单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Oct-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合机制，重点关注TRPV1-CB2受体串扰、炎症和神经韧性	整合神经化学范式与TRPV1/CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激的前沿见解，并提出神经免疫整合模型	分子网络间复杂串扰及先进疗法可及性不平等	探索慢性压力下的神经免疫整合机制并开发神经保护治疗策略	神经免疫系统、分子信号通路（MAPK、CREB）和应激反应机制	神经科学	精神与神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA
2	2025-09-14	Single-cell transcriptome analysis reveals dysregulation of microglial iron homeostasis in temporal lobe epilepsy 2025-Oct-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149885 PMID:40803604	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示颞叶癫痫中微胶质细胞铁稳态失调的关键作用	首次在颞叶癫痫中发现一种独特的微胶质细胞表型，其特征是铁积累和神经炎症，且与癫痫发作频率正相关	机制研究尚不充分，需进一步实验验证	探究微胶质细胞在铁代谢和神经炎症中的作用及其与颞叶癫痫发病机制的关系	颞叶癫痫患者的脑组织样本	生物信息学	颞叶癫痫	单细胞/单核RNA测序，免疫组化，基因调控网络分析	NA	转录组数据，图像数据	颞叶癫痫患者与对照组的脑组织样本（具体数量未明确说明）
3	2025-09-14	Unveiling Moxibustion's Impact on AD Mice Learning and Memory: Role of Mitochondrial Respiratory Chain Complex I Subunit in the Hippocampus 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05147-2 PMID:40531365	研究论文	本研究探讨艾灸通过调节海马线粒体呼吸链复合物I改善阿尔茨海默病小鼠学习和记忆能力的机制	首次结合空间转录组学、生化检测和电镜技术系统揭示艾灸通过能量代谢途径改善认知功能的分子机制	研究局限于APP/PS1小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明艾灸改善阿尔茨海默病认知功能障碍的作用机制	APP/PS1转基因阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、生化检测、透射电镜	NA	基因表达数据、生化指标、超微结构图像	APP/PS1转基因小鼠样本
4	2025-09-14	Single-Cell Sequencing Screening of Biomarkers Associated with Lipophagy in the MPTP Model Mice of Parkinson's Disease 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05014-0 PMID:40537664	研究论文	通过单细胞测序筛选与帕金森病MPTP模型小鼠脂噬相关生物标志物	首次结合脂噬机制在帕金森病中筛选出Ubb、Gapdh、Cox4i1和Hsp90aa1四个关键生物标志物，并揭示少突胶质细胞和神经元的关键作用	样本量较小（n=3/组），仅使用小鼠模型，未进行人类样本验证	探究脂噬在帕金森病中的具体分子机制及潜在治疗靶点	MPTP诱导的帕金森病模型小鼠脑组织细胞	单细胞生物学	帕金森病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	细胞聚类分析、伪时间分析	单细胞转录组数据	6只小鼠（3只PD模型，3只对照组）
5	2025-09-14	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Oct, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	通过单细胞核RNA测序分析阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本，揭示转座子转录本在不同脑细胞类型中的表达模式	首次在单细胞水平系统报道AD中转座子转录本的细胞类型特异性变化模式，特别是发现兴奋性神经元中逆转录转座子转录本增加最显著	研究主要基于前额叶皮层样本，可能无法完全代表其他脑区的变化	探究阿尔茨海默病中转座子转录本的细胞类型特异性表达规律	阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	sc/snRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	143,951个细胞
6	2025-09-14	The brainstem BBSome regulates glucose homeostasis and lean mass in a state-dependent manner 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102222 PMID:40744313	研究论文	本研究探讨了脑干纤毛和BBSome蛋白复合体在能量平衡和葡萄糖稳态中的作用	揭示了脑干特定神经元中BBSome通过自主神经平衡调节葡萄糖稳态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	研究脑干纤毛和BBSome在代谢调节中的功能	Phox2b神经元、小鼠模型	神经代谢学	代谢性疾病	免疫荧光、共聚焦成像、单细胞RNA测序、病毒技术、神经记录	基因敲除小鼠模型	图像数据、转录组数据、生理指标数据	使用Phox2bCre/Ift88 fl/fl和Phox2bCre/Bbs1fl/fl基因工程小鼠，在高脂饮食和对照饮食条件下进行研究
7	2025-09-14	Effects of β-catenin deficiency on adipose tissue physiology 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102226 PMID:40759324	研究论文	本研究探讨了脂肪细胞中β-catenin缺失对白色脂肪组织基因表达及细胞间通讯的影响	揭示了性别特异性代谢表型，并发现内皮细胞和细胞外囊泡通过上调Ctnnb1 mRNA维持组织稳态的补偿机制	研究主要基于小鼠模型，未明确人类组织中的适用性；性别差异机制尚未完全阐明	探究脂肪细胞Wnt/β-catenin信号缺失对脂肪组织稳态维持的分子机制	脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠（Ctnnb1AdKO）的脂肪组织及基质血管细胞	分子生物学	代谢性疾病	代谢表型分析、bulk RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序、细胞外囊泡分离	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、代谢参数	性别分组的转基因小鼠模型（具体数量未明确说明）
8	2025-09-14	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Oct, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失会促使脂肪源性干细胞（ASC）从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的ASC亚群（ASC1和ASC4）	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	脂肪祖细胞（APCs）和小鼠模型	细胞生物学	代谢性疾病	scRNA-seq, 信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	使用全局和Pdgfral-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
9	2025-09-14	Penthorum chinense Pursh extract ameliorates lupus nephritis disease in MRL/lpr mice via the PPARγ/NFκB signaling axis 2025-Sep-25, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120379 PMID:40780476	研究论文	本研究探讨了Penthorum chinense Pursh提取物（PGF）通过调节PPARγ/NFκB信号轴改善MRL/lpr小鼠狼疮性肾炎的疗效与机制	首次揭示PGF通过调控巨噬细胞PPARγ/NFκB信号轴治疗狼疮性肾炎，并整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序进行多组学验证	研究基于小鼠模型和细胞实验，临床转化潜力需进一步人体试验验证	评估PGF对狼疮性肾炎的治疗效果并阐明其通过PPARγ/NFκB通路的分子机制	MRL/lpr小鼠（狼疮模型）、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞	药理学	狼疮性肾炎	UPLC-Q-TOF/MS、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、RT-qPCR、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、组学数据、病理学数据	MRL/lpr小鼠模型、细胞系（Raw264.7和HK2）
10	2025-09-14	Transcriptomic bioinformatics analysis proposes a novel BCL2-MAPK14-TXN oxidative stress diagnostic model of sepsis and identifies TXN as an oxidative stress-related signature gene in sepsis 2025-Sep-23, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115016 PMID:40540896	研究论文	本研究通过生物信息学分析提出了一种基于BCL2-MAPK14-TXN的脓毒症氧化应激诊断模型，并验证了TXN作为关键标志基因的作用	首次构建了BCL2-MAPK14-TNX氧化应激诊断模型，并通过实验初步验证了TXN在脓毒症氧化应激中的调控作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证尚属初步，需要进一步推动应用验证	筛选脓毒症相关的氧化应激基因并验证其诊断价值	脓毒症患者与对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	微阵列数据分析、机器学习算法、CIBERSORT、ssGSEA、单细胞RNA测序	诊断列线图(nomogram)模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682、GSE95233、GSE131761、GSE33118、GSE175453)的训练、测试和验证队列
11	2025-09-14	Pharming: Joint Clonal Tree Reconstruction of Single-Nucleotide Variant and Copy Number Aberration Evolution from Single-Cell DNA Sequencing of Tumors 2025-Sep-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251374694 PMID:40944534	研究论文	提出一种名为Pharming的新方法，用于从单细胞DNA测序数据中联合推断SNV和CNA的克隆进化树	利用CNA推断的高准确性和SNV与CNA区域的共现性，实现更精确的肿瘤系统发育重建	低通量测序技术的低覆盖度可能影响SNV推断的可靠性	重建肿瘤进化历史，理解突变获取顺序和不同类型改变之间的动态相互作用	肿瘤细胞中的单核苷酸变异(SNV)和拷贝数变异(CNA)	计算生物学	乳腺癌	单细胞DNA测序，全基因组测序	肿瘤系统发育推断方法	DNA测序数据	模拟数据和三阴性乳腺癌病例
12	2025-09-14	High-plex imaging of hepatoblastoma and adjacent liver in pediatric patients reveals a predominant myeloid infiltrate expressing immune-checkpoints 2025-Sep-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04164-3 PMID:40944713	研究论文	本研究通过高plex成像和单细胞RNA测序分析儿童肝母细胞瘤的免疫微环境，发现其以表达免疫检查点的髓系细胞浸润为主	首次系统描绘肝母细胞瘤的免疫景观，揭示髓系细胞主导的免疫微环境及VISTA/SIRPα检查点表达特征	样本量有限且依赖公共单细胞数据集验证，未进行功能性实验验证靶向治疗的可行性	解析肝母细胞瘤免疫微环境特征以探索免疫治疗新策略	儿童肝母细胞瘤组织及配对癌旁正常肝组织	数字病理学	肝母细胞瘤	成像质谱流式技术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	组织图像、基因表达数据	初治及化疗后肝母细胞瘤组织与配对正常肝组织（具体样本量未明确说明）
13	2025-09-14	Somatic mtDNA mutations at intermediate levels of heteroplasmy are a source of functional heterogeneity among primary leukemic cells 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt3873 PMID:40929251	研究论文	本研究探讨体细胞线粒体DNA突变在儿童白血病中的功能异质性及其对疾病进展的影响	发现中等异质性水平的mtDNA突变是白血病细胞功能异质性的来源，并揭示其通过代谢重编程影响治疗抵抗	研究样本量有限（5例诊断样本的单细胞测序），且主要聚焦儿童白血病，结论在其他癌症中的普适性需进一步验证	阐明体细胞mtDNA突变在儿童白血病进展中的作用机制	儿童白血病细胞（来自637对肿瘤-正常样本）	癌症基因组学	白血病	全基因组测序（bulk WGS）、单细胞测序	基于网络的系统生物学分析	基因组序列数据	637对肿瘤-正常样本（批量测序）+5例诊断白血病样本（单细胞测序）
14	2025-09-14	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ady0080 PMID:40929272	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示1型糖尿病进展中胰腺细胞类型特异的基因调控程序	首次整合单核多组学和空间转录组学分析，在853,005个细胞中鉴定出12种胰腺细胞类型，并发现β细胞等细胞类型在疾病进展中的表观遗传驱动因素和细胞间信号变化	样本量相对有限（最多32名捐赠者），且主要基于死后组织，可能无法完全反映活体动态过程	揭示1型糖尿病（T1D）进展中胰腺细胞类型特异的调控机制	非糖尿病（ND）、自身抗体阳性（AAB）和1型糖尿病（T1D）患者的胰腺组织	生物医学信息学	1型糖尿病	单核多组学（snMultiome）、空间转录组学	NA	单细胞基因组、表观基因组、空间转录组数据	32名捐赠者（ND、AAB、T1D），853,005个细胞
15	2025-09-14	Neuroinflammation and Alzheimer's disease: Unravelling the molecular mechanisms 2025-Sep-12, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251374353 PMID:40938771	综述	本文综述了神经炎症在阿尔茨海默病发病机制中的核心作用及其分子机制	强调了神经炎症作为可调控因素的重要性，并探讨了胶质细胞异质性及新兴治疗策略	NA	探讨神经炎症在阿尔茨海默病中的分子机制及治疗潜力	小胶质细胞、星形胶质细胞及其介导的神经炎症过程	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、脂质组学	NA	NA	NA
16	2025-09-14	RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays 2025-Sep-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c09959 PMID:40938793	研究论文	开发了一种基于3D打印嵌入式液滴阵列的单细胞外囊泡RNA测序平台	利用3D打印技术实现单囊泡分辨率RNA测序，通过界面不稳定性控制液滴生成，首次在单个EV水平解析RNA异质性	NA	解决细胞外囊泡RNA cargo异质性分析的技术瓶颈	单个细胞外囊泡（EVs）	单细胞测序技术	NA	3D打印、液滴阵列、单囊泡RNA测序、PCR、cDNA合成	NA	RNA测序数据	3689个独特条形码对应的单个EV（CD9/CD63/CD81阳性THP-1 EVs）
17	2025-09-14	Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate 2025-Sep-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970 PMID:40938954	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术揭示了Tcf1和Lef1作为早期胸腺祖细胞命运关键起始因子的作用机制	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术解析小鼠ETP异质性，发现Tcf1/Lef1双缺失会损害Notch通路并导致异常B细胞/髓系基因程序激活	研究局限于小鼠模型，人类中的保守性尚未验证；体内外实验条件可能存在差异	阐明调控早期胸腺祖细胞(ETP)形成的关键转录因子及其分子机制	小鼠早期胸腺祖细胞(ETPs)	单细胞生物学	免疫系统发育	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	小鼠早期胸腺祖细胞样本（具体数量未明确说明）
18	2025-09-14	The citrullinating enzyme PADI4 governs progenitor cell proliferation and translation in developing hair follicles 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adx4511 PMID:40938992	研究论文	本研究揭示了PADI4酶通过瓜氨酸化修饰调控毛囊发育中祖细胞增殖和翻译过程的作用机制	首次发现PADI4通过瓜氨酸化翻译抑制因子4E-BP1并影响其磷酸化，从而调控蛋白质合成和核糖体RNA转录的新机制	NA	阐明PADI4在毛囊发育过程中对祖细胞状态转换的调控功能	毛囊发育过程中的祖细胞和分化细胞	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
19	2025-09-14	CLL to Richter syndrome: Integrating network strategies with experiments elucidating disease drivers and personalized therapies 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu7705 PMID:40938978	研究论文	本研究通过整合数学逻辑建模与实验数据，建立了首个慢性淋巴细胞白血病向Richter综合征转化的动态计算模型，以揭示疾病驱动机制和个性化治疗靶点	开发了首个疾病转化的动态计算模型，结合多组学实验数据验证，并实现个性化靶点筛选	动物模型和细胞系资源有限可能影响机制研究的全面性	探究慢性淋巴细胞白血病向Richter综合征的转化机制并寻找个性化治疗策略	慢性淋巴细胞白血病患者样本和转化过程中的分子调控网络	计算生物学	白血病	单细胞RNA测序、数学逻辑建模、FFPE组织分析	动态计算模型	基因组数据、转录组数据、临床样本数据	CLL/RS患者FFPE组织队列及单细胞测序数据
20	2025-09-14	Lycium barbarum polysaccharides enhance testicular spermatogenesis in d-galactose-induced aging rats via calcium signaling 2025-Sep-12, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70119 PMID:40939042	研究论文	本研究探讨枸杞多糖通过钙信号通路改善d-半乳糖诱导的衰老大鼠睾丸生精功能的作用机制	首次结合多组学分析和单细胞测序技术揭示LBP通过调控钙稳态、Hippo和mTOR通路改善睾丸衰老的具体细胞靶点	研究基于大鼠和细胞模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究枸杞多糖对d-半乳糖诱导的睾丸功能障碍的保护作用及分子机制	d-半乳糖诱导的衰老雄性大鼠和TM3细胞系	生殖医学	生殖系统疾病	单细胞测序、多组学分析、组织化学染色	动物模型和细胞模型	组学数据、组织学图像、生化指标	大鼠模型和TM3细胞实验（具体数量未明确说明）