行为，解决传统方法无法解析细胞异质性或捕捉发育动态的问题	成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
12	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Population of Dormant Neural Stem Cells that Become Activated upon Brain Injury 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.002 PMID:26235341	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了在脑损伤后被激活的休眠神经干细胞亚群	首次发现并描述了在稳态下表达特定组合的谱系特异性转录因子的休眠神经干细胞亚群，并阐明了其在脑缺血后的激活机制	NA	揭示神经干细胞激活和谱系启动的一般原理，并为脑再生医学提供潜在途径	成体侧脑室下区神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
13	2024-08-09	Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021 PMID:26142758	研究论文	本文描述并比较了五种已建立的监督机器学习方法和一个定制预测器，用于根据单细胞转录组数据分配细胞周期阶段	本文引入了基于主成分分析（PCA）的方法和定制预测器，并评估了不同归一化策略和先验知识对分类器预测能力的影响	文章指出，只有通过利用细胞周期注释基因形式的先验知识和使用基于秩的归一化预处理数据，才能在不同细胞类型、生物体和实验协议中稳健地捕捉转录细胞周期特征	开发和评估计算方法，以从单细胞转录组数据中准确分配细胞周期阶段	单细胞转录组数据中的细胞周期阶段	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习方法	转录组数据	使用先前发表的数据集进行测试
14	2024-08-09	Computer vision for image-based transcriptomics 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.05.016 PMID:26014038	研究论文	本文讨论了基于图像的转录组学实验流程的设置，并详细描述了开发的高通量算法，用于从数万个单细胞中提取转录分子丰度、定位和模式的多变量特征集	基于图像的转录组学方法无需将RNA转化为cDNA即可进行信号放大和转录定量，效率高于其他方法，并能研究单细胞中转录组的空间组织	为了充分发挥基于图像的转录组学的潜力，需要对单分子和细胞进行稳健的计算机视觉处理	开发和描述用于基于图像的转录组学的高通量计算机视觉算法	单细胞中的转录分子丰度、定位和模式	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	数万个单细胞