单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells 2015, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1186/s13742-015-0091-4 PMID:26550473	研究论文	本文开发了一种新的高通量平台，用于在纳升规模上制备单细胞RNA，并成功应用于HeLa S3细胞的HPV表达和剪接分析。	首次使用全长度单细胞RNA测序技术研究病毒诱导的肿瘤细胞异质性，并揭示了HPV-18在单细胞水平上的表达和剪接多样性。	仅限于HeLa S3细胞系的研究，样本量相对较小。	研究病毒感染细胞系的异质性，特别是HPV感染的宫颈癌细胞。	HeLa S3细胞系，一种HPV阳性的宫颈癌细胞系。	数字病理学	宫颈癌	全长度单细胞RNA测序	NA	RNA	669个单细胞样本，其中40个用于单细胞RNA测序
22	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals receptor transformations during olfactory neurogenesis 2015-Dec-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad2456 PMID:26541607	研究论文	本文利用单神经元RNA测序技术，探索了小鼠鼻腔嗅觉神经元成熟过程中塑造嗅觉能力的发育机制	发现成熟的嗅觉神经元仅表达约1000个气味受体基因中的一个，而未成熟的神经元则表达多个气味受体基因，且这些基因在鼻腔上皮中的定位存在区域性偏倚	NA	揭示嗅觉神经发生过程中受体转化的机制	小鼠鼻腔嗅觉神经元的发育过程	数字病理学	NA	单神经元RNA测序	NA	基因表达数据	多个小鼠鼻腔嗅觉神经元样本
23	2024-08-09	ZIFA: Dimensionality reduction for zero-inflated single-cell gene expression analysis 2015-Nov-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0805-z PMID:26527291	研究论文	本文开发了一种名为ZIFA的降维方法，专门用于处理零膨胀的单细胞基因表达数据	ZIFA方法明确地模拟了数据中的缺失事件特征，提高了模拟和生物数据集的建模准确性	NA	开发适用于零膨胀单细胞基因表达数据的降维方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	因子分析	基因表达数据	NA
24	2024-08-09	Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression 2015-Oct-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9687 PMID:26489834	研究论文	本文描述并验证了一种生成统计模型，该模型通过外部RNA spike-ins准确量化单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的技术噪声，并区分真正的随机等位基因表达与技术性随机等位基因表达。	本文提出了一种新的生成统计模型，能够准确区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声。	文章未明确提及具体的局限性。	研究旨在区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声，并量化技术噪声对随机等位基因表达的影响。	研究对象为单细胞RNA测序中的随机等位基因表达模式。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成统计模型	RNA	文章未提供具体的样本数量。
25	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq resolves cellular complexity in sensory organs from the neonatal inner ear 2015-Oct-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9557 PMID:26469390	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了新生小鼠内耳的椭圆囊和耳蜗感觉上皮细胞的转录组	首次通过单细胞RNA测序揭示了内耳感觉上皮细胞的复杂性和亚群特征	研究仅限于新生小鼠的内耳感觉上皮细胞	探究内耳感觉上皮细胞的转录组特征及其在发育过程中的分化	新生小鼠的椭圆囊和耳蜗感觉上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	301个单细胞
26	2024-08-09	Intrinsic Age-Dependent Changes and Cell-Cell Contacts Regulate Nephron Progenitor Lifespan 2015-Oct-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2015.09.009 PMID:26460946	研究论文	本文研究了胎儿发育期间，肾元前体细胞的寿命受内在年龄依赖性变化和细胞间接触调控的机制	通过移植实验比较了老和年轻前体细胞在同一年轻微环境中的植入情况，发现老前体细胞在年轻邻居环绕下寿命显著延长	NA	探索控制前体细胞寿命的内在和外在机制	肾元前体细胞的寿命及其调控机制	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
27	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals changes in cell cycle and differentiation programs upon aging of hematopoietic stem cells 2015-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.192237.115 PMID:26430063	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠的造血干细胞（HSC）和造血祖细胞群体的差异	发现老年HSC的G1期细胞频率降低，且老年短期HSC与年轻长期HSC的转录变化呈反向关系，表明老年HSC处于较少分化状态	NA	探讨衰老过程中造血干细胞的细胞周期和分化程序的变化	年轻和老年小鼠的造血干细胞及造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自两个品系的小鼠的年轻和老年HSC及造血祖细胞群体
28	2024-08-09	An assessment of the amount of untapped fold level novelty in under-sampled areas of the tree of life 2015-Oct-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep14717 PMID:26434770	研究论文	本文探讨了通过单细胞测序、元基因组学和高通量培养技术获取的未培养和采样不足的门类基因组对蛋白质折叠空间多样性的潜在影响	研究发现，采样不足的门类基因组中存在大量未被当前蛋白质家族和折叠轮廓库覆盖的序列，且新折叠的发现率可能高达36%	尽管新折叠的发现率较高，但这些发现最终对全球新折叠的发现影响有限	评估未培养和采样不足的生物体对蛋白质折叠空间多样性的贡献	未培养和采样不足的门类基因组	NA	NA	单细胞测序, 元基因组学	NA	序列数据	NA
29	2024-08-09	Somatic mutation in single human neurons tracks developmental and transcriptional history 2015-Oct-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aab1785 PMID:26430121	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人脑皮层中36个神经元的体细胞单核苷酸变异（SNVs），揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关系	首次通过单细胞测序技术详细分析了人脑皮层神经元的体细胞SNVs，并揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关联	研究样本仅来自三位正常个体，可能限制了结果的普遍性	探讨人脑皮层神经元中的体细胞单核苷酸变异及其与神经元发育和转录历史的关系	人脑皮层中的神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	36个神经元样本来自三位正常个体
30	2024-08-09	The first five years of single-cell cancer genomics and beyond 2015-Oct, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.191098.115 PMID:26430160	review	本文回顾了单细胞测序技术在癌症基因组学领域的五年进展及其未来应用前景	单细胞测序技术为解决传统批量肿瘤测量难以回答的癌症生物学关键问题提供了新工具	目前的技术和研究应用仅触及了冰山一角，仍有大量未探索的应用领域	探讨单细胞测序技术在癌症研究与医学中的进展及其未来应用	癌症的进化、多样性以及罕见细胞在肿瘤进展中的作用	digital pathology	NA	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NA
31	2024-08-09	Dynamic transcriptional symmetry-breaking in pre-implantation mammalian embryo development revealed by single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123950 PMID:26395495	研究论文	通过分析来自小鼠和人早期胚胎的单细胞转录组数据，揭示了哺乳动物早期胚胎发育中动态转录对称性破缺的现象	首次揭示了早期胚胎分裂阶段即出现的细胞间转录偏差，并发现这种偏差遵循二项分布模式，以及后续合子转录激活进一步加剧了这种偏差	NA	探究哺乳动物早期胚胎发育中首次出现不对称性的时机及其如何发展以指导不同细胞命运	小鼠和人类早期胚胎的单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类早期胚胎的单细胞
32	2024-08-09	Single-cell transcriptomic reconstruction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells 2015-Sep-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0739-5 PMID:26387834	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的细胞周期和多系分化缺陷	本研究首次通过单细胞转录组分析，重建了造血干细胞的细胞周期进程，并揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的异常增殖表型和分化缺陷	NA	研究Bcl11a缺陷造血干细胞的分子异质性和分化缺陷	Bcl11a缺陷造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	180个高度纯化的造血干细胞（Bcl11a (+/+) 和 Bcl11a (-/-)）
33	2024-08-09	Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development 2015-Sep-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9207 PMID:26360614	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了348个卵母细胞、受精卵和2至3天胚胎的单个卵裂球的转录组，详细探讨了人类植入前发育过程中的转录调控	首次在人类植入前发育阶段鉴定出32和129个基因分别在卵母细胞到四细胞阶段和四细胞到八细胞阶段被转录，并发现多个先前未注释的PRD样同源框基因	NA	揭示人类植入前发育过程中的转录调控机制	人类卵母细胞、受精卵和早期胚胎的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	348个卵母细胞、受精卵和早期胚胎的单个卵裂球
34	2024-08-09	Single-Cell Analysis: The Differences That Kill 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.053 PMID:26359980	研究论文	Avraham等人利用单细胞RNA测序技术研究了巨噬细胞对感染反应的变异性是如何被病原体群体内的变异性控制的	发现Salmonella毒力因子PhoP的异质表达及其随后的细胞壁修饰导致感染巨噬细胞中干扰素反应的双峰诱导	NA	研究巨噬细胞对感染反应的变异性	巨噬细胞对Salmonella感染的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
35	2024-08-09	A computational strategy for predicting lineage specifiers in stem cell subpopulations 2015-Sep, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2015.08.006 PMID:26368290	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于预测干细胞亚群中的谱系指定因子	该方法通过重建亚群特异性转录调控网络（TRNs），并基于假设每个亲本干细胞亚群由其特定的TRN稳定性核心维持的稳定状态，预测谱系指定因子	该方法目前仅适用于二元命运分化系统，并且需要单细胞基因表达数据	旨在开发一种计算方法，用于识别干细胞分化过程中的谱系指定因子	干细胞亚群及其特异性转录调控网络和谱系指定因子	生物信息学	NA	单细胞RT-PCR和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及三种不同的干细胞系统
36	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells Reveals Unique Profiles of Lineage Priming 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0136199 PMID:26352588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从骨髓中提取的间充质干细胞的转录多样性	发现了与间充质干细胞多能性相关的基因在单个细胞中高度一致表达，而与特定分化途径相关的基因在单个细胞中表达水平差异较大	研究结果表明，即使以免疫调节为目标，间充质干细胞的体内或临床使用仍需谨慎，因为可能存在多种中胚层甚至外胚层的分化结果	评估骨髓来源的间充质干细胞的转录多样性及其分化潜能和免疫调节功能的异质性	骨髓来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠骨髓来源的间充质干细胞的单细胞样本
37	2024-08-09	RNA-seq based transcriptomic analysis of single bacterial cells 2015-Nov, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c5ib00191a PMID:26331465	研究论文	本文报道了首个细菌单细胞RNA测序（RNA-seq）方法BaSiC RNA-seq，该方法整合了RNA分离、cDNA合成与扩增以及单个蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞的全转录组RNA-seq分析	首次实现了对单个细菌细胞的全转录组RNA-seq分析，并展示了环境胁迫下基因表达的异质性	初步结果显示，该方法在不同时间点的基因识别率存在差异，且样本量较小	研究单个细菌细胞在环境胁迫下的基因表达异质性	蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	3个24小时和3个72小时氮饥饿处理后的单细胞，以及相应的批量细胞对照
38	2024-08-09	Uniform and accurate single-cell sequencing based on emulsion whole-genome amplification 2015-Sep-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1513988112 PMID:26340991	research paper	本文介绍了一种基于乳化全基因组扩增的均匀且准确的单细胞测序方法	提出了一种新的乳化全基因组扩增（eWGA）方法，通过将单细胞基因组DNA分割成大量微小水滴，每个水滴中的DNA片段在扩增前达到饱和，从而最小化了片段间扩增增益的差异	NA	开发一种新的全基因组扩增方法，以提高单细胞测序的均匀性和准确性	单细胞基因组DNA	生物技术	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	基因组数据	单个人类细胞
39	2024-08-09	Application of an RNA amplification method for reliable single-cell transcriptome analysis 2015-Sep, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114331 PMID:26345506	研究论文	本文介绍了一种新的RNA扩增方法，用于高保真度的单细胞转录组分析	该技术显著减少了3'偏倚问题，能够检测所有区域的转录本，包括短或完全缺失多聚A尾的mRNA、非编码RNA以及任何给定基因产物的全套剪接异构体	通过统计和生物信息学分析微阵列数据来评估该技术的局限性	研究单细胞分辨率下的细胞类型特异性转录特征	从小鼠侧脑室下带（SVZ）分离的单个细胞	基因组学	NA	RNA扩增	NA	微阵列数据	多个来自小鼠侧脑室下带的单个细胞
40	2024-08-09	Oscope identifies oscillatory genes in unsynchronized single-cell RNA-seq experiments 2015-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3549 PMID:26301841	研究论文	本文介绍了一种名为Oscope的统计方法，用于在非同步单细胞RNA测序实验中识别和表征振荡基因的转录动力学	Oscope方法能够在非同步细胞群体的单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	文章未明确提及	开发和验证一种新的统计方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	振荡基因的转录动力学	基因表达	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	多个数据集