单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Single-cell sequencing analysis characterizes common and cell-lineage-specific mutations in a muscle-invasive bladder cancer 2012-Aug-14, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1186/2047-217X-1-12 PMID:23587365	研究论文	这篇文章分析了肌肉浸润性膀胱癌的单细胞突变特征	提出了一种在单细胞水平研究膀胱肿瘤遗传细节的新方法	该研究可能仅限于特定的肿瘤亚群，未涵盖所有膀胱癌的变异	探究肌肉浸润性膀胱癌的遗传演变过程	对66个单个肌肉浸润性膀胱同源细胞进行单细胞外显子组测序	数字病理学	膀胱癌	单细胞外显子组测序	NA	基因组数据	66个肿瘤细胞和99个膀胱癌肿瘤
2	2024-08-09	Methods, Challenges and Potentials of Single Cell RNA-seq 2012-Nov-16, Biology DOI:10.3390/biology1030658 PMID:24832513	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前进展，讨论了实验协议、挑战和潜力	单细胞RNA测序技术使得对细胞分化、细胞间变异和基因调控的深入生物学洞察成为可能	NA	探讨单细胞RNA测序技术在转录组学中的应用及其带来的新生物学见解	单细胞RNA测序技术及其在细胞分化、细胞间变异和基因调控中的应用	转录组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
3	2024-08-09	Genome-wide detection of single-nucleotide and copy-number variations of a single human cell 2012-Dec-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1229164 PMID:23258894	研究论文	本文报道了一种新的扩增方法——多次退火和循环扩增环（MALBAC），用于单细胞全基因组测序，实现了高均匀性的基因组覆盖	提出了MALBAC扩增方法，提高了单细胞全基因组测序的覆盖率和均匀性	NA	开发和验证一种新的单细胞全基因组扩增方法，用于检测单细胞中的单核苷酸变异和拷贝数变异	单个人类细胞的基因组	基因组学	癌症	MALBAC	NA	DNA	三个相关细胞
4	2024-08-09	DNA template strand sequencing of single-cells maps genomic rearrangements at high resolution 2012-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2206 PMID:23042453	研究论文	本文开发了Strand-seq技术，用于独立测序单个细胞中的父母DNA模板链，以高分辨率映射基因组重排	Strand-seq技术使得以比以往高几个数量级的分辨率映射姐妹染色单体交换（SCEs）成为可能	NA	开发新技术以高分辨率映射基因组重排并优化参考基因组	单个细胞中的DNA模板链和基因组重排	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	62个单个的小鼠胚胎干细胞（mES细胞）
5	2024-08-09	CEL-Seq: single-cell RNA-Seq by multiplexed linear amplification 2012-Sep-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2012.08.003 PMID:22939981	research paper	本文介绍了一种名为CEL-Seq的单细胞RNA测序方法，通过条形码和样本池化，使用体外转录进行线性扩增，以克服RNA起始量小的限制。	CEL-Seq方法比基于PCR的扩增方法提供更可重复、线性和敏感的结果。	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序方法，以实现对复杂组织中多样细胞群体的转录组分析。	C. elegans早期胚胎发育的单细胞分辨率研究。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	NA
6	2024-08-09	Genomic sequencing of uncultured microorganisms from single cells 2012-Sep, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/nrmicro2857 PMID:22890147	综述	本文综述了单细胞基因组测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	单细胞测序技术使得无需培养方法即可直接从环境样本或临床标本中测序细菌物种，且近期技术改进常能从这些难以接触的物种中近乎完整地组装基因组	NA	探讨单细胞测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	微生物基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	单个细胞
7	2024-08-09	An automated microfluidic device for assessment of mammalian cell genetic stability 2012-Oct-21, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c2lc40437k PMID:22814625	研究论文	本文报道了一种集成微流控方法，用于快速测量单个细胞中的基因表达，以评估细胞群体的遗传稳定性	开发了一种集成系统，具有单独的控制器，用于有效的单细胞转录组分析，能够高回收率地将单个细胞操纵到纳升反应器中	NA	解决现有微流控平台无法有效处理单细胞进行常规分子分析的问题	单细胞转录组分析，遗传稳定性评估	生物技术	NA	微流控技术	NA	基因表达数据	大量HeLa细胞和293T细胞
8	2024-08-09	Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells 2012-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2282 PMID:22820318	研究论文	本文介绍了一种名为Smart-Seq的稳健mRNA-Seq协议，适用于单细胞水平的转录组分析	Smart-Seq相较于现有方法，提高了转录本的读取覆盖率，增强了替代转录本和单核苷酸多态性的详细分析	尽管单细胞的基因表达估计增加了噪声，但仍能通过少量细胞类型识别数百个差异表达基因	开发和验证一种适用于单细胞转录组分析的新技术	单细胞水平的RNA和循环肿瘤细胞	基因组学	黑色素瘤	mRNA-Seq	NA	RNA	少量细胞类型
9	2024-08-09	Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill 2012-Sep, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2012.59 PMID:22717885	研究论文	本研究通过宏基因组、宏转录组和单细胞测序技术，揭示了深水地平线石油泄漏事件中微生物群落对石油的响应	首次揭示了Oceanospirillales在石油降解中的功能角色，并通过单细胞测序技术阐明了其降解环己烷的完整途径	研究主要集中在石油泄漏初期的微生物响应，未涉及长期生态影响	确定Oceanospirillales和其他本地微生物群落成员在石油泄漏中的功能角色	深水地平线石油泄漏事件中的微生物群落	宏基因组学	NA	宏基因组测序、宏转录组测序、单细胞测序	NA	DNA、RNA	涉及石油泄漏区域的样本和未受污染的海水样本
10	2024-08-09	The biology of genomes. Single-cell sequencing tackles basic and biomedical questions 2012-May-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.336.6084.976 PMID:22628633	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11	2024-08-09	IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth 2012-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bts174 PMID:22495754	研究论文	介绍了一种基于de Bruijn图方法的IDBA-UD算法，用于组装来自单细胞测序或宏基因组测序技术的不均匀测序深度的读取数据	采用了多种非平凡技术来解决不均匀测序深度的问题，包括使用多个深度相关阈值来去除错误k-mer，以及使用配对端信息的局部组装技术来解决低深度短重复区域的分支问题	NA	开发一种能够处理不均匀测序深度的基因组组装算法	单细胞测序和宏基因组测序数据	基因组学	NA	单细胞测序，宏基因组测序	de Bruijn图	测序读取数据	不同数据集
12	2024-08-09	SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing 2012-May, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2012.0021 PMID:22506599	研究论文	本文介绍了一种新的基因组装算法SPAdes，并展示了其在单细胞测序中的应用	SPAdes算法在单细胞和标准（多细胞）组装中均表现优异，超过了E+V-SC和流行的Velvet及SoapDeNovo组装器	NA	旨在通过单细胞基因组学补充基于基因的元基因组数据，提供无法培养的生物的完整基因组信息	无法在实验室中克隆的细菌基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
13	2024-08-09	Single-cell sequencing provides clues about the host interactions of segmented filamentous bacteria (SFB) 2012-Jun, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.131482.111 PMID:22434425	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，从老鼠肠道中分离出五条分段丝状细菌（SFB）的丝状体，并对其基因组进行了测序和比较分析	发现SFB依赖宿主获取多种必需营养素，具有高比例的细胞周期控制和细胞膜生物合成相关蛋白，以及SFB特异性的自溶素和一种类似dynamin的蛋白	NA	揭示分段丝状细菌（SFB）与宿主的相互作用及其在哺乳动物肠道中的适应性	分段丝状细菌（SFB）的基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列	五条SFB丝状体
14	2024-08-09	Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm 2012-Mar-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2012.02.028 PMID:22385957	研究论文	本文介绍了一种在单细胞核苷酸水平上分析癌症基因组的方法，并通过单细胞全外显子测序研究了一名JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的细胞	开发了一种高吞吐量的全基因组单细胞测序方法，并首次在单细胞水平上揭示了JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤的单克隆进化	研究样本量较小，仅为90个细胞，且仅针对一名患者	探索肿瘤异质性对克隆进化和驱动基因识别的影响，并开发新的单细胞测序技术	JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的单细胞	数字病理学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	90个单细胞
15	2024-08-09	Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage 2012-Jun, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.189 PMID:22170421	研究论文	本研究利用生物信息学技术从海洋宏基因组中组装出两个近乎完整的SAR86细菌基因组，并通过单细胞测序获得了两个部分基因组，以增加对海洋表面非光合细菌的了解。	首次从宏基因组数据中组装出SAR86细菌的近乎完整基因组，并通过系统发生基因组学分析确定了其在γ-变形菌中的基础和分化地位。	研究主要依赖于生物信息学分析和单细胞测序，未进行实验室培养，可能限制了对SAR86细菌生理生态特性的全面了解。	增加对海洋表面非光合细菌SAR86的基因组和代谢特性的了解。	海洋微生物群落中的SAR86细菌。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序	NA	基因组数据	四个SAR86细菌基因组（两个近乎完整，两个部分）
16	2024-08-09	Drug targets: single-cell transcriptomics hastens unbiased discovery 2012-Jan, Trends in pharmacological sciences IF:13.9Q1 DOI:10.1016/j.tips.2011.09.006 PMID:22032985	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在神经和精神药理学药物发现中的应用	使用下一代测序技术进行单细胞转录组学分析，能够识别数百种不同的受体和通道，并验证其功能基因产物	NA	旨在通过单细胞转录组学技术发现新的药物靶点	神经和精神药理学中的药物靶点	生物技术	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数百个不同的受体和通道
17	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing identifies photoheterotrophs and chemoautotrophs in freshwater bacterioplankton 2012-Jan, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.84 PMID:21716306	研究论文	本文通过单细胞和宏基因组DNA测序技术，研究了温带多样性淡水湖泊光照区中的主要光异养菌和化能自养菌	本文显著扩展了淡水光异养菌的已知分类范围，并发现了跨门水平基因转移和重组的证据	NA	揭示淡水生态系统中光异养菌和化能自养菌的丰度和分类身份	淡水湖泊光照区中的光异养菌和化能自养菌	微生物学	NA	单细胞测序, 宏基因组测序	NA	DNA	712个单扩增基因组