单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	A secretagogin locus of the mammalian hypothalamus controls stress hormone release 2015-Jan-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.201488977 PMID:25430741	研究论文	这篇文章探讨了下丘脑分泌素基因座对压力激素释放的调控机制	首次定义了一个新的分泌素神经元基因座和分子轴，揭示了其在压力响应中的作用	关于分泌素在更多类型神经元中的功能及其对长期压力反应的影响仍不明确	阐明调控下丘脑-垂体-肾上腺轴中CRH释放的分子机制	研究小型细胞与大细胞之间的相互作用以及分泌素神经元在CRH释放中的角色	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 蛋白质相互作用组分析	NA	NA	NA
2	2024-08-09	Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data 2015, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-16-S11-S7 PMID:26576947	研究论文	本文提出了一种无参考的单细胞测序数据肿瘤系统发育推断方法	该方法通过提取单细胞肿瘤基因组DNA序列中的k-mer计数，利用归一化k-mer频率差异作为细胞间进化距离的代理，简化了从序列读取中提取系统发育标记的过程，并能绕过肿瘤基因组大规模重排对基于参考方法的挑战	NA	研究如何从单细胞测序数据中推断肿瘤的系统发育	单细胞肿瘤基因组DNA序列	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	使用公开的乳腺癌单细胞测序数据集
3	2024-08-09	Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells 2015, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1186/s13742-015-0091-4 PMID:26550473	研究论文	本文开发了一种新的高通量平台，用于在纳升规模上制备单细胞RNA，并成功应用于HeLa S3细胞的HPV表达和剪接分析。	首次使用全长度单细胞RNA测序技术研究病毒诱导的肿瘤细胞异质性，并揭示了HPV-18在单细胞水平上的表达和剪接多样性。	仅限于HeLa S3细胞系的研究，样本量相对较小。	研究病毒感染细胞系的异质性，特别是HPV感染的宫颈癌细胞。	HeLa S3细胞系，一种HPV阳性的宫颈癌细胞系。	数字病理学	宫颈癌	全长度单细胞RNA测序	NA	RNA	669个单细胞样本，其中40个用于单细胞RNA测序
4	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells Reveals Unique Profiles of Lineage Priming 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0136199 PMID:26352588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从骨髓中提取的间充质干细胞的转录多样性	发现了与间充质干细胞多能性相关的基因在单个细胞中高度一致表达，而与特定分化途径相关的基因在单个细胞中表达水平差异较大	研究结果表明，即使以免疫调节为目标，间充质干细胞的体内或临床使用仍需谨慎，因为可能存在多种中胚层甚至外胚层的分化结果	评估骨髓来源的间充质干细胞的转录多样性及其分化潜能和免疫调节功能的异质性	骨髓来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠骨髓来源的间充质干细胞的单细胞样本
5	2024-08-09	Identification of Distinct Tumor Subpopulations in Lung Adenocarcinoma via Single-Cell RNA-seq 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0135817 PMID:26305796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的34个单细胞的转录组数据，以识别肿瘤内部的异质性群体	本研究采用共调控基因模块而非单个基因进行聚类分析，有效减少了单细胞测序中的读取缺失错误，并揭示了两个主要的肿瘤内亚群	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别肺腺癌中的不同肿瘤亚群	人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的单细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34个单细胞
6	2024-08-09	The reduced genomes of Parcubacteria (OD1) contain signatures of a symbiotic lifestyle 2015, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2015.00713 PMID:26257709	研究论文	本文通过重建8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组，并与其他基因组数据进行比较，探讨了OD1细菌的基因组特征及其可能的共生生活方式	首次详细分析了OD1细菌的基因组特征，揭示了其基因组的高度简化及可能的共生生活方式	由于OD1细菌尚未在实验室中分离，研究主要基于基因组重建数据，可能存在一定的不完整性	探讨OD1细菌的基因组特征及其生活方式	OD1细菌的基因组及其代谢能力	微生物学	NA	元基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组
7	2024-08-09	Correction: comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0124990 PMID:25875279	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8	2024-08-09	A simple strategy for reducing false negatives in calling variants from single-cell sequencing data 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0123789 PMID:25876174	研究论文	本文提出了一种简单策略，用于减少单细胞测序数据中变异检测的假阴性率	该方法通过模拟显示其错误率极低，显著低于预期的假阴性率	该方法受限于人类基因组中低SNP密度	旨在减少单细胞测序数据分析中的假阴性	单细胞测序数据中的变异检测	基因组学	NA	单细胞测序	NA	外显子数据	几十个单肿瘤细胞
9	2024-08-09	Single cell transcriptome amplification with MALBAC 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0120889 PMID:25822772	研究论文	本文介绍了使用MALBAC技术进行单细胞转录组扩增的方法，并展示了其在小鼠胚胎早期原肠胚阶段细胞中的应用	开发了基于MALBAC的单细胞转录组扩增技术，具有高检测效率、准确性和可重复性	NA	探索单细胞转录组扩增技术在胚胎细胞中的应用	小鼠胚胎早期原肠胚阶段的细胞	数字病理学	NA	MALBAC	NA	转录组	3个来自小鼠胚胎早期原肠胚阶段的胚层细胞
10	2024-08-09	Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles 2015-Jan-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0580-x PMID:25608970	研究论文	本文利用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，准确分类了拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	本文提出了一种新方法，通过使用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，揭示了之前未被描述的远离损伤部位的身份崩溃的短暂现象	NA	定义细胞身份是生物学中的核心问题，本文旨在开发更好的方法来映射细胞身份，特别是在发育过渡期间	拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming 2015-Jan-08, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2014.11.005 PMID:25575081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在细胞重编程过程中长非编码RNA（lncRNA）表达的动态变化	首次详细探讨了lncRNA在细胞重编程中的潜在功能，并揭示了其在调控细胞命运中的作用	NA	探究lncRNA在细胞重编程过程中的表达模式及其功能	lncRNA在细胞重编程中的表达和作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	自组织映射（SOM）	转录组数据	包括437个lncRNA在内的超过16,000个基因
12	2024-08-09	Lineage-negative progenitors mobilize to regenerate lung epithelium after major injury 2015-Jan-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature14112 PMID:25533958	研究论文	本文研究了在重大肺损伤后，未分化的肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）在肺组织再生中的作用	首次定义了在正常远端肺中存在的稀有LNEP细胞的再生作用，并展示了其在肺损伤后的激活和分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类中验证LNEP细胞的作用	探讨肺组织再生的机制，特别是LNEP细胞在肺损伤后的作用	肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）及其在肺损伤后的再生能力	数字病理学	肺疾病	单细胞测序	NA	细胞	小鼠模型
13	2024-08-09	Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells 2015-Jan-08, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001 PMID:25557783	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术检测了203个人类初级成纤维细胞中133,633个独特的杂合单核苷酸变异（hetSNVs）的等位基因特异性mRNA水平	发现了大多数基因在单细胞中的转录主要来自一个等位基因，且相邻的hetSNVs显示出一致的等位基因比例，而远距离的位点则与单倍型结构无关	NA	研究哺乳动物单细胞中基因表达的等位基因模式	人类初级成纤维细胞中的等位基因特异性表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	203个人类初级成纤维细胞
14	2024-08-09	Polar bodies in assisted reproductive technology: current progress and future perspectives 2015-Jan, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1095/biolreprod.114.125575 PMID:25472922	综述	本文综述了极体在辅助生殖技术中的新角色，主要关注单细胞测序技术在极体基因组分析中的应用及其在预防线粒体DNA相关疾病传递中的作用	探讨了极体在辅助生殖技术中的新应用，如单细胞测序技术分析极体基因组和极体转移预防线粒体DNA相关疾病	NA	探索极体在人类生殖健康中的新角色及其在辅助生殖技术中的应用	极体及其在辅助生殖技术中的应用	辅助生殖技术	生殖健康	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
15	2024-08-09	Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing 2015-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.3881 PMID:25420068	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序技术，对622个单个鼠神经元进行综合转录组分析，以无偏见的方式分类感官神经元类型	揭示了十一种感官神经元类型，包括三种低阈值机械感受神经元、两种本体感受神经元和六种主要类型的热敏感、痒敏感、低阈值机械敏感和伤害感受神经元，并提供了新的功能性亚型的标记	NA	解析感官响应细胞为不同的神经元类型	鼠的感官神经元	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	622个单个鼠神经元