单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 98 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data
2015-Dec-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-015-0844-5
PMID:26653891
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的灵活统计框架MAST，用于评估转录变化和表征异质性 | 针对单细胞数据特有的双峰表达分布和随机丢失问题，提出了两部分广义线性模型，并引入细胞检测率作为干扰变异源进行调整 | NA | 开发适用于单细胞RNA测序数据的统计分析框架 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Human cerebral organoids recapitulate gene expression programs of fetal neocortex development
2015-Dec-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1520760112
PMID:26644564
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较人类大脑类器官与胎儿新皮质的细胞组成和基因表达程序 | 首次系统比较大脑类器官与胎儿新皮质在神经祖细胞增殖和神经元分化过程中的基因表达程序相似性 | 类器官系统在多大程度上能完全重现体内发育过程仍不完全清楚 | 研究人类大脑类器官是否重现胎儿新皮质发育的基因表达程序 | 人类大脑类器官和胎儿新皮质组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 协变网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
CD5L/AIM Regulates Lipid Biosynthesis and Restrains Th17 Cell Pathogenicity
2015-Dec-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2015.10.068
PMID:26607793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CD5L/AIM是调节Th17细胞致病性的关键因子 | 首次发现CD5L通过调节脂质代谢和胆固醇生物合成来调控Th17细胞的致病性 | Th17细胞致病性和非致病性状态平衡机制仍不完全清楚 | 探索Th17细胞致病性调控机制 | Th17细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
ZIFA: Dimensionality reduction for zero-inflated single-cell gene expression analysis
2015-Nov-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-015-0805-z
PMID:26527291
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研究论文 | 开发了一种专门针对零膨胀单细胞RNA-seq数据的降维方法ZIFA | 首次明确建模单细胞RNA-seq数据中的dropout特征，相比传统降维方法提高了建模准确性 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据因dropout事件导致的零膨胀问题，改进数据降维效果 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution
2015-Nov, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2015.46
PMID:25848874
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研究论文 | 通过单细胞基因组学发现并解析了一种罕见环境α-变形菌，为立克次体科的进化提供了新见解 | 发现了立克次体科的深部分支姐妹谱系，首次在该科中发现趋化基因和垂直遗传鞭毛基因 | 仅获得部分基因组序列，样本来源单一（仅从Damariscotta湖采样） | 研究立克次体科细菌的起源和进化机制 | 罕见环境α-变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris' | 微生物基因组学 | 立克次体病 | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 稀有微生物细胞（具体数量未说明） | NA | 单细胞基因组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq
2015-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.131235
PMID:26487783
|
更正 | 本文是对发表于《Development》期刊的一篇论文中图3标签错误的更正说明 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-Seq resolves cellular complexity in sensory organs from the neonatal inner ear
2015-Oct-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms9557
PMID:26469390
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了新生小鼠内耳感觉器官中的细胞复杂性 | 首次对新生小鼠耳蜗和前庭感觉上皮进行单细胞转录组分析，重建了细胞类型特异性分化的时间进程 | 研究仅针对新生小鼠，样本数量有限（301个细胞），未涵盖成年个体 | 解析内耳感觉上皮的细胞异质性和发育过程 | 新生小鼠的椭圆囊（前庭）和耳蜗感觉上皮细胞 | 单细胞组学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 301个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Somatic mutation in single human neurons tracks developmental and transcriptional history
2015-Oct-02, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aab1785
PMID:26430121
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研究论文 | 通过单细胞测序研究人类大脑神经元体细胞突变的发育和转录历史 | 首次系统调查人类大脑神经元体细胞单核苷酸变异景观，发现神经元突变反映活跃转录期间的损伤，而非DNA复制错误 | 样本量较小（仅36个神经元），仅来自大脑皮层，未涵盖其他脑区 | 探索人类大脑神经元体细胞突变的特征和形成机制 | 来自三名正常个体大脑皮层的36个神经元 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组序列数据 | 36个神经元（来自3名正常个体） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data
2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021
PMID:26142758
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研究论文 | 本文比较了五种监督机器学习方法和一种定制预测器在基于单细胞转录组数据分配细胞周期阶段方面的性能 | 系统评估不同归一化策略和先验知识使用对细胞周期阶段预测性能的影响，并开发了基于PCA的方法和定制预测器 | 方法在已发布数据集上测试，未在新实验数据上验证 | 开发计算方法来准确分配单细胞的细胞周期阶段 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督机器学习, PCA, 定制预测器 | 单细胞转录组数据 | 已发布数据集中的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
BASiCS: Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing Data
2015-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1004333
PMID:26107944
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞测序数据贝叶斯分析的集成分层模型BASiCS | 集成贝叶斯分层模型，可同时估计细胞特异性标准化常数、基于spike-in基因量化技术变异、分解总变异为技术和生物组分 | 仅在小鼠胚胎干细胞数据上验证，需要spike-in基因作为技术对照 | 解决单细胞测序数据中技术噪声高的问题，识别真正的基因表达异质性 | 单细胞mRNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序 | 贝叶斯分层模型 | 基因表达计数数据 | 小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Spatial reconstruction of single-cell gene expression data
2015-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3192
PMID:25867923
|
研究论文 | 提出一种名为Seurat的计算方法，通过整合单细胞RNA测序数据和原位RNA模式来推断细胞的空间定位 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq数据与空间信息以重建基因表达空间模式的计算策略 | 方法依赖于单细胞RNA-seq数据的质量以及可用的原位RNA模式参考数据 | 开发计算方法来重建单细胞基因表达数据的空间定位 | 斑马鱼胚胎中分离的851个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位RNA分析 | Seurat算法 | 基因表达数据, 空间定位数据 | 851个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq
2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaa1934
PMID:25700174
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对小鼠大脑皮层和海马体细胞进行分类研究 | 首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小鼠大脑47种分子特征不同的细胞亚类，发现了新的细胞类型标记基因 | 研究仅限于小鼠体感皮层和海马CA1区域，未涵盖其他脑区 | 解析哺乳动物大脑皮层和海马体的细胞类型组成与分子特征 | 小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell
2015-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3129
PMID:25599178
|
研究论文 | 开发了一种在同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA的集成方法 | 提出准线性扩增策略，无需在扩增前物理分离核酸即可从同一细胞定量基因组DNA和mRNA | NA | 实现同一细胞中基因组变异和转录组异质性的直接比较 | 单细胞 | 单细胞测序技术 | 癌症 | 单细胞基因组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 基因组DNA, mRNA | NA | NA | 单细胞基因组测序, 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells
2015-Jan-08, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001
PMID:25557783
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究人类原代成纤维细胞中基因的等位基因偏向性表达模式 | 首次在单细胞水平系统分析人类原代成纤维细胞的等位基因表达模式，发现76.4%的杂合SNV存在随机单等位基因表达 | 仅分析了单一时点的基因表达快照，未追踪等位基因表达的动态变化过程 | 探究单细胞水平等位基因表达的随机性和调控机制 | 人类原代成纤维细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 203个单个人类原代成纤维细胞，覆盖133,633个独特杂合SNV | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution
2015-Feb-19, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature13952
PMID:25470049
|
研究论文 | 通过单细胞分辨率研究乳腺癌患者异种移植模型中基因组克隆的动态演化 | 首次在单细胞分辨率系统研究乳腺癌异种移植过程中克隆选择与动态演化的规律 | 研究样本量有限（15例），且仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证 | 探究乳腺癌异种移植过程中基因组克隆架构的变化规律和可重复性 | 原发性和转移性人类乳腺癌样本及免疫缺陷小鼠模型 | 癌症基因组学 | 乳腺癌 | 深度基因组测序,单细胞测序 | NA | 基因组测序数据,单细胞测序数据 | 15例乳腺癌病例 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
A secretagogin locus of the mammalian hypothalamus controls stress hormone release
2015-Jan-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201488977
PMID:25430741
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研究论文 | 这篇文章探讨了下丘脑分泌素基因座对压力激素释放的调控机制 | 首次定义了一个新的分泌素神经元基因座和分子轴，揭示了其在压力响应中的作用 | 关于分泌素在更多类型神经元中的功能及其对长期压力反应的影响仍不明确 | 阐明调控下丘脑-垂体-肾上腺轴中CRH释放的分子机制 | 研究小型细胞与大细胞之间的相互作用以及分泌素神经元在CRH释放中的角色 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析, 蛋白质相互作用组分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals coordinated ectopic gene-expression patterns in medullary thymic epithelial cells
2015-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3246
PMID:26237553
|
研究论文 | 本研究揭示了髓质胸腺上皮细胞中组织特异性自身抗原的表达模式 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了髓质胸腺上皮细胞中TRAs的协同表达模式 | 研究未阐明单个mTEC中TRAs表达的具体调控机制 | 探讨髓质胸腺上皮细胞中自身抗原表达的调控机制 | 针对髓质胸腺上皮细胞中的组织特异性自身抗原进行研究 | 数字病理学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个mTECs样本 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-05 |
Aire controls gene expression in the thymic epithelium with ordered stochasticity
2015-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3247
PMID:26237550
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研究论文 | Aire转录因子通过诱导外源性胸腺特异性基因的表达来控制免疫耐受性 | 本研究揭示了Aire靶基因在小部分胸腺髓样上皮细胞中的特异性激活，与DNA甲基化模式无关 | 未提及具体样本数量和限制因素 | 探讨Aire对胸腺上皮基因表达的特异性调控机制 | Aire充足和缺乏的胸腺髓样上皮细胞(mTECs) | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和DNA甲基化分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-05 |
Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells
2015-May-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2015.04.044
PMID:26000487
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研究论文 | 该文章介绍了一种用于单细胞转录组学的高通量液滴条形码技术。 | 提出了一种高效的液滴微流控方法，可以从成千上万个单细胞中标记RNA，并进行后续的下一代测序分析。 | 没有明确提到该方法在特定样本上的适用性或潜在的技术障碍 | 旨在有效识别和分析单细胞水平的基因表达。 | 分析小鼠胚胎干细胞以揭示细胞群体结构和分化异质性。 | 数字病理学 | NA | 下一代测序 | NA | RNA数据 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
Pathogen Cell-to-Cell Variability Drives Heterogeneity in Host Immune Responses
2015-Sep-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2015.08.027
PMID:26343579
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研究论文 | 本文开发了一种结合单细胞RNA测序和荧光标记的实验系统，用于研究单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应，并揭示了细菌因子活性的异质性如何影响宿主免疫反应的多样性 | 首次展示了细菌群体中PhoPQ活性的变异性如何通过改变LPS驱动宿主I型IFN反应的变异性，证明了宿主和细菌变异性之间的因果关系 | NA | 研究免疫细胞与入侵细菌之间的相互作用，特别是细胞间变异对感染结果的影响 | 单个巨噬细胞对入侵沙门氏菌的反应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |