单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Recent advances in genomic DNA sequencing of microbial species from single cells 2014-Sep, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3785 PMID:25091868	研究论文	本文讨论了通过单细胞测序对微生物物种的基因组DNA进行测序的最新进展	揭示了通过单细胞测序技术填补未培养物种的基因组序列空白的潜力	对微生物物种的研究仍然受到技术和样本可得性的限制	研究未培养微生物的基本生物学、分类和进化	未培养的微生物物种及其基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组DNA	NA
2	2024-08-05	Quantitative assessment of single-cell RNA-sequencing methods 2014-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2694 PMID:24141493	研究论文	该文章比较了不同的单细胞RNA扩增方法的敏感性和准确性	系统评估了多种单细胞RNA-seq方法的性能，并显示出在较小的测序读取数下仍能准确测量单细胞转录组	未提及具体的限制	探讨单细胞转录组分析的有效性	比较不同的单细胞RNA扩增方法	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA序列	使用了不同数量的单细胞样本
3	2024-08-07	PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer 2014-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2883 PMID:24633410	研究论文	介绍了一种用于推断癌症克隆种群结构的统计模型PyClone	PyClone是一种贝叶斯聚类方法，能够将深度测序的体细胞突变分组为假定的克隆簇，同时估计它们的细胞流行率并考虑由片段拷贝数变化和正常细胞污染引入的等位基因不平衡	NA	推断癌症中的克隆种群结构	深度测序的体细胞突变	数字病理学	癌症	深度测序	贝叶斯聚类方法	测序数据	NA
4	2024-08-07	Discovery of biclonal origin and a novel oncogene SLC12A5 in colon cancer by single-cell sequencing 2014-Jun, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/cr.2014.43 PMID:24699064	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了一例结肠癌样本，揭示了肿瘤细胞群体中的两个独立克隆，并发现了一个新的致癌基因SLC12A5。	首次在单细胞层面提供了全外显子水平的证据，支持结肠癌可能具有双克隆起源，并表明在群体中低频突变在个体层面也可能发挥重要的促癌作用。	NA	通过单细胞测序技术揭示结肠癌的克隆关系并识别关键驱动基因。	结肠癌样本及其细胞群体。	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因组数据	22例（1例单细胞测序，21例全组织外显子测序）
5	2024-08-09	Reconstructing each cell's genome within complex microbial communities-dream or reality? 2014, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2014.00771 PMID:25620966	研究论文	本文探讨了在复杂微生物群落中重建每个细胞基因组的方法及其挑战	介绍了单细胞基因组学作为解决微生物生态学和环境微生物学中未培养微生物基因组信息获取问题的新方法	讨论了方法学限制和固有偏差，基于环境和基准数据评估了实现目标的距离	旨在从环境中每个细胞中恢复基因组序列，以更好地理解群落代谢潜力并提供实验工作基础	复杂微生物群落中的每个细胞基因组	环境微生物学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
6	2024-08-09	[Recent progress in single-cell RNA-Seq analysis] 2014-Nov, Yi chuan = Hereditas DOI:10.3724/SP.J.1005.2014.1069 PMID:25567865	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在方法学和应用方面的最新进展	介绍了多种cDNA扩增方法、技术的灵敏度和噪声定量分析，以及低覆盖率高通量单细胞RNA测序和原位RNA测序技术的发展	NA	探讨单细胞RNA测序技术的方法学和应用进展	单细胞RNA测序技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单个细胞
7	2024-08-09	[Single-cell sequencing and tumour heterogeneity] 2014-Dec, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20143012023 PMID:25537050	研究论文	本文通过单细胞新一代测序技术精确记录肿瘤异质性	首次通过单细胞测序技术详细展示了乳腺癌细胞中每个细胞独特的点突变模式	NA	研究肿瘤异质性及其对治疗抵抗的影响	乳腺癌细胞的遗传多样性	数字病理学	乳腺癌	单细胞新一代测序	NA	基因组数据	多个乳腺癌细胞样本
8	2024-08-09	The importance of study design for detecting differentially abundant features in high-throughput experiments 2014-Dec-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-014-0527-7 PMID:25517037	研究论文	本文介绍了EDDA工具，用于优化高通量实验中的差异丰度检测，通过合理选择统计测试和预测性能来减少资源浪费	EDDA工具引入了基于模式的归一化方法，提高了检测差异丰度的鲁棒性和精确度	NA	优化高通量实验中的差异丰度检测，减少资源浪费	RNA-seq、Nanostring和宏基因组分析	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	测序数据	NA
9	2024-08-09	Comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0114520 PMID:25485707	研究论文	本文比较了两种广泛应用于单细胞测序的扩增方法：多重置换扩增（MDA）和基于多重退火和循环扩增的环化（MALBAC）	MALBAC作为一种结合了改进的MDA和调整后的PCR的方法，具有更高的均匀性、特异性和可重复性	NA	比较不同扩增方法在单细胞测序中的效果	单细胞测序中的扩增方法	基因组学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	单个精子样本
10	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for microbial eukaryotes 2014-Nov-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2014.10.026 PMID:25458215	研究论文	本文介绍了一种简单且可重复的单细胞转录组学方法，用于从五种模型纤毛虫物种中手动分离的细胞，并评估了扩增偏差和污染的影响，以及与传统基于培养的转录组学在基因发现效率上的比较	提出了针对未培养真核微生物的单细胞转录组学方法，该方法能够保留细胞身份、形态和微生物群落内活动的分配信息	尚未测试单细胞转录组学的效率和偏差	探索单细胞转录组学在未培养真核微生物中的应用潜力	五种模型纤毛虫物种的单细胞	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	五种模型纤毛虫物种的单细胞
11	2024-08-09	Single-cell sequencing technologies: current and future 2014-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2014.09.005 PMID:25438696	review	本文综述了单细胞测序技术的发展现状及其在基因转录、胚胎发育和癌变等生物现象中的应用	单细胞测序技术相较于传统测序方法，在解决生物异质性和生物材料数量有限的问题上具有显著优势	单细胞测序技术面临高扩增偏差、低准确性和可重复性等内在问题的挑战	总结单细胞分离技术，并回顾当前用于单细胞基因组、转录组和表观基因组测序的技术	单细胞测序技术及其在生物学领域的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
12	2024-08-09	A ratiometric-based measure of gene co-expression 2014-Nov-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/1471-2105-15-331 PMID:25411051	研究论文	本文开发并实施了一种基于比率的方法（简称RA），用于检测基因关联，该方法基于每对基因测量表达比的变化系数	提出了一种新的比率方法（RA），用于识别传统关联方法可能忽略或排名较低的生物学上重要的基因表达关系	NA	开发一种新的方法来检测基因关联，特别是在相对同质的样本中	基因表达数据，特别是来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据集，以及单细胞RNA-seq数据
13	2024-08-09	NeatFreq: reference-free data reduction and coverage normalization for De Novo sequence assembly 2014-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-014-0357-3 PMID:25407910	研究论文	本文介绍了一种名为NeatFreq的软件工具，用于无参考数据集的降维和覆盖率归一化，以改进从头序列组装	NeatFreq通过聚类和选择基于中值kmer频率（RMKF）和唯一性的读段，实现了数据集的均匀覆盖，并增加了最独特、最低覆盖率基因组片段的整合	NA	开发一种新的软件工具，以解决下一代测序平台产生的深度覆盖变化和高序列错误率带来的计算挑战	细菌、病毒斑块和单细胞测序数据	生物信息学	NA	下一代测序（NGS）	NA	序列数据	NA
14	2024-08-09	Single-cell transcriptomics: an emerging tool in the study of cardiometabolic disease 2014-Nov-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-014-0312-0 PMID:25377125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15	2024-08-09	Time-variant clustering model for understanding cell fate decisions 2014-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1407388111 PMID:25339442	research paper	本文研究了时间序列数据中随时间变化的聚类问题，开发了一种层次模型来同时对每个时间点的对象进行聚类并描述时间点之间的聚类关系	提出了一个包含分支过程泛化形式的隐藏层的层次模型，并采用可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡罗方法进行模型推断	NA	探索早期胚胎发育中的细胞命运决策	时间序列数据中的聚类问题	生物学	NA	single-cell RNA-seq	层次模型	基因表达数据	NA
16	2024-08-09	Generation of haploid spermatids with fertilization and development capacity from human spermatogonial stem cells of cryptorchid patients 2014-Oct-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2014.08.004 PMID:25358793	研究论文	本研究报告了一种从隐睾症患者的人精原干细胞中高效生成具有受精和发育能力的单倍体精子细胞的方法	通过使用视黄酸和干细胞因子处理，增强了隐睾症患者人精原干细胞中减数分裂和减数分裂后男性生殖细胞标记物的表达，并诱导了SCP3-、MLH1-和CREST阳性细胞及单倍体细胞的显著增加	NA	探索治疗男性不育症的新方法	隐睾症患者的人精原干细胞	NA	男性不育症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
17	2024-08-09	Diverse and widespread contamination evident in the unmapped depths of high throughput sequencing data 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0110808 PMID:25354084	研究论文	本文探讨了高通量测序数据中未映射深度的广泛污染问题，并分析了其对实验结果的影响	首次系统地研究了高通量测序数据中的污染问题，并提出了污染对实验结果影响的证据	负控制库在恢复低频污染物的有限能力未得到充分控制	揭示高通量测序数据中污染的普遍性和多样性，并评估其对实验结果的影响	高通量测序数据中的污染物分布及其对实验结果的影响	基因组学	NA	高通量测序	NA	DNA序列	四项单细胞测序实验
18	2024-08-09	Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in mouse cleavage stage embryonic development based on single cell transcriptome data 2014-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-15-845 PMID:25277336	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据，对小鼠卵裂期胚胎发育中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析	首次展示了小鼠卵裂期胚胎中lncRNA的表达谱，并揭示了其在早期胚胎发育中的分子机制	NA	研究小鼠卵裂期胚胎发育中lncRNA的表达谱及其功能	小鼠卵裂期胚胎中的长非编码RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3492个位点，5563个新鉴定的lncRNA
19	2024-08-09	How deep is enough in single-cell RNA-seq? 2014-Oct, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3039 PMID:25299920	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
20	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies extracellular matrix gene expression by pancreatic circulating tumor cells 2014-Sep-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.08.029 PMID:25242334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胰腺癌小鼠模型中循环肿瘤细胞（CTCs）与匹配的原发肿瘤的全基因组表达谱，发现CTCs具有低增殖特征，表达与干细胞相关的基因Aldh1a2，以及表达与基质衍生细胞外基质（ECM）蛋白相关的基因	首次揭示了胰腺CTCs中基质衍生细胞外基质基因的异常表达，并指出了这些基因在肿瘤远处器官扩散中的作用	NA	定义循环肿瘤细胞的组成及其在肿瘤远处器官扩散中的作用	胰腺癌小鼠模型中的循环肿瘤细胞和原发肿瘤	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠及人类胰腺循环肿瘤细胞