单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-21	A diagnostic signatures for intervertebral disc degeneration using TNFAIP6 and COL6A2 based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analyses 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2443568 PMID:39704340	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路	首次通过单细胞和批量RNA测序结合的方法，识别出TNFAIP6和COL6A2作为椎间盘退变的诊断标志物，并验证了ZEB2作为转录因子在调控这些关键基因中的潜在作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路，以辅助诊断和预测疾病活动	椎间盘退变病例的生物标志物和信号通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序、RT-qPCR、免疫组化（IHC）	NA	RNA	多个数据集（GSE70362、GSE124272）和组织样本
2	2024-12-21	Genomic and cell-specific regulation of benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis in opium poppy 2025-Jan-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae317 PMID:39046316	综述	本文综述了罂粟中苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成的基因组和细胞特异性调控机制	本文强调了基因组测序、单细胞和空间转录组学的最新进展，并探讨了这些技术如何帮助我们更好地理解BIA生物合成的调控机制	本文主要为综述性质，未提供新的实验数据或研究结果	探讨罂粟中BIA生物合成的基因组和细胞特异性调控机制，为罂粟的遗传改良和代谢工程提供理论基础	罂粟中的苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成	NA	NA	基因组测序、单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3	2024-12-21	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在细胞身份和组织结构研究中的最新进展	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用	未具体讨论技术或方法的具体局限性	探讨单细胞和空间转录组学技术在识别和表征细胞状态及多细胞邻域中的进展、挑战和前景	单细胞和空间转录组学数据，以及其在干细胞生物学、免疫学和肿瘤生物学中的应用	单细胞组学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	深度学习模型（包括基础模型）	转录组数据	NA
4	2024-12-21	Aberrant neurodevelopment in human iPS cell-derived models of Alexander disease 2025-Jan, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24618 PMID:39308436	研究论文	本研究探讨了Alexander疾病患者来源的诱导多能干细胞（iPS细胞）在神经发育中的异常表现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，首次在AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经类器官和共培养体系中观察到神经元和星形胶质细胞的分化异常，并揭示了突变GFAP对细胞分化和基因表达的影响	研究主要集中在GFAP突变对神经元和星形胶质细胞的影响，未深入探讨其他细胞类型的变化	探讨GFAP突变对Alexander疾病患者神经发育的影响	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞共培养体系及神经类器官
5	2024-12-21	The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00770-8 PMID:39256623	综述	本文综述了造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的作用	本文介绍了单细胞转录组学和显微镜技术在研究HSC与其niche相互作用中的新发现，并探讨了这些niche在衰老过程中的变化及其在造血疾病中的作用	本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型	探讨HSC及其niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础	造血干细胞（HSC）及其微环境（niche）在发育和衰老过程中的相互作用	NA	NA	单细胞转录组学和显微镜技术	NA	NA	NA
6	2024-12-21	Multidimensional analysis of matched primary and recurrent glioblastoma identifies contributors to tumor recurrence influencing time to relapse 2025-Jan-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlae108 PMID:39423857	研究论文	本研究通过多维分析匹配的原发性和复发性胶质母细胞瘤，识别影响肿瘤复发和复发时间的因素	首次通过空间转录组学分析揭示了复发性胶质母细胞瘤中寡突胶质细胞的富集，并发现激活的微胶质细胞/巨噬细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于IDHwt WHO 4级胶质母细胞瘤，结果的普适性有待进一步验证	旨在通过纵向肿瘤变化分析，寻找可能的干预靶点以预防胶质母细胞瘤复发	原发性（pGBM）和复发性（rGBM）胶质母细胞瘤的RNA和蛋白质	数字病理学	脑肿瘤	转录组学和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质	来自匹配患者的原发性和复发性胶质母细胞瘤样本
7	2024-12-21	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC舌组织的微环境和免疫病因，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的关键作用及其功能变化	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
8	2024-12-21	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of the evolutionary trajectory features of adipose-derived stem cells induced into astrocytes 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16269 PMID:39700048	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，对脂肪来源干细胞（ADSCs）诱导成星形胶质细胞过程中的细胞进行联合测序，并通过生物信息学方法分析其分化轨迹	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了ADSCs诱导成星形胶质细胞的分化轨迹和染色质可及性变化，并鉴定了关键的转录因子	研究仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨ADSCs诱导成星形胶质细胞的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）及其诱导成星形胶质细胞过程中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个时间点的ADSCs细胞
9	2024-12-21	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的表达对皮肤细胞景观的重新编程及其对伤口愈合的影响	首次通过异位表达PITX1于小鼠皮肤表皮，揭示了PITX1在促进角质形成细胞迁移和增殖以及改变分化状态中的作用，并展示了其对伤口愈合的显著加速效果	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证PITX1的效果	探讨PITX1在角质形成细胞中的作用及其对伤口愈合的影响	小鼠皮肤和口腔黏膜的角质形成细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA	小鼠皮肤和口腔黏膜样本
10	2024-12-21	Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182700 PMID:39509324	研究论文	研究探讨了巨噬细胞在肺损伤修复中的不同作用，并揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞在不同损伤模型中的保守反应	首次揭示了Gpnmb表达的募集巨噬细胞在不同损伤模型中的保守反应，并发现其在纤维化修复中未能获得类似常驻巨噬细胞的编程	研究仅基于小鼠模型和人类数据集，可能无法完全反映所有物种的肺损伤修复机制	探讨肺损伤后巨噬细胞在健康修复与纤维化修复中的不同作用机制	肺巨噬细胞及其在不同损伤模型中的反应	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类肺巨噬细胞样本
11	2024-12-21	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-Dec-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	本文利用单细胞多组学技术分析膀胱癌患者外周血中的糖基化修饰LacNAc，发现其在低分期膀胱癌患者的外周T细胞中表达显著升高，并可能作为潜在的细胞表面效应标记物	首次系统整合单细胞转录组、T细胞受体（TCR）谱系和糖基化修饰LacNAc分析，揭示LacNAc在膀胱癌患者外周T细胞中的潜在作用	研究仅限于膀胱癌患者，未来需在更多癌症类型中验证LacNAc的作用	探讨糖基化修饰LacNAc在膀胱癌患者外周T细胞中的潜在作用及其作为液体活检标记物的可能性	膀胱癌患者的外周血免疫细胞及其糖基化修饰LacNAc	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学	NA	单细胞数据	膀胱癌患者的外周血样本
12	2024-12-21	Roles of boron in preventing cadmium uptake by Capsicum annuum root tips: Novel insights from ultrastructural investigation and single-cell RNA sequencing 2024-Dec-20, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.177858 PMID:39631329	研究论文	本文通过超微结构分析和单细胞RNA测序研究了硼对辣椒根尖镉吸收的影响及其分子机制	首次通过超微结构分析和单细胞RNA测序揭示了硼通过诱导根尖内皮层木质化来减少镉积累的机制	研究仅限于辣椒根尖，未探讨其他植物或组织中的情况	探讨硼在减少作物镉积累中的作用及其分子机制	辣椒（Capsicum annuum L.）根尖	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13	2024-12-21	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	本文研究了膜支架蛋白Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	首次报道了Flotillin-2缺失会增加T细胞对抗原的敏感性，增强TCR信号传导和效应功能，并揭示了Flotillin-2通过调节TCR在细胞表面的聚集来调控T细胞功能	研究主要集中在Flotillin-2缺失对T细胞的影响，未探讨其在其他细胞类型中的作用	探讨TCR介导的激活在细胞膜上的调控机制	Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	NA	癌症，慢性感染	单细胞RNA测序，超分辨率显微镜	NA	RNA，图像	T细胞特异性Flot2缺陷小鼠，Flot2-null CD4+ T细胞，野生型CD4+ T细胞
14	2024-12-21	A phase 2 pilot study of umbilical cord blood infusion as an adjuvant consolidation therapy in elderly patients with acute myeloid leukemia 2024-Dec-20, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02065-y PMID:39702351	研究论文	本研究评估了脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	首次通过单细胞RNA测序揭示了脐带血具有增强的抗肿瘤和抗衰老特性，并通过激活免疫反应和端粒合成/维持表现出来	本研究为单臂试验，样本量较小，需要进一步的大规模随机对照试验来验证结果	评估脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	60岁及以上的急性髓性白血病患者	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	51名患者
15	2024-12-21	SNRNP70 regulates the splicing of CD55 to promote osteosarcoma progression 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185269 PMID:39704173	研究论文	研究探讨了SNRNP70在调节CD55剪接以促进骨肉瘤进展中的作用	首次揭示了SNRNP70通过调节CD55的剪接促进骨肉瘤进展的机制，并发现SNRNP70表达的成骨细胞与巨噬细胞通过ADGRE5/CD55信号通路进行交流	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	探讨SNRNP70在骨肉瘤进展中的作用及其机制	SNRNP70、CD55、骨肉瘤细胞及免疫细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原发性和转移性骨肉瘤样本，具体数量未明确
16	2024-12-21	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Dec-20, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	研究论文	本文通过多模态空间分析揭示了从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的免疫抑制和微环境重塑过程	本文首次整合了高复用成像和空间转录组学技术，分析了不同阶段高级别浆液性卵巢癌发展过程中的人体组织样本，揭示了免疫调节机制和分子变化	本文主要集中在分子层面的分析，未涉及临床试验或治疗效果的验证	探讨从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌发展过程中的分子变化和免疫机制	不同阶段的高级别浆液性卵巢癌组织样本，包括p53特征、浆液性管内上皮癌前病变和侵袭性高级别浆液性卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	高复用成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	不同阶段的高级别浆液性卵巢癌组织样本
17	2024-12-21	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2024-Dec-20, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，重点介绍了其在提高分辨率和通量方面的优势	纳米技术克服了传统工具在空间组学分析中的固有限制，提供了纳米级分辨率的检测方法，并支持多种组学技术的集成	本文主要总结了现有技术和未来挑战，未提供具体实验数据或模型	探讨纳米技术在空间组学中的应用及其对生物结构和功能研究的影响	空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观组学和多组学方法	NA	NA	纳米技术、超分辨率显微镜、质谱成像	NA	NA	NA
18	2024-12-21	Metalloprotease inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury 2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI164997 PMID:39699962	研究论文	本文研究了金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆管祖细胞在肝损伤器官模型中的作用	揭示了TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的作用，并提出了金属蛋白酶抑制剂调控胆管细胞分化和肝祖细胞保存的新机制	NA	研究肝细胞命运调控机制，以推进肝病的细胞治疗	肝祖细胞（LPC）和胆管祖细胞	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	NA
19	2024-12-21	Predicting lung aging using scRNA-Seq data 2024-Dec-19, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632 PMID:39700255	研究论文	本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测肺部衰老	提出了PolyEN模型，能够学习表达随时间的连续表示，并整合基因以预测年龄，相较于现有方法提高了预测性能	NA	开发一种新的方法来预测基于单细胞RNA测序数据的肺部衰老	非吸烟者和吸烟者的肺部细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	回归模型 (PolyEN)	基因表达数据	现有和新的肺部衰老数据
20	2024-12-21	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics During Targeted Treatment of Melanoma 2024-Dec-19, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤在靶向治疗过程中持久性和抗药性动态变化的时空特征	首次结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤在靶向治疗中的持久状态及其抗药性机制，并识别出潜在的治疗敏感窗口	研究基于患者来源的异种移植模型，结果的外推性可能受限	探讨黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和抗药性动态变化，以期发现预防治疗失败的新策略	BRAF突变型黑色素瘤细胞在靶向治疗中的持久状态及其抗药性机制	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	深度学习	图像	患者来源的异种移植模型