单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	A secretagogin locus of the mammalian hypothalamus controls stress hormone release 2015-Jan-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.201488977 PMID:25430741	研究论文	这篇文章探讨了下丘脑分泌素基因座对压力激素释放的调控机制	首次定义了一个新的分泌素神经元基因座和分子轴，揭示了其在压力响应中的作用	关于分泌素在更多类型神经元中的功能及其对长期压力反应的影响仍不明确	阐明调控下丘脑-垂体-肾上腺轴中CRH释放的分子机制	研究小型细胞与大细胞之间的相互作用以及分泌素神经元在CRH释放中的角色	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 蛋白质相互作用组分析	NA	NA	NA
2	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals coordinated ectopic gene-expression patterns in medullary thymic epithelial cells 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3246 PMID:26237553	研究论文	本研究揭示了髓质胸腺上皮细胞中组织特异性自身抗原的表达模式	首次通过单细胞RNA测序揭示了髓质胸腺上皮细胞中TRAs的协同表达模式	研究未阐明单个mTEC中TRAs表达的具体调控机制	探讨髓质胸腺上皮细胞中自身抗原表达的调控机制	针对髓质胸腺上皮细胞中的组织特异性自身抗原进行研究	数字病理学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个mTECs样本
3	2024-08-05	Aire controls gene expression in the thymic epithelium with ordered stochasticity 2015-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3247 PMID:26237550	研究论文	Aire转录因子通过诱导外源性胸腺特异性基因的表达来控制免疫耐受性	本研究揭示了Aire靶基因在小部分胸腺髓样上皮细胞中的特异性激活，与DNA甲基化模式无关	未提及具体样本数量和限制因素	探讨Aire对胸腺上皮基因表达的特异性调控机制	Aire充足和缺乏的胸腺髓样上皮细胞(mTECs)	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	NA	NA	NA
4	2024-08-05	Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells 2015-May-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.04.044 PMID:26000487	研究论文	该文章介绍了一种用于单细胞转录组学的高通量液滴条形码技术。	提出了一种高效的液滴微流控方法，可以从成千上万个单细胞中标记RNA，并进行后续的下一代测序分析。	没有明确提到该方法在特定样本上的适用性或潜在的技术障碍	旨在有效识别和分析单细胞水平的基因表达。	分析小鼠胚胎干细胞以揭示细胞群体结构和分化异质性。	数字病理学	NA	下一代测序	NA	RNA数据	数千个单细胞
5	2024-08-07	Pathogen Cell-to-Cell Variability Drives Heterogeneity in Host Immune Responses 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.027 PMID:26343579	研究论文	本文开发了一种结合单细胞RNA测序和荧光标记的实验系统，用于研究单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应，并揭示了细菌因子活性的异质性如何影响宿主免疫反应的多样性	首次展示了细菌群体中PhoPQ活性的变异性如何通过改变LPS驱动宿主I型IFN反应的变异性，证明了宿主和细菌变异性之间的因果关系	NA	研究免疫细胞与入侵细菌之间的相互作用，特别是细胞间变异对感染结果的影响	单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6	2024-08-07	Single-cell transcriptomics using spliced leader PCR: Evidence for multiple losses of photosynthesis in polykrikoid dinoflagellates 2015-Jul-17, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-015-1636-8 PMID:26183220	研究论文	本文利用拼接领导者PCR（SLPCR）技术，对海洋沉积物中的单细胞多克里科斯·勒布里亚（Polykrikos lebouriae）进行转录组分析，探讨其光合作用的丢失情况	本文首次使用SLPCR技术对单细胞多克里科斯·勒布里亚进行转录组分析，并发现其保留了祖先的peridinin质体，而其近亲则独立地多次丢失了光合作用	NA	探讨多克里科斯·勒布里亚的光合作用丢失情况及其在多克里科斯类甲藻中的意义	多克里科斯·勒布里亚（Polykrikos lebouriae）	基因组学	NA	拼接领导者PCR（SLPCR）	NA	转录组	单细胞分离物
7	2024-08-07	Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.131235 PMID:26487783	correction	纠正了先前发表在《Development》杂志上的文章中的图3标签错误	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8	2024-08-07	BASiCS: Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing Data 2015-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004333 PMID:26107944	研究论文	BASiCS是一个综合的贝叶斯分层模型，用于分析单细胞测序数据，能够估计细胞特异性归一化常数，量化技术变异性，并分解表达计数的总变异性为技术和生物成分	BASiCS模型通过引入人工合成的spike-in基因来量化技术变异性，并提供了一个直观的检测标准来识别高度或低度变异的基因	NA	开发和验证一个用于分析单细胞mRNA测序数据的新方法，以识别细胞间基因表达的真实异质性	单细胞mRNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	NA	单细胞测序	贝叶斯分层模型	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎干细胞的基因表达测量数据
9	2024-08-07	Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution 2015-Feb-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13952 PMID:25470049	研究论文	本文通过深度基因组和单细胞测序方法，研究了免疫缺陷小鼠中人类乳腺癌原发和转移性肿瘤的克隆动力学	首次系统地检查了移植和传播对肿瘤基因组克隆结构的影响，并展示了单细胞测序在理解克隆复杂性和快速进化案例中的应用	研究仅限于15个案例，可能需要更多的样本以验证结果的普遍性	探讨人类乳腺癌在免疫缺陷小鼠中的克隆动力学及其对肿瘤进化的影响	人类乳腺癌的原发和转移性肿瘤	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	15例人类乳腺癌样本
10	2024-08-09	Hierarchical deconstruction of mouse olfactory sensory neurons: from whole mucosa to single-cell RNA-seq 2015-Dec-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep18178 PMID:26670777	研究论文	本文通过分层应用RNA测序技术，从整体黏膜样本到成熟的单一嗅觉感觉神经元，揭示了小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况	本文发现了成熟嗅觉感觉神经元中未知的二分法，并确立了一种新的神经元细胞类型，该类型由55个基因的差异高表达定义	NA	揭示小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况	小鼠嗅觉黏膜中的嗅觉感觉神经元	分子生物学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	21个单一成熟嗅觉感觉神经元
11	2024-08-09	Human cerebral organoids recapitulate gene expression programs of fetal neocortex development 2015-Dec-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1520760112 PMID:26644564	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术比较了人脑类器官与胎儿新皮质中的细胞组成和神经前体细胞到神经元的谱系关系	揭示了脑类器官中与胎儿组织相似的基因表达程序，以及先前未被识别的神经前体细胞增殖和神经元分化过程中的基因相互作用	NA	研究人脑类器官在体外模拟胎儿新皮质发育的程度	人脑类器官和胎儿新皮质的细胞组成及基因表达程序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
12	2024-08-09	Epigenomic Reprogramming of Adult Cardiomyocyte-Derived Cardiac Progenitor Cells 2015-Dec-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep17686 PMID:26657817	研究论文	本研究通过单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，揭示了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	首次整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，阐明了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	NA	探究成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析	NA	转录组数据，甲基化数据	成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞
13	2024-08-09	MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data 2015-Dec-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0844-5 PMID:26653891	研究论文	本文提出了一种灵活的统计框架MAST，用于评估单细胞RNA测序数据中的转录变化和异质性	提出了一种两部分广义线性模型，专门处理单细胞数据中的双峰表达分布和随机丢失问题	未提及	开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的转录变化和异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	未提及
14	2024-08-09	Heal Thy Cell(f): A Single-Cell View of Regeneration 2015-Dec-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2015.11.019 PMID:26651286	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究涡虫细胞在再生伤口反应中的细胞类型特异性和时间动态	采用单细胞转录组测序技术深入研究再生过程中的细胞特异性和时间动态	NA	探究再生过程中细胞类型的特异性和时间动态	涡虫细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15	2024-08-09	CD5L/AIM Regulates Lipid Biosynthesis and Restrains Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.068 PMID:26607793	研究论文	研究揭示了CD5L/AIM在调节Th17细胞致病性中的作用及其机制	首次发现CD5L/AIM作为非致病性Th17细胞的调节因子，通过调节脂质生物合成影响Th17细胞的功能状态	NA	探究Th17细胞致病性与非致病性状态的平衡机制	Th17细胞及其调节因子CD5L/AIM	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16	2024-08-09	Single-Cell Genomics Unveils Critical Regulators of Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.11.009 PMID:26607794	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了Th17细胞在自身免疫性脑脊髓炎（EAE）高峰期从中枢神经系统（CNS）和淋巴结（LN）分离出的分子机制，以及其在体外分化条件下的异质性和致病性	本研究揭示了调控Th17细胞致病性和疾病易感性的基因，并使用基因敲除小鼠验证了四个新基因	NA	研究Th17细胞的分子机制及其在自身免疫中的功能	Th17细胞的异质性和致病性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从CNS和LN分离的Th17细胞，以及在体外分化条件下的Th17细胞
17	2024-08-09	SINCERA: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Profiling Analysis 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004575 PMID:26600239	研究论文	本文介绍了一种名为SINCERA的计算流程，用于处理和分析来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	SINCERA流程支持区分和识别主要细胞类型、识别细胞类型特异性基因签名以及确定特定细胞类型的驱动因素	NA	开发一种通用的分析流程，用于处理和分析单细胞RNA测序数据，以理解细胞异质性及其在生物系统中的作用	从胚胎小鼠肺中分离的单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从胚胎小鼠肺中分离的多个单细胞
18	2024-08-09	Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data 2015, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-16-S11-S7 PMID:26576947	研究论文	本文提出了一种无参考的单细胞测序数据肿瘤系统发育推断方法	该方法通过提取单细胞肿瘤基因组DNA序列中的k-mer计数，利用归一化k-mer频率差异作为细胞间进化距离的代理，简化了从序列读取中提取系统发育标记的过程，并能绕过肿瘤基因组大规模重排对基于参考方法的挑战	NA	研究如何从单细胞测序数据中推断肿瘤的系统发育	单细胞肿瘤基因组DNA序列	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	使用公开的乳腺癌单细胞测序数据集
19	2024-08-09	Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments 2015-Nov-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.039 PMID:26544934	研究论文	本文综述了单细胞测序实验的设计和分析方法	介绍了单细胞测序技术在生物系统研究中的高分辨率潜力	单细胞测序面临重大技术挑战并产生复杂的数据输出	提供单细胞测序实验设计和数据分析的指南	单细胞测序技术及其在生物系统中的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	数据	个体细胞
20	2024-08-09	Deciphering Transcriptional Dynamics In Vivo by Counting Nascent RNA Molecules 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004345 PMID:26544860	研究论文	本文提出通过测量细胞间新生RNA分子的数量变异性来解析细胞中转录起始机制的方法	提出了一种简单的转录起始和延伸动力学模型，并通过实验验证了该模型在解析转录起始机制中的有效性	仅测试了十二个组成型表达的酵母基因，可能需要进一步研究以验证其在其他基因和物种中的适用性	解析基因表达调控序列如何响应细胞内外信号的挑战	转录过程及其动态，特别是转录起始机制	基因组学	NA	单细胞测序和成像技术	动力学模型	单细胞测序数据，单分子成像和电子显微镜固定细胞图像	十二个组成型表达的酵母基因