单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq 2015-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123547 PMID:26293300	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类和小鼠植入前胚胎的早期发育，揭示了保守的转录程序及人类特异的转录程序，并在蛋白质水平上验证了RNA测序结果，进一步揭示了人类和小鼠胚胎基因表达的差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了人类植入前胚胎的三种细胞谱系，并发现了人类特异的基因表达模式，如KLF17转录因子的特异性表达	研究主要集中在植入前胚胎阶段，对于后续发育阶段的细胞谱系分化及基因表达变化未进行深入探讨	深入理解人类早期胚胎发育的分子机制及其与干细胞的关系	人类和小鼠的植入前胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及人类和小鼠的植入前胚胎样本
42	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.013 PMID:26299571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合Waterfall生物信息学管道，揭示了成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代在神经发生过程中的分子级联反应	开发了Waterfall生物信息学管道，用于统计量化单细胞基因表达沿自建连续发育轨迹的情况，并揭示了成人qNSCs的分子特征及其激活和神经发生启动的分子级联	NA	系统地分析干细胞行为，解决传统方法无法解析细胞异质性或捕捉发育动态的问题	成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
43	2024-08-09	Identification of Distinct Tumor Subpopulations in Lung Adenocarcinoma via Single-Cell RNA-seq 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0135817 PMID:26305796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的34个单细胞的转录组数据，以识别肿瘤内部的异质性群体	本研究采用共调控基因模块而非单个基因进行聚类分析，有效减少了单细胞测序中的读取缺失错误，并揭示了两个主要的肿瘤内亚群	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别肺腺癌中的不同肿瘤亚群	人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的单细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34个单细胞
44	2024-08-09	The reduced genomes of Parcubacteria (OD1) contain signatures of a symbiotic lifestyle 2015, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2015.00713 PMID:26257709	研究论文	本文通过重建8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组，并与其他基因组数据进行比较，探讨了OD1细菌的基因组特征及其可能的共生生活方式	首次详细分析了OD1细菌的基因组特征，揭示了其基因组的高度简化及可能的共生生活方式	由于OD1细菌尚未在实验室中分离，研究主要基于基因组重建数据，可能存在一定的不完整性	探讨OD1细菌的基因组特征及其生活方式	OD1细菌的基因组及其代谢能力	微生物学	NA	元基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组
45	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Population of Dormant Neural Stem Cells that Become Activated upon Brain Injury 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.002 PMID:26235341	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了在脑损伤后被激活的休眠神经干细胞亚群	首次发现并描述了在稳态下表达特定组合的谱系特异性转录因子的休眠神经干细胞亚群，并阐明了其在脑缺血后的激活机制	NA	揭示神经干细胞激活和谱系启动的一般原理，并为脑再生医学提供潜在途径	成体侧脑室下区神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
46	2024-08-09	Quantitative and qualitative characterization of expanded CD4+ T cell clones in rheumatoid arthritis patients 2015-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep12937 PMID:26245356	研究论文	本研究利用单细胞分析和下一代测序技术，详细描述了类风湿关节炎患者中扩增的CD4+ T细胞克隆的特性和转录组变化	首次深入分析了类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的转录组特征，揭示了免疫选择压力对克隆表型的影响	研究样本量较小，仅包括5名外周血患者和1名滑膜患者	揭示类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的详细特性和转录组变化	类风湿关节炎患者的扩增CD4+ T细胞克隆	免疫学	类风湿关节炎	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	5名外周血患者和1名滑膜患者
47	2024-08-09	Structure of silent transcription intervals and noise characteristics of mammalian genes 2015-Jul-27, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20156257 PMID:26215071	研究论文	本文通过单等位基因时间流逝记录技术，研究了哺乳动物基因沉默转录间隔区的结构及其噪声特性	首次揭示了哺乳动物基因沉默间隔区的结构，并阐明了其对基因产物波动的影响	研究仅限于小鼠细胞，可能不完全适用于其他哺乳动物	探究哺乳动物基因转录的随机性和沉默间隔区的结构	哺乳动物基因的转录过程及其对基因产物波动的影响	分子生物学	NA	单等位基因时间流逝记录技术	NA	时间序列数据	小鼠细胞
48	2024-08-09	Single-cell RNA-seq transcriptome analysis of linear and circular RNAs in mouse preimplantation embryos 2015-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0706-1 PMID:26201400	研究论文	本文开发了一种单细胞通用poly(A)-独立RNA测序（SUPeR-seq）方法，用于从单个细胞中测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并分析了小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	开发了SUPeR-seq方法，能够同时测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并发现了2891个circRNAs和913个新的线性转录本	NA	揭示哺乳动物早期胚胎发育过程中circRNAs的调控机制	小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
49	2024-08-09	Delineating cancer evolution with single-cell sequencing 2015-Jul-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aac8319 PMID:26180099	研究论文	本文利用单细胞测序技术探讨肿瘤内异质性和罕见亚群	单细胞测序技术为癌症研究和医学提供了强大的工具	NA	揭示癌症进化过程	肿瘤内异质性和罕见亚群	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
50	2024-08-09	Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021 PMID:26142758	研究论文	本文描述并比较了五种已建立的监督机器学习方法和一个定制预测器，用于根据单细胞转录组数据分配细胞周期阶段	本文引入了基于主成分分析（PCA）的方法和定制预测器，并评估了不同归一化策略和先验知识对分类器预测能力的影响	文章指出，只有通过利用细胞周期注释基因形式的先验知识和使用基于秩的归一化预处理数据，才能在不同细胞类型、生物体和实验协议中稳健地捕捉转录细胞周期特征	开发和评估计算方法，以从单细胞转录组数据中准确分配细胞周期阶段	单细胞转录组数据中的细胞周期阶段	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习方法	转录组数据	使用先前发表的数据集进行测试
51	2024-08-09	Whole-Transcriptome Amplification of Single Cells for Next-Generation Sequencing 2015-Jul-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0720s111 PMID:26131855	研究论文	本文描述了从细胞到下一代测序（NGS）的整个工作流程，包括细胞质量检测、细胞裂解、gDNA去除、全转录组扩增和NGS文库制备	介绍了用于单细胞转录组分析的全转录组扩增技术，以适应NGS平台对RNA量的要求	NA	阐明健康和疾病中的细胞变异性	单细胞转录组	基因组学	癌症	NGS	NA	RNA	单个细胞
52	2024-08-09	Sincell: an R/Bioconductor package for statistical assessment of cell-state hierarchies from single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btv368 PMID:26099264	研究论文	介绍了一个名为Sincell的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中评估细胞状态层次结构	Sincell包引入了新的算法，为细胞状态层次结构提供统计支持，并考虑了单细胞RNA测序中的随机因素	NA	开发和验证一个用于评估单细胞RNA测序数据中细胞状态层次结构的计算工具	单细胞RNA测序数据中的细胞状态层次结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
53	2024-08-09	Marrying microfluidics and microwells for parallel, high-throughput single-cell genomics 2015-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0695-0 PMID:26087845	研究论文	本文介绍了一种基于微孔的创新平台，用于单细胞RNA测序（RNA-seq），结合了成本效益、可扩展性和并行性	该平台为单细胞基因组学提供了高吞吐量的平行处理能力，开启了新的生物学研究途径	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序技术	单细胞RNA测序	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
54	2024-08-09	Single-cell mRNA sequencing identifies subclonal heterogeneity in anti-cancer drug responses of lung adenocarcinoma cells 2015-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0692-3 PMID:26084335	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性，并识别出与抗癌药物耐药性相关的候选肿瘤细胞亚群	NA	研究肿瘤内异质性如何影响治疗结果，并探索个性化抗癌治疗的可能性	肺腺癌细胞及其对抗癌药物的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	34个来自肺腺癌患者肿瘤异种移植的肿瘤细胞
55	2024-08-09	Linking Micronuclei to Chromosome Fragmentation 2015-Jun-18, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.06.005 PMID:26091034	研究论文	文章通过结合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了人类癌细胞中染色体重排的分子机制	首次使用活细胞成像和单细胞测序技术结合的方法，揭示了微核中染色体经常发生类似染色体碎裂的重排	NA	探索人类癌细胞中染色体重排的分子机制	人类癌细胞中的染色体重排	NA	癌症	活细胞成像和单细胞测序	NA	图像和序列数据	NA
56	2024-08-09	Deep sequencing reveals cell-type-specific patterns of single-cell transcriptome variation 2015-Jun-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0683-4 PMID:26056000	研究论文	本文通过深度测序揭示了不同细胞类型中单细胞转录组变异的模式	开发了过滤基因以进行可靠定量的方法，并校准了生物变异	需要仔细分析以利用单细胞RNA测序数据，并考虑技术变异	探讨转录组状态与细胞表型之间的关系，并解决单细胞转录组学面临的分析挑战	来自五种小鼠组织和两种大鼠组织的91个细胞和18个细胞，以及30个稀释至单细胞水平的批量RNA对照样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	91个小鼠细胞，18个大鼠细胞，30个对照样本
57	2024-08-09	Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing 2015-Jun-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0684-3 PMID:26047807	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA打印和测序的可扩展微流控平台	开发了一种简单平台，用于在密封的皮升微孔中捕获单细胞裂解物，并能够打印RNA在玻璃上或捕获RNA在珠子上	NA	开发一种高效、低成本的工具，用于大规模单细胞转录组学研究	单细胞RNA	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	RNA	数百个单细胞
58	2024-08-09	Computer vision for image-based transcriptomics 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.05.016 PMID:26014038	研究论文	本文讨论了基于图像的转录组学实验流程的设置，并详细描述了开发的高通量算法，用于从数万个单细胞中提取转录分子丰度、定位和模式的多变量特征集	基于图像的转录组学方法无需将RNA转化为cDNA即可进行信号放大和转录定量，效率高于其他方法，并能研究单细胞中转录组的空间组织	为了充分发挥基于图像的转录组学的潜力，需要对单分子和细胞进行稳健的计算机视觉处理	开发和描述用于基于图像的转录组学的高通量计算机视觉算法	单细胞中的转录分子丰度、定位和模式	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	数万个单细胞
59	2024-08-09	Recent advances and current issues in single-cell sequencing of tumors 2015-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2015.04.022 PMID:26003306	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤内异质性研究中的最新进展和当前面临的挑战	介绍了单细胞测序技术在深入研究肿瘤内复杂分子机制方面的潜力	NA	探讨单细胞测序方法在肿瘤学过程中的应用，从肿瘤发生到进展、转移和治疗抵抗	肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	大规模
60	2024-08-09	MERFISHing for spatial context 2015-Jul, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2015.05.002 PMID:26013647	研究论文	介绍了一种名为MERFISH的新技术，该技术扩展了单分子成像技术，用于分析数千个基因的拷贝数和定位模式	MERFISH技术在空间转录组学领域取得了重大进展，具有在免疫学中的潜在应用	NA	推动空间转录组学的发展，探索其在免疫学中的应用	数千个基因的拷贝数和定位模式	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	基因数据	数千个基因