单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 3 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-09 |
IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth
2012-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bts174
PMID:22495754
|
研究论文 | 介绍了一种基于de Bruijn图方法的IDBA-UD算法，用于组装来自单细胞测序或宏基因组测序技术的不均匀测序深度的读取数据 | 采用了多种非平凡技术来解决不均匀测序深度的问题，包括使用多个深度相关阈值来去除错误k-mer，以及使用配对端信息的局部组装技术来解决低深度短重复区域的分支问题 | NA | 开发一种能够处理不均匀测序深度的基因组组装算法 | 单细胞测序和宏基因组测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞测序，宏基因组测序 | de Bruijn图 | 测序读取数据 | 不同数据集 |
| 2 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing provides clues about the host interactions of segmented filamentous bacteria (SFB)
2012-Jun, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.131482.111
PMID:22434425
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术，从老鼠肠道中分离出五条分段丝状细菌（SFB）的丝状体，并对其基因组进行了测序和比较分析 | 发现SFB依赖宿主获取多种必需营养素，具有高比例的细胞周期控制和细胞膜生物合成相关蛋白，以及SFB特异性的自溶素和一种类似dynamin的蛋白 | NA | 揭示分段丝状细菌（SFB）与宿主的相互作用及其在哺乳动物肠道中的适应性 | 分段丝状细菌（SFB）的基因组 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 五条SFB丝状体 |
| 3 | 2024-08-09 |
Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage
2012-Jun, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2011.189
PMID:22170421
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研究论文 | 本研究利用生物信息学技术从海洋宏基因组中组装出两个近乎完整的SAR86细菌基因组，并通过单细胞测序获得了两个部分基因组，以增加对海洋表面非光合细菌的了解。 | 首次从宏基因组数据中组装出SAR86细菌的近乎完整基因组，并通过系统发生基因组学分析确定了其在γ-变形菌中的基础和分化地位。 | 研究主要依赖于生物信息学分析和单细胞测序，未进行实验室培养，可能限制了对SAR86细菌生理生态特性的全面了解。 | 增加对海洋表面非光合细菌SAR86的基因组和代谢特性的了解。 | 海洋微生物群落中的SAR86细菌。 | 微生物学 | NA | 宏基因组学，单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 四个SAR86细菌基因组（两个近乎完整，两个部分） |