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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-13 |
Multi-Omics discovery and clinical validation of IGFBP2, B2M, and CST3 as a serum biomarker panel for diabetic kidney disease progression
2026-Feb-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149858
PMID:41167578
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与血清蛋白质组学数据，发现并验证了IGFBP2、B2M和CST3作为糖尿病肾病进展的血清生物标志物组合 | 首次通过整合单细胞转录组与血清蛋白质组学数据，系统性地识别并验证了一个用于糖尿病肾病进展诊断的非侵入性三标志物组合，并探索了其作为治疗靶点的潜力 | 临床样本量相对有限（n=139），且主要基于观察性数据，需要更大规模的前瞻性队列研究进一步验证其临床效用 | 开发一种用于糖尿病肾病进展诊断和监测的新型非侵入性生物标志物组合 | 糖尿病肾病患者、健康对照者、小鼠模型以及相关的肾脏组织和血清样本 | 生物信息学与多组学整合分析 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、血清蛋白质组学、bulk RNA-seq、分子对接 | LASSO回归模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、bulk RNA-seq数据、临床血清样本数据 | 30人（肾脏组织scRNA-seq：18名健康，12名DKD）；139人（临床血清验证）；16只小鼠（STZ诱导模型）；外加独立bulk RNA-seq队列（Nephrectomy和Nephroseq） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-13 |
Recent insights in the development and functions of insect hemocytes
2026-Feb, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2025.101434
PMID:40962030
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综述 | 本文综述了昆虫血细胞发育和功能的最新研究进展，重点探讨了血细胞分化、增殖及免疫响应中的转录因子和信号通路 | 整合了单细胞RNA测序技术揭示血细胞群体过渡状态基因表达变化，并扩展了对固着血细胞功能的理解 | NA | 总结昆虫血细胞在细胞免疫中的发育机制和功能调控 | 果蝇、蚊子和鳞翅目昆虫的血细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-13 |
EnsembleRegNet: Interpretable deep learning for transcriptional network inference from single-cell RNA-seq
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnsembleRegNet的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 通过集成编码器-解码器和多层感知器架构，结合Hodges-Lehmann估计器二值化、案例删除分析、RcisTarget基序富集和AUCell调控子活性评分，提高了网络推断的鲁棒性和生物学可解释性 | NA | 从高维单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络结构 | 转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成编码器-解码器, 多层感知器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-13 |
Recent advances and applications of single-cell sequencing in insects
2026-Feb, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2025.101455
PMID:41173389
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在昆虫科学中的最新进展与应用，强调了该技术如何推动昆虫生物学从描述性研究转向功能性和机制性研究 | 整合了单细胞多组学技术和空间转录组学的最新进展，结合深度学习方法，为昆虫生物学提供了前所未有的分子动态和细胞多样性视角 | NA | 回顾单细胞基因组学在昆虫科学中的进展，探讨其在昆虫生理、发育、免疫和进化研究中的应用前景 | 昆虫 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序，单细胞多组学，空间转录组学 | 深度学习算法 | 转录组、表观基因组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-12-13 |
Integrative genomic and transcriptomic profiling identifies HSPA5 as a central player in hepatocellular carcinoma pathogenesis
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过整合基因组学和转录组学分析，鉴定出HSPA5是肝细胞癌发病机制中的关键因子 | 采用多组学方法（包括外显子组测序、单细胞RNA-seq和空间转录组学）系统性地识别并验证了HSPA5在HCC中的核心作用及其与患者生存的关联 | 未明确说明样本的具体数量或队列细节，且研究结果主要基于相关性分析，需要进一步的实验验证其功能机制 | 寻找肝细胞癌的新生物标志物和治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）组织及相关的分子数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 外显子组测序，GO分析，PPI网络分析，bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq，空间转录组学，Venn分析，生存分析 | NA | 基因组数据，转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-13 |
scREPA: Predicting single-cell perturbation responses with cycle-consistent representation alignment
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scREPA的新框架，用于通过循环一致表示对齐来预测单细胞扰动响应 | 将变分自编码器的内部表示与预训练单细胞基础模型的高质量外部表示对齐，并引入循环一致表示对齐机制以增强表示质量和一致性 | 未明确说明模型在特定疾病或扰动类型上的局限性，以及计算复杂度或可扩展性方面的潜在问题 | 开发一种能够从稀疏、嘈杂、高维且数据量有限的scRNA-seq数据中准确预测单细胞扰动响应的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器，生成扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-12-13 |
DiffuScope: A diffusion-regularized autoencoder for spatial transcriptomic clustering
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DiffuScope的基于图卷积变分自编码器的空间转录组学聚类框架，旨在解决数据异质性问题并提升聚类准确性和跨数据集泛化能力 | 提出结合自监督学习和两种互补损失函数（重构损失与扩散一致性损失）的GC-VAE框架，以增强特征学习并提升跨数据集的泛化性能 | NA | 开发一种能够适应空间转录组学数据生物和技术异质性的通用聚类算法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌，胃癌 | 空间转录组学 | 图卷积变分自编码器（GC-VAE），自监督学习 | 空间基因表达数据 | 12个公开数据集（涵盖多个物种、器官和组织类型） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-13 |
Pharmacovigilance-Based Identification and Mechanistic Exploration of Periodontitis-Related Drugs
2026-Jan, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70040
PMID:40957584
|
研究论文 | 本研究利用药物警戒数据、孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与牙周炎相关的药物并探索其潜在分子机制 | 首次结合大规模真实世界药物警戒数据、孟德尔随机化因果推断和单细胞RNA测序技术，系统性地探索药物与牙周炎风险的关联及其细胞类型特异性分子机制 | 研究主要基于观察性数据和遗传学关联，需要进一步的实验研究来确认因果关系 | 识别与牙周炎风险相关的药物并探索其潜在的分子机制 | 牙周炎患者、药物不良反应报告数据、遗传学数据和单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 牙周炎 | 药物警戒数据挖掘、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 | 逻辑回归、信号检测算法、通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 药物不良反应报告、遗传学数据、单细胞转录组数据 | 来自FAERS数据库的药物不良反应报告、UKB-PPP和deCODE队列的遗传学数据、牙周炎患者牙龈组织和外周血的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-12-13 |
Ubiquitylation-oxaliplatin-related prognosis signature reveals the landscapes of immune responses, cell communication, and therapeutic sensitivity for colorectal cancer
2026-Jan-01, Anti-cancer drugs
IF:1.8Q3
DOI:10.1097/CAD.0000000000001778
PMID:41191789
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研究论文 | 本研究构建了一个泛素化-奥沙利铂耐药相关风险评分模型，用于预测结直肠癌患者的免疫反应、细胞通讯和治疗敏感性 | 首次整合泛素化修饰与奥沙利铂耐药性，通过单细胞RNA测序识别耐药细胞群体，并发现USP7在结直肠癌增殖、侵袭和耐药中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏体内实验验证，且样本来源可能限制模型的普适性 | 揭示泛素化在结直肠癌奥沙利铂耐药中的作用，并开发预测模型以指导治疗策略 | 结直肠癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，转录组分析，药物敏感性预测 | 风险评分模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-12-13 |
Hypoxia-induced regional heterogeneity in proliferative vitreoretinopathy: implications for targeted therapies
2026-Jan, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6494
PMID:41215615
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和免疫荧光染色揭示了增殖性玻璃体视网膜病变（PVR）在视网膜不同位置具有不同的细胞病理学特征，并发现缺氧诱导的区域异质性是其病理机制，为靶向治疗提供了新策略 | 首次利用单细胞测序技术结合免疫荧光染色，系统揭示了PVR在视网膜不同区域（视网膜前和视网膜下）的细胞组成差异，并明确了缺氧作为统一驱动因素但下游通路选择不同，提出了基于解剖位置的靶向治疗新思路 | 研究主要基于手术切除的PVR膜样本和小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的全貌；样本量相对有限，且未详细探讨长期治疗效果 | 探究增殖性玻璃体视网膜病变（PVR）的病理机制，特别是区域异质性，以开发更有效的靶向治疗方法 | 手术切除的PVR膜样本以及dispase诱导视网膜损伤的小鼠模型 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞测序，免疫荧光染色 | NA | 单细胞测序数据，图像数据 | 未明确指定样本数量，但涉及手术切除的PVR膜样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-13 |
Spatial Transcriptomic Assessments of Gene Expression Profiles in Human Peri-Implant Lesions
2026-Jan, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70008
PMID:41077421
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、RNA测序和免疫组织化学分析人类牙种植体周围炎病变的基因表达谱 | 首次在人类牙种植体周围炎病变中应用空间转录组学技术，结合RNA测序和免疫组织化学，揭示基因簇与特定组织区域的关联及生物通路失调 | 样本量较小（空间转录组学n=4，RNA测序n=20，免疫组织化学n=38），且仅针对严重牙种植体周围炎病例，可能限制结果的普遍性 | 分析有或无牙种植体周围炎的牙种植体部位人类组织样本的基因表达谱 | 从患有严重牙种植体周围炎的患者及无牙种植体周围炎迹象的相邻参考种植体获取的软组织活检样本 | 数字病理学 | 牙种植体周围炎 | 空间转录组学，RNA测序，免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据，RNA测序数据，免疫组织化学图像 | 空间转录组学样本4个，RNA测序样本20个，免疫组织化学样本38个 | NA | 空间转录组学，RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-13 |
Predictive markers for the efficacy of CAR T-cell therapy: the interplay between CAR T-cell fitness and systemic immunity
2025-Dec-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025017873
PMID:41061151
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综述 | 本文探讨了CAR T细胞疗法疗效的预测标志物，重点关注CAR T细胞适应性与系统性免疫之间的相互作用 | 整合了单细胞转录组学、蛋白质组学和细胞因子多功能性分析等新兴生物标志物及多组学方法，以优化患者分层和治疗策略 | NA | 识别CAR T细胞疗法疗效和毒性的预测生物标志物，以改善淋巴恶性肿瘤患者的治疗结果 | CAR T细胞疗法的内在属性（如记忆T细胞亚群、CAR密度）和系统性免疫环境（如炎症细胞因子、免疫抑制肿瘤微环境） | 自然语言处理 | 淋巴恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、蛋白质组学分析、细胞因子多功能性检测 | 机器学习 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2025-12-13 |
Untangling the fusion of spatial omics and mechanobiology
2025-Dec-12, Progress in biomedical engineering (Bristol, England)
DOI:10.1088/2516-1091/ae16f2
PMID:41130259
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研究论文 | 本文探讨了空间机械转录组学这一整合平台的出现，它结合了空间转录组学和机械数据，以研究细胞物理特性与转录谱之间的关系 | 提出了空间机械转录组学这一新方法，首次将空间转录组学与机械生物学数据在同一细胞和时间框架内整合，用于预测疾病状态 | NA | 探索空间组学与机械生物学的融合，以揭示细胞物理特性与转录谱之间的关系，并应用于疾病预测 | 细胞，特别是其物理特性（如细胞膜硬度）和转录谱 | 空间转录组学 | 肌肉萎缩症、癌症、青光眼等 | 空间转录组学、机械生物学 | NA | 空间转录组数据、机械数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-12-13 |
Immune cell uptake of glycinated nanoparticles conjugated to anti-fibrotic peptides enables their prolonged activity and oral administration
2025-Dec-12, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-025-01198-8
PMID:41382190
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研究论文 | 本研究开发了一种基于甘氨酸功能化可生物降解超顺磁性氧化铁纳米颗粒（SPION）的递送平台，用于口服递送抗纤维化肽（松弛素RLX及其模拟物B7-33），并在心肌病小鼠模型中评估其长效抗纤维化效果 | 首次将RXFP1结合肽与甘氨酸功能化可生物降解SPIONs结合，实现了肽疗法的口服给药和长效活性，并通过单细胞转录组学揭示了纳米颗粒被表达RXFP1的树突状细胞吞噬的机制 | 研究仅在心肌病小鼠模型中进行，尚未在人体中验证；长期安全性和免疫原性未充分评估 | 开发一种口服递送抗纤维化肽疗法的纳米颗粒平台，以替代传统的注射给药方式 | 心肌病小鼠模型 | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-13 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA测序CRISPR筛选，发现并验证了一类响应机械微环境的基因组增强子，即“机械增强子”，它们能调节细胞功能并影响疾病相关基因 | 首次系统性地识别并验证了响应基质硬度的基因组增强子，通过表观基因组编辑技术重编程细胞对机械微环境的响应，为机械驱动疾病的精准靶向提供了新策略 | 研究主要基于体外细胞模型和有限的人类肺成纤维细胞样本，体内验证和更广泛疾病模型的适用性尚需进一步探索 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制调控基因表达和细胞表型，以识别新型机械响应增强子 | 人类肺成纤维细胞（来自健康和纤维化供体）及相关的基因组增强子区域 | 表观遗传学 | 肺纤维化 | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA测序CRISPR筛选 | CRISPR筛选 | 基因组和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-12-13 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2025-Dec-11, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现，CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群（CD14+CD163-HLA-DRlow）的转录组特征与IPF患者死亡率之间的关联，并识别出具有预后潜力的六基因子集 | 研究样本量相对有限（总样本1054例，其中IPF患者555例），且为观察性研究，需要进一步的功能验证和临床试验 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与特发性肺纤维化患者预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化患者的外周血单个核细胞、支气管肺泡灌洗液和肺组织样本 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，细胞反卷积分析，连通性图谱分析，LASSO回归 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据，流式细胞数据，临床数据 | 总样本量1054例（其中IPF患者555例，其他疾病患者499例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-12-13 |
Comparative analysis of human and mouse ovaries across age
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0659
PMID:41066539
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研究论文 | 本文通过三维成像、单细胞转录组学和功能研究，比较了人类和小鼠卵巢在年龄变化中的差异 | 首次系统比较了人类和小鼠卵巢在转录和信号传导方面的物种特异性差异及年龄相关变化，并识别了卵巢交感神经和胶质细胞的作用 | 研究可能受限于样本数量或物种间生物学差异的复杂性，未详细探讨所有潜在机制 | 比较人类和小鼠卵巢的生物学特性，以评估小鼠作为人类卵巢生物学模型的适用性 | 人类和小鼠的卵巢组织 | 数字病理学 | NA | 三维成像, 单细胞转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | 未指定具体样本数量，但涉及人类和小鼠卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-13 |
Recovering gene regulatory networks in single-cell multi-omics data with PRISM-GRN
2025-Dec-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280757.125
PMID:41067887
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研究论文 | 本文提出了一种名为PRISM-GRN的贝叶斯模型，用于从单细胞多组学数据中恢复基因调控网络 | PRISM-GRN创新性地将已知的基因调控网络与scRNA-seq和scATAC-seq数据整合到一个概率框架中，通过生物学可解释的架构重建细胞类型特异性基因调控网络 | NA | 从单细胞多组学数据中精确、稳健地重建基因调控网络，以理解细胞异质性及发育和疾病的机制 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 贝叶斯模型 | 单细胞多组学数据 | 四个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-13 |
Diabetes exacerbates destructive inflammation by activating theCD137L-CD137 axis in dendritic and γδ T-cells
2025-Dec-11, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI193289
PMID:41379565
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研究论文 | 本研究揭示了糖尿病通过激活树突状细胞和γδ T细胞中的CD137L-CD137轴，加剧牙周病等细菌感染中破坏性炎症反应的关键机制 | 首次在单细胞水平上鉴定出高血糖驱动的CD137L-CD137轴是糖尿病加剧炎症性组织破坏的关键介质，并通过抗体抑制和基因敲除实验验证了其核心作用 | 研究主要聚焦于牙周病模型，其他糖尿病相关并发症中的普适性有待进一步验证；人类样本的验证深度可能有限 | 探究糖尿病如何加剧细菌感染（如牙周病）中的炎症反应，并寻找潜在的治疗靶点 | 小鼠模型和人类研究中的树突状细胞、γδ T细胞及牙周组织 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-12-13 |
A single-cell transcriptomic atlas reveals resident dendritic-like cells in the zebrafish brain parenchyma
2025-Dec-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91427
PMID:41379882
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了成年斑马鱼大脑中免疫细胞的复杂性，包括一种与哺乳动物树突状细胞相似的独特髓系细胞群 | 首次在斑马鱼大脑中发现并表征了树突状细胞样细胞，揭示了脊椎动物大脑免疫细胞异质性的保守性 | 研究主要基于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他非哺乳动物脊椎动物，且功能验证有待进一步深入 | 探索斑马鱼大脑中免疫细胞的多样性和异质性，以理解脊椎动物大脑免疫系统的进化保守性 | 成年斑马鱼大脑中的免疫细胞，包括小胶质细胞和树突状细胞样细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |