单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-07	Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy 2025-Sep-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，鉴定了一种独特的ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起重要作用	首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞状态，并揭示ZEB2作为其炎症激活的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究巨噬细胞介导的炎症在心脏肥大早期的作用机制	横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型中的巨噬细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞转录组数据	25,328个来自心脏组织的单细胞
2	2025-07-07	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究提出了一种名为'genomap'的图像表示方法，通过空间编码转录组相互作用来揭示与衰老相关的相互作用模式变化，并构建了一个高精度的组织特异性炎症衰老时钟	创新性地将scRNA-seq数据转换为语义丰富的图像表示（genomap），并利用这种表示揭示衰老相关的相互作用模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	开发有效的方法从高维转录组数据中识别精确的免疫遗传衰老标志物	衰老过程中的基因-基因相互作用模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3	2025-07-07	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次整合多种数据类型（微阵列、批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）并结合机器学习策略，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAF_6）相关的代谢特征，该特征与胃癌患者预后显著相关	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探索胃癌发展中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性，并开发预后相关的代谢特征	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞）	数字病理学	胃癌	微阵列、批量RNA-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459、GSE26253和GSE183904数据集，具体样本数量未明确说明
4	2025-07-07	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了胃癌中的三种主要上皮成分，并揭示了胃峡部干细胞在胃癌中的三种不同状态	研究样本量有限，未涉及不同胃癌亚型的比较	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本	单细胞多组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本（具体数量未提及）
5	2025-07-07	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢的特征及其与肿瘤免疫微环境的关系，揭示了甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了胶质瘤细胞通过甲硫氨酸代谢依赖的方式上调ANXA1表达，激活ANNEXIN通路，从而促进巨噬细胞向免疫抑制表型极化	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用机制	胶质瘤患者样本和胶质母细胞瘤(GBM)细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外实验	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(具体数量未明确)
6	2025-07-07	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究宫颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其在肿瘤免疫微环境中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和解卷积分析，识别关键基因和免疫治疗靶点，特别是发现了C0 MYH11+成纤维细胞亚型及其通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤-成纤维细胞相互作用中的核心作用	研究主要基于体外实验和有限样本，未涉及大规模临床试验验证	探索宫颈癌中成纤维细胞亚型的功能及其在肿瘤免疫微环境中的作用，寻找新的治疗靶点	宫颈癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 解卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后模型	RNA-seq数据, 图像数据	人类宫颈癌组织样本和培养细胞
7	2025-07-07	Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice 2025-Jul-05, Lung IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s00408-025-00829-z PMID:40616692	research paper	该研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在急性肺损伤（ALI）中的作用及其保护机制	首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制调节中性粒细胞募集和细菌吞噬功能，从而对抗肺炎	研究主要基于小鼠模型和斑马鱼胚胎，人类样本验证有限	阐明Cmpk2在细菌性肺炎诱发的急性肺损伤中的保护作用机制	Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析	基因敲除动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确样本量（使用基因敲除小鼠模型和斑马鱼胚胎）
8	2025-07-07	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的枢纽基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	首次在ESCC中识别出六个乳酸相关枢纽基因，并揭示了这些基因与免疫细胞亚群之间的关联	研究仅基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的作用及其对预后和免疫特征的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本和正常样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	ESCC和正常样本，具体数量未明确说明
9	2025-07-07	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为治疗急性胰腺炎中葡萄糖代谢障碍的关键靶点，并创新性地使用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于体外和体内模型，尚未进行临床试验	探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢失调中的作用，并开发新的治疗策略	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制	代谢疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、纳米囊泡递送技术	NA	转录组数据	NA
10	2025-07-07	Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke 2025-Jul-05, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016 PMID:40618255	research paper	本文探讨了线粒体功能障碍的调节机制及天然产物在治疗中风中的应用	提出了天然产物通过多靶点调节线粒体功能障碍来治疗中风的新策略	天然产物的临床转化面临成分复杂难以标准化、跨区域临床数据不足以及缺乏长期安全性评估等挑战	研究中风治疗中线粒体功能障碍的调节机制及天然产物的应用	线粒体功能障碍及天然产物	NA	心血管疾病	单细胞测序、类器官模型	NA	NA	NA
11	2025-07-07	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本文探讨了高表达RAD51在调节细胞粘附及影响口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其通过MIF通路和TCA循环代谢调控OSCC进展的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明RAD51在OSCC中的表达特征及其通过调控细胞粘附影响肿瘤进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	肿瘤分子生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 组织图像数据	1006例OSCC样本(RNA-seq和微阵列), 162例OSCC组织(IHC), 9693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
12	2025-07-07	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子变化	揭示了dup15q综合征在胎儿期器官发育和青少年-成年期大脑中的分子变化，并发现了与特发性自闭症共享的转录负担模式	研究依赖于死后大脑样本和器官模型，可能无法完全反映活体情况	研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官和死后大脑样本	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官和死后大脑样本
13	2025-07-07	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病骨骼病变中神经-骨骼信号传导的改变	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制	2型糖尿病小鼠模型中的骨骼组织和感觉神经元	分子生物学	糖尿病	scRNA-Seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用高脂饮食喂养的小鼠
14	2025-07-07	Divide-and-conquer strategy with engineered ossification center organoids for rapid bone healing through developmental cell recruitment 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61619-y PMID:40615395	研究论文	本研究开发了一种类似骨化中心的类器官(OCO)，通过分而治之的策略促进大尺寸骨缺损的快速愈合	首次设计出具有内芯骨形态发生/神经营养球体与外周促血管生成神经营养相的OCO结构，并发现其能特异性募集Krt8骨骼干细胞	未明确说明临床转化时间表及大规模生产可行性	解决临界尺寸骨缺损血管化延迟和再生缓慢的临床难题	骨髓间充质干细胞(MSCs)构建的骨化中心样类器官	组织工程	骨缺损	3D生物打印、单细胞RNA测序、机器学习跨物种比较	机器学习	单细胞转录组数据	未明确说明实验动物数量
15	2025-07-07	DOLPHIN advances single-cell transcriptomics beyond gene level by leveraging exon and junction reads 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61580-w PMID:40615408	研究论文	介绍了一种名为DOLPHIN的深度学习方法，用于整合单细胞转录组中的外显子和连接读取数据，以改进细胞嵌入和分析	DOLPHIN通过将基因表示为图结构并利用变分图自编码器处理，能够检测外显子水平的细微转录组差异，这些差异在基因水平分析中常被掩盖	未提及具体的技术限制或数据局限性	提高单细胞转录组分析的精度和深度，特别是在外显子和连接读取数据的利用上	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	变分图自编码器	单细胞转录组数据	NA
16	2025-07-07	Multi-omics and experimental validation reveal mechanism of compound mylabris capsules in treating diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jul-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09767-5 PMID:40615583	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了复方斑蝥胶囊在治疗弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用机制	首次结合多组学分析和实验验证，明确了复方斑蝥胶囊的主要活性成分豆甾醇通过调控CDK1和CDK2等靶点发挥抗肿瘤作用的分子机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型的验证	阐明复方斑蝥胶囊治疗弥漫大B细胞淋巴瘤的分子作用机制	弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)相关基因和细胞	生物医学	弥漫大B细胞淋巴瘤	多组学分析(包括差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析)、单细胞RNA测序、分子对接和动力学模拟、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA的DLBCL相关数据集
17	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA
18	2025-07-07	Uncovering key markers and therapeutic targets for renal fibrosis in diabetic kidney disease through bulk and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06554-8 PMID:40615901	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了糖尿病肾病中肾纤维化的关键标志物和治疗靶点	构建了FibrosisScore模型，识别了PROM1和THY1作为肾纤维化的关键基因，并通过分子对接筛选出潜在治疗化合物	研究主要基于小鼠模型和数据库数据，临床验证仍需进一步研究	识别糖尿病肾病中肾纤维化的关键基因和治疗靶点	糖尿病肾病患者的基因数据和STZ诱导的小鼠模型	数字病理学	糖尿病肾病	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 分子对接	FibrosisScore模型, 机器学习	RNA测序数据, 临床数据	两个DKD数据集和STZ诱导的小鼠模型
19	2025-07-07	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	研究论文	本研究探讨了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤免疫微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠GSCs模型（具体数量未明确说明）
20	2025-07-07	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，阐明了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及其治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA