单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Single-cell transcriptome analyses reveal signals to activate dormant neural stem cells 2015-May-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.04.001 PMID:26000486	研究论文	本研究通过单细胞转录组和加权基因共表达网络分析（WGCNA）揭示了成年小鼠前脑神经发生区中CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞的分子特性	研究发现室管膜CD133(+)/GFAP(-)静息细胞特有的基因网络中显著的枢纽基因富集了免疫应答基因和编码血管生成因子受体的基因，并揭示了损伤后丰富的信号激活这些休眠的室管膜神经干细胞	NA	揭示休眠神经干细胞的分子特性和激活信号	成年小鼠前脑神经发生区中的CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	NA	转录组数据	成年小鼠前脑神经发生区的室管膜细胞
62	2024-08-09	Single-cell transcriptomics enters the age of mass production 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.019 PMID:26000840	研究论文	本文介绍了两种高通量单细胞转录组学的新方法，通过使用液滴微流控技术和复杂的条形码方案，对数千个单个细胞进行转录组分析	引入了液滴微流控技术和复杂的条形码方案，实现了高通量的单细胞转录组学分析	NA	探索和实现高通量的单细胞转录组学技术	单细胞转录组学	单细胞转录组学	NA	液滴微流控技术	NA	转录组数据	数千个单个细胞
63	2024-08-09	Advances and applications of single-cell sequencing technologies 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.005 PMID:26000845	综述	本文综述了单细胞测序技术（SCS）的发展及其在多个生物学领域的应用	SCS技术为研究稀有细胞和复杂细胞群体提供了强大的工具	NA	探讨单细胞测序技术及其在临床转化应用中的应用	单细胞测序技术在微生物学、神经生物学、发育生物学、组织镶嵌性、免疫学和癌症研究中的应用	NA	NA	单细胞测序（SCS）	NA	DNA和RNA数据	NA
64	2024-08-09	The technology and biology of single-cell RNA sequencing 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.04.005 PMID:26000846	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学和医学中的应用	单细胞mRNA测序方法提供了无偏差、高通量和高分辨率的单细胞转录组分析，相较于传统的细胞群分析方法，增加了转录组信息的维度	NA	探讨单细胞RNA测序技术在生物学和医学中的应用	单细胞的转录组	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞
65	2024-08-09	Thermophiles in the genomic era: Biodiversity, science, and applications 2015-Nov-01, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2015.04.007 PMID:25911946	综述	本文综述了嗜热菌和超嗜热菌的多样性、基因组学研究进展及其在工业、农业和医药领域的应用	强调了基因组学时代对嗜热菌多样性、基因组、转录组、宏基因组和单细胞测序的最新理解	NA	总结嗜热菌和嗜热酶的主要当前应用，并强调基因组学时代对嗜热菌研究的最新进展	嗜热菌和超嗜热菌及其生物产品	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	超过120个超嗜热菌的完整基因组序列
66	2024-08-09	Emerging single-cell technologies in immunology 2015-Jul, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1189/jlb.6RU0115-020R PMID:25908734	综述	本文综述了新兴的单细胞技术在免疫学中的应用及其对免疫反应研究的贡献	介绍了单细胞技术在免疫学中的创新应用，如微流控技术和单细胞RNA测序，以及质谱流式细胞术在蛋白质水平分析中的进展	传统研究工具如多色流式细胞术或基于显微镜的方法可能忽略了个体细胞的特定贡献	探讨免疫细胞多样性的基础和结果，以及这些多样性如何影响宿主免疫防御反应的研究	免疫细胞及其在宿主防御中的作用	免疫学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	细胞	NA
67	2024-08-09	SNES makes sense? Single-cell exome sequencing evolves 2015-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0650-0 PMID:25926122	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞全外显子测序方法，用于在单细胞分辨率下研究人类基因组的所有编码序列	提出了一种新的单细胞全外显子测序技术	NA	开发和评估单细胞全外显子测序技术	人类基因组的编码序列	基因组学	NA	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	NA
68	2024-08-09	Calibrating genomic and allelic coverage bias in single-cell sequencing 2015-Apr-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms7822 PMID:25879913	研究论文	本文描述了用于定量评估单细胞基因组DNA全基因组扩增引起的扩增偏差的统计方法	开发了统计模型来校准单细胞全基因组扩增中的等位基因偏差，并展示了基于普查的策略，用于从低输入活检样本中高效准确地检测变异	NA	定量评估和校准单细胞基因组扩增中的偏差	单细胞基因组DNA的全基因组扩增偏差	基因组学	NA	全基因组扩增(WGA)	统计模型	基因组数据	不同技术的单细胞DNA文库
69	2024-08-09	Single-cell analysis of lung adenocarcinoma cell lines reveals diverse expression patterns of individual cells invoked by a molecular target drug treatment 2015-Apr-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0636-y PMID:25887790	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了七种肺腺癌细胞系的基因表达模式，特别是在分子靶向药物治疗后的变化。	本文揭示了在分子靶向药物治疗下，单个细胞的基因表达多样性特征，这些特征在传统的批量细胞转录组分析中难以发现。	NA	研究单个癌细胞在分子靶向药物治疗下的基因表达异质性。	肺腺癌细胞系及其在分子靶向药物治疗下的基因表达模式。	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）	NA	RNA-Seq	336个单细胞RNA-Seq文库
70	2024-08-09	Single-cell genomics-based analysis of virus-host interactions in marine surface bacterioplankton 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.48 PMID:25848873	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，对海洋表层细菌浮游生物中的病毒-宿主相互作用进行了基于基因组分析的研究	首次在Thaumarchaeota、Marinimicrobia、Verrucomicrobia以及Gammaproteobacteria集群SAR86和SAR92中发现了已知病毒	研究主要集中在少数培养的宿主群体，对海洋中所有微生物群体受病毒感染的影响程度了解有限	揭示海洋微生物群落中病毒-宿主相互作用的机制	海洋表层细菌和古菌细胞内的病毒	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	58个来自不同地理位置和系统发育的单扩增基因组(SAGs)的海洋细菌和古菌
71	2024-08-09	Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.46 PMID:25848874	研究论文	本研究通过单细胞基因组学方法，对从Damariscotta湖采集的稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'进行了测序和分析，揭示了Rickettsiaceae科细菌的进化新见解。	首次在Rickettsiaceae科细菌中发现了趋化基因和垂直遗传的鞭毛基因，表明Rickettsiaceae的祖先可能具有兼性细胞内生活方式。	NA	探索Rickettsiaceae科细菌的起源和进化机制。	稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'及其基因组。	微生物学	NA	单细胞测序	NA	基因组	单个细胞
72	2024-08-09	High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin 2015-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3209 PMID:25867922	研究论文	本文介绍了一种高通量方法，用于确定通过单细胞RNA测序分析的细胞在特定组织中的空间起源	该方法通过比较细胞的完整、特异性加权的mRNA谱与从基因表达图谱中获得的位点基因表达谱，实现了细胞在组织中的精确分配	该方法的有效性依赖于具有足够高分辨率的参考基因表达数据库	旨在理解多细胞生物中细胞类型身份，通过整合单个细胞的基因表达谱及其在特定组织中的空间位置	研究对象为通过单细胞RNA测序分析的细胞及其在特定组织中的空间位置	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究中使用了海洋环节动物Platynereis dumerilii的脑组织样本
73	2024-08-09	Spatial reconstruction of single-cell gene expression data 2015-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3192 PMID:25867923	研究论文	本文介绍了一种名为Seurat的计算策略，通过整合单细胞RNA测序数据与原位RNA模式来推断细胞定位，并应用于斑马鱼胚胎的851个单细胞的空间映射	Seurat策略能够将单细胞RNA测序数据与原位RNA模式结合，实现复杂组织中细胞空间定位的精确推断	NA	开发一种新的计算方法来推断细胞在复杂组织中的空间定位	斑马鱼胚胎中的851个单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Seurat	基因表达数据	851个单细胞
74	2024-08-09	Correction: comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0124990 PMID:25875279	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
75	2024-08-09	A simple strategy for reducing false negatives in calling variants from single-cell sequencing data 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0123789 PMID:25876174	研究论文	本文提出了一种简单策略，用于减少单细胞测序数据中变异检测的假阴性率	该方法通过模拟显示其错误率极低，显著低于预期的假阴性率	该方法受限于人类基因组中低SNP密度	旨在减少单细胞测序数据分析中的假阴性	单细胞测序数据中的变异检测	基因组学	NA	单细胞测序	NA	外显子数据	几十个单肿瘤细胞
76	2024-08-09	Single cell transcriptome amplification with MALBAC 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0120889 PMID:25822772	研究论文	本文介绍了使用MALBAC技术进行单细胞转录组扩增的方法，并展示了其在小鼠胚胎早期原肠胚阶段细胞中的应用	开发了基于MALBAC的单细胞转录组扩增技术，具有高检测效率、准确性和可重复性	NA	探索单细胞转录组扩增技术在胚胎细胞中的应用	小鼠胚胎早期原肠胚阶段的细胞	数字病理学	NA	MALBAC	NA	转录组	3个来自小鼠胚胎早期原肠胚阶段的胚层细胞
77	2024-08-09	Identification of cell types from single-cell transcriptomes using a novel clustering method 2015-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btv088 PMID:25805722	研究论文	本文介绍了一种名为共享最近邻（SNN）-Cliq的新算法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型	SNN-Cliq算法利用共享最近邻的概念，在处理高维数据方面显示出优势，并在多种合成和真实实验数据集上优于现有方法	NA	开发一种新的计算方法来聚类单细胞转录组数据，以准确识别细胞类型	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	SNN-Cliq算法	基因表达数据	多种合成和真实实验数据集
78	2024-08-09	ID4 controls mammary stem cells and marks breast cancers with a stem cell-like phenotype 2015-Mar-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms7548 PMID:25813983	研究论文	本研究揭示了抑制分化4（ID4）在乳腺干细胞自我更新中的关键作用，并标记了具有干细胞样表型的一类基底样乳腺癌（BLBC）	首次证明ID4是乳腺干细胞自我更新的关键调节因子，并将其与BLBC的病因联系起来	NA	探讨基底样乳腺癌的细胞起源和病因	乳腺干细胞和基底样乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用ID4GFP敲入报告小鼠模型和人类BLBC样本
79	2024-08-09	SC3-seq: a method for highly parallel and quantitative measurement of single-cell gene expression 2015-May-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkv134 PMID:25722368	研究论文	本文介绍了一种名为SC3-seq的新型单细胞mRNA 3'端测序方法，该方法基于PCR扩增和3'端富集，能够高度并行和定量地测量单细胞中的基因表达	SC3-seq方法在定量测量转录水平和达到转录检测饱和所需的测序深度方面优于其他典型的单细胞RNA-seq方法	NA	开发一种新的单细胞mRNA测序方法，以提高基因表达测量的定量性和并行性	单细胞中的基因表达	生物医学科学	NA	PCR扩增，3'端富集	NA	mRNA	从10,000个细胞到单个细胞
80	2024-08-09	Embryo genome profiling by single-cell sequencing for preimplantation genetic diagnosis in a β-thalassemia family 2015-Apr, Clinical chemistry IF:7.1Q1 DOI:10.1373/clinchem.2014.228569 PMID:25722458	研究论文	本文开发了一种通过单细胞测序获取胚胎全基因组的方法，用于β-地中海贫血携带者家庭的植入前遗传诊断。	本文首次通过单细胞测序技术实现了胚胎全基因组的恢复，并在此基础上进行了全面的孟德尔遗传病诊断和人类白细胞抗原匹配测试。	NA	开发一种新的方法，通过单细胞测序技术进行胚胎基因组分析，以实现植入前遗传诊断。	β-地中海贫血携带者家庭的胚胎基因组。	数字病理学	地中海贫血	单细胞测序	NA	基因组数据	包括单个胚胎细胞和家庭三重奏样本