本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-11-15 |
Introduction to Oral Immunity
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-03176-1_1
PMID:41225090
|
综述 | 本章全面概述口腔免疫系统的组成与功能,强调其在维持共生微生物耐受与病原体防御中的双重作用 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学等新技术在口腔免疫研究中的应用前景 | NA | 阐明口腔免疫机制在健康与炎症状态下的作用及其与全身免疫的关联 | 口腔免疫系统组分(上皮屏障、唾液抗菌因子、免疫细胞)及共生微生物 | NA | 口腔炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 宏基因组学, 多组学整合 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-11-15 |
Inflammatory Mediators in Peri-Implantitis: From Pathophysiology to Therapeutic Targets
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-03176-1_21
PMID:41225110
|
综述 | 本文系统探讨种植体周围炎的炎症介质特征及其从病理机制到治疗靶点的转化价值 | 整合基因多态性、蛋白质组学和单细胞RNA测序技术揭示种植体周围炎特有的细胞互作网络与炎症通路 | 未明确说明纳入研究的样本规模与实验方法的具体局限性 | 阐明种植体周围炎的发病机制并探索精准医疗策略 | 种植体周围炎相关的炎症介质与分子标志物 | 数字病理学 | 牙科种植体疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 基因多态性分析 | NA | 唾液样本, 种植体周沟液, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-11-15 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肠道微生物通过丁酸盐-GPR109A信号通路调控结肠上皮细胞身份和功能的机制 | 发现了微生物通过丁酸盐-GPR109A信号通路调控具有吸收和分泌双重特征的非常规隐窝间杯状细胞的新机制 | NA | 阐明微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 小鼠结肠上皮细胞和人类样本 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 使用无菌小鼠、抗生素处理小鼠和定植实验小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-11-15 |
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2025-Dec-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000866
PMID:38517078
|
综述 | 本文综述了数字病理学和空间组学在脂肪性肝炎中的临床应用与发现潜力 | 整合数字病理学与空间生物学进行多模态分析,强调机器学习算法在组织学解读中的增强作用 | 讨论了现有工具的局限性、知识空白以及技术前提条件 | 改善脂肪性肝炎的组织学解读准确性并探索空间分子特征 | 脂肪性肝炎患者的肝脏组织切片 | 数字病理学 | 脂肪性肝炎 | 线性与非线性显微镜、空间转录组学、空间蛋白质组学 | 机器学习、人工智能算法 | 全切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-11-15 |
GPR91 mediates low shear stress-induced endothelial ferroptosis via EGR1-dependent GPX4 repression
2025-Dec, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112127
PMID:40939914
|
研究论文 | 本研究揭示低剪切应力通过GPR91/EGR1/GPX4信号轴诱导血管内皮细胞铁死亡的分子机制 | 首次发现GPR91作为机械敏感受体连接低剪切应力与铁死亡信号通路,并阐明EGR1介导的GPX4转录抑制机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步在体实验验证 | 探究低剪切应力诱导内皮细胞铁死亡的分子机制 | 血管内皮细胞、HEK293T细胞、动脉粥样硬化斑块 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、RNA测序、平行板流动腔系统 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-11-15 |
Elevated P4HB expression in hepatocellular carcinoma and its role in UCA1-mediated malignant progression
2025-Dec, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112131
PMID:40945634
|
研究论文 | 本研究探讨P4HB在肝细胞癌中的表达及其通过UCA1促进恶性进展的作用机制 | 首次发现P4HB与lncRNA UCA1的相互作用机制,揭示其通过增强糖酵解促进HCC恶性行为 | NA | 研究P4HB在肝细胞癌进展中的作用及其作为诊断生物标志物的潜力 | 肝细胞癌细胞和患者血清样本 | 癌症研究 | 肝细胞癌 | 单细胞测序,ROC分析,体外和体内功能实验 | NA | 单细胞测序数据,血清蛋白数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-11-15 |
YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer
2025-Dec, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139
PMID:40962000
|
研究论文 | 本研究揭示YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴促进非小细胞肺癌的上皮-间质转化和转移 | 首次阐明YWHAG通过调控LRRK2/PI3K/AKT信号轴驱动非小细胞肺癌EMT和转移的分子机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能和机制作用 | 非小细胞肺癌细胞系(NCI-H292, A549)、TCGA数据库、单细胞RNA测序数据、基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低, 过表达, 免疫共沉淀, 免疫荧光, 生物发光成像 | 基因敲除小鼠模型, 原位肿瘤模型 | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据, 影像数据 | TCGA泛癌数据集、2个NSCLC单细胞数据集(GSE117570 & GSE148071)、公共NSCLC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-11-15 |
Expression patterns of desmosome family members during tooth development and the role of Desmocollin-3 in cytodifferentiation of stratum intermedium
2025-Dec, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现桥粒蛋白家族成员在牙釉中间层特异性表达,并揭示Desmocollin-3对维持牙釉中间层细胞完整性和成釉细胞分化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定牙釉中间层特异性标志物,并揭示Desmocollin-3在牙釉中间层细胞分化和成釉细胞谱系定向中的新功能 | 研究主要使用体外细胞系模型,需要进一步在体内验证;样本量有限,仅分析了出生后12天的磨牙 | 鉴定牙釉中间层特异性标志物并研究Desmocollin-3在维持牙釉中间层细胞完整性和分化中的功能 | 出生后12天小鼠磨牙和SF2牙上皮细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 出生后12天小鼠磨牙 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-11-15 |
Bioinformatics Analysis and Experimental Validation of Disulphidptosis in Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Dec, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103955
PMID:41106220
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证研究二硫死亡相关基因在口腔鳞状细胞癌中的表达及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统研究二硫死亡相关基因在口腔鳞癌中的表达模式,发现INF2和DSTN等15个关键基因与患者生存和免疫细胞浸润相关 | 需要进一步的实验室验证和临床试验来探索INF2和DSTN的治疗靶向性及其对免疫微环境的影响 | 研究二硫死亡相关基因在口腔鳞状细胞癌中的表达水平并评估其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 口腔鳞状细胞癌样本和相关的二硫死亡相关基因 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA测序, 实时PCR, 单细胞RNA测序, 功能富集分析, 生存分析, 免疫细胞浸润分析 | 接收者操作特征分析 | RNA测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-11-15 |
The NF-κB Signalling Regulates the Abnormal Functions of Neutrophils in Severe Periodontal Disease
2025-Dec, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103973
PMID:41145025
|
研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞在重度牙周炎中的调控机制,重点关注NF-κB信号通路的作用 | 首次在单细胞水平揭示牙周炎中性粒细胞中NF-κB信号通路的激活状态及其在细胞间通讯中的关键作用 | 研究主要基于GEO数据库分析,实验验证部分仅限于LPS刺激的牙龈中性粒细胞模型 | 探索重度牙周炎中中性粒细胞的调控机制 | 牙周炎患者的中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA转录组测序, 实时PCR, 共免疫染色 | hdWGCNA, pySCENIC, ClusterProfiler | RNA测序数据, 基因表达数据 | 来自GEO数据库的单细胞和批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-11-15 |
Uncovering the Molecular Networks of Extracellular Vesicles in the Pathogenesis of Periodontitis
2025-Dec, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103936
PMID:41138693
|
研究论文 | 通过整合多种组学数据揭示牙周炎发病机制中的细胞外囊泡相关基因网络 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和因果遗传分析系统研究牙周炎中的EV相关基因网络 | 需要进一步的实验验证 | 探索牙周炎发病机制中的细胞外囊泡相关基因网络 | 牙周炎相关基因、细胞外囊泡相关基因 | 生物信息学 | 牙周炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 因果遗传分析, 分子对接 | XGBoost | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-11-15 |
Multi-tissue spatial transcriptomics identified simultaneous responses to oxidative stress and apoptosis in parallel with tissue-specific reprogramming in modeled chronic kidney disease-mineral and bone disorder
2025-Dec, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf161
PMID:41216610
|
研究论文 | 本研究采用多组织空间转录组学方法,在慢性肾病-矿物质和骨障碍模型中同时分析了皮质骨、肌肉和骨髓的基因组重编程 | 首次在多组织中同时识别氧化应激和凋亡的同步响应,并发现组织特异性重编程 | 研究仅使用雄性小鼠模型,且样本量有限 | 识别和区分慢性肾病-矿物质和骨障碍中组织特异性和共有的基因组重编程 | 雄性小鼠的股骨-肌肉组织切片 | 空间转录组学 | 慢性肾病-矿物质和骨障碍 | 空间转录组学,qPCR | 均匀流形逼近与投影 | 空间转录组数据,基因表达数据 | 腺嘌呤饮食诱导的CKD-MBD雄性小鼠和酪蛋白对照饮食组 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 13 | 2025-11-15 |
Elucidating the Mechanism of Radiation Therapy on Mesenchymal Cell Fate in Preventing Heterotopic Ossification
2025-Dec-01, Annals of surgery
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/SLA.0000000000006366
PMID:38829115
|
研究论文 | 本研究通过动物模型探究放射治疗预防异位骨化的机制,在单细胞水平分析放射诱导的间充质细胞命运变化 | 首次在单细胞水平探索放射治疗预防创伤性异位骨化的机制,揭示放射对间充质祖细胞数量和分化的双重影响 | 研究仅限于小鼠模型,临床转化需进一步验证 | 阐明放射治疗预防异位骨化的分子机制 | C57BL6J雄性小鼠的间充质祖细胞 | 单细胞测序分析 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序,免疫荧光显微镜,显微计算机断层扫描 | 动物模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-11-15 |
Analysis of the role of RNA regulatory networks in cancer treatment: Mechanisms, applications and future prospects (Review)
2025-Dec, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2909
PMID:41220798
|
综述 | 本文综述了RNA调控网络在癌症治疗中的作用机制、应用前景及未来发展方向 | 重点关注isomiRs的功能动态及其在精准肿瘤学中的转化潜力,整合了单细胞测序和CRISPR筛选等先进技术 | NA | 分析RNA调控网络在癌症治疗中的机制、应用和未来前景 | RNA调控网络,特别是isomiRs和竞争性内源RNA网络 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞测序,CRISPR筛选 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-11-15 |
A drop-based workflow for fast and robust joint profiling of transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000258
PMID:41221081
|
研究论文 | 开发了一种基于液滴微流控的单细胞多组学工作流程,可在同一细胞中同时分析转录组和染色质可及性 | 提出快速、稳健的液滴微流控协议,实现单细胞水平RNA和染色质可及性的同步分析 | NA | 开发单细胞多组学技术以解析细胞异质性和生物学复杂性 | 单个细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据, 染色质可及性数据 | 数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | 液滴微流控系统, 凝胶珠乳浊液(GEM)生成技术 |
| 16 | 2025-11-15 |
TLR4-IN-C34 attenuates the progression of osteoarthritis through inhibiting inflammation, angiogenesis and pain
2025-Dec, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112084
PMID:40854507
|
研究论文 | 本文研究TLR4抑制剂C34通过抑制炎症、血管生成和疼痛来减缓骨关节炎进展的作用机制 | 首次在单细胞水平证实TLR4在OA患者软骨中表达升高,并发现特异性TLR4抑制剂C34具有多重抗OA效应 | NA | 探讨TLR4抑制剂C34对骨关节炎的治疗作用及机制 | 人类软骨样本、小鼠骨关节炎模型 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-11-15 |
Fibroblast Ferroptosis Aggravates Inflammation Response in Dental Pulpitis
2025-Dec, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103927
PMID:41076786
|
研究论文 | 本研究揭示牙髓成纤维细胞铁死亡在牙髓炎中加剧炎症反应的新机制 | 首次发现牙髓成纤维细胞铁死亡是牙髓炎症的关键驱动因素,并证实铁死亡抑制剂可缓解炎症 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化需要进一步验证 | 探究铁死亡在牙髓炎中的功能意义及治疗策略 | 人牙髓组织、小鼠模型、牙髓成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光共定位、细胞培养 | NA | 转录组数据、图像数据 | 人牙髓组织临床标本、实验小鼠模型、体外细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-11-15 |
Simultaneously infer cell pseudotime, velocity field, and gene interaction from multi-branch scRNA-seq data with scPN
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf144
PMID:41229398
|
研究论文 | 提出一种名为scPN的新型高维动力学建模方法,可从多分支单细胞RNA测序数据中同时推断细胞伪时间、速度场和基因相互作用 | 首次实现多分支数据集中同时恢复伪时间、速度场和基因相互作用,使用分段基因-基因相互作用网络建模基因调控动力学 | NA | 从单细胞RNA测序数据建模细胞动力学,理解细胞发育和基因调控关系 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高维动力学模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-11-15 |
Allele-specific immune gene quantification and expression analysis in single-cell RNA-seq data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf149
PMID:41229397
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据中免疫基因等位基因特异性表达定量的新型计算方法 | 开发了新型R/Bioconductor数据结构,可处理多个免疫遗传注释层的表达数据并支持交互式探索 | NA | 研究人类免疫基因组多样性中的等位基因特异性表达模式 | 人类免疫基因(如HLA和杀伤性Ig样受体) | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-11-15 |
Mitochondrial iron transport via MFRN1 is required for erythroid cell cycle progression
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014887
PMID:40601908
|
研究论文 | 本研究揭示了线粒体铁转运蛋白MFRN1通过调控红细胞周期进展对红细胞生成的关键作用 | 首次在体内证明MFRN1介导的线粒体铁转运对红细胞周期G2/M期进展的必要性,并发现该缺陷具有红细胞特异性 | 研究主要聚焦于胚胎发育早期阶段,对成年生物体的适用性需要进一步验证 | 探究铁代谢如何调控红细胞生成过程 | 斑马鱼胚胎红细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | 贫血 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 斑马鱼胚胎(1.5-3天受精后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |