单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 55 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies extracellular matrix gene expression by pancreatic circulating tumor cells
2014-Sep-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2014.08.029
PMID:25242334
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定胰腺循环肿瘤细胞中细胞外基质基因的表达特征 | 首次在单细胞水平揭示循环肿瘤细胞异常表达基质来源的细胞外基质基因，并发现SPARC基因敲低可抑制癌细胞迁移和侵袭 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 解析胰腺癌循环肿瘤细胞的分子特征及其在癌症转移中的作用 | 胰腺癌循环肿瘤细胞、匹配的原发肿瘤 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和有限人类胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表位非依赖性微流控捕获技术结合单细胞RNA测序 |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation
2014-Jun-19, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature13437
PMID:24919153
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示细胞间通讯如何控制细胞异质性 | 首次证明干扰素介导的旁分泌信号传导在协调细胞群体动态响应中的关键作用 | 研究仅限于小鼠骨髓来源的树突状细胞，未验证其他细胞类型 | 理解基因表达变异的程度、基础和功能 | 1,700多个原代小鼠骨髓来源树突状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过1,700个原代小鼠骨髓来源树突状细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals T helper cells synthesizing steroids de novo to contribute to immune homeostasis
2014-May-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2014.04.011
PMID:24813893
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现辅助性T细胞能够从头合成类固醇激素孕烯醇酮，并揭示其在免疫稳态中的作用 | 首次发现并表征了免疫细胞（特别是Th2细胞）具有从头合成类固醇的能力，提出了'淋巴类固醇'的新概念 | 研究主要聚焦于Th2细胞，其他免疫细胞类型的类固醇合成能力尚未完全探索 | 探究Th2细胞是否具有合成类固醇的能力及其在免疫调节中的作用 | 辅助性T细胞（Th2细胞）、B细胞、蠕虫感染模型 | 免疫学 | 蠕虫感染、免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序，定量PCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer
2014-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2883
PMID:24633410
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研究论文 | 介绍用于推断癌症克隆群体结构的统计模型PyClone | 开发了贝叶斯聚类方法，能够在考虑片段拷贝数变化和正常细胞污染导致的等位基因不平衡情况下，对深度测序的体细胞突变进行克隆聚类并估计其细胞流行度 | NA | 推断癌症中的克隆群体结构 | 癌症中的体细胞突变 | 生物信息学 | 癌症 | 深度测序，单细胞测序验证 | 贝叶斯聚类模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-07 |
Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics
2014-Mar-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb4169
PMID:25000927
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综述 | 本文综述了用于复杂组织内单细胞原位转录组学研究的新方法 | 开发了通过原位测序或从单光活化细胞捕获mRNA的新方法 | NA | 开发单细胞原位转录组学研究方法 | 复杂组织中的单细胞 | 单细胞生物学 | NA | RNA-seq, 原位测序 | NA | mRNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Recent advances in genomic DNA sequencing of microbial species from single cells
2014-Sep, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3785
PMID:25091868
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研究论文 | 本文讨论了通过单细胞测序对微生物物种的基因组DNA进行测序的最新进展 | 揭示了通过单细胞测序技术填补未培养物种的基因组序列空白的潜力 | 对微生物物种的研究仍然受到技术和样本可得性的限制 | 研究未培养微生物的基本生物学、分类和进化 | 未培养的微生物物种及其基因组 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
Quantitative assessment of single-cell RNA-sequencing methods
2014-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2694
PMID:24141493
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研究论文 | 该文章比较了不同的单细胞RNA扩增方法的敏感性和准确性 | 系统评估了多种单细胞RNA-seq方法的性能，并显示出在较小的测序读取数下仍能准确测量单细胞转录组 | 未提及具体的限制 | 探讨单细胞转录组分析的有效性 | 比较不同的单细胞RNA扩增方法 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA序列 | 使用了不同数量的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-07 |
Discovery of biclonal origin and a novel oncogene SLC12A5 in colon cancer by single-cell sequencing
2014-Jun, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/cr.2014.43
PMID:24699064
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了一例结肠癌样本，揭示了肿瘤细胞群体中的两个独立克隆，并发现了一个新的致癌基因SLC12A5。 | 首次在单细胞层面提供了全外显子水平的证据，支持结肠癌可能具有双克隆起源，并表明在群体中低频突变在个体层面也可能发挥重要的促癌作用。 | NA | 通过单细胞测序技术揭示结肠癌的克隆关系并识别关键驱动基因。 | 结肠癌样本及其细胞群体。 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 22例（1例单细胞测序，21例全组织外显子测序） | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-09 |
Reconstructing each cell's genome within complex microbial communities-dream or reality?
2014, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2014.00771
PMID:25620966
|
研究论文 | 本文探讨了在复杂微生物群落中重建每个细胞基因组的方法及其挑战 | 介绍了单细胞基因组学作为解决微生物生态学和环境微生物学中未培养微生物基因组信息获取问题的新方法 | 讨论了方法学限制和固有偏差，基于环境和基准数据评估了实现目标的距离 | 旨在从环境中每个细胞中恢复基因组序列，以更好地理解群落代谢潜力并提供实验工作基础 | 复杂微生物群落中的每个细胞基因组 | 环境微生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-09 |
[Recent progress in single-cell RNA-Seq analysis]
2014-Nov, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.3724/SP.J.1005.2014.1069
PMID:25567865
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在方法学和应用方面的最新进展 | 介绍了多种cDNA扩增方法、技术的灵敏度和噪声定量分析，以及低覆盖率高通量单细胞RNA测序和原位RNA测序技术的发展 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术的方法学和应用进展 | 单细胞RNA测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-09 |
[Single-cell sequencing and tumour heterogeneity]
2014-Dec, Medecine sciences : M/S
DOI:10.1051/medsci/20143012023
PMID:25537050
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研究论文 | 本文通过单细胞新一代测序技术精确记录肿瘤异质性 | 首次通过单细胞测序技术详细展示了乳腺癌细胞中每个细胞独特的点突变模式 | NA | 研究肿瘤异质性及其对治疗抵抗的影响 | 乳腺癌细胞的遗传多样性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞新一代测序 | NA | 基因组数据 | 多个乳腺癌细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
The importance of study design for detecting differentially abundant features in high-throughput experiments
2014-Dec-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-014-0527-7
PMID:25517037
|
研究论文 | 本文介绍了EDDA工具，用于优化高通量实验中的差异丰度检测，通过合理选择统计测试和预测性能来减少资源浪费 | EDDA工具引入了基于模式的归一化方法，提高了检测差异丰度的鲁棒性和精确度 | NA | 优化高通量实验中的差异丰度检测，减少资源浪费 | RNA-seq、Nanostring和宏基因组分析 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-09 |
Comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing
2014, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0114520
PMID:25485707
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研究论文 | 本文比较了两种广泛应用于单细胞测序的扩增方法：多重置换扩增（MDA）和基于多重退火和循环扩增的环化（MALBAC） | MALBAC作为一种结合了改进的MDA和调整后的PCR的方法，具有更高的均匀性、特异性和可重复性 | NA | 比较不同扩增方法在单细胞测序中的效果 | 单细胞测序中的扩增方法 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 单个精子样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics for microbial eukaryotes
2014-Nov-17, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2014.10.026
PMID:25458215
|
研究论文 | 本文介绍了一种简单且可重复的单细胞转录组学方法，用于从五种模型纤毛虫物种中手动分离的细胞，并评估了扩增偏差和污染的影响，以及与传统基于培养的转录组学在基因发现效率上的比较 | 提出了针对未培养真核微生物的单细胞转录组学方法，该方法能够保留细胞身份、形态和微生物群落内活动的分配信息 | 尚未测试单细胞转录组学的效率和偏差 | 探索单细胞转录组学在未培养真核微生物中的应用潜力 | 五种模型纤毛虫物种的单细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 五种模型纤毛虫物种的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing technologies: current and future
2014-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2014.09.005
PMID:25438696
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review | 本文综述了单细胞测序技术的发展现状及其在基因转录、胚胎发育和癌变等生物现象中的应用 | 单细胞测序技术相较于传统测序方法，在解决生物异质性和生物材料数量有限的问题上具有显著优势 | 单细胞测序技术面临高扩增偏差、低准确性和可重复性等内在问题的挑战 | 总结单细胞分离技术，并回顾当前用于单细胞基因组、转录组和表观基因组测序的技术 | 单细胞测序技术及其在生物学领域的应用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
A ratiometric-based measure of gene co-expression
2014-Nov-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/1471-2105-15-331
PMID:25411051
|
研究论文 | 本文开发并实施了一种基于比率的方法（简称RA），用于检测基因关联，该方法基于每对基因测量表达比的变化系数 | 提出了一种新的比率方法（RA），用于识别传统关联方法可能忽略或排名较低的生物学上重要的基因表达关系 | NA | 开发一种新的方法来检测基因关联，特别是在相对同质的样本中 | 基因表达数据，特别是来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据集，以及单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
NeatFreq: reference-free data reduction and coverage normalization for De Novo sequence assembly
2014-Nov-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-014-0357-3
PMID:25407910
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为NeatFreq的软件工具，用于无参考数据集的降维和覆盖率归一化，以改进从头序列组装 | NeatFreq通过聚类和选择基于中值kmer频率（RMKF）和唯一性的读段，实现了数据集的均匀覆盖，并增加了最独特、最低覆盖率基因组片段的整合 | NA | 开发一种新的软件工具，以解决下一代测序平台产生的深度覆盖变化和高序列错误率带来的计算挑战 | 细菌、病毒斑块和单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 下一代测序（NGS） | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics: an emerging tool in the study of cardiometabolic disease
2014-Nov-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-014-0312-0
PMID:25377125
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Time-variant clustering model for understanding cell fate decisions
2014-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1407388111
PMID:25339442
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research paper | 本文研究了时间序列数据中随时间变化的聚类问题，开发了一种层次模型来同时对每个时间点的对象进行聚类并描述时间点之间的聚类关系 | 提出了一个包含分支过程泛化形式的隐藏层的层次模型，并采用可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡罗方法进行模型推断 | NA | 探索早期胚胎发育中的细胞命运决策 | 时间序列数据中的聚类问题 | 生物学 | NA | single-cell RNA-seq | 层次模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Generation of haploid spermatids with fertilization and development capacity from human spermatogonial stem cells of cryptorchid patients
2014-Oct-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2014.08.004
PMID:25358793
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研究论文 | 本研究报告了一种从隐睾症患者的人精原干细胞中高效生成具有受精和发育能力的单倍体精子细胞的方法 | 通过使用视黄酸和干细胞因子处理，增强了隐睾症患者人精原干细胞中减数分裂和减数分裂后男性生殖细胞标记物的表达，并诱导了SCP3-、MLH1-和CREST阳性细胞及单倍体细胞的显著增加 | NA | 探索治疗男性不育症的新方法 | 隐睾症患者的人精原干细胞 | NA | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |