单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Technology: Bead capture for single-cell transcriptomics 2015-Apr, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3919 PMID:25707926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
82	2024-08-09	Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling 2015-Mar-16, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2015.01.014 PMID:25702576	研究论文	本研究通过基因组解析的宏基因组分析，探讨了古菌在陆地地下生物地球化学循环中的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用	首次使用无培养方法重建了古菌的完整基因组，并解析了两个新的古菌门，揭示了古菌在碳和氢代谢中的重要作用	NA	研究古菌在陆地地下生物地球化学循环中的作用	古菌的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用	基因组学	NA	宏基因组分析	NA	DNA	从科罗拉多河附近的含水层采集的复杂沉积物和浮游生物群落样本，以及151个新的古菌序列
83	2024-08-09	Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq 2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaa1934 PMID:25700174	研究论文	本文利用大规模单细胞RNA测序技术对小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞进行分类	发现了47个分子上独特的亚类，包括皮层中所有已知的主要细胞类型，并识别出许多标记基因，这些基因与已知的细胞类型、形态和位置相匹配	NA	揭示小鼠皮层和海马中的细胞类型	小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	大规模单细胞样本
84	2024-08-09	The coexistence of Sjögren's syndrome and primary biliary cirrhosis: a comprehensive review 2015-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-015-8471-1 PMID:25682089	综述	本文全面回顾了干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的情况	探讨了B细胞、细胞毒性T细胞和辅助T细胞在慢性炎症中的作用，以及雌激素受体在疾病中的潜在影响	尽管有现有数据，治疗方案仍然不尽如人意，且近期研究（如使用利妥昔单抗的B细胞耗竭）仅部分有益	探讨干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的机制及治疗策略	干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化	NA	自身免疫性疾病	NA	NA	NA	NA
85	2024-08-09	Sexual cell-fate reprogramming in the ovary by DMRT1 2015-Mar-16, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2015.01.034 PMID:25683803	研究论文	本文研究了DMRT1转录因子在卵巢中对细胞性别命运重编程的影响	首次展示了DMRT1在卵巢中不仅必要而且足以指定雄性细胞身份，并通过单细胞RNA测序识别了动态表达的候选介质	NA	探讨DMRT1在卵巢中对细胞性别命运重编程的作用及其在人类性别发育障碍中的潜在影响	DMRT1转录因子及其在卵巢中的表达对细胞性别命运的影响	NA	性别发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
86	2024-08-09	A multi-scale approach reveals that NF-κB cRel enforces a B-cell decision to divide 2015-Feb-13, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20145554 PMID:25680807	研究论文	本文通过多尺度方法研究NF-κB cRel在B细胞分裂决策中的作用	构建了一个基于单细胞时间轨迹、转录组和免疫荧光分析的代理多模块计算模型，模拟淋巴细胞群体动态	NA	理解多细胞器官功能与细胞内分子网络之间的关系，预测表型从基因型	B淋巴细胞的群体动态及其在免疫反应和疫苗有效性中的作用	生物信息学	NA	单细胞转录组分析、免疫荧光分析	代理多模块计算模型	时间轨迹数据、转录组数据、免疫荧光图像	数百个B细胞
87	2024-08-09	Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 2015-Mar, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3833 PMID:25628217	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学中的计算和分析挑战	本文强调了单细胞RNA测序数据分析所需的新计算策略	需要克服特定的计算和分析挑战	探讨单细胞转录组学中的计算和分析问题	单细胞转录组学数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞
88	2024-08-09	Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell 2015-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3129 PMID:25599178	研究论文	本文介绍了一种准线性扩增策略，用于从同一细胞中定量测序基因组DNA和mRNA，无需在扩增前物理分离核酸	提出了一种集成基因组和转录组测序的新方法，能够在同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA	NA	旨在解决从同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA的挑战	单细胞基因组和转录组	基因组学	NA	基因组和转录组测序	NA	基因组DNA和mRNA	单个细胞
89	2024-08-09	Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles 2015-Jan-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0580-x PMID:25608970	研究论文	本文利用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，准确分类了拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	本文提出了一种新方法，通过使用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，揭示了之前未被描述的远离损伤部位的身份崩溃的短暂现象	NA	定义细胞身份是生物学中的核心问题，本文旨在开发更好的方法来映射细胞身份，特别是在发育过渡期间	拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
90	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming 2015-Jan-08, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2014.11.005 PMID:25575081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在细胞重编程过程中长非编码RNA（lncRNA）表达的动态变化	首次详细探讨了lncRNA在细胞重编程中的潜在功能，并揭示了其在调控细胞命运中的作用	NA	探究lncRNA在细胞重编程过程中的表达模式及其功能	lncRNA在细胞重编程中的表达和作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	自组织映射（SOM）	转录组数据	包括437个lncRNA在内的超过16,000个基因
91	2024-08-09	Applications for single cell trajectory analysis in inner ear development and regeneration 2015-Jul, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-014-2079-2 PMID:25532874	研究论文	本文讨论了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用，介绍了三种不同的方法：主成分分析、'Monocle'算法和自组织映射，并使用先前发表的qRT-PCR数据集进行分析	本文展示了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生研究中的独特优势	每种方法都有其局限性，如数据处理复杂性和对细胞数量的依赖	探讨单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用	耳内发育和再生的单神经母细胞	生物信息学	NA	单细胞轨迹分析	主成分分析、'Monocle'算法、自组织映射	基因表达数据	从发育中的小鼠内耳分离的单神经母细胞
92	2024-08-09	Lineage-negative progenitors mobilize to regenerate lung epithelium after major injury 2015-Jan-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature14112 PMID:25533958	研究论文	本文研究了在重大肺损伤后，未分化的肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）在肺组织再生中的作用	首次定义了在正常远端肺中存在的稀有LNEP细胞的再生作用，并展示了其在肺损伤后的激活和分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类中验证LNEP细胞的作用	探讨肺组织再生的机制，特别是LNEP细胞在肺损伤后的作用	肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）及其在肺损伤后的再生能力	数字病理学	肺疾病	单细胞测序	NA	细胞	小鼠模型
93	2024-08-09	Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells 2015-Jan-08, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001 PMID:25557783	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术检测了203个人类初级成纤维细胞中133,633个独特的杂合单核苷酸变异（hetSNVs）的等位基因特异性mRNA水平	发现了大多数基因在单细胞中的转录主要来自一个等位基因，且相邻的hetSNVs显示出一致的等位基因比例，而远距离的位点则与单倍型结构无关	NA	研究哺乳动物单细胞中基因表达的等位基因模式	人类初级成纤维细胞中的等位基因特异性表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	203个人类初级成纤维细胞
94	2024-08-09	Polar bodies in assisted reproductive technology: current progress and future perspectives 2015-Jan, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1095/biolreprod.114.125575 PMID:25472922	综述	本文综述了极体在辅助生殖技术中的新角色，主要关注单细胞测序技术在极体基因组分析中的应用及其在预防线粒体DNA相关疾病传递中的作用	探讨了极体在辅助生殖技术中的新应用，如单细胞测序技术分析极体基因组和极体转移预防线粒体DNA相关疾病	NA	探索极体在人类生殖健康中的新角色及其在辅助生殖技术中的应用	极体及其在辅助生殖技术中的应用	辅助生殖技术	生殖健康	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
95	2024-08-09	Identification of 4438 novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development 2015-Apr, Molecular genetics and genomics : MGG IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00438-014-0952-z PMID:25428585	研究论文	本研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，在鼠胚胎植入前发育过程中鉴定了4438个新的长链非编码RNA（lincRNA），并建立了一个包含5808个lincRNA的参考目录。	首次在大规模水平上鉴定了鼠胚胎植入前发育过程中的lincRNA，并建立了一个详细的参考目录。	需要进一步的功能研究来验证这些新鉴定的lincRNA在鼠早期胚胎发育中的具体作用。	鉴定和表征可能参与鼠胚胎植入前发育过程的新lincRNA。	鼠胚胎植入前发育过程中的长链非编码RNA。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及的样本数量未在摘要中明确提及
96	2024-08-09	WemIQ: an accurate and robust isoform quantification method for RNA-seq data 2015-Mar-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btu757 PMID:25406327	研究论文	本文介绍了一种名为WemIQ的RNA-seq数据isoform定量方法，该方法通过加权对数似然期望最大化算法有效分配reads，提高了isoform和基因表达的定量精度。	WemIQ通过集成有效的偏差去除和加权期望最大化算法，显著提高了isoform和基因表达的定量精度，并能区分单细胞RNA-seq数据中的偏差异质性和真实生物异质性。	NA	开发一种准确且稳健的RNA-seq数据isoform定量方法。	RNA-seq数据的isoform表达定量。	基因组学	NA	RNA-seq	期望最大化算法	RNA-seq数据	NA
97	2024-08-09	Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing 2015-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.3881 PMID:25420068	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序技术，对622个单个鼠神经元进行综合转录组分析，以无偏见的方式分类感官神经元类型	揭示了十一种感官神经元类型，包括三种低阈值机械感受神经元、两种本体感受神经元和六种主要类型的热敏感、痒敏感、低阈值机械敏感和伤害感受神经元，并提供了新的功能性亚型的标记	NA	解析感官响应细胞为不同的神经元类型	鼠的感官神经元	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	622个单个鼠神经元
98	2024-08-09	Bioinformatics approaches to single-blastomere transcriptomics 2015-Feb, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gau083 PMID:25239944	综述	本文综述了应用于小鼠植入前胚胎卵裂球的单细胞转录组学的最新技术及其研究成果	介绍了全基因组扩增技术和基于微流控的定量RT-PCR技术在单细胞转录组学中的应用	NA	探讨小鼠植入前胚胎发育过程中细胞身份差异的基因表达网络	小鼠植入前胚胎的卵裂球	生物信息学	NA	全基因组扩增技术，微流控定量RT-PCR	NA	转录组数据	单细胞