单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-04	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调控的表达模式	首次系统揭示了secretagogin表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本分析相对有限	阐明secretagogin作为钙传感器蛋白在神经系统中的表达调控机制	人类胎儿前脑组织、Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞、原代皮层神经元	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	动物模型（小鼠）、细胞模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠群体、体外培养细胞
2	2025-04-04	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调，重点关注HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	揭示了急性HIV感染期间表观遗传重编程在塑造免疫反应、建立病毒储存库和驱动持续免疫功能障碍中的关键作用	NA	理解HIV如何利用宿主表观遗传机制逃避免疫监视并促进病毒持久性，为治疗策略提供新途径	急性HIV感染期间的宿主免疫系统	NA	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性测定	NA	NA	NA
3	2025-04-04	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，有效抑制感染相关炎症	首次发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了靶向性mTOR抑制纳米生物制剂	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	探索mTOR通路在感染相关炎症中的作用并开发新型治疗策略	COVID-19患者的循环免疫细胞和小鼠炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠炎症模型	RNA测序数据，流式细胞数据	未明确说明样本数量，涉及COVID-19患者和小鼠模型
4	2025-04-04	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中高表达的LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN，促进乳腺癌细胞的糖酵解和恶性行为	未提及具体样本量或实验验证的局限性	探索乳腺癌进展的分子机制及潜在治疗靶点	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞测序、降维聚类和细胞注释技术	NA	单细胞测序数据	NA
5	2025-04-04	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	研究论文	本文开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于特异性追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞(NMPs)，揭示了NMPs的异质性及其在胚胎发育中的功能	开发了双重组酶介导的遗传系统，首次在体内特异性追踪和消融NMPs，揭示了NMPs由三种不同的单能和双能祖细胞群组成	缺乏对NMPs分化调控机制的深入探讨	研究神经中胚层祖细胞(NMPs)的异质性分化及其在胚胎发育中的功能	BrachyurySox2神经中胚层祖细胞(NMPs)	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、RNA测序数据	NA
6	2025-04-04	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	研究论文	本研究通过比较瘦、肥胖和减重小鼠模型，探讨了TREM2缺失在不同体重历史条件下对绝经后乳腺癌生长的影响	揭示了TREM2缺失在瘦小鼠中独特抑制乳腺癌生长的机制，并发现其对克隆T细胞群体的改变	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究肥胖与乳腺癌关联的机制及减重的潜在益处	绝经后乳腺癌小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接区测序(VDJ测序)	小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	瘦、肥胖和减重三种小鼠模型
7	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
8	2025-04-04	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-03, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺中特有的KRT14表达肺泡细胞类型（命名为腔细胞），并揭示了腔细胞、肺泡2型细胞和肺泡1型细胞在辐射状分布中的顺序排列	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D成像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
9	2025-04-04	Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models 2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98348 PMID:40178224	研究论文	该研究通过开发五种果蝇家族性帕金森病模型，揭示了胆碱能投射神经元的突触失调是导致嗅觉功能障碍的早期指标	首次在五种家族性帕金森病模型中发现了胆碱能投射神经元的突触失调与嗅觉功能障碍的关联，并通过单细胞RNA测序和单核测序验证了这一发现	研究主要基于果蝇模型和体外人类诱导多巴胺能神经元，尚未在哺乳动物体内模型中验证	探究帕金森病早期非运动症状（如嗅觉减退）的细胞和分子机制	五种果蝇家族性帕金森病模型和帕金森病患者三个特定脑区	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序、单核测序	果蝇模型、人类诱导多巴胺能神经元体外模型	RNA测序数据	五种果蝇模型和帕金森病患者三个脑区样本
10	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
11	2025-04-04	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，揭示胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	发现两种与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关的独立演化轨迹，并揭示肿瘤-基质界面作为肿瘤生态学的独特状态	NA	研究胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃癌	digital pathology	gastric cancer	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
12	2025-04-04	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	研究论文	利用单细胞RNA测序数据和机器学习预测患者对免疫检查点抑制剂的反应	结合单细胞RNA测序和机器学习方法，保留了可解释性和单细胞分辨率，揭示了11个基因特征，并开发了强化学习模型识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	提高对免疫检查点抑制剂治疗反应的预测能力，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序	XGBoost, 强化学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
13	2025-04-04	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究探讨了人类沃顿胶质间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）对早产儿肠道上皮功能成熟的促进作用	发现EV39线能显著上调与肠上皮细胞功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制增强细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人类早产模型中得到验证，未在小鼠肠道类器官中观察到类似效应	促进早产儿肠道上皮的功能成熟	早产儿回肠组织来源的人类早产肠道模型	生物医学	早产儿疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	人类早产肠道模型
14	2025-04-04	Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Apr-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96465 PMID:40172945	研究论文	研究通过系统性诱导敲除CDK8和CDK19基因，探讨其对小鼠精子发生和雄性生育能力的影响	首次揭示了CDK8和CDK19双敲除导致细胞周期蛋白C（CCNC）耗竭，进而影响精子发生和雄性生育能力的机制	未明确CDK8/19抑制剂处理未能重现基因敲除表型的具体原因	探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统中的功能及其分子机制	CDK8和CDK19双敲除小鼠模型	分子生物学	男性不育症	基因敲除技术、单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了基因敲除小鼠模型和原代Leydig细胞培养
15	2025-04-04	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Apr-02, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态方法分析小鼠海马体中金属组基因表达与金属离子含量的相关性	结合X射线荧光显微镜元素成像与空间转录组学，揭示了海马体亚区金属组异质性的分子基础	研究仅针对小鼠海马体，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的生理需求及富集机制	小鼠海马体及其亚区	神经科学	NA	X射线荧光显微镜、空间转录组学	NA	元素成像数据、转录组数据	NA
16	2025-04-04	A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease 2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02183-1 PMID:40175340	research paper	研究发现了一种新型的供体外周T细胞亚群，能够抑制急性移植物抗宿主病（aGVHD）并促进受者的免疫重建	首次鉴定出一种具有干细胞样记忆T细胞（TSCM）特征的PD-1+CD8+ T细胞亚群，该亚群具有调节性T细胞（Treg）和效应T细胞（Teff）的双重功能	研究样本量较小（n=80供体和80受者），验证队列样本量更小（n=30）	优化造血干细胞移植供体选择标准并鉴定与更好受者预后相关的供体淋巴细胞亚群	80例G-CSF动员的供体及其对应的80例单倍体相合和全相合造血干细胞移植受者	免疫学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	80例供体和80例受者（发现队列），30例（验证队列）
17	2025-04-04	A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07938-8 PMID:40175506	研究论文	提出了一种基于FastQ文件的scRNA-seq研究设计框架FastQDesign，用于优化实验设计	首个基于FastQ文件的研究设计框架，利用公开数据集的原始FastQ文件作为参考，在固定预算内提供最优设计	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq实验设计中的细胞数量和测序深度优化问题	scRNA-seq实验设计	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	FastQ文件	一个合成数据集和九个真实数据集
18	2025-04-04	Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data 2025-Apr-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95703-6 PMID:40175565	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索了牙周炎和乳腺癌之间潜在的共享基因特征	首次通过整合多种组学数据和机器学习方法，识别出ANKRD29和TDO2作为牙周炎和乳腺癌的共同诊断生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些基因在两种疾病中的具体作用机制	探究牙周炎和乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞	牙周炎和乳腺癌患者	生物信息学	牙周炎, 乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组化染色	机器学习	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本
19	2025-04-04	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	通过终身微生物组年轻化策略改善小鼠肠道屏障功能和炎症衰老	首次在非反刍哺乳动物中测试终身微生物组年轻化策略对衰老的影响，并发现其能改善协调能力和肠道通透性	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需验证	探索终身微生物组年轻化策略是否能够延缓或预防衰老	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植(FMT)、16S rRNA基因分析、宏基因组学、单细胞RNA测序	NA	微生物组数据、转录组数据	使用8周龄小鼠(年轻微生物组)和同龄小鼠(同年代微生物组)作为供体
20	2025-04-04	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡（OMVs）在缓解猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染中的作用	首次发现F.prausnitzii及其OMVs通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱（PC）水平来缓解PEDV感染	研究仅基于猪模型和细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索F.prausnitzii及其OMVs在PEDV感染中的潜在治疗作用	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪模型和IPEC-J2、Vero细胞	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、单细胞测序	NA	代谢组数据、基因组数据、单细胞数据	猪模型和细胞实验