单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 8 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification
2013, Genetics research international
DOI:10.1155/2013/724124
PMID:24455282
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研究论文 | 本文探讨了从单细胞mRNA扩增进行全RNA测序的可行性 | 本文展示了单细胞RNA-seq技术在基因拼接检测和不同亚型TGF-beta分析中的应用 | 单细胞RNA-seq技术在某些基因表达检测中存在遗漏，敏感性和特异性有待提高 | 验证单细胞RNA-seq技术在基因组医学中的应用 | 单细胞mRNA扩增后的全RNA测序 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | NA | 文本 | 11.6百万条原始测序读取（19.6百万条） |
| 2 | 2024-08-09 |
Base preferences in non-templated nucleotide incorporation by MMLV-derived reverse transcriptases
2013, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0085270
PMID:24392002
|
研究论文 | 研究了MMLV衍生逆转录酶在非模板核苷酸掺入中的碱基偏好性，并优化了单细胞cDNA扩增的模板切换条件 | 首次详细确定了模板切换位点处非模板核苷酸的碱基偏好性，并基于此结果优化了模板切换条件 | 文章未提及具体的局限性 | 研究MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制，并优化单细胞RNA测序中的模板切换效率 | MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制及其在单细胞cDNA扩增中的应用 | NA | NA | 逆转录酶 | NA | 核酸序列 | 文章未提及具体的样本数量 |
| 3 | 2024-08-09 |
BAIT: Organizing genomes and mapping rearrangements in single cells
2013, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/gm486
PMID:24028793
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BAIT的软件，用于分析单细胞测序技术Strand-seq产生的数据，主要用于精细映射姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排 | BAIT软件能够识别和定位SCEs，并能改进已完成的参考基因组装配，识别出大约21 Mb的错误方向片段，并将超过一半的孤立片段定位到mm10/GRCm38中 | NA | 开发和验证一种新的软件工具，用于分析单细胞测序数据中的基因组重排 | 单细胞测序数据中的姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排 | 基因组学 | NA | 单细胞测序技术（Strand-seq） | NA | 基因组数据 | NA |
| 4 | 2024-08-09 |
Single-neuron transcriptome and methylome sequencing for epigenomic analysis of aging
2013, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-62703-556-9_21
PMID:23929113
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研究论文 | 本文介绍了使用Aplysia作为单细胞水平上衰老基因组分析的模型，并提供了在衰老过程中对单独识别的神经元进行转录组和甲基组整合分析的协议 | 本文引入了单细胞RNA测序和DNA甲基化检测方法，这些方法与所有主要的下一代测序平台兼容，并能将表观遗传特征与转录输出整合 | NA | 研究正常衰老和与年龄相关疾病的机制 | 衰老过程中的单个神经元 | 数字病理学 | NA | 下一代测序平台（如Roche/454和SOLiD/Life Technologies） | NA | 转录组和甲基组数据 | 单独识别的神经元 |
| 5 | 2024-08-09 |
Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule
2013, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1003432
PMID:23818847
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序技术分析了来自HIV-1感染患者的淋巴结组织中的单个HIV-1 DNA分子，发现大多数CD4+ T细胞仅含有一个HIV-1 DNA分子。 | 本研究首次详细分析了感染细胞中前病毒的数量及其遗传关系，揭示了HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。 | 研究样本仅来自五名未经治疗的慢性感染患者，可能限制了结果的普遍性。 | 探讨HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。 | 来自HIV-1感染患者的淋巴结组织和外周血中的CD4+ T细胞。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞测序 | NA | DNA | 五名未经治疗的慢性HIV-1感染患者 |
| 6 | 2024-08-09 |
Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data
2013-Jan-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb-2013-14-1-r7
PMID:23360624
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research paper | 本文开发了一种统计框架，用于从单细胞RNA测序数据中研究随机基因表达的动力学 | 提出了一个新的统计模型，能够从单细胞RNA测序数据中推断基因表达的动力学参数，并发现组蛋白修饰对转录爆发的影响 | NA | 研究基因表达的动力学特性 | 单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | 统计模型 | 数据 | 小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 7 | 2024-08-09 |
High-throughput sequencing for biology and medicine
2013, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2012.61
PMID:23340846
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综述 | 本文综述了高通量测序技术在生物学和医学领域的广泛应用及其带来的新见解 | 介绍了高通量测序技术在转录组动态、基因组结构和基因组变异分析方面的创新方法 | 讨论了高通量测序在生物学和健康领域未来可能面临的障碍 | 探讨高通量测序技术在生物学和医学领域的新应用及其对复杂生物系统的洞察 | 涉及转录组、基因组结构、基因组变异、单细胞测序等多个生物学和医学研究对象 | 基因组学 | NA | 高通量测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 8 | 2024-08-09 |
BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing
2013, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/1471-2164-14-S1-S7
PMID:23368723
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研究论文 | 本文介绍了一种基于汉明图和贝叶斯子聚类的新型错误校正工具BAYESHAMMER，用于单细胞测序中的错误校正 | 引入了基于汉明图和贝叶斯子聚类的新算法，这些算法在单细胞测序项目中表现出色，并且比现有的多细胞测序错误校正工具更快 | NA | 开发一种适用于单细胞测序的错误校正工具，并验证其在多细胞测序数据中的性能 | 单细胞测序数据和多细胞测序数据的错误校正 | 测序技术 | NA | 单细胞测序 | 贝叶斯聚类 | 测序读取数据 | NA |