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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-05-27
Characterization of p16-positive stromal cells in age-related cardiac disorders
2026-Jun-01, Journal of biochemistry IF:2.1Q4
研究论文 通过单细胞RNA测序分析p16阳性基质细胞在年龄相关心脏疾病中的作用 首次揭示p16阳性成纤维细胞在年龄相关心脏纤维化中的关键作用,并通过消融实验验证其治疗潜力 未提供具体局限性信息 探究p16阳性基质细胞在年龄相关心脏结构改变中的功能和机制 p16-Tom小鼠和p16-Col1a2-LRTD小鼠的衰老心脏组织 机器学习和计算生物学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 p16-Tom小鼠和p16-Col1a2-LRTD小鼠的衰老样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-05-27
Glia Are Bussin': How Single-Cell and Spatial Transcriptomics Enlighten the Role of Neuroglia in Spinal Cord Injury and Regeneration
2026-06, Glia IF:5.4Q1
综述 总结单细胞和空间转录组技术如何揭示神经胶质细胞在脊髓损伤与再生中的作用,并通过荟萃分析提供方法学见解 首次对五个脊髓损伤单细胞时间序列图谱进行荟萃分析,揭示损伤模型、时间进程、样本制备、细胞分类和分析方法对研究解读的影响 NA 综述单细胞和空间基因组技术对神经胶质细胞在脊髓损伤中作用的最新发现,并通过荟萃分析提供方法学警示 神经胶质细胞在脊髓损伤后的表型与分子信号互动 机器学习 脊髓损伤 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据 五个脊髓损伤单细胞时间序列图谱 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
3 2026-05-27
Granulocyte heterogeneity in immune-mediated and inflammatory diseases: Insights from single-cell transcriptomic analyses
2026-May-26, International immunology IF:4.8Q2
综述 通过单细胞转录组分析揭示免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的最新进展与当前局限 利用单细胞RNA测序技术突破传统分类,定义基于转录组的粒细胞亚群,揭示多种疾病中粒细胞的异质性,并探讨临床相关生物标志物和靶向治疗策略的开发 疾病相关粒细胞群体在疾病病理生理学中的因果作用尚不明确,缺乏实验验证功能和临床适用的替代标志物 总结免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的研究进展与局限,讨论整合性单细胞方法如何支持临床生物标志物和靶向治疗策略的开发 粒细胞(中性粒细胞和嗜酸性粒细胞)及其在各种疾病中的异质性 单细胞转录组学 免疫介导和炎症性疾病(如微观多血管炎、COVID-19、败血症、心血管疾病、过敏性疾病) 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
4 2026-05-27
Toward simultaneous pseudo-space reconstruction and cell-type deconvolution of single-cell spatial transcriptome using SpaDicer
2026-May-25, Cell reports methods IF:4.3Q2
科研论文 介绍SpaDicer,一个统一伪空间重建和细胞类型反卷积的单细胞空间转录组端到端深度学习框架 通过跨域特征解耦提取细胞身份和空间定位的域不变特征,并采用自适应损失加权策略协调多个目标任务 未明确提及局限性 桥接单细胞RNA测序和空间转录组之间的差距,同时实现单细胞伪空间重建和空间点位细胞类型反卷积 模拟数据集和五个真实人类组织样本 机器学习 不适用 空间转录组学,单细胞RNA测序 深度学习 基因表达数据,空间转录组数据 两个模拟数据集和五个真实人类组织样本 不适用 单细胞RNA测序,空间转录组学 不适用 不适用
5 2026-05-27
Explainable machine learning-guided integrated multiomics analysis reveals macrophage-driven immune suppression in breast cancer
2026-May-25, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究利用可解释机器学习管道整合多组学数据分析,揭示了巨噬细胞在乳腺癌中驱动的免疫抑制机制 创新性地结合可解释机器学习与多组学分析(包括成像质谱流式技术和单细胞RNA测序),发现了巨噬细胞浸润与乳腺癌复发风险及化疗反应的矛盾关联,并揭示了HLA-ABC+巨噬细胞通过特定配体-受体相互作用介导免疫抑制的新机制 研究主要基于回顾性数据分析,巨噬细胞驱动免疫抑制的因果关系需进一步实验验证 解析乳腺肿瘤微环境中细胞组成与疾病进展及预后的关联,为改善治疗结局提供潜在靶点 乳腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞、调节性T细胞和耗竭性T细胞 机器学习和数字病理学 乳腺癌 可解释机器学习、成像质谱流式技术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞间通讯分析 可解释机器学习模型 基因表达数据、细胞分数数据、成像质谱流式数据、单细胞转录组数据 约5000份患者样本(来自METABRIC和TCGA数据集) NA 成像质谱流式技术、单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-05-27
CNet-Cox for interpretable network biomarker discovery and survival risk scoring in precise breast cancer prognosis
2026-May-25, NPJ digital medicine IF:12.4Q1
研究论文 提出CNet-Cox框架,一种结合先验网络连接性的正则化Cox比例风险模型,用于在乳腺癌预后中识别具有生物学可解释性的网络生物标志物并进行生存风险评分 将基因共定位关系整合到稀疏特征选择中,发现连接性预后模块,提高了生物标志物的可解释性和临床转化潜力 仅在乳腺癌数据集上验证,虽声称可扩展至其他疾病,但缺乏多疾病泛化性评估 开发一种疾病无关的网络感知生存模型,用于系统性发现连接生物标志物并实现可解释的风险预测 乳腺癌患者的基因表达数据,包括发现数据集(TCGA,n=1080)、内部测试数据集、7个独立批量转录组数据集(GEO,n=1602)和空间转录组数据集(Visium,4992个点) 机器学习和数字病理学 乳腺癌 批量RNA-seq、空间转录组学 Cox比例风险模型 基因表达数据 发现数据集1080个样本,内部测试数据集若干(未具体说明),7个独立数据集共1602个样本,空间转录组数据集4992个点 Illumina 批量RNA-seq、空间转录组学 Illumina NovaSeq、10x Visium TCGA样本的批量RNA-seq(平台未具体说明)、空间转录组学使用10x Visium平台
7 2026-05-27
Integrating single-cell and bulk transcriptomic analyses to explore key lactylation-related genes in benign prostatic hyperplasia
2026-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 整合单细胞和批量转录组分析,探究良性前列腺增生中关键乳酸化相关基因 首次在单细胞分辨率下描绘良性前列腺增生中乳酸化相关基因的活性图谱,并识别出ANXA2和IFI27作为关键候选基因,揭示了ANXA2与代谢和炎症之间的潜在联系 基于公开数据集和体外细胞实验,缺乏体内验证和更大样本量的确认 探究蛋白质乳酸化在良性前列腺增生发病机制中的作用及相关分子特征 良性前列腺增生组织与正常前列腺组织的单细胞和批量转录组数据,以及BPH-1细胞系 生物信息学 良性前列腺增生 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA 基因表达数据 公开数据集,具体样本数未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2026-05-27
Identifying potential ligand-receptor interactions by integrating LSTM network and the attention mechanism for cell-cell communication prediction
2026-May-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 提出CellAL框架,利用LSTM网络和注意力机制从蛋白质序列数据预测配体-受体相互作用,并结合单细胞RNA测序数据推断细胞间通讯 通过整合LSTM网络与注意力机制,直接基于蛋白质序列预测配体-受体相互作用,克服了对静态数据库的依赖,并能够捕获氨基酸的序列依赖性,从而发现新的信号对 未明确说明 开发一个稳健的计算框架,直接从蛋白质序列数据识别潜在配体-受体相互作用,克服对静态数据库的依赖,并发现新的信号对 配体-受体相互作用对、细胞间通讯网络 机器学习 黑色素瘤 单细胞RNA测序 LSTM 序列数据 四个标准配体-受体相互作用数据集和人类黑色素瘤单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-05-27
DNA demethylation of ANXA4 is associated with atrial fibrillation risk through myeloid immune mechanisms: evidence from Mendelian randomization and multi-omics analyses
2026-May-25, Clinical epigenetics IF:4.8Q1
研究论文 通过孟德尔随机化和多组学分析,发现ANXA4的DNA去甲基化通过髓系免疫机制与心房颤动风险相关 首次整合孟德尔随机化、DNA甲基化QTL、单细胞转录组学和机器学习,系统揭示ANXA4表观遗传调控在心房颤动发病中的免疫机制 结果主要基于欧洲人群,且mQTL分析的部分位点可能与ANXA4基因无关 探索ANXA4的表观遗传调控及其在心房颤动发病中的机制和诊断价值 心房颤动患者和窦性心律对照者(共130名参与者:77名房颤患者,53名窦性心律对照) 数字病理学 心血管疾病 NGS 机器学习模型 图像 130名参与者(77名房颤患者,53名窦性心律对照) Illumina bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq Illumina NovaSeq NA
10 2026-05-27
Hallmarks of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2026-May-25, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 综述了癌症中上皮-间质可塑性的特征及其在肿瘤进化中的核心作用 提出上皮-间质可塑性是肿瘤进化的主要驱动因素,强调其超越传统二元局限制的中间表型谱,并整合代谢重编程、肿瘤微环境和先进模型(如双荧光报告系统、单细胞/空间转录组学)的协同作用 由于冗余性和可塑性,靶向上皮-间质可塑性的治疗面临挑战,且当前组合疗法仍需基于生物标志物和理性模型进一步优化 阐明上皮-间质可塑性在癌症可塑性、异质性和治疗耐药中的机制,为精准干预提供框架 癌症干细胞、肿瘤微环境、代谢通路、高级模型及治疗靶点 机器学习 癌症 单细胞转录组学、空间转录组学、双荧光报告系统、微流控肿瘤芯片、基因工程小鼠模型、生物发光成像、活体显微成像、机器学习、基于代理的建模 机器学习模型 转录组数据、空间数据、图像 不适用 不适用 单细胞转录组学、空间转录组学 不适用 不适用
11 2026-05-27
CR1(+) tumor-associated macrophages orchestrate an immunosuppressive niche in hepatocellular carcinoma: a genetic and multi-omics dissection
2026-May-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 利用遗传和多组学框架研究CR1(+)肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中形成免疫抑制微环境的作用 首次整合遗传、空间和功能证据,揭示CR1+肿瘤相关巨噬细胞构成肝细胞癌中一个临床相关的免疫调控轴,将补体相关免疫抑制扩展到经典补体级联反应之外 NA 探讨CR1在肝细胞癌中驱动肿瘤相关巨噬细胞功能障碍的遗传决定因素 肝细胞癌患者样本及THP-1来源的巨噬细胞 数字病理学 肝癌 孟德尔随机化、代谢物介导分析、批量转录组学、单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床组织样本 21份样本共53,474个高质量单细胞、两个空间剖面的肝细胞癌切片、30对配对的肝细胞癌及癌旁组织 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 NA NA
12 2026-05-27
Semaglutide targets the Isg15-FUNDC1 axis: suppressing IFN-β overactivation and attenuating blood-brain barrier injury in diabetic intracerebral hemorrhage
2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
research paper 本研究利用单细胞RNA测序技术,发现司美格鲁肽通过上调Isg15表达、稳定FUNDC1蛋白、改善线粒体自噬,从而抑制IFN-β过度激活并减轻糖尿病性脑出血后血脑屏障损伤 首次揭示Isg15-FUNDC1-线粒体自噬轴在糖尿病性脑出血后维持血脑屏障稳态中的保护作用,并发现司美格鲁肽通过非ISGylation依赖性方式稳定FUNDC1发挥保护功能 研究结果在雌性动物中的适用性尚需进一步验证 探讨Isg15缺乏在糖尿病性脑出血中线粒体自噬障碍和IFN-β失调中的作用,并评估GLP-1受体激动剂司美格鲁肽的治疗潜力 脑微血管内皮细胞(BMECs)、糖尿病患者并发症中的血脑屏障损伤 machine learning diabetic intracerebral hemorrhage single-cell RNA sequencing, 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 雄性大鼠模型、人脑微血管内皮细胞系hCMEC/D3 10x Genomics single-cell RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
13 2026-05-27
PVNOXT regulates acinar cell-mediated inflammatory response via DMVACh projections to the acinar cell
2026-May-25, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究揭示了PVNOXT神经元通过DMVACh投射调控胰腺腺泡细胞介导的炎症反应 首次发现下丘脑室旁核中特定催产素神经元亚群通过迷走神经背运动核胆碱能神经元直接支配胰腺腺泡细胞,并鉴定Wdfy1基因在该神经环路中的关键作用 仅在小鼠模型中验证,尚需在人类中验证该神经环路的保守性 探究大脑与胰腺腺泡细胞之间的解剖和功能连接及其在急性胰腺炎中的作用 高甘油三酯血症相关的急性胰腺炎小鼠模型 机器学习 急性胰腺炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒
14 2026-05-27
Epithelial YPEL3 Modulates CD8+ T-Cell Infiltration and Tumor Progression Through CREB1-CXCL16 Signaling in HNSCC
2026-May-25, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 整合多组学数据揭示YPEL3通过CREB1-CXCL16信号轴调节头颈鳞癌中CD8阳性T细胞浸润与肿瘤进展 首次发现YPEL3在头颈鳞癌中作为肿瘤抑制因子,通过CREB1而非TFAP2C调控CXCL16表达,建立上皮分化状态与抗肿瘤免疫之间的分子联系 未提及 探究YPEL3在头颈鳞癌中的表达、预后价值及免疫调节机制 头颈鳞癌患者肿瘤组织及细胞系,包括上皮细胞和CD8阳性T细胞 机器学习,数字病理学 头颈鳞癌 转录组测序,DNA甲基化测序,单细胞RNA测序,功能实验 NA 转录组数据,DNA甲基化数据,单细胞RNA测序数据,临床病理数据 来自TCGA/GEO数据库的多中心HNSCC队列,具体样本量未提及 Illumina 单细胞RNA测序 Illumina NovaSeq 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台,具体配置未详细说明
15 2026-05-27
Targeting dysregulated glycolysis in type 2 diabetic osteoporosis: Identification of a diagnostic gene signature and therapeutic validation of calcifediol
2026-May-24, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 结合生物信息学和实验验证,研究2型糖尿病性骨质疏松症中糖酵解相关基因的诊断标志物及骨化二醇的治疗潜力 首次通过整合骨质疏松症和2型糖尿病数据集,结合差异表达分析、WGCNA和113种机器学习算法,鉴定出8个糖酵解相关关键生物标志物(ATN1等),并发现骨化二醇(25(OH)D₃)具有治疗前景 需要进一步研究验证临床价值,且存在样本量有限和潜在因果推断问题 探究2型糖尿病性骨质疏松症中糖酵解失调的机制,并识别诊断基因标志物和治疗靶点 2型糖尿病性骨质疏松症相关的糖酵解基因 机器学习 2型糖尿病性骨质疏松症 RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, 分子对接 机器学习(113种算法) 基因表达数据, 单细胞转录组数据 合并的骨质疏松症和2型糖尿病数据集,具体样本量未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
16 2026-05-27
Recent Advances in Omics and Genetic Tools in Schistosome Research and Control
2026-May-24, International journal for parasitology IF:3.7Q1
综述 综述组学和遗传工具在血吸虫研究与防控中的最新进展及其对诊断、治疗和可持续控制的启示 系统整合多组学(基因组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学)与功能遗传工具(RNA干扰、CRISPR/Cas9),并展望人工智能与多组学平台融合的应用前景 未提及基于单细胞数据的空间分辨率不足、多组学整合的计算挑战及临床转化中的伦理问题 总结组学和遗传工具在血吸虫研究中的进展,推动诊断、治疗和疾病控制策略优化 血吸虫(血吸虫属寄生虫) 机器学习 血吸虫病 基因组学、批量转录组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学、RNA干扰、转基因、CRISPR/Cas9基因组编辑 NA 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 不适用(综述类文章,涉及文献中报道的多个研究样本) NA 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、蛋白质组学 NA NA
17 2026-05-27
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2026-May-23, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 利用空间转录组学和单细胞RNA测序揭示黑色素瘤治疗耐药性中微环境对内在命运的影响 通过共识非负矩阵分解识别细胞系共有的内在耐药程序,并在患者样本中发现这些程序与不同免疫特征共存,结合单细胞分辨率的空间转录组学揭示内在决定和外在影响的耐药命运 未提及具体局限性 研究癌症治疗耐药性中细胞内在因素和微环境因素的相互作用机制 黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型 数字病理学 黑色素瘤 空间转录组学, 单细胞RNA测序 共识非负矩阵分解 转录组数据 黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型的多重样本 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA测序 10x Visium, 10x Chromium 10x Visium空间转录组学平台, 10x Chromium单细胞RNA测序平台
18 2026-05-27
Systemic IgE promotes allergic rhinitis by licensing Th2-to-Tfh conversion and local IgE production
2026-May-23, Mucosal immunology IF:7.9Q1
研究论文 本文通过小鼠模型研究系统性IgE如何通过促进Th2向Tfh细胞转化及局部IgE产生来加剧过敏性鼻炎症状 首次揭示系统性IgE通过激活肥大细胞/嗜碱性粒细胞,许可Th2细胞向Tfh细胞转化,进而驱动局部IgE产生,从而贡献于过敏性鼻炎症状的发生机制 研究基于小鼠模型,其发现是否完全适用于人类过敏性鼻炎仍需验证;未涉及其他免疫细胞或环境因素在其中的潜在作用 探究系统性过敏原特异性IgE在过敏性鼻炎症状发展和局部2型炎症中的机制性作用 小鼠模型,包括野生型小鼠及多种基因敲除小鼠(Rag2、Aid、Stat6) 分子生物学 过敏性鼻炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠样本,具体数量未在摘要中明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-05-27
Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants
2026-May-22, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 结合单细胞转录组学和生化分析,研究致病性SHP2突变如何通过不同的分子机制导致表型异质性 首次通过单细胞转录组学揭示催化失活突变与SHP2敲除在基因表达层面的差异,以及相同热点残基不同突变可产生不同细胞状态 NA 解释致病性SHP2突变如何失调信号通路并导致多样化的细胞表型和疾病 表达不同临床SHP2突变体的细胞 单细胞转录组学 努南综合征,癌症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
20 2026-05-27
Targeted suppression of SPP1 inhibits tumor invasion and metastasis in NRF2 hyperactivated cisplatin resistant HNSCC
2026-May-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 探究靶向抑制SPP1在NRF2激活的顺铂耐药头颈部鳞状细胞癌中抑制肿瘤侵袭和转移的作用 首次揭示SPP1在NRF2激活的顺铂耐药HNSCC中驱动肿瘤进展和转移的具体作用,并通过空间转录组学分析发现SPP1、整合素和CD44受体之间的潜在机制相互作用 研究主要在细胞系和小鼠模型中进行,尚需在更大规模临床样本中验证 研究靶向SPP1能否抑制HNSCC的肿瘤侵袭性并改善顺铂疗效 NRF2激活的顺铂耐药头颈部鳞状细胞癌 数字病理学 头颈部鳞状细胞癌 空间转录组学、蛋白质组学 NA 空间转录组数据、蛋白质组数据 人源HNSCC细胞系和小鼠模型 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 高分辨率空间转录组学分析
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