单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	A tripartite transcription factor network regulates primordial germ cell specification in mice 2013-Aug, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/ncb2798 PMID:23851488	研究论文	本文探讨了三种转录因子网络在小鼠原始生殖细胞(PGC)特定中的调控作用	揭示了BLIMP1、AP2γ和PRDM14之间相互依赖的转录网络对PGC特异性命运的影响	未提及具体的实验范围或潜在的不确定性	研究转录因子如何调控原始生殖细胞的规范化	研究小鼠的原始生殖细胞	NA	NA	转录组分析和染色质免疫沉淀测序	NA	NA	使用了正常和突变的PGC的单细胞转录组数据
2	2024-08-07	Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification 2013, Genetics research international DOI:10.1155/2013/724124 PMID:24455282	研究论文	本文探讨了从单细胞mRNA扩增进行全RNA测序的可行性	本文展示了单细胞RNA-seq技术在基因拼接检测和不同亚型TGF-beta分析中的应用	单细胞RNA-seq技术在某些基因表达检测中存在遗漏，敏感性和特异性有待提高	验证单细胞RNA-seq技术在基因组医学中的应用	单细胞mRNA扩增后的全RNA测序	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	文本	11.6百万条原始测序读取（19.6百万条）
3	2024-08-09	Base preferences in non-templated nucleotide incorporation by MMLV-derived reverse transcriptases 2013, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0085270 PMID:24392002	研究论文	研究了MMLV衍生逆转录酶在非模板核苷酸掺入中的碱基偏好性，并优化了单细胞cDNA扩增的模板切换条件	首次详细确定了模板切换位点处非模板核苷酸的碱基偏好性，并基于此结果优化了模板切换条件	文章未提及具体的局限性	研究MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制，并优化单细胞RNA测序中的模板切换效率	MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制及其在单细胞cDNA扩增中的应用	NA	NA	逆转录酶	NA	核酸序列	文章未提及具体的样本数量
4	2024-08-09	Using phage display selected antibodies to dissect microbiomes for complete de novo genome sequencing of low abundance microbes 2013-Nov-27, BMC microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.1186/1471-2180-13-270 PMID:24279426	研究论文	本文介绍了一种结合抗体噬菌体展示和荧光激活细胞分选（FACS）的新方法，用于从微生物群中测序单个物种的基因组	该方法通过抗体噬菌体展示选择特定抗体，结合FACS技术，能够有效富集低丰度的微生物，实现完整的从头基因组测序	NA	提高复杂微生物群中低丰度微生物基因组测序的覆盖率	乳酸杆菌（Lactobacillus acidophilus）及其在微生物群中的富集	微生物学	NA	抗体噬菌体展示，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	基因组数据	实验室培养和商业来源的细菌混合物
5	2024-08-09	Mosaic copy number variation in human neurons 2013-Nov-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1243472 PMID:24179226	研究论文	本研究利用单细胞基因组学方法，在从人诱导多能干细胞（hiPSC）系和死后人脑中获得的神经元中绘制DNA拷贝数变异（CNV）	发现了神经元中存在大量的亚染色体CNV，以及神经元中CNV的大小和类型与成纤维细胞和神经前体细胞的差异	NA	研究人类神经元中的拷贝数变异	人诱导多能干细胞（hiPSC）系和死后人脑中获得的神经元	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	涉及多个hiPSC系和死后人脑样本，具体数量未详述
6	2024-08-09	RNA single-cell sequencing could lead to eight-cell embryo genetic testing 2013-Oct, Bioanalysis IF:1.9Q3 PMID:24195119	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7	2024-08-09	Investigating intratumour heterogeneity by single-cell sequencing 2013-Nov, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.1038/aja.2013.106 PMID:24141534	研究论文	本文通过单细胞测序技术探讨肿瘤内异质性	采用单细胞测序技术作为新兴方法来研究肿瘤内异质性	NA	探讨肿瘤内异质性的存在及其在研究和临床环境中的相关性	肿瘤内异质性及其对疾病起始和进展的影响	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	NA
8	2024-08-09	Genome-wide association and sequencing studies on colorectal cancer 2013-Dec, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.semcancer.2013.09.005 PMID:24096009	研究论文	本文通过全基因组关联研究和测序分析，探讨了结直肠癌的遗传机制	采用了全基因组突变分析和新兴的元基因组及单细胞测序技术	仍需解决结直肠癌流行病学变化、遗传检测问题及基因组数据的临床应用	提高结直肠癌的风险预测、预后评估和治疗效果	结直肠癌的遗传机制	NA	结直肠癌	全基因组关联研究、元基因组测序、单细胞测序	NA	基因组数据	NA
9	2024-08-09	Assembling single-cell genomes and mini-metagenomes from chimeric MDA products 2013-Oct, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2013.0084 PMID:24093227	研究论文	本文介绍了用于识别和解析de Bruijn图中镶嵌边缘和复杂凸起的算法，显著提高了单细胞组装的质量，并描述了单细胞组装器SPAdes在捕获和测序“微生物暗物质”中的应用。	提出了新的算法来处理单细胞基因组学中的高镶嵌读取问题，并开发了SPAdes组装器，该组装器在单细胞细菌数据集上优于其他专门为单细胞测序设计的组装器。	NA	改进单细胞基因组和迷你元基因组的组装方法，以更好地进行全基因组测序。	单细胞基因组和迷你元基因组的组装算法及应用。	基因组学	NA	单细胞测序	de Bruijn图	基因组数据	随机选择的单细胞组成的小池（迷你元基因组）
10	2024-08-09	Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments 2013-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2645 PMID:24056876	研究论文	本文开发了一种定量统计方法，用于区分单细胞RNA测序实验中的真实生物变异与高水平的实验技术噪声	提出了一个量化统计方法来区分单细胞RNA测序中的生物变异和技术噪声	NA	旨在区分单细胞RNA测序实验中的生物变异和技术噪声	单细胞RNA测序实验中的生物变异和技术噪声	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	基因表达数据	使用了来自拟南芥和老鼠的两个独立数据集
11	2024-08-09	BAIT: Organizing genomes and mapping rearrangements in single cells 2013, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/gm486 PMID:24028793	研究论文	本文介绍了一种名为BAIT的软件，用于分析单细胞测序技术Strand-seq产生的数据，主要用于精细映射姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排	BAIT软件能够识别和定位SCEs，并能改进已完成的参考基因组装配，识别出大约21 Mb的错误方向片段，并将超过一半的孤立片段定位到mm10/GRCm38中	NA	开发和验证一种新的软件工具，用于分析单细胞测序数据中的基因组重排	单细胞测序数据中的姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排	基因组学	NA	单细胞测序技术（Strand-seq）	NA	基因组数据	NA
12	2024-08-09	SAMstrt: statistical test for differential expression in single-cell transcriptome with spike-in normalization 2013-Nov-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btt511 PMID:23995393	研究论文	本文介绍了SAMstrt，一个用于单细胞转录组差异表达分析的统计测试方法，支持内参标准化	SAMstrt扩展了SAMseq方法，引入了内参标准化，并基于估计的每细胞绝对转录本数量进行统计测试	NA	重新审视单细胞转录组研究的统计假设	单细胞RNA-seq数据中的差异表达分析	自然语言处理	NA	单细胞RNA-seq	SAMseq	转录组数据	NA
13	2024-08-09	Single cells from human primary colorectal tumors exhibit polyfunctional heterogeneity in secretions of ELR+ CXC chemokines 2013-Oct, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c3ib40059j PMID:23995780	研究论文	本文通过微刻技术和亚纳升孔阵列直接分析了数千个人类原发性结直肠肿瘤和基质细胞分泌的ELR+ CXC趋化因子的分泌行为	首次详细描述了单个细胞分泌ELR+ CXC趋化因子的多功能异质性	NA	研究肿瘤细胞分泌状态的复杂性和动态变化	人类原发性结直肠肿瘤和基质细胞	数字病理学	结直肠癌	微刻技术	NA	细胞分泌物	数千个单细胞
14	2024-08-09	Distilled single-cell genome sequencing and de novo assembly for sparse microbial communities 2013-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btt420 PMID:23918251	研究论文	本文介绍了一种新颖的分治方法，用于对微生物样本中所有不同基因组进行测序和从头组装，其测序成本和计算复杂度与基因组类型数量成正比，而非细胞数量。	提出了一种分治方法，通过减少与基因组类型数量成正比的测序成本和计算复杂度，有效降低了测序成本。	NA	旨在解决微生物样本中每个单细胞基因组识别的重要且具有挑战性的任务。	微生物样本中的单细胞基因组。	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	通常有数百万个细胞的微生物样本
15	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells 2013-Sep, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.2660 PMID:23934149	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了124个来自人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞的基因表达	发现了22,687个母源表达基因，其中包括8,701个长非编码RNA，以及2,733个新的长非编码RNA，这些新发现的数量显著高于以往的研究	NA	探讨人类早期胚胎发育中基因调控网络的基因表达	人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	124个单个细胞
16	2024-08-09	Single-neuron transcriptome and methylome sequencing for epigenomic analysis of aging 2013, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-62703-556-9_21 PMID:23929113	研究论文	本文介绍了使用Aplysia作为单细胞水平上衰老基因组分析的模型，并提供了在衰老过程中对单独识别的神经元进行转录组和甲基组整合分析的协议	本文引入了单细胞RNA测序和DNA甲基化检测方法，这些方法与所有主要的下一代测序平台兼容，并能将表观遗传特征与转录输出整合	NA	研究正常衰老和与年龄相关疾病的机制	衰老过程中的单个神经元	数字病理学	NA	下一代测序平台（如Roche/454和SOLiD/Life Technologies）	NA	转录组和甲基组数据	单独识别的神经元
17	2024-08-09	Single-cell sequencing-based technologies will revolutionize whole-organism science 2013-Sep, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3542 PMID:23897237	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学领域的应用及其对整个生物科学的影响	单细胞测序技术的发展将使许多新的和长期存在的问题得到解决，如细胞谱系关系、基于标记的细胞类型概念的替代以及单个细胞功能状态的分析	NA	探讨单细胞测序技术如何革新整个生物科学领域	单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学中的应用	基因组学	NA	下一代测序技术	NA	单细胞数据	NA
18	2024-08-09	Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing 2013-Aug-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature12364 PMID:23892778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了从卵母细胞到桑椹胚阶段的人和鼠胚胎转录组动态变化	发现了新的阶段特异性单等位基因表达模式，并通过加权基因共表达网络分析揭示了每个发育阶段的功能模块	NA	揭示哺乳动物早期胚胎发育的基因调控机制	人和鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个人和鼠的早期胚胎样本
19	2024-08-09	Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule 2013, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1003432 PMID:23818847	研究论文	本研究使用单细胞测序技术分析了来自HIV-1感染患者的淋巴结组织中的单个HIV-1 DNA分子，发现大多数CD4+ T细胞仅含有一个HIV-1 DNA分子。	本研究首次详细分析了感染细胞中前病毒的数量及其遗传关系，揭示了HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	研究样本仅来自五名未经治疗的慢性感染患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	来自HIV-1感染患者的淋巴结组织和外周血中的CD4+ T细胞。	数字病理学	HIV感染	单细胞测序	NA	DNA	五名未经治疗的慢性HIV-1感染患者
20	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for drug target discovery 2013-Oct, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2013.04.011 PMID:23725882	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序技术在药物靶点发现中的应用	介绍了新的样本制备技术、测序平台和生物信息学工具，提高了数据的数量和质量	单细胞测序技术仍处于相对初级阶段	探索单细胞测序技术在识别新药物靶点中的应用	单细胞转录组测序技术及其在药物靶点发现中的应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量