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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-22 |
Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation
2026-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003
PMID:40633623
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研究论文 | 本研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子化合物,发现抑制HDAC1/2催化结构域可促进结直肠癌分化并抑制肿瘤生长,揭示了H3K27ac和H3K9ac作为关键调控标记的机制 | 首次将HDAC1/2抑制与结直肠癌分化直接关联,并通过单细胞RNA测序和组蛋白修饰谱分析揭示了H3K27ac在介导这一过程中的核心作用 | 研究主要基于体外模型和患者来源的类器官,体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 识别和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子,揭示重编程癌细胞状态的机制 | 结直肠癌细胞系、小鼠模型和患者来源的结直肠癌类器官 | 表观遗传学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、质谱组蛋白修饰谱分析、遗传筛选 | NA | 基因表达数据、组蛋白修饰数据、单细胞转录组数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及小鼠和人类结直肠癌模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-22 |
MRPL17 is a critical regulator of mitochondrial function and a novel therapeutic target in non-small cell lung cancer
2025-Dec-21, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08343-z
PMID:41422086
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研究论文 | 本研究探讨了线粒体蛋白MRPL17在非小细胞肺癌中的表达、临床意义及治疗潜力,揭示了其通过调控线粒体功能和细胞氧化还原平衡驱动肿瘤进展的机制 | 首次将MRPL17鉴定为非小细胞肺癌的关键促癌靶点,并发现其通过直接调控下游靶点COX8A介导线粒体功能障碍和肿瘤恶性表型 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,缺乏患者来源的类器官或原代细胞验证;临床相关性分析主要依赖公共数据库,需前瞻性队列进一步确认 | 阐明MRPL17在非小细胞肺癌发生发展中的作用机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 非小细胞肺癌细胞系、TCGA和单细胞RNA测序数据、裸鼠异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、基因沉默/敲除、线粒体功能测定 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA数据库的LUAD和LUSC样本、单细胞RNA测序数据集、体外细胞系实验及裸鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-22 |
Single-Cell Targeted Transcriptomics Reveals Subset-Specific Immune Signatures Differentiating Asymptomatic and Cardiac Patients With Chronic Chagas Disease
2025-Dec-20, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf269
PMID:40434116
|
研究论文 | 本研究通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性恰加斯病无症状和心脏型患者中免疫亚群特异性特征,以区分疾病进展 | 首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术,在慢性恰加斯病的无症状和心脏型患者中系统解析了免疫细胞亚群的基因表达差异,识别出与疾病病理相关的独特免疫特征 | 研究仅基于外周血单核细胞,未涉及组织特异性免疫反应;样本量未明确说明,可能限制统计效力;未进行纵向跟踪以验证疾病进展标志物 | 揭示慢性恰加斯病不同临床形式(无症状与心脏型)中免疫细胞的功能特性,以阐明疾病进展机制并识别疾病标志物 | 慢性恰加斯病患者的外周血单核细胞,包括无症状(IND)和心脏型(CCC)临床组 | 单细胞组学 | 恰加斯病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-22 |
Integrative single-cell transcriptomic analysis reveals immunomodulatory hub genes and candidate compounds for HIV-associated chronic inflammation
2025-Dec-20, Virology journal
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12985-025-03030-z
PMID:41422013
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序分析与分子建模,识别了HIV感染中潜在的生物标志物和治疗靶点 | 开发了一个整合单细胞RNA测序与分子建模的流程,用于识别HIV相关慢性炎症的免疫调节枢纽基因及候选化合物 | 未提及样本量或实验验证细节,可能缺乏体内或临床验证 | 识别HIV感染中潜在的生物标志物和治疗靶点,以调控慢性炎症 | HIV感染个体的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | HIV感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),分子对接模拟 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-22 |
Integrative transcriptomic and single-cell analysis reveals mitochondrial-related gene biomarkers in heart failure with preserved ejection fraction
2025-Dec-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03926-4
PMID:41422136
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和单细胞分析,识别了与射血分数保留型心力衰竭相关的线粒体基因生物标志物 | 结合机器学习、单细胞RNA测序和ceRNA网络分析,首次鉴定出Vwa8、Mthfd2和Decr1作为HFpEF的关键枢纽基因,并揭示了其分子机制和诊断潜力 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,实验验证仅限于RT-qPCR,缺乏更深入的体内外功能验证 | 识别与HFpEF和线粒体功能相关的枢纽基因,并阐明其潜在机制,为治疗策略提供新见解 | 射血分数保留型心力衰竭患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | LASSO回归, SVM-RFE, Boruta分析 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(GSE194151、GSE236585、GSE236584、GSE180065)和RT-qPCR验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-22 |
Integrative analysis of scRNA-seq and RNA-seq to investigate the prognostic value of lactylation and fibroblast-related genes in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Dec-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-32764-7
PMID:41422162
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-12-22 |
Multicellular force coordination constructs microchannel networks for barrier-free metastasis across extracellular matrix
2025-Dec-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adz4291
PMID:41417886
|
研究论文 | 本文揭示了癌细胞通过协作重编程细胞外基质构建互连微通道网络,作为无屏障转移的“超级高速公路” | 发现了癌细胞通过机械桥介导的多细胞力协调来构建微通道网络的新机制,超越了传统的细胞中心视角 | 未明确说明样本大小或具体疾病模型,可能限制了结果的普适性 | 研究癌细胞如何协作克服细胞外基质屏障以实现转移 | 癌细胞及其与细胞外基质的相互作用 | 细胞生物学与生物物理学 | 癌症 | 活细胞成像、原子力显微镜、光镊、单细胞测序、基于代理的离格模型 | 基于代理的离格模型 | 图像、力学数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-22 |
Robust integration and annotation of single-cell and spatial omics data using interpretable gene programs
2025-Dec-19, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101105
PMID:41421360
|
研究论文 | 提出一个名为SSpMosaic的计算框架,利用可解释的基因程序作为通用锚点,实现单细胞和空间组学数据的稳健整合与注释 | 建立了元程序作为跨数据集对齐的高阶基因程序表示,实现了跨批次、模态和物种的一致整合,并能进行分辨率无关的空间转录组解卷积 | NA | 开发一个计算框架来整合和注释单细胞与空间组学数据,以解码细胞身份和生物功能 | 单细胞和空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学、染色质可及性、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间位置数据 | NA | 10x Genomics, NanoString | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | 10x Visium, CosMx, Visium HD | Visium(点水平)、CosMx/Visium HD(亚细胞水平) |
| 9 | 2025-12-22 |
Single-cell to pre-clinical evaluation of Trem2, Folr2, and Slc7a7 as macrophage-associated biomarkers for atherosclerosis
2025-Dec-18, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf210
PMID:41206594
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TRAP-seq技术,在小鼠动脉粥样硬化模型中表征了巨噬细胞在主动脉、脂肪组织和肝脏中的功能多样性,并识别了Trem2、Folr2和Slc7a7作为巨噬细胞相关生物标志物,用于疾病诊断和监测 | 首次结合单细胞RNA测序和TRAP-seq技术,系统评估了巨噬细胞在动脉粥样硬化关键组织中的组织特异性基因程序,并识别了跨物种共享的生物标志物,包括Trem2作为循环生物标志物、Folr2和Slc7a7作为PET示踪剂靶点 | 研究基于小鼠模型,人类样本验证有限;PET示踪剂应用尚处探索阶段,需进一步临床验证 | 阐明巨噬细胞在动脉粥样硬化中的驱动机制,识别可用于诊断、监测和治疗的生物标志物 | 小鼠动脉粥样硬化模型中的巨噬细胞,涉及主动脉、脂肪组织和肝脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, TRAP-seq, PET成像 | NA | RNA测序数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-22 |
[Single-cell RNA sequencing of B cells reveals molecular typing in Sjögren syndrome]
2025-Dec-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences
PMID:41399063
|
研究论文 | 本研究通过B细胞单细胞RNA测序对干燥综合征患者进行分子分型,揭示了三种具有不同基因特征和临床异质性的亚型 | 首次利用B细胞scRNA-seq数据对干燥综合征患者进行无监督聚类,建立了分子分型框架,并识别了亚型特异性的核心调控基因和潜在治疗靶点 | 研究样本量相对较小(24名患者和4名健康对照),且数据来源于公共数据库,缺乏独立验证队列 | 建立干燥综合征的分子分类框架,以阐明其临床异质性并为靶向治疗提供见解 | 干燥综合征患者和健康对照者的B细胞 | 单细胞组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 24名干燥综合征患者和4名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-22 |
Pomalidomide enhances CAR-T cell therapeutic efficacy and remodels immune microenvironment in lymphoid malignancies
2025-Dec-18, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04247-1
PMID:41410870
|
研究论文 | 本研究探讨了泊马度胺如何增强CAR-T细胞功能并重塑免疫微环境,以克服淋巴恶性肿瘤治疗中的局限性 | 揭示了泊马度胺通过直接增强CAR-T细胞功能(如记忆、细胞因子/趋化因子产生、代谢适应性和减少耗竭)以及重塑抑制性免疫微环境(增加细胞毒性效应细胞、减少MDSC活性)来协同CAR-T治疗的机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床样本仅来自一名淋巴瘤患者,样本量有限,需要更大规模的临床研究验证 | 阐明泊马度胺增强CAR-T细胞功能和重塑免疫微环境的机制,以优化难治性淋巴恶性肿瘤的治疗组合 | 人类CAR-T细胞、多发性骨髓瘤异种移植模型、淋巴瘤患者外周血单个核细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 淋巴恶性肿瘤 | CCK-8、LDH、qPCR、ELISA、流式细胞术、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 体外人类CAR-T细胞、多发性骨髓瘤异种移植模型、一名淋巴瘤患者的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-22 |
Integrating whole-exome sequencing and scRNA-seq reveal the characteristic in one clear cell renal cell carcinoma sample arising in the setting of VHL disease
2025-Dec-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27699-y
PMID:41413084
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研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序技术,揭示了VHL疾病背景下透明细胞肾细胞癌的基因表达特征和肿瘤微环境特点 | 首次在单细胞水平上对VHL疾病相关的ccRCC进行特征分析,并整合了DNA突变和转录组数据以揭示其独特特性 | 仅使用了一个VHL突变样本进行研究,样本量较小,可能限制结果的普遍性 | 探究VHL疾病背景下透明细胞肾细胞癌的分子特征和肿瘤微环境 | 一个VHL突变ccRCC样本和六个非VHL突变ccRCC样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光 | Seurat | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 一个VHL突变ccRCC样本和六个非VHL突变ccRCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-12-22 |
SpaceBar enables single-cell-resolution clone tracing with imaging-based spatial transcriptomics
2025-Dec-18, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02968-w
PMID:41413345
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研究论文 | SpaceBar是一种能够与标准成像空间转录组学流程结合使用的方法,实现单细胞分辨率的克隆追踪和空间基因表达谱分析 | 开发了SpaceBar方法,通过96个合成条形码序列的组合标记,首次在成像空间转录组学中实现克隆追踪,解决了传统随机条形码方法不兼容的问题 | NA | 实现在成像空间转录组学中同时进行克隆追踪和空间基因表达分析 | 复杂组织中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 成像空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-12-22 |
PINK1 dysfunction in hepatocellular carcinoma fosters immune evasion and disease progression by promoting neutrophil infiltration
2025-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013079
PMID:41419228
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研究论文 | 本研究揭示了PINK1在肝细胞癌中通过促进中性粒细胞浸润介导免疫逃避和疾病进展的机制 | 首次将PINK1功能障碍与肝细胞癌的免疫检查点阻断抵抗联系起来,并阐明其通过调节中性粒细胞招募和抑制T细胞活性促进免疫逃避的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证有限,且未深入探讨PINK1下游信号通路的具体分子机制 | 阐明PINK1功能障碍如何使肝细胞癌适应免疫检查点阻断诱导的免疫攻击,并识别潜在的治疗靶点 | 肝细胞癌患者数据、小鼠原位肝细胞癌肿瘤模型、中性粒细胞和T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、基因表达综合数据库分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 在线患者数据集分析、小鼠原位肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-12-22 |
Rap1b is a critical regulator of germinal vesicle breakdown in porcine oocytes
2025-Dec-18, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究揭示了小GTP酶Rap1b通过激活p38α MAPK信号通路调控猪卵母细胞生发泡破裂的关键作用 | 首次鉴定Rap1b作为p38 MAPK通路的上游调控因子,并阐明其通过促进p-MKK6激活p38α MAPK信号通路来调控GVBD的新机制 | 研究主要在体外成熟模型中进行,体内生理环境的影响尚需进一步验证 | 阐明猪卵母细胞生发泡破裂的分子调控机制 | 猪卵母细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-22 |
Breaking the Cycle: How Immune Reprogramming and Modulation Are Redefining Osteoarthritis Care
2025-Dec-18, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178494
PMID:41421412
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综述 | 本文综述了骨关节炎(OA)从机械退行性疾病向免疫驱动疾病的范式转变,探讨了免疫失调在OA中的作用,并评估了免疫重编程等创新疗法的潜力与临床挑战 | 强调了OA中免疫失调的核心作用,特别是M1巨噬细胞向M2表型重编程(高达88.5%效率)的创新疗法,并提出了基于单细胞RNA测序等技术的个体化免疫治疗新策略 | 临床应用中仍存在个体化治疗定制、精准靶向和长期疗效维持等重大障碍,且部分发现尚处于临床前模型阶段 | 阐明OA的免疫学基础,评估免疫重编程方法的可行性,并确定临床应用所需的关键研究目标 | 骨关节炎(OA)患者,特别是具有自身免疫成分的亚群,以及免疫效应细胞(如M1巨噬细胞) | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-12-22 |
Single cell RNA-seq characterization of non-fibrotic stromal wound repopulation in the rabbit
2025-Dec-18, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110816
PMID:41421445
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,描述了兔角膜在非纤维化伤口愈合过程中基质细胞的转录动态变化 | 首次利用单细胞RNA测序揭示了兔角膜在冷冻损伤后,基质细胞从静止状态向成纤维细胞状态的连续转录进展,而未诱导肌成纤维细胞转化 | 研究仅基于兔模型,可能无法完全反映人类角膜的伤口愈合机制,且样本时间点有限 | 探究非纤维化伤口愈合的转录变化机制,以预防角膜手术或损伤后的瘢痕形成 | 兔角膜基质细胞,包括静止的角膜基质细胞和伤口愈合过程中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 兔角膜样本,包括对照和冷冻损伤后第7天及第28天的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-22 |
Molecular subtyping and prognostic evaluation in idiopathic pulmonary fibrosis: a focus on mechanical-related genes
2025-Dec-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07365-7
PMID:41408564
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研究论文 | 本研究聚焦于机械力相关基因,对特发性肺纤维化进行分子分型与预后评估 | 首次将机械力相关基因评分应用于IPF,识别出与机械力相关的核心基因和分子亚型,并通过单细胞RNA测序和CMap分析揭示了潜在的致病机制与治疗靶点 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床队列验证核心基因的预后价值 | 探究机械敏感基因在特发性肺纤维化发病机制中的作用,并进行分子分型与预后评估 | 特发性肺纤维化患者样本与对照样本 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,机器学习算法,Cox回归分析,Connectivity Map分析 | 机器学习算法,Cox回归模型,列线图 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,临床病理数据 | IPF样本与对照样本(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-22 |
Revealing the anti-tumor mechanisms of aromatic oil from Amomum villosum through integrated network pharmacology, bioinformatics, machine learning, single-cell sequencing, and cell experiments
2025-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.153153
PMID:41421224
|
研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学、机器学习、单细胞测序和细胞实验,揭示了砂仁芳香油的抗肿瘤机制,特别是其通过HMOX1靶点抑制胃癌的作用 | 首次采用整合方法(包括响应面设计、GC-MS驱动的网络药理学、机器学习、单细胞测序及分子对接)系统解析砂仁芳香油及其主要化合物乙酸龙脑酯的抗胃癌分子机制,并确定HMOX1为关键免疫调节靶点 | 研究主要基于体外细胞实验和计算模拟,缺乏体内动物模型验证;单细胞测序数据可能来自公共数据集,样本来源和数量未明确说明 | 探究砂仁芳香油及其活性成分的抗胃癌潜力与分子机制 | 砂仁(Amomum villosum)的芳香油、其化合物(如乙酸龙脑酯)、胃癌细胞系(HGC27和AGS)及HMOX1靶点 | 机器学习 | 胃癌 | 气相色谱-质谱联用、转录组学、单细胞测序、分子对接、动力学模拟 | 机器学习算法(具体类型未指定) | 化学化合物数据、转录组数据、单细胞测序数据、临床相关性数据 | 涉及HGC27和AGS胃癌细胞系,但具体样本数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-12-22 |
Dynamic release of extracellular particles after opening of the blood-brain barrier predicts glioblastoma susceptibility to paclitaxel
2025-Dec-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65681-4
PMID:41402297
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研究论文 | 本研究开发了一种用于捕获胶质母细胞瘤患者循环细胞外囊泡和颗粒的微流控装置,并发现血脑屏障打开后这些颗粒的释放动态可预测患者对紫杉醇的治疗反应 | 首次将血脑屏障开放与循环细胞外颗粒释放动态相结合,作为预测胶质母细胞瘤对紫杉醇治疗反应的实时生物标志物,并开发了专用的ExoChip微流控捕获平台 | 研究为探索性临床试验的次要目标,样本量有限,未来需要前瞻性验证 | 探索血脑屏障开放后循环细胞外颗粒作为胶质母细胞瘤治疗反应生物标志物的潜力 | 胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 微流控技术、纳米颗粒跟踪分析、蛋白质组学、Western blot、扫描电子显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据、影像数据 | 一期临床试验患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |