单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-30	Schwann cells secrete IGFBP5 to facilitate the growth of keloids 2025-May-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123534 PMID:40049369	研究论文	本研究探讨了雪旺细胞及其分泌蛋白IGFBP5在瘢痕疙瘩生长中的作用	首次发现雪旺细胞在瘢痕疙瘩中的比例显著增加，并揭示了IGFBP5通过p53/p21/Cyclin D1通路促进瘢痕疙瘩生长的分子机制	研究主要基于体外实验和兔耳瘢痕模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明瘢痕疙瘩生长的分子机制并探索潜在治疗靶点	瘢痕疙瘩组织和正常瘢痕组织中的雪旺细胞及成纤维细胞	分子病理学	皮肤纤维增生性疾病	单细胞测序	兔耳瘢痕模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织的对比
2	2025-03-30	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达普遍下调现象	研究仅基于单一病例，样本量有限	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁辅酶Q10肾病男童的肾脏活检样本	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1例肾脏活检样本
3	2025-03-30	Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease 2025-May, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04617-3 PMID:39543008	research paper	该研究通过整合单细胞和空间转录组数据，揭示了阿尔茨海默病(AD)前额叶皮层(PFC)的空间结构和潜在生物标志物	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术构建AD患者PFC区域的细胞图谱和空间结构，并发现少突胶质细胞亚型与AD病理的关联以及PLXDC2作为非侵入性生物标志物的潜力	研究样本量相对有限(8个scRNA-seq数据集)，且空间转录组分析仅聚焦于PFC区域	探索AD患者前额叶皮层的细胞组成和空间结构特征，寻找疾病相关生物标志物	阿尔茨海默病患者和正常对照的前额叶皮层组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, 空间转录组学, 微阵列	CARD工具(空间重构), 无监督聚类	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 微阵列数据	8个scRNA-seq数据集(包含AD患者和正常对照)
4	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探索调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	43,724个胰岛内分泌和非内分泌细胞，其中15,569个β细胞
5	2025-03-30	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	research paper	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫组织化学、体外共培养	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	人类髓核样本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
6	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
7	2025-03-30	Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9 2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01410-9 PMID:39592734	研究论文	本研究探讨了血管紧张素II（Ang II）通过FOSL1/MYH9轴在心肌损伤中的作用及其分子机制	揭示了FOSL1通过直接结合MYH9启动子激活其转录，进而导致血管功能障碍的新机制，并发现FOSL1是心肌缺血再灌注诱导的内皮细胞损伤的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究Ang II诱导的心肌损伤的分子机制及潜在治疗靶点	小鼠心脏内皮细胞、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）和心肌缺血再灌注小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、双荧光素酶报告基因实验、染色质免疫共沉淀实验	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外细胞实验
8	2025-03-30	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态之间复杂相互作用的新见解	讨论了体外和体内研究剪切力的实验模型及其潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
9	2025-03-30	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文综述了高通量组学技术如何革新对心脏纤维化分子机制的理解，并探讨了这些技术在心脏纤维化研究中的应用	整合多组学数据揭示了心脏纤维化的新致病机制和潜在治疗靶点，包括细胞类型特异性干预和代谢调节剂	综述文章未涉及具体实验验证，且多组学数据的临床转化仍面临挑战	探讨多组学时代下心脏纤维化的研究进展及其对心力衰竭治疗的意义	心脏纤维化的分子机制及其与心力衰竭的关系	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
10	2025-03-30	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的潜在调节因子	首次在微卫星不稳定胃腺癌中鉴定TNFSF9作为肿瘤微环境的关键调节因子，并验证其与M1巨噬细胞丰度的正相关性	样本量相对有限，特别是单细胞测序样本较少（MSI=7，Non-MSI=19）	阐明微卫星不稳定胃腺癌肿瘤微环境的差异及其潜在机制	胃腺癌患者样本（MSI和非MSI）及SNU-1、AGS细胞系	数字病理学	胃腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化、qPCR、Western blot	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	单细胞测序26例（MSI=7，Non-MSI=19），批量测序237例（MSI=39，Non-MSI=198），免疫组化23例（MSI=13，Non-MSI=10）
11	2025-03-30	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	research paper	本研究探讨了c-FOS在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中促进中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成和中性粒细胞募集的分子机制	揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC中增加NETs形成和促进炎症因子表达的机制，并验证了靶向该通路的治疗潜力	研究主要聚焦于c-FOS的作用机制，其他潜在调控因子可能未被全面探索	阐明NETs介导的TNBC肺转移的分子机制并探索潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和实验模型	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	基因表达数据、临床样本数据	未明确说明样本数量，包括乳腺癌标本、血清样本和实验模型
12	2025-03-30	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	研究论文	本研究揭示了先兆子痫（PE）特有的免疫细胞网络及其在母胎界面的作用机制	首次全面描述了PE胎盘中的免疫微环境，并揭示了促炎性巨噬细胞（pro-inflam Macs）在PE发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步研究	探究PE特有的免疫微环境及其与妊娠糖尿病（GDM）的差异	先兆子痫（PE）和妊娠糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	小鼠模型	单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确说明人类样本数量，使用PE小鼠模型
13	2025-03-30	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-Mar-28, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	研究论文	研究探讨了Krüppel样因子4（klf4）在血吸虫皮层组织维持过程中如何建立细胞异质性	首次揭示了klf4在维持血吸虫皮层相关细胞谱系（TRL）中的关键作用，及其对皮层细胞分子特性的精细调控	研究仅关注klf4的作用，其他可能参与调控的分子机制尚未完全阐明	探究血吸虫长期在宿主体内存活的分子机制	曼氏血吸虫及其皮层组织	寄生虫学	血吸虫病	RNA干扰（RNAi）、单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量RNA测序（bulk RNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
14	2025-03-30	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在研究细菌多细胞性中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术等	未提及具体技术的局限性，更多是技术应用的综述	探索细菌多细胞群体的组装和动态，以理解其集体功能	细菌多细胞群体，特别是分化的细菌生物膜（菌落）	微生物学	NA	单细胞技术、显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学、单细菌RNA测序	NA	时空动态数据、转录组数据、图像数据	NA
15	2025-03-30	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	研究论文	介绍了一种名为SCITUNA的新型单细胞数据整合工具，用于校正批次效应	SCITUNA通过网络对齐方法有效校正批次效应，并在保留原始数据生物信号方面优于现有方法	在肺数据集的多批次整合中表现略逊于现有方法（差异为0.004）	开发更有效的单细胞数据批次效应校正方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	网络对齐	单细胞基因组数据	39个独立批次（来自4个真实数据集和1个模拟数据集）
16	2025-03-30	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤中的可药物靶点	整合多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列验证其稳健性，同时探索药物再利用机会	研究依赖于遗传数据和GWAS结果，可能受限于样本量和数据覆盖范围	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	急性肾损伤（AKI）相关的蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化（MR）, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及5,883个独特蛋白质和基因的分析，并在独立队列中验证
17	2025-03-30	Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics 2025-Mar-27, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00042-7 PMID:40148916	综述	本文综述了基于单细胞RNA测序技术的细胞类型特异性基因网络模型及其在疾病遗传学中的应用	提出了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型特异性基因网络模型，为疾病遗传学研究提供了新视角	NA	探索细胞类型特异性基因网络在疾病遗传学中的作用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因功能互作网络	基因表达数据	NA
18	2025-03-30	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	首次结合单细胞转录组学和机器学习算法鉴定出5个新型AMI生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	动物模型与人类疾病存在差异，临床转化需要进一步验证	揭示急性心肌梗死的分子机制并寻找诊断生物标志物	急性心肌梗死患者样本和实验动物模型	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明患者样本量，包含小鼠心肌细胞和心肌组织
19	2025-03-30	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变体在不同生物环境中的起源和克隆动态	揭示了线粒体DNA变体作为细胞谱系标记的有效性高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变体在特定条件下的应用，可能不适用于所有细胞类型或生物环境	评估线粒体DNA变体作为内源性条形码在人类细胞谱系追踪中的有效性	线粒体DNA变体在单细胞中的动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA
20	2025-03-30	Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development 2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025 PMID:39909560	research paper	研究揭示了Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中作为调节螺旋缘和覆膜发育的枢纽作用	首次发现Kölliker's organ通过上皮-间充质信号调节螺旋缘基质沉积，并确认了CTGF在该过程中的下游作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中的功能机制	小鼠耳蜗中的Kölliker's organ及其周边结构	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的雌雄小鼠样本